BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290A20
Chromosome18 (Build37)
Map Location 78,322,864 - 78,454,701
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc14a2
Upstream genePias2, EG639653, St8sia5, Loxhd1, Rnf165, 8030462N17Rik, 4930465K10Rik, Ccdc5, Atp5a1, Pstpip2, 5430411K18Rik, Cd33l3, Slc14a1
Downstream geneEG620155, Setbp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290A20.bB6Ng01-290A20.g
ACCGA087288GA087289
length1,1481,105
definitionB6Ng01-290A20.b B6Ng01-290A20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,322,864 - 78,324,001)(78,453,586 - 78,454,701)
sequence
gaattctcagcaacttgaaaccatctctacctatcccttgctggtcaggt
aaaatacaggcgagtccagaaactgctctggtattgtcttctaaatgctt
cctgggtgagggcccacactcctgcaatcacagcacatgggacgttgagg
caggaagactgtgagtttgaggccagcctggttacacagtgagattctat
cccaaacactccagcctttcaaatactgtccagtcccactcggtctggat
ggggctggacaacaagattaggatccagcaattctctttactcatgacga
atctctctctttccagaatgattttgggaaagtttattagatatctaatg
tgagaggagggaaggactgggtagcaaaatggaaagaggagaaagcaaaa
actggctagggactgtataacatttccctatgttatatcgtgtttacaca
tttcaaatactcatttggctcagaactaatctgacactattctctttcag
tcactgcttgacatggacccttctacatgcagttaactgtggaaatacga
atatgtagcacggctgtggccacagagagattctatagagaatgcctcta
tagtctcgtctgcatctgagcaccactgtcctgaagggcagggaaggaca
ttacttctgcttctttctccccctcaccgcacagcaagagaaacaaagac
tgcagtggaatattcctttgcagcatgctctgatccgaggatatttgggc
ttcgtaaacagtcaggtaaaaaggcatcagatgagagttaaatcgattac
tgacccagaacaccacgtgcactccctttgtggaaggtgttctctagacg
tggtgctttggggccagcagttcatagtgcaaaggtctcacagaggctac
tattgcctgcctgtccctgcccctgttaggggagcatgcttggtggcagg
ggtgtgggtgacctgcagtctttcctcttcagtacagtacagtatacagg
acagtagttagctccagtgagcacagaagcccaacctattaggagctctc
agttcaccccacaacctttttgtcagaacacacacaagtcagcattacat
ttacactttgaacagaagttgagacctcaggcatcttttagcctagtg
gaattcattcatgtaagtgtgtggcatgttatatatacatatatgtaccc
tgtacaagtgtacatacatatatgttgtctgcacttgtgcatgtatgggg
aagagaattaagggatgagtatgacatctgcagtagaaatgccctagtgt
aacagtggtcatcagcctgacagacaggcgggatgctgaagcccagaaag
gtgaggaagttcgcccattccccatttgctcaggggcagagctcaagtgg
ctccctgagccaggggttctcaacctgtgggtcacgacattcacaggggc
tgcatatcaggtgtcctgcatgtcggatatttacatcctgattcatacca
gtagcaaaattacagttatgaagtagcaacaaaataattttatggcaggc
tggggatcagcacagtctacggagctgtattaacgggtggcagcatcagg
gaggttgggaaccactgctctacacactcggacagcatgctccacacacc
gtatgtgtctgttcccgcatacagacgacttctggttgccttccagggct
gtatcagcataccctgactatttgtccccacacagagccaaagaacctga
ggaatagcctctccactccttcagaaaggtcgcttggctcagccagctat
gatcctttcctgagccttgtatcccaaccccttagctccagcgctgtccc
cattaaaaagtcacaaagtactagagaatcaggtagggagaggagggaag
aaaactgtgtactttgcttcgtggccatctgaattgtgcttgctgatgga
aattgggggttgtttgagtcttgtctgttgcagaaataagaactctagat
gatttatgcttgcttgggtaaaggacatatgtacaataactgtccagatt
ttaataaaaaaaaaaaggggggggatagtcaaaatatatgtcctatcctg
gatgctcagcagtgccaactctaaatgtccactcttcagatcagtctatt
cattgcaagcacactaagcttctggagtatagggttgacatagctgggga
atatcagagtagaccagattcgaatagttctattcaactgcatgcctacc
ttcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_78322864_78324001
seq2: B6Ng01-290A20.b_46_1193

seq1  GAATTCTCAGCAACTTGAAACCATCTCTACCTATCCCTTGCTGGTCAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCAACTTGAAACCATCTCTACCTATCCCTTGCTGGTCAGGT  50

seq1  AAAATACAGGCGAGTCCAGAAACTGCTCTGGTATTGTCTTCTAAATGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACAGGCGAGTCCAGAAACTGCTCTGGTATTGTCTTCTAAATGCTT  100

seq1  CCTGGGTGAGGGCCCACACTCCTGCAATCACAGCACATGGGACGTTGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTGAGGGCCCACACTCCTGCAATCACAGCACATGGGACGTTGAGG  150

seq1  CAGGAAGACTGTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTTACACAGTGAGATTCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGACTGTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTTACACAGTGAGATTCTAT  200

seq1  CCCAAACACTCCAGCCTTTCAAATACTGTCCAGTCCCACTCGGTCTGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAACACTCCAGCCTTTCAAATACTGTCCAGTCCCACTCGGTCTGGAT  250

seq1  GGGGCTGGACAACAAGATTAGGATCCAGCAATTCTCTTTACTCATGACGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTGGACAACAAGATTAGGATCCAGCAATTCTCTTTACTCATGACGA  300

seq1  ATCTCTCTCTTTCCAGAATGATTTTGGGAAAGTTTATTAGATATCTAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCTCTTTCCAGAATGATTTTGGGAAAGTTTATTAGATATCTAATG  350

seq1  TGAGAGGAGGGAAGGACTGGGTAGCAAAATGGAAAGAGGAGAAAGCAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGAGGGAAGGACTGGGTAGCAAAATGGAAAGAGGAGAAAGCAAAA  400

seq1  ACTGGCTAGGGACTGTATAACATTTCCCTATGTTATATCGTGTTTACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCTAGGGACTGTATAACATTTCCCTATGTTATATCGTGTTTACACA  450

seq1  TTTCAAATACTCATTTGGCTCAGAACTAATCTGACACTATTCTCTTTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAATACTCATTTGGCTCAGAACTAATCTGACACTATTCTCTTTCAG  500

seq1  TCACTGCTTGACATGGACCCTTCTACATGCAGTTAACTGTGGAAATACGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCTTGACATGGACCCTTCTACATGCAGTTAACTGTGGAAATACGA  550

seq1  ATATGTAGCACGGCTGTGGCCACAGAGAGATTCTATAGAGAATGCCTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAGCACGGCTGTGGCCACAGAGAGATTCTATAGAGAATGCCTCTA  600

seq1  TAGTCTCGTCTGCATCTGAGCACCACTGTCCTGAAGGGCAGGGAAGGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTCGTCTGCATCTGAGCACCACTGTCCTGAAGGGCAGGGAAGGACA  650

seq1  TTACTTCTGCTTCTTTCTCCCCCTCACCGCACAGCAAGAGAAACAAAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCTGCTTCTTTCTCCCCCTCACCGCACAGCAAGAGAAACAAAGAC  700

seq1  TGCAGTGGAATATTCCTTTGCAGCATGCTCTGATCCGAGGATATTTGGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGGAATATTCCTTTGCAGCATGCTCTGATCCGAGGATATTTGGGC  750

seq1  TTCGTAAACAGTCAGGTAAAAAGGCATCAGATGAGAGTTAAATCGATTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTAAACAGTCAGGTAAAAAGGCATCAGATGAGAGTTAAATCGATTAC  800

seq1  TGACCCAGAACACCACGTGCACTCCCTTTGTGGAAGGTGTTCTCTAGACG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCAGAACACCACGTGCACTCCCTTTGTGGAAGGTGTTCTCTAGACG  850

seq1  TGGTGCTTTGGGGCCAGCAGGTTCATAGTGCAAAGGTCTCACAGAGGCTA  900
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTTTGGGGCCAGCA-GTTCATAGTGCAAAGGTCTCACAGAGGCTA  899

seq1  CTATTGCCTGCCTGTCCCTGCCCCTGTTAGGGGAGCATGC-TGGTGGCAG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTATTGCCTGCCTGTCCCTGCCCCTGTTAGGGGAGCATGCTTGGTGGCAG  949

seq1  GGGTGTGGGTGGACCTGCAGGTCTTTCCTCTTCAGTACAGTACAGTATAC  999
      |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGGGT-GACCTGCA-GTCTTTCCTCTTCAGTACAGTACAGTATAC  997

seq1  AGGACAGTAGTTAGCTCCAGTGAGCACAGA--GCCAAACTATAAGGAGC-  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||| |||||| 
seq2  AGGACAGTAGTTAGCTCCAGTGAGCACAGAAGCCCAACCTATTAGGAGCT  1047

seq1  CTCAGTTTCACCCACAAC--TTTTGTCAG-ACACACACAAG-CAGCATTT  1092
      |||||||   ||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||| ||
seq2  CTCAGTTCACCCCACAACCTTTTTGTCAGAACACACACAAGTCAGCA-TT  1096

seq1  ACA-TTACAACTTGACCAGA--GTAAGA-CTCAGGCATC-TTTAG-CTAG  1136
      ||| |||||  |||| ||||   | ||| |||||||||| ||||| ||||
seq2  ACATTTACACTTTGAACAGAAGTTGAGACCTCAGGCATCTTTTAGCCTAG  1146

seq1  TG  1138
      ||
seq2  TG  1148

seq1: chr18_78453586_78454701
seq2: B6Ng01-290A20.g_63_1167 (reverse)

seq1  TGGAAGGTA-GCATACAATTTTGATTTAGAACTATCTGAATCTGTGGCCC  49
      ||||||||| |||| ||   ||||  |||||||||  |||||  ||| | 
seq2  TGGAAGGTAGGCATGCA--GTTGA-ATAGAACTATTCGAATC--TGGTC-  44

seq1  TAACTCTGATA-TCCCCAGCTATGTCAAACCCTATAACTCCAGAAAGCTT  98
        ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| |
seq2  -TACTCTGATATTCCCCAGCTATGTC-AACCCTAT-ACTCCAG-AAGC-T  89

seq1  TAGTGTGCTTGCCAATGGAATAGACCTGATCTGAAGAGT-GACATTTTAG  147
      ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||| |||| |||||
seq2  TAGTGTGCTTG-CAAT-GAATAGA-CTGATCTGAAGAGTGGACA-TTTAG  135

seq1  AGTTGGCACTGCTGAGCATCCAGGATAGGACATATATTTTGACTATCCCC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGCACTGCTGAGCATCCAGGATAGGACATATATTTTGACTATCCCC  185

seq1  CCCCTTTTTTTTTTTATTAAAATCTGGACAGTTATTGTACATATGTCC-T  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCCCTTTTTTTTTTTATTAAAATCTGGACAGTTATTGTACATATGTCCTT  235

seq1  TACCCAAGCAAGCATAAATCATCTAGAGTTCTTATTTCTGCAACAGACAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAAGCAAGCATAAATCATCTAGAGTTCTTATTTCTGCAACAGACAA  285

seq1  GACTCAAACAACCCCCAATTTCCATCAGCAAGCACAATTCAGATGGCCAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAAACAACCCCCAATTTCCATCAGCAAGCACAATTCAGATGGCCAC  335

seq1  GAAGCAAAGTACACAGTTTTCTTCCCTCCTCTCCCTACCTGATTCTCTAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAAAGTACACAGTTTTCTTCCCTCCTCTCCCTACCTGATTCTCTAG  385

seq1  TACTTTGTGACTTTTTAATGGGGACAGCGCTGGAGCTAAGGGGTTGGGAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGTGACTTTTTAATGGGGACAGCGCTGGAGCTAAGGGGTTGGGAT  435

seq1  ACAAGGCTCAGGAAAGGATCATAGCTGGCTGAGCCAAGCGACCTTTCTGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGCTCAGGAAAGGATCATAGCTGGCTGAGCCAAGCGACCTTTCTGA  485

seq1  AGGAGTGGAGAGGCTATTCCTCAGGTTCTTTGGCTCTGTGTGGGGACAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTGGAGAGGCTATTCCTCAGGTTCTTTGGCTCTGTGTGGGGACAAA  535

seq1  TAGTCAGGGTATGCTGATACAGCCCTGGAAGGCAACCAGAAGTCGTCTGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAGGGTATGCTGATACAGCCCTGGAAGGCAACCAGAAGTCGTCTGT  585

seq1  ATGCGGGAACAGACACATACGGTGTGTGGAGCATGCTGTCCGAGTGTGTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGGGAACAGACACATACGGTGTGTGGAGCATGCTGTCCGAGTGTGTA  635

seq1  GAGCAGTGGTTCCCAACCTCCCTGATGCTGCCACCCGTTAATACAGCTCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGTGGTTCCCAACCTCCCTGATGCTGCCACCCGTTAATACAGCTCC  685

seq1  GTAGACTGTGCTGATCCCCAGCCTGCCATAAAATTATTTTGTTGCTACTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACTGTGCTGATCCCCAGCCTGCCATAAAATTATTTTGTTGCTACTT  735

seq1  CATAACTGTAATTTTGCTACTGGTATGAATCAGGATGTAAATATCCGACA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACTGTAATTTTGCTACTGGTATGAATCAGGATGTAAATATCCGACA  785

seq1  TGCAGGACACCTGATATGCAGCCCCTGTGAATGTCGTGACCCACAGGTTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGACACCTGATATGCAGCCCCTGTGAATGTCGTGACCCACAGGTTG  835

seq1  AGAACCCCTGGCTCAGGGAGCCACTTGAGCTCTGCCCCTGAGCAAATGGG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCCCTGGCTCAGGGAGCCACTTGAGCTCTGCCCCTGAGCAAATGGG  885

seq1  GAATGGGCGAACTTCCTCACCTTTCTGGGCTTCAGCATCCCGCCTGTCTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGCGAACTTCCTCACCTTTCTGGGCTTCAGCATCCCGCCTGTCTG  935

seq1  TCAGGCTGATGACCACTGTTACACTAGGGCATTTCTACTGCAGATGTCAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTGATGACCACTGTTACACTAGGGCATTTCTACTGCAGATGTCAT  985

seq1  ACTCATCCCTTAATTCTCTTCCCCATACATGCACAAGTGCAGACAACATA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATCCCTTAATTCTCTTCCCCATACATGCACAAGTGCAGACAACATA  1035

seq1  TATGTATGTACACTTGTACAGGGTACATATATGTATATATAACATGCCAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTACACTTGTACAGGGTACATATATGTATATATAACATGCCAC  1085

seq1  ACACTTACATGAATGAATTC  1116
      ||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTACATGAATGAATTC  1105