BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282C03
Chromosome18 (Build37)
Map Location 40,893,234 - 40,996,410
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePabpc2, LOC100041939, Yipf5, Kctd16, EG225416
Downstream geneLOC677182, LOC100041988
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282C03.bB6Ng01-282C03.g
ACCGA081432GA081433
length1,1351,130
definitionB6Ng01-282C03.b B6Ng01-282C03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,995,280 - 40,996,410)(40,893,234 - 40,894,347)
sequence
gaattcatttgtttctcaaagaatgagattttctttctgttgattctgaa
aatatcatactaaaagacatggtgagaagatatgaacatataaaattcca
cagcaccattaaacatacagatctaatacatacacatatatatttagcat
ggaaaagtgatgacctagaatttacattgcaccattattgttccatttaa
ttaaacacatatgtactgaaatgcttttcttatgttttgacttaggctca
gcaccatgagtaaaatccaaaaatgttttgtgcttttgaggatgacattc
ttggatagtgccttcaaggaagaaaaaagaggggtttggatacgtacaca
tataacccaaggtaaatgtctcaaaagtgttacagacacttagcagtgct
catcccaaagtgagctgcttgcactggaactaatacggatggttactaaa
ctgcagatcctcacaacccttcataagcctaataaaccaatttctctgag
catggggttaagaattcagataaagttagacgattctccattgaaaatcc
ctctataaggaatgaataaaatctaaaacttctttcagtacccacaatgc
cttatctcatcccacaccgtctactttctcaaatgccttgatttatgtag
cacaggtcttctactactgtcctccaacacacatatcttgcttcacaatt
agccattggttcattctttgaggtgctcacaggactgatggtttctccat
cgtttactggctacttcaccagctttctcccctggacatttccttggatg
ttccaactcctagtgccatcctactgataccaaacactctccatctcact
aatctgaattatcctagtcgtagtattgttaatttgatattgatattata
aagggtactacatattgaccagcttaagactataaaatggatggttttac
aattctgggatttcaaaaatccaggtaccttactcagctagaatctgcaa
atcaatagtcaagcactgttgtctttcccccaagctttagaggagactct
actattttctcctatctcatgaccatctgtagttccttagatcttgaccc
cagttcctacattctgaaatctcaagcaaatttaa

gaattctgagttttctattcttatttctagatggtgggagaagaaatgac
atctgtcgtgttctgtgagagctgcagtatgtagaacagggcacccaaag
gatctgcaaccatgcaatgatttaaaaaaaatagtgcagcgactccacag
catgatgcaaaagcacagaaaatgtagaagaagatgcagcccaaacattg
cctctgataattggtcatctacatcattgtgtaacctagaggtcaaaacg
gctttggcaaagctctgttttcaaaaatatttacatataattcgtgacag
tagccaaattacagttatgaagtagtaacaaaaataattctatgtatagt
cccacaacacaaggaattgaattaagagactgcagcattgggaaggttga
gaaccactggctaacccaaagtaaagcccagaggacaaaacatttcaggt
gctgtggtccataatattcagcctacagggcacagggaaatagagggtgt
taataatcaaggaatgtcagtggagaattggctttctgatggacactatg
aagaatttaatctgcccagtgttcagtagaaggatccatgccactgatgg
tatgaaaataatccagacaacatagacttccatagtctatggacatagac
ttacataaggtgaaattgtcagttaatacaggagcatgatagtcatccta
gaaatgcatgtcaacatctgagattccattgcattctggtcagaataacc
atcactaaaacaaaccaacaacgtggggtgaggatgtggaataaacagat
cccctgtttactgctgtggcaatatcaatagggctgctaccacgggaatt
cagaatggaggctcctcagaacctaaaactaaaactttcatatgatccaa
gcataccacttctagatatatacgcaaaatatcagctacttcatataata
atacatagtgcctgcataccaaacaaattatcagaaaacgaattctcaaa
ttatggagtttgggccttgcctccatgccccaatcagcaatgaaatggat
aaagaataatgcagttaggtatgccattggtgggtgttttacttcagcct
tgaagtcagccaaacaaaggtttccaatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_40995280_40996410
seq2: B6Ng01-282C03.b_44_1178 (reverse)

seq1  TTAATTTTGC-TGAGATTTCAG-ATGTAGGAACTGGGGTCAAGATCTAAG  48
      |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTGCTTGAGATTTCAGAATGTAGGAACTGGGGTCAAGATCTAAG  50

seq1  G-ACTACAGATGGTCATGAGATAGGAGAAAATAGTAGAGTCTCCTCTAAA  97
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTACAGATGGTCATGAGATAGGAGAAAATAGTAGAGTCTCCTCTAAA  100

seq1  GCCTTGGGGGAAAGAC-ACAGTGCTTGACTATTGATTTGCAGATTCTAGC  146
      | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-CTTGGGGGAAAGACAACAGTGCTTGACTATTGATTTGCAGATTCTAGC  149

seq1  TGAGTAAGGTACCTGGATTTTTGAAAT-CCAGAATTGTAAAACCATCCAT  195
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAAGGTACCTGGATTTTTGAAATCCCAGAATTGTAAAACCATCCAT  199

seq1  TTTATAGTCTTAAGCTGGTCAATATGTAGTACCCTTTATAATATCAATAT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGTCTTAAGCTGGTCAATATGTAGTACCCTTTATAATATCAATAT  249

seq1  CAAATTAACAATACTACGACTAGGATAATTCAGATTAGTGAGATGGAGAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTAACAATACTACGACTAGGATAATTCAGATTAGTGAGATGGAGAG  299

seq1  TGTTTGGTATCAGTAGGATGGCACTAGGAGTTGGAACATCCAAGGAAATG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGTATCAGTAGGATGGCACTAGGAGTTGGAACATCCAAGGAAATG  349

seq1  TCCAGGGGAGAAAGCTGGTGAAGTAGCCAGTAAACGATGGAGAAACCATC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGGAGAAAGCTGGTGAAGTAGCCAGTAAACGATGGAGAAACCATC  399

seq1  AGTCCTGTGAGCACCTCAAAGAATGAACCAATGGCTAATTGTGAAGCAAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGTGAGCACCTCAAAGAATGAACCAATGGCTAATTGTGAAGCAAG  449

seq1  ATATGTGTGTTGGAGGACAGTAGTAGAAGACCTGTGCTACATAAATCAAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGTGTTGGAGGACAGTAGTAGAAGACCTGTGCTACATAAATCAAG  499

seq1  GCATTTGAGAAAGTAGACGGTGTGGGATGAGATAAGGCATTGTGGGTACT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGAGAAAGTAGACGGTGTGGGATGAGATAAGGCATTGTGGGTACT  549

seq1  GAAAGAAGTTTTAGATTTTATTCATTCCTTATAGAGGGATTTTCAATGGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAGTTTTAGATTTTATTCATTCCTTATAGAGGGATTTTCAATGGA  599

seq1  GAATCGTCTAACTTTATCTGAATTCTTAACCCCATGCTCAGAGAAATTGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCGTCTAACTTTATCTGAATTCTTAACCCCATGCTCAGAGAAATTGG  649

seq1  TTTATTAGGCTTATGAAGGGTTGTGAGGATCTGCAGTTTAGTAACCATCC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAGGCTTATGAAGGGTTGTGAGGATCTGCAGTTTAGTAACCATCC  699

seq1  GTATTAGTTCCAGTGCAAGCAGCTCACTTTGGGATGAGCACTGCTAAGTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAGTTCCAGTGCAAGCAGCTCACTTTGGGATGAGCACTGCTAAGTG  749

seq1  TCTGTAACACTTTTGAGACATTTACCTTGGGTTATATGTGTACGTATCCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAACACTTTTGAGACATTTACCTTGGGTTATATGTGTACGTATCCA  799

seq1  AACCCCTCTTTTTTCTTCCTTGAAGGCACTATCCAAGAATGTCATCCTCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCTCTTTTTTCTTCCTTGAAGGCACTATCCAAGAATGTCATCCTCA  849

seq1  AAAGCACAAAACATTTTTGGATTTTACTCATGGTGCTGAGCCTAAGTCAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACAAAACATTTTTGGATTTTACTCATGGTGCTGAGCCTAAGTCAA  899

seq1  AACATAAGAAAAGCATTTCAGTACATATGTGTTTAATTAAATGGAACAAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAAGAAAAGCATTTCAGTACATATGTGTTTAATTAAATGGAACAAT  949

seq1  AATGGTGCAATGTAAATTCTAGGTCATCACTTTTCCATGCTAAATATATA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGCAATGTAAATTCTAGGTCATCACTTTTCCATGCTAAATATATA  999

seq1  TGTGTATGTATTAGATCTGTATGTTTAATGGTGCTGTGGAATTTTATATG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGTATTAGATCTGTATGTTTAATGGTGCTGTGGAATTTTATATG  1049

seq1  TTCATATCTTCTCACCATGTCTTTTAGTATGATATTTTCAGAATCAACAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATCTTCTCACCATGTCTTTTAGTATGATATTTTCAGAATCAACAG  1099

seq1  AAAGAAAATCTCATTCTTTGAGAAACAAATGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAATCTCATTCTTTGAGAAACAAATGAATTC  1135


seq1: chr18_40893234_40894347
seq2: B6Ng01-282C03.g_68_1197

seq1  GAATTCTGAGTTTTCTATTCTTATTTCTAGATGGTGGGAGAAGAAATGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGTTTTCTATTCTTATTTCTAGATGGTGGGAGAAGAAATGAC  50

seq1  ATCTGTCGTGTTCTGTGAGAGCTGCAGTATGTAGAACAGGGCACCCAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTCGTGTTCTGTGAGAGCTGCAGTATGTAGAACAGGGCACCCAAAG  100

seq1  GATCTGCAACCATGCAATGATTTAAAAAAAATAGTGCAGCGACTCCACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGCAACCATGCAATGATTTAAAAAAAATAGTGCAGCGACTCCACAG  150

seq1  CATGATGCAAAAGCACAGAAAATGTAGAAGAAGATGCAGCCCAAACATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGCAAAAGCACAGAAAATGTAGAAGAAGATGCAGCCCAAACATTG  200

seq1  CCTCTGATAATTGGTCATCTACATCATTGTGTAACCTAGAGGTCAAAACG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGATAATTGGTCATCTACATCATTGTGTAACCTAGAGGTCAAAACG  250

seq1  GCTTTGGCAAAGCTCTGTTTTCAAAAATATTTACATATAATTCGTGACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGGCAAAGCTCTGTTTTCAAAAATATTTACATATAATTCGTGACAG  300

seq1  TAGCCAAATTACAGTTATGAAGTAGTAACAAAAATAATTCTATGTATAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAAATTACAGTTATGAAGTAGTAACAAAAATAATTCTATGTATAGT  350

seq1  CCCACAACACAAGGAATTGAATTAAGAGACTGCAGCATTGGGAAGGTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAACACAAGGAATTGAATTAAGAGACTGCAGCATTGGGAAGGTTGA  400

seq1  GAACCACTGGCTAACCCAAAGTAAAGCCCAGAGGACAAAACATTTCAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACTGGCTAACCCAAAGTAAAGCCCAGAGGACAAAACATTTCAGGT  450

seq1  GCTGTGGTCCATAATATTCAGCCTACAGGGCACAGGGAAATAGAGGGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGTCCATAATATTCAGCCTACAGGGCACAGGGAAATAGAGGGTGT  500

seq1  TAATAATCAAGGAATGTCAGTGGAGAATTGGCTTTCTGATGGACACTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATCAAGGAATGTCAGTGGAGAATTGGCTTTCTGATGGACACTATG  550

seq1  AAGAATTTAATCTGCCCAGTGTTCAGTAGAAGGATCCATGCCACTGATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTTAATCTGCCCAGTGTTCAGTAGAAGGATCCATGCCACTGATGG  600

seq1  TATGAAAATAATCCAGACAACATAGACTTCCATAGTCTATGGACATAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAATAATCCAGACAACATAGACTTCCATAGTCTATGGACATAGAC  650

seq1  TTACATAAGGTGAAATTGTCAGTTAATACAGGAGCATGATAGTCATCCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATAAGGTGAAATTGTCAGTTAATACAGGAGCATGATAGTCATCCTA  700

seq1  GAAATGCATGTCAACATCTGAGATTCCATTGCATTCTGGTCAGAATAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCATGTCAACATCTGAGATTCCATTGCATTCTGGTCAGAATAACC  750

seq1  ATCACTAAAACAAACCAACAACGTGGGGTGAGGATGTGGAATAAACAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTAAAACAAACCAACAACGTGGGGTGAGGATGTGGAATAAACAGAT  800

seq1  CCCCTGTTTACTGCTGTGGCAATATCAATAGGGCTGCTACCACGGGAATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGTTTACTGCTGTGGCAATATCAATAGGGCTGCTACCACGGGAATT  850

seq1  CAGAATGGAGGCTCCTCAGAACCTAAAACTAAAACTTTCATATGATCCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGGAGGCTCCTCAGAACCTAAAACTAAAACTTTCATATGATCCAA  900

seq1  GCATACCACTTCTAGATATATACGCAAAATAATCAGCTACTTCATATAAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCATACCACTTCTAGATATATACGCAAAAT-ATCAGCTACTTCATATAAT  949

seq1  AATACATAGTGCCTGCATACCAA--CAATTATCAG-AAACGAA-TCTCAA  996
      |||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||| ||||||
seq2  AATACATAGTGCCTGCATACCAAACAAATTATCAGAAAACGAATTCTCAA  999

seq1  ATTATGGAGTT--GGGCTTGCCTCCATGCCC--ATCAGCAATG-AATGGA  1041
      |||||||||||  || |||||||||||||||  |||||||||| ||||||
seq2  ATTATGGAGTTTGGGCCTTGCCTCCATGCCCCAATCAGCAATGAAATGGA  1049

seq1  TAAAGAA-AATGCAG-TAGGTATGC--ATGGT-GGTG-TTTAC-TCAGCC  1084
      ||||||| ||||||| |||||||||   |||| |||| ||||| ||||||
seq2  TAAAGAATAATGCAGTTAGGTATGCCATTGGTGGGTGTTTTACTTCAGCC  1099

seq1  CTGAAGTCAG-CAAACAAATGTTTCAAATGT  1114
       ||||||||| |||||||| ||||| |||||
seq2  TTGAAGTCAGCCAAACAAAGGTTTCCAATGT  1130


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |