BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291F23
Chromosome18 (Build37)
Map Location 43,380,981 - 43,571,107
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStk32a, Dpysl3
Upstream geneLars, EG625929, LOC100042757, Rbm27, Pou4f3, LOC100042767, LOC100042027, Tcerg1, Gpr151, LOC100042037, Ppp2r2b, LOC100042046, LOC100042051, EG666594
Downstream geneLOC100042074, LOC100042807, Jakmip2, Spink3, Scgb3a2, Gm94, Spink5, EG433178, LOC666969, EG433180, Spink12, LOC100042855, 9530002K18Rik, Spink11, Npy6r, Myot, Dcp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291F23.bB6Ng01-291F23.g
ACCGA088278GA088279
length751785
definitionB6Ng01-291F23.b B6Ng01-291F23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,380,981 - 43,381,727)(43,570,324 - 43,571,107)
sequence
gaattcaccaacttgcttctaatatgcaatgtagcctgtactgaagattt
ctatctcagtgggattccctggctcttacatggtaaacactcttgcagac
cagccttgagctgctttggctctgtcttttgtaatgcttaattagttact
gaataggtaacttccttactgcattcttacaggattccaagcttgtaggc
ttctggaaccttggaatactggcgaaggctctggctatgttagaattcaa
tcttaaaaggcacttataataagataatactaaaagagagcacatggatc
catacaccagactaacgtggggataaggtgtgagtatatgggttaatgtg
aacgccaaagctccaggaggtgagtttccatgaaactctttgcctcgtga
gtgctcccaggcttctcagcctgtcaagcagacttcactagagtgtgcat
ggcagcagggtaatatggacagatcacaggggactcagtgttccacatct
ttgcttgagaagagtgggtaataggagctcagcacatatagaaacatagt
catggactctcttgaaactagtattgtcaagtggtgtgggttagttttta
tcaacctgacacaaactagagtcgcctatgaagaggaaaccttatcagct
tggctttataagcaagtctgtgggggagattttcttggtcaatggctagt
atggggaggatccaatttcattgtaggtggtaccacccttggggcgagtg
a
gaattcatatcccaattcatcactcagtagcttgtcacttaatcaatgaa
gacgtccagatctcgctctgtaaataagaatgctgagattgccaagctgc
atgagggttcgtgaaataatgcccgtgaagcgcatagaacactgtgcaat
gccattagcattattacatttatgaagacacattcctttagcagtgtgta
attgaatggtaacagtgttatgagacagtgagtcatgagtatgaatagaa
gatgacagctttgcactgcatgcatgaagagcaagagaagcagctgaccc
ttaaaggttccagctacacagagatactgctttaccgcacatacgtgtat
acatttcctccacacaaagtcacgtggtaagtctgctatttatcctcgtc
ttataagagaagaaacaatctcaggtgagttaggaaaactccccagtttc
aaggagcaagtatttgatgtaactaaaaaaaaaaattagctctttctgct
ctccagagtccacggttatcctcttccatacacaaaattgattgatatga
gactcattttaaatactgtaactaacatgacactaagttttaaaaacttt
tcttccctctttatttgggaaatagacattaacacttcaactattttatt
taaaaaggaatgtcagcccatacatctgtcacacacatgccagtggcagc
acatgagacgtagaggaaggaaggattgtgagttcagtattattcttagt
tataaagcatataaagagggggtgggaggggaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_43380981_43381727
seq2: B6Ng01-291F23.b_46_796

seq1  GAATTCACCAACTTGCTTCTAATATGCAATGTAGCCTGTACTGAAGATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCAACTTGCTTCTAATATGCAATGTAGCCTGTACTGAAGATTT  50

seq1  CTATCTCAGTGGGATTCCCTGGCTCTTACATGGTAAACACTCTTGCAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCAGTGGGATTCCCTGGCTCTTACATGGTAAACACTCTTGCAGAC  100

seq1  CAGCCTTGAGCTGCTTTGGCTCTGTCTTTTGTAATGCTTAATTAGTTACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTGAGCTGCTTTGGCTCTGTCTTTTGTAATGCTTAATTAGTTACT  150

seq1  GAATAGGTAACTTCCTTACTGCATTCTTACAGGATTCCAAGCTTGTAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGGTAACTTCCTTACTGCATTCTTACAGGATTCCAAGCTTGTAGGC  200

seq1  TTCTGGAACCTTGGAATACTGGCGAAGGCTCTGGCTATGTTAGAATTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAACCTTGGAATACTGGCGAAGGCTCTGGCTATGTTAGAATTCAA  250

seq1  TCTTAAAAGGCACTTATAATAAGATAATACTAAAAGAGAGCACATGGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAAGGCACTTATAATAAGATAATACTAAAAGAGAGCACATGGATC  300

seq1  CATACACCAGACTAACGTGGGGATAAGGTGTGAGTATATGGGTTAATGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACCAGACTAACGTGGGGATAAGGTGTGAGTATATGGGTTAATGTG  350

seq1  AACGCCAAAGCTCCAGGAGGTGAGTTTCCATGAAACTCTTTGCCTCGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCCAAAGCTCCAGGAGGTGAGTTTCCATGAAACTCTTTGCCTCGTGA  400

seq1  GTGCTCCCAGGCTTCTCAGCCTGTCAAGCAGACTTCACTAGAGTGTGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCCCAGGCTTCTCAGCCTGTCAAGCAGACTTCACTAGAGTGTGCAT  450

seq1  GGCAGCAGGGTAATATGGACAGATCACAGGGGACTCAGTGTTCCACATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCAGGGTAATATGGACAGATCACAGGGGACTCAGTGTTCCACATCT  500

seq1  TTGCTTGAGAAGAGTGGGTAATAGGAGCTCAGCACATATAGAAACATAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGAGAAGAGTGGGTAATAGGAGCTCAGCACATATAGAAACATAGT  550

seq1  CATGGACTCTCTTGAAACTAGTATTGTCAAGTGGTGTGGGTTAGTTTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGACTCTCTTGAAACTAGTATTGTCAAGTGGTGTGGGTTAGTTTTTA  600

seq1  TCAACCTGACACAAACTAGAGTCGCCTATGAAGAGGAAACCTTATCAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCTGACACAAACTAGAGTCGCCTATGAAGAGGAAACCTTATCAGCT  650

seq1  TGGCTTTATAAGCAAGTCTGT-GGGGAGATTTTCTTGGTCAATGGCTAGT  699
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTATAAGCAAGTCTGTGGGGGAGATTTTCTTGGTCAATGGCTAGT  700

seq1  AT-GGGAGGATCCAA-TTCATTGTAGGTGGTACCACCCTT-GGGCGAGTG  746
      || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATGGGGAGGATCCAATTTCATTGTAGGTGGTACCACCCTTGGGGCGAGTG  750

seq1  A  747
      |
seq2  A  751

seq1: chr18_43570324_43571107
seq2: B6Ng01-291F23.g_67_851 (reverse)

seq1  CCCT-CCCTCCCACCCCCTCTTTATATGCTTTATAACTAAGAATAATACT  49
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCTCCCACCCCCTCTTTATATGCTTTATAACTAAGAATAATACT  50

seq1  GAACTCACAATCCTTCCTTCCTCTACGTCTCATGTGCTGCCACTGGCATG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCACAATCCTTCCTTCCTCTACGTCTCATGTGCTGCCACTGGCATG  100

seq1  TGTGTGACAGATGTATGGGCTGACATTCCTTTTTAAATAAAATAGTTGAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGACAGATGTATGGGCTGACATTCCTTTTTAAATAAAATAGTTGAA  150

seq1  GTGTTAATGTCTATTTCCCAAATAAAGAGGGAAGAAAAGTTTTTAAAACT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAATGTCTATTTCCCAAATAAAGAGGGAAGAAAAGTTTTTAAAACT  200

seq1  TAGTGTCATGTTAGTTACAGTATTTAAAATGAGTCTCATATCAATCAATT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTCATGTTAGTTACAGTATTTAAAATGAGTCTCATATCAATCAATT  250

seq1  TTGTGTATGGAAGAGGATAACCGTGGACTCTGGAGAGCAGAAAGAGCTAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTATGGAAGAGGATAACCGTGGACTCTGGAGAGCAGAAAGAGCTAA  300

seq1  TTTTTTTTTTTAGTTACATCAAATACTTGCTCCTTGAAACTGGGGAGTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTAGTTACATCAAATACTTGCTCCTTGAAACTGGGGAGTTT  350

seq1  TCCTAACTCACCTGAGATTGTTTCTTCTCTTATAAGACGAGGATAAATAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAACTCACCTGAGATTGTTTCTTCTCTTATAAGACGAGGATAAATAG  400

seq1  CAGACTTACCACGTGACTTTGTGTGGAGGAAATGTATACACGTATGTGCG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTACCACGTGACTTTGTGTGGAGGAAATGTATACACGTATGTGCG  450

seq1  GTAAAGCAGTATCTCTGTGTAGCTGGAACCTTTAAGGGTCAGCTGCTTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGCAGTATCTCTGTGTAGCTGGAACCTTTAAGGGTCAGCTGCTTCT  500

seq1  CTTGCTCTTCATGCATGCAGTGCAAAGCTGTCATCTTCTATTCATACTCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCTTCATGCATGCAGTGCAAAGCTGTCATCTTCTATTCATACTCA  550

seq1  TGACTCACTGTCTCATAACACTGTTACCATTCAATTACACACTGCTAAAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCACTGTCTCATAACACTGTTACCATTCAATTACACACTGCTAAAG  600

seq1  GAATGTGTCTTCATAAATGTAATAATGCTAATGGCATTGCACAGTGTTCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGTCTTCATAAATGTAATAATGCTAATGGCATTGCACAGTGTTCT  650

seq1  ATGCGCTTCACGGGCATTATTTCACGAACCCTCATGCAGCTTGGCAATCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGCTTCACGGGCATTATTTCACGAACCCTCATGCAGCTTGGCAATCT  700

seq1  CAGCATTCTTATTTACAGAGCGAGATCTGGACGTCTTCATTGATTAAGTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTCTTATTTACAGAGCGAGATCTGGACGTCTTCATTGATTAAGTG  750

seq1  ACAAGCTACTGAGTGATGAATTGGGATATGAATTC  784
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCTACTGAGTGATGAATTGGGATATGAATTC  785