BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292I10
Chromosome18 (Build37)
Map Location 43,565,096 - 43,702,813
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042074, LOC100042807, Jakmip2
Upstream geneLOC100042767, LOC100042027, Tcerg1, Gpr151, LOC100042037, Ppp2r2b, LOC100042046, LOC100042051, EG666594, Stk32a, Dpysl3
Downstream geneSpink3, Scgb3a2, Gm94, Spink5, EG433178, LOC666969, EG433180, Spink12, LOC100042855, 9530002K18Rik, Spink11, Npy6r, Myot, Dcp2, Mcc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292I10.bB6Ng01-292I10.g
ACCGA089143GA089144
length1,17083
definitionB6Ng01-292I10.b B6Ng01-292I10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,565,096 - 43,566,274)(43,702,731 - 43,702,813)
sequence
gaattccagccccaggatccacagagtgggaggagggaacagatcccttc
aagtcactatatggctgccagactacttttaatctagcagcctgtggttc
agccttacggtccagactctgggtctgtctgtccagtgccaaaaatcatc
tttcccagcaacatactacatcactaaaagatgtcatgggatggtttcaa
taaagtccctggacagagcctctttgtgttcctcccttcttggcaagaag
ccatttatgagccatcattatggggacacatggttcccaccatggagctc
agacatgaactttaactccgctaatcacacagatcactgcttaatttcta
cccttgccttgtagtgactgtggtaggaacccagataatctttttaaaga
actcttctgtaaaatgatgataacgtggttcgatgaatcagtggtgtaaa
tgtagataaattaaaggataggtcctgacatcttgtggatgcttccagga
actaactaattagtttaaataatgaaagcattgcatgatgttgttcagtg
agtgatctcaaataaaagacagcaaatacccagaaattccatgggtattt
atttcagccccatttaggagacagggaagcctctgctttttatttagatc
ttcaaaggatacaagaaccccaaaaggccacacagtctctcatcactgat
attatattcagaacatccctctgccctgagcttcaggctgattcatgtaa
ctacctatgaagtgggtccaccaaaatgaatatatggaccctaattccat
atatctggtgagcctcatggtccagtgctcagatctttcttggagaatga
agggctagcttttgactacaaaggctctcctctttccttaatcccctgca
ggaccagacgaggctccattctaccctttatataattctgccctcatctt
ttttctttcatttccttacattgatgtcaacttaaagcactctcaagtag
tgccttatgcttccaaaagaacttgaacacccaacaagtctatgataatt
ccagactttctgcatctctctgaaaaattcagctggtgacatctccctct
cacttgcctccaatcactcagaggaattcactatacaagattcctaatca
taacgcctcatccactcact
tctcatcagccccaataagggttgatgttgagctcatgcaccatgttcat
gatagtgagagaggggtgggagagagggggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_43565096_43566274
seq2: B6Ng01-292I10.b_44_1213

seq1  GAATTCCAGCCCCAGGATCCACAGAGTGGGAGGAGGGAACAGATCCCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCCCAGGATCCACAGAGTGGGAGGAGGGAACAGATCCCTTC  50

seq1  AAGTCACTATATGGCTGCCAGACTACTTTTAATCTAGCAGCCTGTGGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACTATATGGCTGCCAGACTACTTTTAATCTAGCAGCCTGTGGTTC  100

seq1  AGCCTTACGGTCCAGACTCTGGGTCTGTCTGTCCAGTGCCAAAAATCATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTACGGTCCAGACTCTGGGTCTGTCTGTCCAGTGCCAAAAATCATC  150

seq1  TTTCCCAGCAACATACTACATCACTAAAAGATGTCATGGGATGGTTTCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGCAACATACTACATCACTAAAAGATGTCATGGGATGGTTTCAA  200

seq1  TAAAGTCCCTGGACAGAGCCTCTTTGTGTTCCTCCCTTCTTGGCAAGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTCCCTGGACAGAGCCTCTTTGTGTTCCTCCCTTCTTGGCAAGAAG  250

seq1  CCATTTATGAGCCATCATTATGGGGACACATGGTTCCCACCATGGAGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTATGAGCCATCATTATGGGGACACATGGTTCCCACCATGGAGCTC  300

seq1  AGACATGAACTTTAACTCCGCTAATCACACAGATCACTGCTTAATTTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGAACTTTAACTCCGCTAATCACACAGATCACTGCTTAATTTCTA  350

seq1  CCCTTGCCTTGTAGTGACTGTGGTAGGAACCCAGATAATCTTTTTAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGCCTTGTAGTGACTGTGGTAGGAACCCAGATAATCTTTTTAAAGA  400

seq1  ACTCTTCTGTAAAATGATGATAACGTGGTTCGATGAATCAGTGGTGTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTCTGTAAAATGATGATAACGTGGTTCGATGAATCAGTGGTGTAAA  450

seq1  TGTAGATAAATTAAAGGATAGGTCCTGACATCTTGTGGATGCTTCCAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGATAAATTAAAGGATAGGTCCTGACATCTTGTGGATGCTTCCAGGA  500

seq1  ACTAACTAATTAGTTTAAATAATGAAAGCATTGCATGATGTTGTTCAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACTAATTAGTTTAAATAATGAAAGCATTGCATGATGTTGTTCAGTG  550

seq1  AGTGATCTCAAATAAAAGACAGCAAATACCCAGAAATTCCATGGGTATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATCTCAAATAAAAGACAGCAAATACCCAGAAATTCCATGGGTATTT  600

seq1  ATTTCAGCCCCATTTAGGAGACAGGGAAGCCTCTGCTTTTTATTTAGATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGCCCCATTTAGGAGACAGGGAAGCCTCTGCTTTTTATTTAGATC  650

seq1  TTCAAAGGATACAAGAACCCCAAAAGGCCACACAGTCTCTCATCACTGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGGATACAAGAACCCCAAAAGGCCACACAGTCTCTCATCACTGAT  700

seq1  ATTATATTCAGAACATCCCTCTGCCCTGAGCTTCAGGCTGATTCATGTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATTCAGAACATCCCTCTGCCCTGAGCTTCAGGCTGATTCATGTAA  750

seq1  CTACCTATGAAGTGGGTCCACCAAAATGAATATATGGACCCTAATTCCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTATGAAGTGGGTCCACCAAAATGAATATATGGACCCTAATTCCAT  800

seq1  ATATCTGGTGAGCCTCATGGTCCAGTGCTCAGATCTTTCTTGGAGAATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGGTGAGCCTCATGGTCCAGTGCTCAGATCTTTCTTGGAGAATGA  850

seq1  AGGGCTAGCTTTTGACTAC-AAGGCTCTCCTCTTTCCTTAATCCCCTGCA  899
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTAGCTTTTGACTACAAAGGCTCTCCTCTTTCCTTAATCCCCTGCA  900

seq1  GGACCAGACGAGGCTCCATTCTACCC-TTATATAATTCTGCCCTCATCTT  948
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAGACGAGGCTCCATTCTACCCTTTATATAATTCTGCCCTCATCTT  950

seq1  TTTTCTTTCATTTCCTTACATTGATGTCAACTTTAAAGCACTCTCAAGTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTCATTTCCTTACATTGATGTCAAC-TTAAAGCACTCTCAAGTA  999

seq1  GTGCCTTATGCTTCCAAAAGAACTTGGAACACCCAACAAGTCTATGATAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  GTGCCTTATGCTTCCAAAAGAACTT-GAACACCCAACAAGTCTATGAT-A  1047

seq1  ATTCCAGAACTTTTCCTTGCATCTCCTTCCTGGAAAAATTCAGCTGGTGA  1098
      ||||||| |||||    ||||||||  |    ||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAG-ACTTT---CTGCATCTCTCT----GAAAAATTCAGCTGGTGA  1089

seq1  CATCT-CCTCTCACTTGGCT-CAATCAACTCAGAGGAAATCACTATACAA  1146
      ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  CATCTCCCTCTCACTTGCCTCCAATC-ACTCAGAGGAATTCACTATACAA  1138

seq1  GAT--CTCATCATAAACGCCTCATCCCAACTCACT  1179
      |||  || ||||| ||||||||||||  |||||||
seq2  GATTCCTAATCAT-AACGCCTCATCC--ACTCACT  1170

seq1: chr18_43702731_43702813
seq2: B6Ng01-292I10.g_69_151 (reverse)

seq1  TCTCCCCCTCTCTCCCACCCCTCTCTCACTATCATGAACATGGTGCATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCCTCTCTCCCACCCCTCTCTCACTATCATGAACATGGTGCATGA  50

seq1  GCTCAACATCAACCCTTATTGGGGCTGATGAGA  83
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAACATCAACCCTTATTGGGGCTGATGAGA  83