BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290A23
Chromosome18 (Build37)
Map Location 84,908,889 - 85,053,649
singlet/doubletdoublet
Overlap geneB230399E16Rik, Cyb5
Upstream geneTshz1, Zadh2, LOC669856, Zfp407, Cndp1, EG640234, Cndp2, LOC100039711, LOC100039725
Downstream geneFbxo15, 1700034H14Rik, LOC100039765, LOC665382, LOC545269
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290A23.bB6Ng01-290A23.g
ACCGA087294GA087295
length1,090596
definitionB6Ng01-290A23.b B6Ng01-290A23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,052,575 - 85,053,649)(84,908,889 - 84,909,484)
sequence
gaattcatgtaaaacacaccaatggcttttagactatttagagccacaca
gccatcaccatagctgaagtcagaacactttcattattctccaagaaact
ctgttcccatctccagctactatctttgctccccagctgacctttgaagg
tctagaaaaccatggtgtctacagatttgcctgctctgaatactggaatt
acacaaaatgtagcctttggcatcttctacttcatattctttccgatttt
gagatatgctataccatgcactgaccatactattaggtgtgtgtgtgtgt
gatgttaacagtgcagctcaggtggaagtcagaggaacttgtgggagtca
cttctgtcgctctaccatgacctaatgagctaacttaagagaccaagttt
ctatggaggcaagcacctttacctactaagcccacatggccataatgcat
cttgctcgtctggctgatgttcaaaaggactgttcctaaactgttattag
gttgcaaagcatgacaggtataatcacagaaaataaatcaattcagcaac
aaggtattgagatcacaaaacaagagctttcagaagcagagtaggcatta
cacagggtaatggccaaacgatgaggaaacgcaagggctactcaagcttc
taattgttcatctacttgcagaattctctgtggctccaaggacattaaaa
caagttgaactttttaacctaaaaatggcaaatatgtcactttaatggtt
tctgttctattaacctgtgtatattcatgggtgcagtgtatacatatgtg
tgtgggtgtgcccctccatgcacgctgtgaaggtcagaagatgtaggatg
tataactctcttgcattgagacactgccactccctgcacctggaggaacc
cagtgatcctggttccaacacctccacagtgctagggtcacaagtgcaca
taactatctccagcagcttataataggatttgggggatttgggcttgggg
ccctgagactttcaatagcaagtcttagtcttttttcttgaaattgcaga
agtctttttttttatatttgcatatttttgcattaatgcc

gaattcctggacagcctcatccagtgtgttctggaagcttcgatggctct
tgcaggccactctgaaagaactgcaggaggcggagaagtagcctctctct
tgcctttgccatcaagagtagacagaggaagcgaccttcaagggactcct
cctgtagttgctatgcaaatgagctgtcagagcccgtggcatgctcttct
gaagtgtgcagctgagctccccttctgtggctgtgacgtggacctctctt
gctcctgcccagctcggttcgatctggtttcgtggcgacctccggtctgt
cactccttccgcagtgaccgaagggaggagtttcaccagagttgccagtc
tggaaccctctgaggactgtacacagaccttgccactatagacaagaggc
tgctgctcttccttgttagctgctaacaagctaaagcgtggctgtgggca
tactgatggatatgtttgcaaataattgtgtgcataatgttgcacccatg
agtgtatgagtgggtttgtatatatgaatgtgtattgtatacacatgagt
atgttgtgtgtaaataagcatgggattgtgtgtatgtaagtgggat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_85052575_85053649
seq2: B6Ng01-290A23.b_46_1135 (reverse)

seq1  GGCA-TAATGC-AAAATATGCAGAT----AAAAAAAGAC-TCTGCAATT-  42
      |||| |||||| |||||||||| ||    |||||||||| ||||||||| 
seq2  GGCATTAATGCAAAAATATGCAAATATAAAAAAAAAGACTTCTGCAATTT  50

seq1  ---CAGAAAAGACTAAGACTTGCTA-TGAAAGTCTCAGGG-CCCAAGCCC  87
          | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  CAAGAAAAAAGACTAAGACTTGCTATTGAAAGTCTCAGGGCCCCAAGCCC  100

seq1  AAAT-CCCCAAATCCTA-TATAAGCTGCTGGAGATAGTTATGTGCACTTG  135
      |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCCCAAATCCTATTATAAGCTGCTGGAGATAGTTATGTGCACTTG  150

seq1  TGACCCTAGCACTGTGGAGGTGTTGGAACCAGGATCACTGGGTTCCTCCA  185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCTAGCACTGTGGAGGTGTTGGAACCAGGATCACTGGGTTCCTCCA  200

seq1  GGTGCAGGGAGTGGCAGTGTCTCAATGCAAGAGAGTTATACATCCTACAT  235
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAGGGAGTGGCAGTGTCTCAATGCAAGAGAGTTATACATCCTACAT  250

seq1  CTTCTGACCTTCACAGCGTGCATGGAGGGGCACACCCACACACATATGTA  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGACCTTCACAGCGTGCATGGAGGGGCACACCCACACACATATGTA  300

seq1  TACACTGCACCCATGAATATACACAGGTTAATAGAACAGAAACCATTAAA  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGCACCCATGAATATACACAGGTTAATAGAACAGAAACCATTAAA  350

seq1  GTGACATATTTGCCATTTTTAGGTTAAAAAGTTCAACTTGTTTTAATGTC  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACATATTTGCCATTTTTAGGTTAAAAAGTTCAACTTGTTTTAATGTC  400

seq1  CTTGGAGCCACAGAGAATTCTGCAAGTAGATGAACAATTAGAAGCTTGAG  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGCCACAGAGAATTCTGCAAGTAGATGAACAATTAGAAGCTTGAG  450

seq1  TAGCCCTTGCGTTTCCTCATCGTTTGGCCATTACCCTGTGTAATGCCTAC  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTTGCGTTTCCTCATCGTTTGGCCATTACCCTGTGTAATGCCTAC  500

seq1  TCTGCTTCTGAAAGCTCTTGTTTTGTGATCTCAATACCTTGTTGCTGAAT  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTCTGAAAGCTCTTGTTTTGTGATCTCAATACCTTGTTGCTGAAT  550

seq1  TGATTTATTTTCTGTGATTATACCTGTCATGCTTTGCAACCTAATAACAG  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTATTTTCTGTGATTATACCTGTCATGCTTTGCAACCTAATAACAG  600

seq1  TTTAGGAACAGTCCTTTTGAACATCAGCCAGACGAGCAAGATGCATTATG  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAACAGTCCTTTTGAACATCAGCCAGACGAGCAAGATGCATTATG  650

seq1  GCCATGTGGGCTTAGTAGGTAAAGGTGCTTGCCTCCATAGAAACTTGGTC  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTGGGCTTAGTAGGTAAAGGTGCTTGCCTCCATAGAAACTTGGTC  700

seq1  TCTTAAGTTAGCTCATTAGGTCATGGTAGAGCGACAGAAGTGACTCCCAC  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGTTAGCTCATTAGGTCATGGTAGAGCGACAGAAGTGACTCCCAC  750

seq1  AAGTTCCTCTGACTTCCACCTGAGCTGCACTGTTAACATCACACACACAC  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCCTCTGACTTCCACCTGAGCTGCACTGTTAACATCACACACACAC  800

seq1  ACACCTAATAGTATGGTCAGTGCATGGTATAGCATATCTCAAAATCGGAA  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTAATAGTATGGTCAGTGCATGGTATAGCATATCTCAAAATCGGAA  850

seq1  AGAATATGAAGTAGAAGATGCCAAAGGCTACATTTTGTGTAATTCCAGTA  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATGAAGTAGAAGATGCCAAAGGCTACATTTTGTGTAATTCCAGTA  900

seq1  TTCAGAGCAGGCAAATCTGTAGACACCATGGTTTTCTAGACCTTCAAAGG  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGCAGGCAAATCTGTAGACACCATGGTTTTCTAGACCTTCAAAGG  950

seq1  TCAGCTGGGGAGCAAAGATAGTAGCTGGAGATGGGAACAGAGTTTCTTGG  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGGGGAGCAAAGATAGTAGCTGGAGATGGGAACAGAGTTTCTTGG  1000

seq1  AGAATAATGAAAGTGTTCTGACTTCAGCTATGGTGATGGCTGTGTGGCTC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAATGAAAGTGTTCTGACTTCAGCTATGGTGATGGCTGTGTGGCTC  1050

seq1  TAAATAGTCTAAAAGCCATTGGTGTGTTTTACATGAATTC  1075
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGTCTAAAAGCCATTGGTGTGTTTTACATGAATTC  1090


seq1: chr18_84908889_84909484
seq2: B6Ng01-290A23.g_64_659

seq1  GAATTCCTGGACAGCCTCATCCAGTGTGTTCTGGAAGCTTCGATGGCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGACAGCCTCATCCAGTGTGTTCTGGAAGCTTCGATGGCTCT  50

seq1  TGCAGGCCACTCTGAAAGAACTGCAGGAGGCGGAGAAGTAGCCTCTCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGCCACTCTGAAAGAACTGCAGGAGGCGGAGAAGTAGCCTCTCTCT  100

seq1  TGCCTTTGCCATCAAGAGTAGACAGAGGAAGCGACCTTCAAGGGACTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTGCCATCAAGAGTAGACAGAGGAAGCGACCTTCAAGGGACTCCT  150

seq1  CCTGTAGTTGCTATGCAAATGAGCTGTCAGAGCCCGTGGCATGCTCTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGTTGCTATGCAAATGAGCTGTCAGAGCCCGTGGCATGCTCTTCT  200

seq1  GAAGTGTGCAGCTGAGCTCCCCTTCTGTGGCTGTGACGTGGACCTCTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTGCAGCTGAGCTCCCCTTCTGTGGCTGTGACGTGGACCTCTCTT  250

seq1  GCTCCTGCCCAGCTCGGTTCGATCTGGTTTCGTGGCGACCTCCGGTCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGCCCAGCTCGGTTCGATCTGGTTTCGTGGCGACCTCCGGTCTGT  300

seq1  CACTCCTTCCGCAGTGACCGAAGGGAGGAGTTTCACCAGAGTTGCCAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCTTCCGCAGTGACCGAAGGGAGGAGTTTCACCAGAGTTGCCAGTC  350

seq1  TGGAACCCTCTGAGGACTGTACACAGACCTTGCCACTATAGACAAGAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACCCTCTGAGGACTGTACACAGACCTTGCCACTATAGACAAGAGGC  400

seq1  TGCTGCTCTTCCTTGTTAGCTGCTAACAAGCTAAAGCGTGGCTGTGGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTCTTCCTTGTTAGCTGCTAACAAGCTAAAGCGTGGCTGTGGGCA  450

seq1  TACTGATGGATATGTTTGCAAATAATTGTGTGCATAATGTTGCACCCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGATGGATATGTTTGCAAATAATTGTGTGCATAATGTTGCACCCATG  500

seq1  AGTGTATGAGTGGGTTTGTATATATGAATGTGTATTGTATACACATGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATGAGTGGGTTTGTATATATGAATGTGTATTGTATACACATGAGT  550

seq1  ATGTTGTGTGTAAATAAGCATGGGATTGTGTGTATGTAAGTGGGAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTGTGTAAATAAGCATGGGATTGTGTGTATGTAAGTGGGAT  596


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |