BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294B18
Chromosome18 (Build37)
Map Location 70,540,821 - 70,752,208
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930503L19Rik, Stard6, Poli, Mbd2
Upstream geneTcf4, Ccdc68, Rab27b, 2310002L13Rik
Downstream geneEG668032, Dcc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294B18.bB6Ng01-294B18.g
ACCGA090323GA090324
length5181,191
definitionB6Ng01-294B18.b B6Ng01-294B18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,540,821 - 70,541,344)(70,751,026 - 70,752,208)
sequence
caagtttgtcggcttcaaggattttctgggatgttggaacactggtgaag
gcttagctatgtcagaattcaatcttaaaaggcacttataataaaataat
actaaaagagaggacgtggatccaaacaccagactaacgcggggataggg
tatgagtatatgggttttgtgaatgccaaggttccaggaggtgagtttct
ctgaaactctttgcctcatgagtgctccctggcctctcggcctgccaagc
aaacttcactggagtgtgcttagcagttttggtttttctttttttttttt
ttatgttatgtgtgtggatgtatttcctgcatatatgtgcacataccgtg
ctcgcagaggccagaagacagtatcagatcctgaagttacacacacttgt
gagcctgtgagcctgggttgagttctgggaatctaacaaagtttctctgg
aagggcagccagggctctaaaccatgggtcacatcactccagccccggag
ggtggggtgggggaacag

gaattcatttttgaaaatatttacaaaatgaagacacatgcccaaattaa
aacatcaaaaattgagcacctatgataaaaacggcaaattccacatacaa
gacagggtgaaaacaagtcttatgtagtgcataaaatggcctctgtccat
gtataaagtgtagacatatgaaaacctataggctgcatgcaccaacttgg
gtctgaccagcaagtgagggctacctaattacatatgtggagatacccca
aaccctgacaacacacacaggccaccccctccggcatgcaggccctctgt
gtaagggaatagtaccgtgcatttctgctctgtttgctgaggcagagtcg
caccacataatccacgctggatcagaaacccggtacgtagctcagctgcc
tatgcagggcaggagcccagcctgagcggcattctttgttacctcccaca
tggcatgcttttggcaagatgtgaaatcaaagctttggaaagtcatgtga
cacacgtatcaaatttgaatcatccagtaaataacatgccaaacatgttt
tagtgtgttcaaattgtaaaatagaactcccattaatgtcatttgtaata
tccaatgcaatgataacaaaactttaactgagattttgattcttacaaag
gatacaaagagccatacactgagactaattcatgcctgacatttcttttt
ttatttttaaaatttatttattgatatatgtaagtacactgttgctgtct
tcagacacaccagaagagggcatcagatctcattacggatggttgtgagg
caccatgtgattgctgggatttgaactcaggaccttcagaacagtcagtg
ctcttaactgctgaaccatctttcccgcccgatgcctgacatttctatgt
agagatatattccgtgaacttatacttgaagagcttatgtctttactagt
atcatcatgcagaattgtaatgtgaaattccatactaccaaagagcaagt
ctcaatctgagttcacattgggaccacccttgcttgttagcagaggatgg
tgagacaccatcccagagctctggatctgctaggctgcagttgaagccaa
ggaattggccattcaacttgaagctctcccactgtgatgagtgcctgagt
cctcactcatttggagagaaccactgcctataaggaaagat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_70540821_70541344
seq2: B6Ng01-294B18.b_47_570

seq1  GAATTCCAAGTTTGTCGGCTTCAAGGATTTTCTGGGATGTTGGAACACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGTTTGTCGGCTTCAAGGATTTTCTGGGATGTTGGAACACTG  50

seq1  GTGAAGGCTTAGCTATGTCAGAATTCAATCTTAAAAGGCACTTATAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGGCTTAGCTATGTCAGAATTCAATCTTAAAAGGCACTTATAATAA  100

seq1  AATAATACTAAAAGAGAGGACGTGGATCCAAACACCAGACTAACGCGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATACTAAAAGAGAGGACGTGGATCCAAACACCAGACTAACGCGGGG  150

seq1  ATAGGGTATGAGTATATGGGTTTTGTGAATGCCAAGGTTCCAGGAGGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGTATGAGTATATGGGTTTTGTGAATGCCAAGGTTCCAGGAGGTGA  200

seq1  GTTTCTCTGAAACTCTTTGCCTCATGAGTGCTCCCTGGCCTCTCGGCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCTGAAACTCTTTGCCTCATGAGTGCTCCCTGGCCTCTCGGCCTG  250

seq1  CCAAGCAAACTTCACTGGAGTGTGCTTAGCAGTTTTGGTTTTTCTTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCAAACTTCACTGGAGTGTGCTTAGCAGTTTTGGTTTTTCTTTTTT  300

seq1  TTTTTTTTATGTTATGTGTGTGGATGTATTTCCTGCATATATGTGCACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTATGTTATGTGTGTGGATGTATTTCCTGCATATATGTGCACAT  350

seq1  ACCGTGCTCGCAGAGGCCAGAAGACAGTATCAGATCCTGAAGTTACACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTGCTCGCAGAGGCCAGAAGACAGTATCAGATCCTGAAGTTACACAC  400

seq1  ACTTGTGAGCCTGTGAGCCTGGGTTGAGTTCTGGGAATCTAACAAAGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTGAGCCTGTGAGCCTGGGTTGAGTTCTGGGAATCTAACAAAGTTT  450

seq1  CTCTGGAAGGGCAGCCAGGGCTCTAAACCATGGGTCACATCACTCCAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGAAGGGCAGCCAGGGCTCTAAACCATGGGTCACATCACTCCAGCC  500

seq1  CCGGAGGGTGGGGTGGGGGAACAG  524
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAGGGTGGGGTGGGGGAACAG  524


seq1: chr18_70751026_70752208
seq2: B6Ng01-294B18.g_68_1258 (reverse)

seq1  ATCTTTCTTTA-AAGCAGTGGTTCTCCAAATATGAGTGAGCA-TCA-GCA  47
      ||||||| ||| | ||||||||||||   | ||||||||| | ||| |||
seq2  ATCTTTCCTTATAGGCAGTGGTTCTCTCCAAATGAGTGAGGACTCAGGCA  50

seq1  -TCATTCACCAGT-GGAGA-CCTCAAATTGA--TGCCAATTCCCTGGC-T  91
       ||| ||| |||| ||||| | |||| ||||   ||||||||| |||| |
seq2  CTCA-TCA-CAGTGGGAGAGCTTCAAGTTGAATGGCCAATTCCTTGGCTT  98

seq1  CCACTGCAGCCTAGCAGATCAGAAGCTCTGGGGATGGTGTCTCA-CATCC  140
      | ||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||| |||||
seq2  CAACTGCAGCCTAGCAGATCCAGAGCTCT-GGGATGGTGTCTCACCATCC  147

seq1  TCTGCTAACAAGC-AGGGTGGTTCCAATGTGAACTCAGATTTGAGACTTG  189
      ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCTGCTAACAAGCAAGGGTGGTCCCAATGTGAACTCAGA-TTGAGACTTG  196

seq1  CTCTTTGGTAGTATGGAATTTCACATTACAATTCTGCATGATGATACTAG  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGGTAGTATGGAATTTCACATTACAATTCTGCATGATGATACTAG  246

seq1  TAAAGACATAAGCTCTTCAAGTATAAGTTCAC-GAATATATCTCTACATA  288
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TAAAGACATAAGCTCTTCAAGTATAAGTTCACGGAATATATCTCTACATA  296

seq1  GAAATGTCAGGCATCGGGCGGGAAAGATGGTTCAGCAGTTAAGAGCACTG  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTCAGGCATCGGGCGGGAAAGATGGTTCAGCAGTTAAGAGCACTG  346

seq1  ACTGTTCTGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAATCACATGGTGCCTCA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTCTGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAATCACATGGTGCCTCA  396

seq1  CAACCATCCGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCATCCGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACA  446

seq1  GCAACAGTGTACTTACATATATCAATAAATAAATTTTAAAAATAAAAAAA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGTGTACTTACATATATCAATAAATAAATTTTAAAAATAAAAAAA  496

seq1  GAAATGTCAGGCATGAATTAGTCTCAGTGTATGGCTCTTTGTATCCTTTG  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTCAGGCATGAATTAGTCTCAGTGTATGGCTCTTTGTATCCTTTG  546

seq1  TAAGAATCAAAATCTCAGTTAAAGTTTTGTTATCATTGCATTGGATATTA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAATCAAAATCTCAGTTAAAGTTTTGTTATCATTGCATTGGATATTA  596

seq1  CAAATGACATTAATGGGAGTTCTATTTTACAATTTGAACACACTAAAACA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGACATTAATGGGAGTTCTATTTTACAATTTGAACACACTAAAACA  646

seq1  TGTTTGGCATGTTATTTACTGGATGATTCAAATTTGATACGTGTGTCACA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGCATGTTATTTACTGGATGATTCAAATTTGATACGTGTGTCACA  696

seq1  TGACTTTCCAAAGCTTTGATTTCACATCTTGCCAAAAGCATGCCATGTGG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTCCAAAGCTTTGATTTCACATCTTGCCAAAAGCATGCCATGTGG  746

seq1  GAGGTAACAAAGAATGCCGCTCAGGCTGGGCTCCTGCCCTGCATAGGCAG  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAACAAAGAATGCCGCTCAGGCTGGGCTCCTGCCCTGCATAGGCAG  796

seq1  CTGAGCTACGTACCGGGTTTCTGATCCAGCGTGGATTATGTGGTGCGACT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTACGTACCGGGTTTCTGATCCAGCGTGGATTATGTGGTGCGACT  846

seq1  CTGCCTCAGCAAACAGAGCAGAAATGCACGGTACTATTCCCTTACACAGA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCAGCAAACAGAGCAGAAATGCACGGTACTATTCCCTTACACAGA  896

seq1  GGGCCTGCATGCCGGAGGGGGTGGCCTGTGTGTGTTGTCAGGGTTTGGGG  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTGCATGCCGGAGGGGGTGGCCTGTGTGTGTTGTCAGGGTTTGGGG  946

seq1  TATCTCCACATATGTAATTAGGTAGCCCTCACTTGCTGGTCAGACCCAAG  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCCACATATGTAATTAGGTAGCCCTCACTTGCTGGTCAGACCCAAG  996

seq1  TTGGTGCATGCAGCCTATAGGTTTTCATATGTCTACACTTTATACATGGA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGCATGCAGCCTATAGGTTTTCATATGTCTACACTTTATACATGGA  1046

seq1  CAGAGGCCATTTTATGCACTACATAAGACTTGTTTTCACCCTGTCTTGTA  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCCATTTTATGCACTACATAAGACTTGTTTTCACCCTGTCTTGTA  1096

seq1  TGTGGAATTTGCCGTTTTTATCATAGGTGCTCAATTTTTGATGTTTTAAT  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAATTTGCCGTTTTTATCATAGGTGCTCAATTTTTGATGTTTTAAT  1146

seq1  TTGGGCATGTGTCTTCATTTTGTAAATATTTTCAAAAATGAATTC  1183
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCATGTGTCTTCATTTTGTAAATATTTTCAAAAATGAATTC  1191


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |