BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283A17
Chromosome18 (Build37)
Map Location 69,502,669 - 69,648,846
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTcf4
Upstream geneMc2r, LOC100043380, EG225681
Downstream geneCcdc68, Rab27b, 2310002L13Rik, 4930503L19Rik, Stard6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283A17.bB6Ng01-283A17.g
ACCGA082104GA082105
length1,1601,108
definitionB6Ng01-283A17.b B6Ng01-283A17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,647,676 - 69,648,846)(69,502,669 - 69,503,792)
sequence
gaattctctttcagcaatctgttgaaaaaccacaaacacaagccgacctc
tcccaactgatcaccttttaaatatcctcatcaaaaattacaaagaagcc
tgacacgtctctgatgaacttaaaccaaactctaacactttcccctcaaa
tgtggtcttcttgctacctacccccaaaatacatgagacatcttgaatga
ctaaaaactatagatgggtaaatataaacggtcctaataagtacaagtta
tcaataaatctctgttcggtcaccaactgaacgtactaatcaatactaaa
ctgaacaactgaacaagactaaaaatgaccacactatttttaatagccat
tgattagctcaagatcatggcaaaaattatgtctgtatccatcctgggac
acacataccttgggcccattttaaagcaactagcaacactactgtcattc
atgtctagtgtctgaaaacaagcatcacaggaaggagcgggccttgtcgt
caggtgtcctggtgtcatttcagggcctgcccttgaggaatgaatgacaa
tattgaacccagacggcatgagtggttggtcatgagcggaatctcttgtc
tacctagaacccctcctaacaccatgcatctcccagtgctcttgagagat
ggccgtgccttcctcttacttctaacacctcggatgtggttccttcatca
ctccttggtccatttgtctctccatgctcttccacatcagagtttcaaca
tcaactgcctggatttcctccgtgagacctccatcctgcagtaaggcgtg
tactggacacacagcacttgtatgataagcactcaggaacgggattcatg
agtgacttaaagactgaatgctaactgttggtggtatttacctccatcca
gaggagcaacgctaatcggtgtgtgatacaagtcaataagctcacaacat
gatttaaaaaccaaccgagcaatgcagtgctgacccttcatacttaccgg
cattcatgggccattaacagtgggataggcctccaaacaaaactttacta
atcagatctgtgattagtaaagaaaagctatgttattaattgaattgtat
atcctgagaaatatttacatgattactggctccactacctttagtcatga
actgaagagc

gaattcaggagggggaatcttacaaacctaaaagctaaaagggattttta
tgggattatctaatctagcctctgcattttatggcaaaggtcactggcat
ggagtctgaggtcacagtgctgattggaggtagagccaatggaatatttt
ttcctacgccaatgcttgtgatcttttcattacagtgatttttttccccc
cagagcctgtcgagggcttactctgagaaccagagataatgtctgtgata
atgcactataaagaggtggctaaatgtaaaatattattttaggatgaaaa
tgtggaatgggggataaaacactggagtcctcatgatgtgtgaaatagcc
cataaatgtcccaattcttgtcctgtaaaaactctcaagtaaaacatctc
aattctgtcatgggccacgagttaaaatcagaagatagagatgaggacgt
tctcactgccagatggcttgggaacatgggtgaaggtggactctggtcac
atactgtctttcaaggtgggctctgtcacttactatagagagtagtttta
gttaggcaaattcgtgctgtttaacgaacttgggctgtgggtcaggatct
gtgatatttcacttgcttctgttgcggtgtaggtcaagtaaggatgtgaa
tggtactctaccttcaaggccagcatcaatatggcctacatttgtgaaat
tcttagaacactgtctggatcagaataagctttctgttgggggacccgga
cactattttttggatacgtgagttatctacaattgcaaatgtctaggtta
ggggtatcagtgagtcagtaagaaattagggatggaagcggtatatttct
atagtagtagcctcacctgtatgcgtatcatataggtatctcaaagtccc
attgctattttgttgaggagaaacagggttgaaaggtaattgtttggccc
aaattggaagttcctggtttttgggtcagagccatacgagtctacatcaa
taaggtagacttttgcactaaccaagtctcacactcccaggagcttaata
aaagacgggtggacgaaggtaaggaggacctctactcttccagctcaggg
tcagcttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_69647676_69648846
seq2: B6Ng01-283A17.b_42_1201 (reverse)

seq1  GCTCTTCATTTTAATGACTAAA-GTAGTTGGAG-CAGTAATCATGGTAAA  48
      ||||||||  || ||||||||| |||| ||||| |||||||||| |||||
seq2  GCTCTTCA-GTTCATGACTAAAGGTAG-TGGAGCCAGTAATCAT-GTAAA  47

seq1  ATTATTTCTCAGGATATTAACAA-TCATTTATTAACCATAGC-TTTCTTT  96
        |||||||||||||||  |||| ||| ||| ||| |||||| |||||||
seq2  --TATTTCTCAGGATAT--ACAATTCAATTAATAA-CATAGCTTTTCTTT  92

seq1  ACTAATCACAGAATCCTGATTAGTAAAGTTTTGTTTGGAGGCCTATCCCA  146
      ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATCACAGA--TCTGATTAGTAAAGTTTTGTTTGGAGGCCTATCCCA  140

seq1  CTGTTAATGGCCCATGAATGCCGGTAAGTTATGGAAAGGGTCAGCACTGC  196
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||
seq2  CTGTTAATGGCCCATGAATGCCGGTAAG-TATG--AAGGGTCAGCACTGC  187

seq1  ATTGCTCGGTTGGTTTTTAAATCATTGTTTGTGAGCTTATTGACTTGTAT  246
      |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTCGGTTGGTTTTTAAATCAT--GTTGTGAGCTTATTGACTTGTAT  235

seq1  CACACACCGATTAGCGTTGCTCCTCTGGATGGAGGTAAATACCACCAACA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACCGATTAGCGTTGCTCCTCTGGATGGAGGTAAATACCACCAACA  285

seq1  GTTAGCATTCAGTCTTTAAGTCACTCATGAATCCCGTTCCTGAGTGCTTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCATTCAGTCTTTAAGTCACTCATGAATCCCGTTCCTGAGTGCTTA  335

seq1  TCATACAAGTGCTGTGTGTCCAGTACACGCCTTACTGCAGGATGGAGGTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACAAGTGCTGTGTGTCCAGTACACGCCTTACTGCAGGATGGAGGTC  385

seq1  TCACGGAGGAAATCCAGGCAGTTGATGTTGAAACTCTGATGTGGAAGAGC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGGAGGAAATCCAGGCAGTTGATGTTGAAACTCTGATGTGGAAGAGC  435

seq1  ATGGAGAGACAAATGGACCAAGGAGTGATGAAGGAACCACATCCGAGGTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAGACAAATGGACCAAGGAGTGATGAAGGAACCACATCCGAGGTG  485

seq1  TTAGAAGTAAGAGGAAGGCACGGCCATCTCTCAAGAGCACTGGGAGATGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGTAAGAGGAAGGCACGGCCATCTCTCAAGAGCACTGGGAGATGC  535

seq1  ATGGTGTTAGGAGGGGTTCTAGGTAGACAAGAGATTCCGCTCATGACCAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTTAGGAGGGGTTCTAGGTAGACAAGAGATTCCGCTCATGACCAA  585

seq1  CCACTCATGCCGTCTGGGTTCAATATTGTCATTCATTCCTCAAGGGCAGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCATGCCGTCTGGGTTCAATATTGTCATTCATTCCTCAAGGGCAGG  635

seq1  CCCTGAAATGACACCAGGACACCTGACGACAAGGCCCGCTCCTTCCTGTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAAATGACACCAGGACACCTGACGACAAGGCCCGCTCCTTCCTGTG  685

seq1  ATGCTTGTTTTCAGACACTAGACATGAATGACAGTAGTGTTGCTAGTTGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGTTTTCAGACACTAGACATGAATGACAGTAGTGTTGCTAGTTGC  735

seq1  TTTAAAATGGGCCCAAGGTATGTGTGTCCCAGGATGGATACAGACATAAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATGGGCCCAAGGTATGTGTGTCCCAGGATGGATACAGACATAAT  785

seq1  TTTTGCCATGATCTTGAGCTAATCAATGGCTATTAAAAATAGTGTGGTCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCATGATCTTGAGCTAATCAATGGCTATTAAAAATAGTGTGGTCA  835

seq1  TTTTTAGTCTTGTTCAGTTGTTCAGTTTAGTATTGATTAGTACGTTCAGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGTCTTGTTCAGTTGTTCAGTTTAGTATTGATTAGTACGTTCAGT  885

seq1  TGGTGACCGAACAGAGATTTATTGATAACTTGTACTTATTAGGACCGTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGACCGAACAGAGATTTATTGATAACTTGTACTTATTAGGACCGTTT  935

seq1  ATATTTACCCATCTATAGTTTTTAGTCATTCAAGATGTCTCATGTATTTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTACCCATCTATAGTTTTTAGTCATTCAAGATGTCTCATGTATTTT  985

seq1  GGGGGTAGGTAGCAAGAAGACCACATTTGAGGGGAAAGTGTTAGAGTTTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTAGGTAGCAAGAAGACCACATTTGAGGGGAAAGTGTTAGAGTTTG  1035

seq1  GTTTAAGTTCATCAGAGACGTGTCAGGCTTCTTTGTAATTTTTGATGAGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAGTTCATCAGAGACGTGTCAGGCTTCTTTGTAATTTTTGATGAGG  1085

seq1  ATATTTAAAAGGTGATCAGTTGGGAGAGGTCGGCTTGTGTTTGTGGTTTT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAAAAGGTGATCAGTTGGGAGAGGTCGGCTTGTGTTTGTGGTTTT  1135

seq1  TCAACAGATTGCTGAAAGAGAATTC  1171
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAGATTGCTGAAAGAGAATTC  1160


seq1: chr18_69502669_69503792
seq2: B6Ng01-283A17.g_64_1171

seq1  GAATTCAGGAGGGGGAATCTTACAAACCTAAAAGCTAAAAGGGATTTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGAGGGGGAATCTTACAAACCTAAAAGCTAAAAGGGATTTTTA  50

seq1  TGGGATTATCTAATCTAGCCTCTGCATTTTATGGCAAAGGTCACTGGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTATCTAATCTAGCCTCTGCATTTTATGGCAAAGGTCACTGGCAT  100

seq1  GGAGTCTGAGGTCACAGTGCTGATTGGAGGTAGAGCCAATGGAATATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTGAGGTCACAGTGCTGATTGGAGGTAGAGCCAATGGAATATTTT  150

seq1  TTCCTACGCCAATGCTTGTGATCTTTTCATTACAGTGATTTTTTTCCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTACGCCAATGCTTGTGATCTTTTCATTACAGTGATTTTTTTCCCCC  200

seq1  CAGAGCCTGTCGAGGGCTTACTCTGAGAACCAGAGATAATGTCTGTGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCTGTCGAGGGCTTACTCTGAGAACCAGAGATAATGTCTGTGATA  250

seq1  ATGCACTATAAAGAGGTGGCTAAATGTAAAATATTATTTTAGGATGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTATAAAGAGGTGGCTAAATGTAAAATATTATTTTAGGATGAAAA  300

seq1  TGTGGAATGGGGGATAAAACACTGGAGTCCTCATGATGTGTGAAATAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAATGGGGGATAAAACACTGGAGTCCTCATGATGTGTGAAATAGCC  350

seq1  CATAAATGTCCCAATTCTTGTCCTGTAAAAACTCTCAAGTAAAACATCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAATGTCCCAATTCTTGTCCTGTAAAAACTCTCAAGTAAAACATCTC  400

seq1  AATTCTGTCATGGGCCACGAGTTAAAATCAGAAGATAGAGATGAGGACGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGTCATGGGCCACGAGTTAAAATCAGAAGATAGAGATGAGGACGT  450

seq1  TCTCACTGCCAGATGGCTTGGGAACATGGGTGAAGGTGGACTCTGGTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTGCCAGATGGCTTGGGAACATGGGTGAAGGTGGACTCTGGTCAC  500

seq1  ATACTGTCTTTCAAGGTGGGCTCTGTCACTTACTATAGAGAGTAGTTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGTCTTTCAAGGTGGGCTCTGTCACTTACTATAGAGAGTAGTTTTA  550

seq1  GTTAGGCAAATTCGTGCTGTTTAACGAACTTGGGCTGTGGGTCAGGATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGCAAATTCGTGCTGTTTAACGAACTTGGGCTGTGGGTCAGGATCT  600

seq1  GTGATATTTCACTTGCTTCTGTTGCGGTGTAGGTCAAGTAAGGATGTGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATATTTCACTTGCTTCTGTTGCGGTGTAGGTCAAGTAAGGATGTGAA  650

seq1  TGGTACTCTACCTTCAAGGCCAGCATCAATATGGCCTACATTTGTGAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACTCTACCTTCAAGGCCAGCATCAATATGGCCTACATTTGTGAAAT  700

seq1  TCTTAGAACACTGTCTGGATCAGAATAAGCTTTCTGTTGGGGGACCCGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGAACACTGTCTGGATCAGAATAAGCTTTCTGTTGGGGGACCCGGA  750

seq1  CACTATTTTTTGGATACGTGAGTTATCTACAATTGCAAATGTCTAGGTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTTTTTGGATACGTGAGTTATCTACAATTGCAAATGTCTAGGTTA  800

seq1  GGGGTATCAGTGAGTCAGTAAGAAATTAGGGATGGAAGCGGTATATTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTATCAGTGAGTCAGTAAGAAATTAGGGATGGAAGCGGTATATTTCT  850

seq1  ATAGTAGTAGCCTCACCTGTATGCGTATCATATAGGTATCTCAAAGTCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAGTAGCCTCACCTGTATGCGTATCATATAGGTATCTCAAAGTCCC  900

seq1  ATTGCTATTTTGTTGAGGAGAAAACAGGTTTGAAAAGGTAATTGTTTGGC  950
      |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  ATTGCTATTTTGTTGAGGAG-AAACAGGGTTG-AAAGGTAATTGTTTGGC  948

seq1  CCAAATTGGAAGTTCCTGGTTTTTGGTTCAAGAGCCATACGAGTCTTACA  1000
      |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||
seq2  CCAAATTGGAAGTTCCTGGTTTTTGGGTC-AGAGCCATACGAGTC-TACA  996

seq1  TCAATAAAGGTAGACTTTTGCACTAACCAAGTTCTCACACTCCCGGGAGC  1050
      ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  TCAAT-AAGGTAGACTTTTGCACTAACCAAG-TCTCACACTCCCAGGAGC  1044

seq1  TT-ATAAAAGAAGGGGTGGGACCGAGAGGGAGAGGGGAGGGACCCTCCTA  1099
      || |||||||| |||   ||||   || ||  |||    |||||   |||
seq2  TTAATAAAAGACGGG--TGGAC---GAAGGTAAGG---AGGACC--TCTA  1084

seq1  CTCTTCCAGCTCAGGGTCACGCTTG  1124
      ||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTCTTCCAGCTCAGGGTCA-GCTTG  1108


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |