BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279M19
Chromosome18 (Build37)
Map Location 3,922,113 - 4,031,597
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG664867
Upstream geneLOC664794, Crem, EG621440, Cul2, EG621501, Bambi, LOC100039273, LOC435549
Downstream geneLOC621666, Lyzl1, LOC383374, LOC664909, Map3k8, Papd1, EG664931, LOC100039354, LOC433157, 9430020K01Rik, LOC268988, Svil
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279M19.bB6Ng01-279M19.g
ACCGA079687GA079688
length1,0511,046
definitionB6Ng01-279M19.b B6Ng01-279M19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,030,545 - 4,031,597)(3,922,113 - 3,923,164)
sequence
gaattcaagatgaaccactgagaacttctcccattgaatgacaacttgca
ttgagcaattatacagaaaccagcacatgtcttggcactagtcgtatctg
ccagagaggtctttgttaggcagtgggaactcctgcagctaggaacttgc
cagcccttgaaggagaggaccttggctggtgcctagcttcctggttcata
agatatagcataatgtctataggacaatcttatcatcaaaagaatctctg
tatgctccctgacacattcagttttacatccactgactgatatgcataag
tccagggagggaaatttgggtttatagtttcagttccgggacagctagca
tcattactttgatctgaggcaaggtaagcatcatagcagaggatgcgtgg
ttagagctgaactcttcatcacacagcacttcttaggaggaagtgacagc
caggaaacagagtctagttacaggggaagcctgggacagtcgtcaccttc
aaaagcatgccaccagtgagctactttcttcagttaggtcccagcttgca
acagcccactaagctatggttgtatgaatgaactgatccattcatgaagt
tcaggtaagaatgtaatgctagaatctagcctctgttcaggccacatcag
aagcaaccttccccttacagatactgaaacactgtctgtggttttctaac
caatggacaacagtcattatttctcacttgggaactgagtcaacatcaaa
aggcctatggcacatcccgcttccctgcttcctatctgggaattagagaa
cctgcttgtgggctcttgctgtgaacctccctcattctcaaaagggatat
acagctccctctgcatgtgggctctgattctctttagagattccaccaaa
ctcacactgtgtctgctatgtgtcccaggttctggggccttagccttcct
gggaatccccaccatactataggtcctctgtccaccacggcattaatacc
ttctaagaactccttagtctcagtattccaccctccagggtttgtttaag
c

gaattcaatgctttcttctgacctctgagggcactaagtacacatgtgat
gcacatacatatacaaatacaaaacacccatacacataaaataagtaaac
attaaaaacatcaaagaactcaaaggattaactccctttggaaataggca
tttgttaaaatgtggactttatattaataatataaaggagagcctactgg
aggccgagcacaaggaagcatctagggtgtcttcctcctcttccaaatcc
acatgctcattataacagagcactcatacttgaattggaaaccactcaaa
aagaattaggagcaagaggagtttgatgcacggtatagcactagaggcaa
tggaagtctgagctcagataaaatgaccttcttctttgaaagcaagtggc
attaagtgtgaaatgttcccctgtccatcaaaatttctctgtccacacta
catactggaagaagttctactgtaatctttatatttcccttgtttcattt
attcatgtttcccttcccacctctcttcttacaatatataatctaaggac
ttgtagtgatgataaatattgattgtgaacttggaaggatctagaaccat
gaaagtgacaaacctttggaaatgttgcctgtgggggagcatctagattg
gcttaattgaagtgggaagattcaccccacatgtggggtgtgtgtggggt
accatcccacaaaccagagtcctcagctgaataacagtagagaaggagct
gtattgaccagcatttctccatgggaacagctgcctcaagctcctgctgc
caagccttgccttccatgatggactgcagatcaagatgaagaactctcag
ctccttctccaacagcatgtctacctgtatgctacaatgcttctatttct
gccatgacacaatgaacttaccctctaaactgtagccagctccaattaat
tttttaccttgatagagttgctatggtcatgttgtctctttacagcaatt
aaaccttaagaatatccataattgagtgaatagagttttctattta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_4030545_4031597
seq2: B6Ng01-279M19.b_49_1099 (reverse)

seq1  GCTTAAACAAACCCTG--AGGTGGATTACCTGAGACTAAGGAGTTCTTAG  48
      ||||||||||||||||   |||||| || |||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAACAAACCCTGGAGGGTGGAATA-CTGAGACTAAGGAGTTCTTAG  49

seq1  AAGGGTTATTAATGCCGTGGTTGGACAGAGGACCTATAGTATGGTGGGGA  98
      ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGG--TATTAATGCCGTGG-TGGACAGAGGACCTATAGTATGGTGGGGA  96

seq1  TTCCCAGGAAGGCTAAGGCCCCAGAACCTGGGACACATAGCAGACACAGT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGGAAGGCTAAGGCCCCAGAACCTGGGACACATAGCAGACACAGT  146

seq1  GTGAGTTTGGTGGAATCTCTAAAGAGAATCAGAGCCCACATGCAGAGGGA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTTGGTGGAATCTCTAAAGAGAATCAGAGCCCACATGCAGAGGGA  196

seq1  GCTGTATATCCCTTTTGAGAATGAGGGAGGTTCACAGCAAGAGCCCACAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATATCCCTTTTGAGAATGAGGGAGGTTCACAGCAAGAGCCCACAA  246

seq1  GCAGGTTCTCTAATTCCCAGATAGGAAGCAGGGAAGCGGGATGTGCCATA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTTCTCTAATTCCCAGATAGGAAGCAGGGAAGCGGGATGTGCCATA  296

seq1  GGCCTTTTGATGTTGACTCAGTTCCCAAGTGAGAAATAATGACTGTTGTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTTGATGTTGACTCAGTTCCCAAGTGAGAAATAATGACTGTTGTC  346

seq1  CATTGGTTAGAAAACCACAGACAGTGTTTCAGTATCTGTAAGGGGAAGGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGTTAGAAAACCACAGACAGTGTTTCAGTATCTGTAAGGGGAAGGT  396

seq1  TGCTTCTGATGTGGCCTGAACAGAGGCTAGATTCTAGCATTACATTCTTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTGATGTGGCCTGAACAGAGGCTAGATTCTAGCATTACATTCTTA  446

seq1  CCTGAACTTCATGAATGGATCAGTTCATTCATACAACCATAGCTTAGTGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAACTTCATGAATGGATCAGTTCATTCATACAACCATAGCTTAGTGG  496

seq1  GCTGTTGCAAGCTGGGACCTAACTGAAGAAAGTAGCTCACTGGTGGCATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGCAAGCTGGGACCTAACTGAAGAAAGTAGCTCACTGGTGGCATG  546

seq1  CTTTTGAAGGTGACGACTGTCCCAGGCTTCCCCTGTAACTAGACTCTGTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAAGGTGACGACTGTCCCAGGCTTCCCCTGTAACTAGACTCTGTT  596

seq1  TCCTGGCTGTCACTTCCTCCTAAGAAGTGCTGTGTGATGAAGAGTTCAGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCTGTCACTTCCTCCTAAGAAGTGCTGTGTGATGAAGAGTTCAGC  646

seq1  TCTAACCACGCATCCTCTGCTATGATGCTTACCTTGCCTCAGATCAAAGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACCACGCATCCTCTGCTATGATGCTTACCTTGCCTCAGATCAAAGT  696

seq1  AATGATGCTAGCTGTCCCGGAACTGAAACTATAAACCCAAATTTCCCTCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATGCTAGCTGTCCCGGAACTGAAACTATAAACCCAAATTTCCCTCC  746

seq1  CTGGACTTATGCATATCAGTCAGTGGATGTAAAACTGAATGTGTCAGGGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACTTATGCATATCAGTCAGTGGATGTAAAACTGAATGTGTCAGGGA  796

seq1  GCATACAGAGATTCTTTTGATGATAAGATTGTCCTATAGACATTATGCTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACAGAGATTCTTTTGATGATAAGATTGTCCTATAGACATTATGCTA  846

seq1  TATCTTATGAACCAGGAAGCTAGGCACCAGCCAAGGTCCTCTCCTTCAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTATGAACCAGGAAGCTAGGCACCAGCCAAGGTCCTCTCCTTCAAG  896

seq1  GGCTGGCAAGTTCCTAGCTGCAGGAGTTCCCACTGCCTAACAAAGACCTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCAAGTTCCTAGCTGCAGGAGTTCCCACTGCCTAACAAAGACCTC  946

seq1  TCTGGCAGATACGACTAGTGCCAAGACATGTGCTGGTTTCTGTATAATTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCAGATACGACTAGTGCCAAGACATGTGCTGGTTTCTGTATAATTG  996

seq1  CTCAATGCAAGTTGTCATTCAATGGGAGAAGTTCTCAGTGGTTCATCTTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATGCAAGTTGTCATTCAATGGGAGAAGTTCTCAGTGGTTCATCTTG  1046

seq1  AATTC  1053
      |||||
seq2  AATTC  1051


seq1: chr18_3922113_3923164
seq2: B6Ng01-279M19.g_68_1113

seq1  GAATTCAATGCTTTCTTCTGACCTCTGAGGGCACTAAGTACACATGTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGCTTTCTTCTGACCTCTGAGGGCACTAAGTACACATGTGAT  50

seq1  GCACATACATATACAAATACAAAACACCCATACACATAAAATAAGTAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATACATATACAAATACAAAACACCCATACACATAAAATAAGTAAAC  100

seq1  ATTAAAAACATCAAAGAACTCAAAGGATTAACTCCCTTTGGAAATAGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAACATCAAAGAACTCAAAGGATTAACTCCCTTTGGAAATAGGCA  150

seq1  TTTGTTAAAATGTGGACTTTATATTAATAATATAAAGGAGAGCCTACTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTAAAATGTGGACTTTATATTAATAATATAAAGGAGAGCCTACTGG  200

seq1  AGGCCGAGCACAAGGAAGCATCTAGGGTGTCTTCCTCCTCTTCCAAATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCGAGCACAAGGAAGCATCTAGGGTGTCTTCCTCCTCTTCCAAATCC  250

seq1  ACATGCTCATTATAACAGAGCACTCATACTTGAATTGGAAACCACTCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTCATTATAACAGAGCACTCATACTTGAATTGGAAACCACTCAAA  300

seq1  AAGAATTAGGAGCAAGAGGAGTTTGATGCACGGTATAGCACTAGAGGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTAGGAGCAAGAGGAGTTTGATGCACGGTATAGCACTAGAGGCAA  350

seq1  TGGAAGTCTGAGCTCAGATAAAATGACCTTCTTCTTTGAAAGCAAGTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTCTGAGCTCAGATAAAATGACCTTCTTCTTTGAAAGCAAGTGGC  400

seq1  ATTAAGTGTGAAATGTTCCCCTGTCCATCAAAATTTCTCTGTCCACACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTGTGAAATGTTCCCCTGTCCATCAAAATTTCTCTGTCCACACTA  450

seq1  CATACTGGAAGAAGTTCTACTGTAATCTTTATATTTCCCTTGTTTCATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTGGAAGAAGTTCTACTGTAATCTTTATATTTCCCTTGTTTCATTT  500

seq1  ATTCATGTTTCCCTTCCCACCTCTCTTCTTACAATATATAATCTAAGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATGTTTCCCTTCCCACCTCTCTTCTTACAATATATAATCTAAGGAC  550

seq1  TTGTAGTGATGATAAATATTGATTGTGAACTTGGAAGGATCTAGAACCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTGATGATAAATATTGATTGTGAACTTGGAAGGATCTAGAACCAT  600

seq1  GAAAGTGACAAACCTTTGGAAATGTTGCCTGTGGGGGAGCATCTAGATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGACAAACCTTTGGAAATGTTGCCTGTGGGGGAGCATCTAGATTG  650

seq1  GCTTAATTGAAGTGGGAAGATTCACCCCACATGTGGGGTGTGTGTGGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAATTGAAGTGGGAAGATTCACCCCACATGTGGGGTGTGTGTGGGGT  700

seq1  ACCATCCCACAAACCAGAGTCCTCAGCTGAATAACAGTAGAGAAGGAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCCCACAAACCAGAGTCCTCAGCTGAATAACAGTAGAGAAGGAGCT  750

seq1  GTATTGACCAGCATTTCTCCATGGGAACAGCTGCCTCAAGCTCCTGCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGACCAGCATTTCTCCATGGGAACAGCTGCCTCAAGCTCCTGCTGC  800

seq1  CAAGCCTTGCCTTCCATGATGGACTGCAGATCAAGATGAAGAACTCTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCTTGCCTTCCATGATGGACTGCAGATCAAGATGAAGAACTCTCAG  850

seq1  CTCCTTCTCCAACAGCATGTCTACCTGTATGCTACAATGCTTCTATTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCTCCAACAGCATGTCTACCTGTATGCTACAATGCTTCTATTTCT  900

seq1  GCCATGACAACAATGAACTTAACCTCTAAAACTGTAAGCCAGCTCCAATT  950
      |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  GCCATGAC-ACAATGAACTTACCCTCT-AAACTGT-AGCCAGCTCCAATT  947

seq1  AATTTTTTACCTTGATAAGAGTTGCTATGGTCATGTTGTCTCTTTACAGC  1000
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTTACCTTGAT-AGAGTTGCTATGGTCATGTTGTCTCTTTACAGC  996

seq1  AATAAAACCTTAAGATAATCCATAAATGAGTGAATAGAGTTTTTCCTATT  1050
      ||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||  |||||
seq2  AATTAAACCTTAAGAATATCCATAATTGAGTGAATAGAGTTTT--CTATT  1044

seq1  TA  1052
      ||
seq2  TA  1046


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |