BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-278G20
Chromosome18 (Build37)
Map Location 55,361,685 - 55,483,869
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG545257, LOC100042489, Zfp608, LOC100043089
Downstream geneLOC667401, LOC667409, LOC629043, LOC100043099, LOC629057, LOC100043104
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-278G20.bB6Ng01-278G20.g
ACCGA078672GA078673
length9521,148
definitionB6Ng01-278G20.b B6Ng01-278G20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,361,685 - 55,362,631)(55,482,714 - 55,483,869)
sequence
gaattctttaggggtagattgttaaatgtgattataaggtaaaaagtcat
tattacaggagtcatttaagaggtagagaaatgtgacttactatgtaacc
gtgataagtgtaaacactcctgttgtgtctggccagcagaccacaacctg
ggttctagcctggaaaggcattttggaaacctggaagagaagaggggcta
ggtggcgagagaaaggaatgtagccaagacaattactctgatcaaggctc
aaattttattgttgcgacactagttatgaaggaagggggaggggacccga
ttcccgccgaataatctcgggtccagtagaaaggtgcacgtgtgtggctc
ctcaggttccagcagtgggcgtggcagaacaaatgagcaggaagctccac
ccctgagcaagcaggtttcaggctgggggaggagagactacacactccct
ggaaaacaaccatctttggtttcactggaaaggtaacactgttgggacat
atagagaatggagaagtggtttctttgttccacttagttggaaggctata
aaaataatattacttttggcttcaacatatcctccaaacaaactgaaatc
agatggtgtaaaaataagataaactccacgtgctttcctttctattattt
ttattgactacagcaggaaacacctagctgttggggtctcacagaggctg
gttggtctttggcaaacacaagtttgtaccgaaaataaaagcatttatgt
tcacgctaaaaaaacaaacaaacaaacaaacaaacaacaacaacaaaaaa
aacccaaaaaacccagcatccaggaatgtggtggctcttgccttgtatcc
tggcattcaggtggcagaggcaagtggatctctacgagtatgaaaccagc
ctgatccaatattagtgagttccaggtcaaggtgggaatactatggtgag
ac

gaattcaatctcagattccatcaacctgttcctattactatgaatgggat
tcccttgtctctgaggtttcctaatgagactcacttcagtcccggtaagc
tagtttacattatccttctcatacttaattcttctccatagctgccgcca
aacagaacttgaaacacagtaatcactcaagatttactagtgactagatt
cataatttttaacatcatgctatgtcttaaatatgtctcttgaaagctgc
cattttgcacacagagagcctggcacctcaccaaacaccaaatcctccat
ctccctaaaattccagcttgcagatttaaaagaaaattgctttctgttgt
ttataaattgcttcttccgtgacattacattacagtgggaccagcagact
aaagcacattgctggcttcccatttatttgtatgcaatatcagttatcac
atacaggtgactgtgaccatttcaagactgtagcaagtaagttcttgaat
ttacaaataaatctaaggactattagttaatgtaagaaagtgaaaaaagc
attgttagtggtgaatgtttattaggcacagttactttaaacagaatatt
taagaattattaaacccatgaagtacctatattttgatactcccaaagaa
atatggacttatggggacctcctccagcaacggttgaggagaaggaagca
atgcaacgtagctctctgacccttcgtttctctgaaagctttatcttcta
ggatgtaagttcccaaggagcatatctgtcagccttatagctagaaacct
ggcaacttgcacttcacctgccaggaaatgaaaggagagagcctggcctg
ccttggcaatcttgtgcttctatttatagaatgtgtatggatgaaagaag
cccacaagaaataagctgcaatatgtctccactctgagcctgggagtata
gtgataggcaatggcttcaacatttgggttgtgccttttgaggatcacat
aatcagatatcttgcatgcccaataatttgcattaaatttaaacactagc
aaaatacagttatgaagtagcatggaaatactttatggttgaggggttca
ccaaccacatgacagttgagacattatgatgagatcaatggtagaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_55361685_55362631
seq2: B6Ng01-278G20.b_46_997

seq1  GAATTCTTTAGGGGTAGATTGTTAAATGTGATTATAAGGTAAAAAGTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGGGGTAGATTGTTAAATGTGATTATAAGGTAAAAAGTCAT  50

seq1  TATTACAGGAGTCATTTAAGAGGTAGAGAAATGTGACTTACTATGTAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACAGGAGTCATTTAAGAGGTAGAGAAATGTGACTTACTATGTAACC  100

seq1  GTGATAAGTGTAAACACTCCTGTTGTGTCTGGCCAGCAGACCACAACCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAAGTGTAAACACTCCTGTTGTGTCTGGCCAGCAGACCACAACCTG  150

seq1  GGTTCTAGCCTGGAAAGGCATTTTGGAAACCTGGAAGAGAAGAGGGGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTAGCCTGGAAAGGCATTTTGGAAACCTGGAAGAGAAGAGGGGCTA  200

seq1  GGTGGCGAGAGAAAGGAATGTAGCCAAGACAATTACTCTGATCAAGGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCGAGAGAAAGGAATGTAGCCAAGACAATTACTCTGATCAAGGCTC  250

seq1  AAATTTTATTGTTGCGACACTAGTTATGAAGGAAGGGGGAGGGGACCCGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTATTGTTGCGACACTAGTTATGAAGGAAGGGGGAGGGGACCCGA  300

seq1  TTCCCGCCGAATAATCTCGGGTCCAGTAGAAAGGTGCACGTGTGTGGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGCCGAATAATCTCGGGTCCAGTAGAAAGGTGCACGTGTGTGGCTC  350

seq1  CTCAGGTTCCAGCAGTGGGCGTGGCAGAACAAATGAGCAGGAAGCTCCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGTTCCAGCAGTGGGCGTGGCAGAACAAATGAGCAGGAAGCTCCAC  400

seq1  CCCTGAGCAAGCAGGTTTCAGGCTGGGGGAGGAGAGACTACACACTCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGCAAGCAGGTTTCAGGCTGGGGGAGGAGAGACTACACACTCCCT  450

seq1  GGAAAACAACCATCTTTGGTTTCACTGGAAAGGTAACACTGTTGGGACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACAACCATCTTTGGTTTCACTGGAAAGGTAACACTGTTGGGACAT  500

seq1  ATAGAGAATGGAGAAGTGGTTTCTTTGTTCCACTTAGTTGGAAGGCTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGAATGGAGAAGTGGTTTCTTTGTTCCACTTAGTTGGAAGGCTATA  550

seq1  AAAATAATATTACTTTTGGCTTCAACATATCCTCCAAACAAACTGAAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATATTACTTTTGGCTTCAACATATCCTCCAAACAAACTGAAATC  600

seq1  AGATGGTGTAAAAATAAGATAAACTCCACGTGCTTTCCTTTCTATTATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTGTAAAAATAAGATAAACTCCACGTGCTTTCCTTTCTATTATTT  650

seq1  TTATTGACTACAGCAGGAAACACCTAGCTGTTGGGGTCTCACAGAGGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGACTACAGCAGGAAACACCTAGCTGTTGGGGTCTCACAGAGGCTG  700

seq1  G-TGGTCTTTGGCAAACACAAGTTTGTACCGAAAATAAAAGCATTTATGT  749
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTCTTTGGCAAACACAAGTTTGTACCGAAAATAAAAGCATTTATGT  750

seq1  TCACGCTAAAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAACAACAACAAAAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGCTAAAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAACAACAACAAAAAA  800

seq1  AACCCAAAAAACCCAGCATCCAGGAATGTGGTGGCTCTTGCCTTGTATCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAAAAAACCCAGCATCCAGGAATGTGGTGGCTCTTGCCTTGTATCC  850

seq1  TGGCATTCAGGTGGCAGAGGCAAGTGGATCTCTACGAGTATGAAACCAGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATTCAGGTGGCAGAGGCAAGTGGATCTCTACGAGTATGAAACCAGC  900

seq1  CTGAT-CTATA-TAGTGAGTTCCAGGTCAA-GTGGGAATAC-ATGGTGAG  945
      ||||| | ||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  CTGATCCAATATTAGTGAGTTCCAGGTCAAGGTGGGAATACTATGGTGAG  950

seq1  AC  947
      ||
seq2  AC  952


seq1: chr18_55482714_55483869
seq2: B6Ng01-278G20.g_67_1214 (reverse)

seq1  TTTTCTTAACATTGATCCTCTATCATAATGGTCCTCAACCTGTCATGTGG  50
      ||||| || ||||||| ||| |||||||||   ||||| |||||||||||
seq2  TTTTC-TACCATTGAT-CTC-ATCATAATG--TCTCAA-CTGTCATGTGG  44

seq1  -TGGTG-ACCCCTCAACCATAAAATTATTTCATTGCTACTTCATAACTGT  98
       ||||| ||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||
seq2  TTGGTGAACCCCTCAACCAT-AAAGTATTTCCATGCTACTTCATAACTGT  93

seq1  AATTTTGCTAGTGTTTTAAATTTTAATGCAAA-TATTGGGCATGCAGGAT  147
       |||||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  -ATTTTGCTAGTGTTT--AAATTTAATGCAAATTATTGGGCATGCAAGAT  140

seq1  ATCTGA-TATGTGATCCTCAAAAGGGCCACAACCCAAATGTTGAAAGCCA  196
      |||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||
seq2  ATCTGATTATGTGATCCTCAAAAGG--CACAACCCAAATGTTG-AAGCCA  187

seq1  TTGCCTATCACTATACT-CCAGGCTCAGAGTGGAAGACATATTGCAGCCT  245
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  TTGCCTATCACTATACTCCCAGGCTCAGAGTGG-AGACATATTGCAG-CT  235

seq1  TATTTCTTGTGGGCTTCTTTCATCCATACACATTCTATAAATAGAAGCAC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTTGTGGGCTTCTTTCATCCATACACATTCTATAAATAGAAGCAC  285

seq1  AAGATTGCCAAGGCA-GCCAGGCTCTCTCC-TTCATTTCCTGGCAGGTGA  343
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGCCAAGGCAGGCCAGGCTCTCTCCTTTCATTTCCTGGCAGGTGA  335

seq1  AGTGCAAGTTGCCAGGTTTCTAGCTATAAGGCTGACAGATATGCTCCTTG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAAGTTGCCAGGTTTCTAGCTATAAGGCTGACAGATATGCTCCTTG  385

seq1  GGAACTTACATCCTAGAAGATAAAGCTTTCAGAGAAACGAAGGGTCAGAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTTACATCCTAGAAGATAAAGCTTTCAGAGAAACGAAGGGTCAGAG  435

seq1  AGCTACGTTGCATTGCTTCCTTCTCCTCAACCGTTGCTGGAGGAGGTCCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACGTTGCATTGCTTCCTTCTCCTCAACCGTTGCTGGAGGAGGTCCC  485

seq1  CATAAGTCCATATTTCTTTGGGAGTATCAAAATATAGGTACTTCATGGGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGTCCATATTTCTTTGGGAGTATCAAAATATAGGTACTTCATGGGT  535

seq1  TTAATAATTCTTAAATATTCTGTTTAAAGTAACTGTGCCTAATAAACATT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAATTCTTAAATATTCTGTTTAAAGTAACTGTGCCTAATAAACATT  585

seq1  CACCACTAACAATGCTTTTTTCACTTTCTTACATTAACTAATAGTCCTTA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACTAACAATGCTTTTTTCACTTTCTTACATTAACTAATAGTCCTTA  635

seq1  GATTTATTTGTAAATTCAAGAACTTACTTGCTACAGTCTTGAAATGGTCA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATTTGTAAATTCAAGAACTTACTTGCTACAGTCTTGAAATGGTCA  685

seq1  CAGTCACCTGTATGTGATAACTGATATTGCATACAAATAAATGGGAAGCC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCACCTGTATGTGATAACTGATATTGCATACAAATAAATGGGAAGCC  735

seq1  AGCAATGTGCTTTAGTCTGCTGGTCCCACTGTAATGTAATGTCACGGAAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGTGCTTTAGTCTGCTGGTCCCACTGTAATGTAATGTCACGGAAG  785

seq1  AAGCAATTTATAAACAACAGAAAGCAATTTTCTTTTAAATCTGCAAGCTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAATTTATAAACAACAGAAAGCAATTTTCTTTTAAATCTGCAAGCTG  835

seq1  GAATTTTAGGGAGATGGAGGATTTGGTGTTTGGTGAGGTGCCAGGCTCTC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTAGGGAGATGGAGGATTTGGTGTTTGGTGAGGTGCCAGGCTCTC  885

seq1  TGTGTGCAAAATGGCAGCTTTCAAGAGACATATTTAAGACATAGCATGAT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCAAAATGGCAGCTTTCAAGAGACATATTTAAGACATAGCATGAT  935

seq1  GTTAAAAATTATGAATCTAGTCACTAGTAAATCTTGAGTGATTACTGTGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAAATTATGAATCTAGTCACTAGTAAATCTTGAGTGATTACTGTGT  985

seq1  TTCAAGTTCTGTTTGGCGGCAGCTATGGAGAAGAATTAAGTATGAGAAGG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTTCTGTTTGGCGGCAGCTATGGAGAAGAATTAAGTATGAGAAGG  1035

seq1  ATAATGTAAACTAGCTTACCGGGACTGAAGTGAGTCTCATTAGGAAACCT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTAAACTAGCTTACCGGGACTGAAGTGAGTCTCATTAGGAAACCT  1085

seq1  CAGAGACAAGGGAATCCCATTCATAGTAATAGGAACAGGTTGATGGAATC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACAAGGGAATCCCATTCATAGTAATAGGAACAGGTTGATGGAATC  1135

seq1  TGAGATTGAATTC  1156
      |||||||||||||
seq2  TGAGATTGAATTC  1148


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |