BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276H21
Chromosome18 (Build37)
Map Location 14,315,514 - 14,457,993
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040103
Upstream geneLOC665379, LOC100040358, Zfp521, LOC100040094
Downstream geneLOC100040391, LOC382096, LOC100040129, EG623867, Ss18, LOC100040446, Psma8, Taf4b, LOC669965, Kctd1, EG622268, LOC100040151
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276H21.bB6Ng01-276H21.g
ACCGA077261GA077262
length1,1841,094
definitionB6Ng01-276H21.b B6Ng01-276H21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,456,795 - 14,457,993)(14,315,514 - 14,316,610)
sequence
gaattcaagaaagtgaaaatacaagcttagccaccttgtagagataagca
tcaggtcaagtgtcttgttcagcaaggtcaagaatgagggctgaggcaag
gattgcaatgaccggaataagtgagaggaaacacatagatgctaatgtaa
caactgtaagagacaggtctacagagaaactgcatgctcaggtaagactg
catagtcattatatatataactatatatgtaatatatttactatattata
tgctatatataatagaataatttatatatagcaagtatatgtccttctat
cttgtcttctaacattgatatctatctatctatctatctatctatctatc
tatctatctatctatctatctatctatctatcatctatcttatctactat
ctattatctatgaatcaatcagccaatcagttatatatctcttatctacc
tattatcattctacctgctacttagaagattgaagaagatgctatctagc
cattagcctgagaaggcagccaggagactgatgaagttggatgaattaac
caggatagggcacaggaagagagaaagactgagaggaaaagaagagaaag
actggggaattcttgttcctcccacacaggctagcagactcatgcacggt
cctgtgatgcagccattctgataatggtgaagtgatcaggtgggcacagc
accttgccagaggttttaaatgttctttcggtgctaggaaccagcaccca
tacatacaaacctcctgcaaatctttactgaaagttttttcttttttcac
tctatttattttttatttactttacatcccaattgtagccccctccctcg
tctcctcccagttctgcccttacaaatccctccttccattaccccttctc
taaggagaaagggaaacacccctggggtatcaccccaccctggaacatta
ataataacccaggactgtgaaaagctataattttcactaaaatcacagtg
agttagagaggcgctcagtgatagagctcttgctgtcgagactagagttc
agtctaccacccagtacatagctcacaccaactgtctgggagatctgatg
cctccttaagtcagctacatgttatattctttaataaataagtctaccga
atcccaagtcgattgttactttgggtccttgggg

gaattcttttgtgattgggttacctcactcaggatgatatcctccagatc
catccatttgcctaggaatttcataaatgcattgtttttaatagctgagt
gggcgtgtctatttttaagcagtgctgaccctaggtgatgccttacagtg
tagtgtactgagctgttacactgtgtttaacttgaatcacactgggtttc
atcctagtatttgattatttttgctgatactataaatgttttattttaag
ttcattttttttcaagttacatattaaccatgtgtttggcagccatgcta
caaaaactcttaatataatcttattgttttagtgttgaattcccttcatg
ttttctgtgttgtccatcatgttgtttacaaacattgaaagcttaccatc
ttatttatcttccttactttatttaattgaccatgactttcggtacagtg
ctcaacagaactggtaagtcttttgctgtgtatatgctgaaacttagcag
cattagcactccatacagcattaataactcaaacacagctcagcagggtg
tttctacagtggcactgttttgtatataggaggtaagctgtgttttgggg
gcaatatgattctctaaagatctctttctctgtctccaggtattaggata
ttacctgtgtgcacccaacaaaggctcatgggaaagagctggccagtcag
agatgacatagtcagtgcctggggcacttctgaactgtcatcttcctatc
agctcacatgccactagtaaatgcttgtgagacatttgctgttagatatc
aaatgaaaatgaatcagttacagactcactagaagattttttttttaaaa
tagcaatgactgcattatgtggactcaattataaactgaaatttagtacc
tagtaaagatggtatctcaaggatatttaatacctaaaacttatattatt
tttatttctgaagagtaatgataaatgaagtgtctcctcattccaattat
tcatgtaatacaggaagtaaatttgaaatacactagaaactaatgtaaga
ataaattgtaaaacatccagcggcttttaccaacctggagtgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_14456795_14457993
seq2: B6Ng01-276H21.b_47_1230 (reverse)

seq1  CCCCCAGGA-CCAAATTAACAATAGAATTGGGATTCTGTTATGATTTTAT  49
      |||| |||| ||||| ||||||| || ||||||||| ||   || ||   
seq2  CCCCAAGGACCCAAAGTAACAATCGACTTGGGATTCGGT--AGACTT--A  46

seq1  TTTATTAAAGATTAT-ACATGTAGCTGATTTAA-GAGGCATCAGATCTCC  97
      ||||||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  TTTATTAAAGAATATAACATGTAGCTGACTTAAGGAGGCATCAGATCTCC  96

seq1  CAGAACAGGTGGTTGTGAGCTATGTAACCTGGGTGGTTAAGAACTGAACT  147
      ||| |||| ||| |||||||||||||  |||||||||  || ||||||||
seq2  CAG-ACAGTTGG-TGTGAGCTATGTA--CTGGGTGGT--AG-ACTGAACT  139

seq1  CTAGTCCTCGGACAGCAAGAGCTCTTAACCACTGAGCCGCCTCTCTAACT  197
      ||||| ||| |||||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||
seq2  CTAGT-CTC-GACAGCAAGAGCTCT--ATCACTGAG-CGCCTCTCTAACT  184

seq1  CCACTGTGATTTTAGTGAAAATTATAGCTTTTCACAGTTCCTGGGTTATT  247
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  -CACTGTGATTTTAGTGAAAATTATAGCTTTTCACAG-TCCTGGGTTATT  232

seq1  ATTAATGTTCCAGGGTGGGGTGATACCCCAGGGGTGTTTCCCCTTCTCCT  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATTAATGTTCCAGGGTGGGGTGATACCCCAGGGGTGTTTCCCTTTCTCCT  282

seq1  TAGAGAAGGGGTAATGGAAGGAGGGATTTGTAAGGGCAGAACTGGGAGGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAGGGGTAATGGAAGGAGGGATTTGTAAGGGCAGAACTGGGAGGA  332

seq1  GACGAGGGAGGGGGCTACAATTGGGATGTAAAGTAAATAAAAAATAAATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGAGGGAGGGGGCTACAATTGGGATGTAAAGTAAATAAAAAATAAATA  382

seq1  GAGTGAAAAAAGAAAAAACTTTCAGTAAAGATTTGCAGGAGGTTTGTATG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAAAAAAGAAAAAACTTTCAGTAAAGATTTGCAGGAGGTTTGTATG  432

seq1  TATGGGTGCTGGTTCCTAGCACCGAAAGAACATTTAAAACCTCTGGCAAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTGCTGGTTCCTAGCACCGAAAGAACATTTAAAACCTCTGGCAAG  482

seq1  GTGCTGTGCCCACCTGATCACTTCACCATTATCAGAATGGCTGCATCACA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTGCCCACCTGATCACTTCACCATTATCAGAATGGCTGCATCACA  532

seq1  GGACCGTGCATGAGTCTGCTAGCCTGTGTGGGAGGAACAAGAATTCCCCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCGTGCATGAGTCTGCTAGCCTGTGTGGGAGGAACAAGAATTCCCCA  582

seq1  GTCTTTCTCTTCTTTTCCTCTCAGTCTTTCTCTCTTCCTGTGCCCTATCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCTCTTCTTTTCCTCTCAGTCTTTCTCTCTTCCTGTGCCCTATCC  632

seq1  TGGTTAATTCATCCAACTTCATCAGTCTCCTGGCTGCCTTCTCAGGCTAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAATTCATCCAACTTCATCAGTCTCCTGGCTGCCTTCTCAGGCTAA  682

seq1  TGGCTAGATAGCATCTTCTTCAATCTTCTAAGTAGCAGGTAGAATGATAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAGATAGCATCTTCTTCAATCTTCTAAGTAGCAGGTAGAATGATAA  732

seq1  TAGGTAGATAAGAGATATATAACTGATTGGCTGATTGATTCATAGATAAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAGATAAGAGATATATAACTGATTGGCTGATTGATTCATAGATAAT  782

seq1  AGATAGTAGATAAGATAGATGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGTAGATAAGATAGATGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  832

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATATCAATGTTAGAAGACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATATCAATGTTAGAAGACA  882

seq1  AGATAGAAGGACATATACTTGCTATATATAAATTATTCTATTATATATAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGAAGGACATATACTTGCTATATATAAATTATTCTATTATATATAG  932

seq1  CATATAATATAGTAAATATATTACATATATAGTTATATATATAATGACTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAATATAGTAAATATATTACATATATAGTTATATATATAATGACTA  982

seq1  TGCAGTCTTACCTGAGCATGCAGTTTCTCTGTAGACCTGTCTCTTACAGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTCTTACCTGAGCATGCAGTTTCTCTGTAGACCTGTCTCTTACAGT  1032

seq1  TGTTACATTAGCATCTATGTGTTTCCTCTCACTTATTCCGGTCATTGCAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACATTAGCATCTATGTGTTTCCTCTCACTTATTCCGGTCATTGCAA  1082

seq1  TCCTTGCCTCAGCCCTCATTCTTGACCTTGCTGAACAAGACACTTGACCT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCCTCAGCCCTCATTCTTGACCTTGCTGAACAAGACACTTGACCT  1132

seq1  GATGCTTATCTCTACAAGGTGGCTAAGCTTGTATTTTCACTTTCTTGAAT  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTTATCTCTACAAGGTGGCTAAGCTTGTATTTTCACTTTCTTGAAT  1182

seq1  TC  1199
      ||
seq2  TC  1184


seq1: chr18_14315514_14316610
seq2: B6Ng01-276H21.g_66_1159

seq1  GAATTCTTTTGTGATTGGGTTACCTCACTCAGGATGATATCCTCCAGATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGTGATTGGGTTACCTCACTCAGGATGATATCCTCCAGATC  50

seq1  CATCCATTTGCCTAGGAATTTCATAAATGCATTGTTTTTAATAGCTGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATTTGCCTAGGAATTTCATAAATGCATTGTTTTTAATAGCTGAGT  100

seq1  GGGCGTGTCTATTTTTAAGCAGTGCTGACCCTAGGTGATGCCTTACAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGTGTCTATTTTTAAGCAGTGCTGACCCTAGGTGATGCCTTACAGTG  150

seq1  TAGTGTACTGAGCTGTTACACTGTGTTTAACTTGAATCACACTGGGTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTACTGAGCTGTTACACTGTGTTTAACTTGAATCACACTGGGTTTC  200

seq1  ATCCTAGTATTTGATTATTTTTGCTGATACTATAAATGTTTTATTTTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAGTATTTGATTATTTTTGCTGATACTATAAATGTTTTATTTTAAG  250

seq1  TTCATTTTTTTTCAAGTTACATATTAACCATGTGTTTGGCAGCCATGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTTTTTTCAAGTTACATATTAACCATGTGTTTGGCAGCCATGCTA  300

seq1  CAAAAACTCTTAATATAATCTTATTGTTTTAGTGTTGAATTCCCTTCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACTCTTAATATAATCTTATTGTTTTAGTGTTGAATTCCCTTCATG  350

seq1  TTTTCTGTGTTGTCCATCATGTTGTTTACAAACATTGAAAGCTTACCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGTGTTGTCCATCATGTTGTTTACAAACATTGAAAGCTTACCATC  400

seq1  TTATTTATCTTCCTTACTTTATTTAATTGACCATGACTTTCGGTACAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATCTTCCTTACTTTATTTAATTGACCATGACTTTCGGTACAGTG  450

seq1  CTCAACAGAACTGGTAAGTCTTTTGCTGTGTATATGCTGAAACTTAGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAGAACTGGTAAGTCTTTTGCTGTGTATATGCTGAAACTTAGCAG  500

seq1  CATTAGCACTCCATACAGCATTAATAACTCAAACACAGCTCAGCAGGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGCACTCCATACAGCATTAATAACTCAAACACAGCTCAGCAGGGTG  550

seq1  TTTCTACAGTGGCACTGTTTTGTATATAGGAGGTAAGCTGTGTTTTGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACAGTGGCACTGTTTTGTATATAGGAGGTAAGCTGTGTTTTGGGG  600

seq1  GCAATATGATTCTCTAAAGATCTCTTTCTCTGTCTCCAGGTATTAGGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATATGATTCTCTAAAGATCTCTTTCTCTGTCTCCAGGTATTAGGATA  650

seq1  TTACCTGTGTGCACCCAACAAAGGCTCATGGGAAAGAGCTGGCCAGTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGTGTGCACCCAACAAAGGCTCATGGGAAAGAGCTGGCCAGTCAG  700

seq1  AGATGACATAGTCAGTGCCTGGGGCACTTCTGAACTGTCATCTTCCTATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACATAGTCAGTGCCTGGGGCACTTCTGAACTGTCATCTTCCTATC  750

seq1  AGCTCACATGCCACTAGTAAATGCTTGTGAGACATTTGCTGTTAGATATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACATGCCACTAGTAAATGCTTGTGAGACATTTGCTGTTAGATATC  800

seq1  AAATGAAAATGAATCAGTTACAGACTCACTAGAAGATTTTTTTTTTAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAAATGAATCAGTTACAGACTCACTAGAAGATTTTTTTTTTAAAA  850

seq1  TAGCAATGACTGCATTATGTGGACTCAATTATAAACTGAAATTTAGTACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAATGACTGCATTATGTGGACTCAATTATAAACTGAAATTTAGTACC  900

seq1  TAGTAAAGATGGTATCTCAAGGATATTTAATACCTAAAACTTATATTATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAAGATGGTATCTCAAGGATATTTAATACCTAAAACTTATATTATT  950

seq1  TT--ATTCTGAAGAGTAATGATAAAATGAAGTGTCTCCTCATTCCAATTA  998
      ||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTCTGAAGAGTAATGAT-AAATGAAGTGTCTCCTCATTCCAATTA  999

seq1  TTCATGTAATACAGAAAGTAAATTTGAAATACACTAGAAACCTAAATGTA  1048
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||| 
seq2  TTCATGTAATACAGGAAGTAAATTTGAAATACACTAGAAAC--TAATGT-  1046

seq1  AAAGAATAAAATTGTAAAACATACAGCGGTTTTTACACAACT-GAGTGGA  1097
       |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||  | || |||||||
seq2  -AAGAAT-AAATTGTAAAACATCCAGCGGCTTTTACCAACCTGGAGTGGA  1094


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |