BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295F20
Chromosome18 (Build37)
Map Location 59,384,561 - 59,401,483
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4833446K15Rik
Upstream geneSlc27a6, Isoc1, Adamts19, A730017C20Rik
Downstream geneLOC667549, EG240327, LOC546714
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295F20.bB6Ng01-295F20.g
ACCGA091246GA091247
length1,051923
definitionB6Ng01-295F20.b B6Ng01-295F20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,384,561 - 59,385,612)(59,400,563 - 59,401,483)
sequence
gaattccttttggccaccataggctctactgttctctgttaggatagttt
ctagcttgggagaaaaatgtaagaggaagtaaagataattcaaggaaaga
agaggataatttcaactcatcctgcaagtgaggctactgtagctaaatcc
tgcatccacatattggaatcagaaaggttttaacctactctggctgggat
tgtgaaactgcaaagttcattctcttgttttaacatccactctgggattg
gattatttaggacaatacttacaggtgtctaccaaataatatgcccagaa
tacttattaccttagaaagaaccttaattggagacacaatgcaggataca
agtaactgatgtgtttaaaattcacattattaggaagaacttttaacctc
tgtagacatgatgcctttcacaatctaagacttcttcaggtttttctttg
gttttagagctatgccatgcctgaaaacacaaagtaatttgatctttctt
gattatctttatcttttttaaaattcaatcaaaagtatccttgtgatata
tatttatcctgctactgcaaaatatatgttgaatcgtgtataacagcggt
tctcaacctttctaatcctgtaaccctttaatacaatccctcaatttgtg
ttgactcacaaccataaaattatttcattgctactccatagctgtaattt
tgctactgttatgaatgttaatgtaaatatctgatatgtatgatatctga
tatatgaccctgaaaggaactgtgacccataggttgtgaactgctggtgt
atatttcattcctacctgtttgaagtttcaaaaaaaattaaaagcaactt
aacatgattcacacttatgcttgtttaatatctgtgttactgccgtgtaa
ctgacatggacagtgatggcatcccggtggcatctgtcctggacttgcag
agacattgctttatcatttgtcactggccttcaggatttttatggatgct
gttgagaaacagatactattgaagtggctgggaaaaaacacagtgtgtgt
g

gaattccaggaaatctcctgtgaaccagtctttcctagacatgctcacag
gtaaaagacaacattttacagggccccattcctagctatagaactactag
caactgatgactgctaagatatggaccattagcctcacccaaagatgagt
ccctttgtggcttgtccaatgcaaagtaattggccctgatattgtataca
cacagcaacaaaaacagattcagcaggttgtatttatataattgtgcaat
atatatttatatatgtatgtatatgtatatataatttgagagaggacaca
aagggaggaaaaggaaagaggaaagtgatatatatttttaaatgtattaa
aatagcaaatatctatttaaggaatgaaattgtaatatctgcaggaaaca
attgggactaggaggtataacagtagccaagataaaaagggctccggaaa
catgtaccacattttctctcatctatcaatgacatgacattgatagctga
ggtgacaggcgtatgggagggagaaagctaagaagagaggagggaaacat
gagagagtaacaacataagggacataactgcaggcacgacttgaaggaag
gaacaggacaagaaatgaggagtggcaacagaggaagacagtgtggaagc
aaatctgaacaagatacaaggatacacacatatgaaaattccaaaacaaa
gccttttattctaaccattttgctcaaaggtgagaaactcaaggctttct
catgaacatctggaacaagtcaaggatggcttgtctctcaacatcttctg
ggaagtctctactaaatggaacaggacaacaaaagttaaacctaggtata
ggtttaggtatagtagaaagaatgaatttctcaaaagagtaaagattgcg
ttactgccagaacaagtcatatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_59384561_59385612
seq2: B6Ng01-295F20.b_49_1099

seq1  GAATTCCTTTTGGCCACCATAGGCTCTACTGTTCTCTGTTAGGATAGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTTGGCCACCATAGGCTCTACTGTTCTCTGTTAGGATAGTTT  50

seq1  CTAGCTTGGGAGAAAAATGTAAGAGGAAGTAAAGATAATTCAAGGAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTTGGGAGAAAAATGTAAGAGGAAGTAAAGATAATTCAAGGAAAGA  100

seq1  AGAGGATAATTTCAACTCATCCTGCAAGTGAGGCTACTGTAGCTAAATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATAATTTCAACTCATCCTGCAAGTGAGGCTACTGTAGCTAAATCC  150

seq1  TGCATCCACATATTGGAATCAGAAAGGTTTTAACCTACTCTGGCTGGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCCACATATTGGAATCAGAAAGGTTTTAACCTACTCTGGCTGGGAT  200

seq1  TGTGAAACTGCAAAGTTCATTCTCTTGTTTTAACATCCACTCTGGGATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAACTGCAAAGTTCATTCTCTTGTTTTAACATCCACTCTGGGATTG  250

seq1  GATTATTTAGGACAATACTTACAGGTGTCTACCAAATAATATGCCCAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTTAGGACAATACTTACAGGTGTCTACCAAATAATATGCCCAGAA  300

seq1  TACTTATTACCTTAGAAAGAACCTTAATTGGAGACACAATGCAGGATACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATTACCTTAGAAAGAACCTTAATTGGAGACACAATGCAGGATACA  350

seq1  AGTAACTGATGTGTTTAAAATTCACATTATTAGGAAGAACTTTTAACCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACTGATGTGTTTAAAATTCACATTATTAGGAAGAACTTTTAACCTC  400

seq1  TGTAGACATGATGCCTTTCACAATCTAAGACTTCTTCAGGTTTTTCTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGACATGATGCCTTTCACAATCTAAGACTTCTTCAGGTTTTTCTTTG  450

seq1  GTTTTAGAGCTATGCCATGCCTGAAAACACAAAGTAATTTGATCTTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAGAGCTATGCCATGCCTGAAAACACAAAGTAATTTGATCTTTCTT  500

seq1  GATTATCTTTATCTTTTTTAAAATTCAATCAAAAGTATCCTTGTGATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATCTTTATCTTTTTTAAAATTCAATCAAAAGTATCCTTGTGATATA  550

seq1  TATTTATCCTGCTACTGCAAAATATATGTTGAATCGTGTATAACAGCGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATCCTGCTACTGCAAAATATATGTTGAATCGTGTATAACAGCGGT  600

seq1  TCTCAACCTTTCTAATCCTGTAACCCTTTAATACAATCCCTCAATTTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAACCTTTCTAATCCTGTAACCCTTTAATACAATCCCTCAATTTGTG  650

seq1  TTGACTCACAACCATAAAATTATTTCATTGCTACTCCATAGCTGTAATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTCACAACCATAAAATTATTTCATTGCTACTCCATAGCTGTAATTT  700

seq1  TGCTACTGTTATGAATGTTAATGTAAATATCTGATATGTATGATATCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTGTTATGAATGTTAATGTAAATATCTGATATGTATGATATCTGA  750

seq1  TATATGACCCTGAAAGGAACTGTGACCCATAGGTTGTGAACTGCTGGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGACCCTGAAAGGAACTGTGACCCATAGGTTGTGAACTGCTGGTGT  800

seq1  ATATTTCATTCCTACCTGTTTGAAGTTTCAAAAAAAATTAAAAGCAACTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCATTCCTACCTGTTTGAAGTTTCAAAAAAAATTAAAAGCAACTT  850

seq1  AACATGATTCACACTTATGCTTGTTTAATATCTGTGTTACTGCCGTGTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGATTCACACTTATGCTTGTTTAATATCTGTGTTACTGCCGTGTAA  900

seq1  CTGACATGGACAGTGATGGCAT-CCGGTGGCATCTGTCCCTGGGACTTGC  949
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||
seq2  CTGACATGGACAGTGATGGCATCCCGGTGGCATCTGTCC--TGGACTTGC  948

seq1  AGAGACATTGCTTTATCATTTTGTCACTGGCCTTCAAGGATTTTATGGAT  999
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||
seq2  AGAGACATTGCTTTATCA-TTTGTCACTGGCCTTCAGGATTTTTATGGAT  997

seq1  GCTGTTGAGAAACAGATACTATTGAAGTGGCTGGGAAAAAACA-GGTGTG  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  GCTGTTGAGAAACAGATACTATTGAAGTGGCTGGGAAAAAACACAGTGTG  1047

seq1  TGTG  1052
      ||||
seq2  TGTG  1051


seq1: chr18_59400563_59401483
seq2: B6Ng01-295F20.g_67_989 (reverse)

seq1  GATATGACTTGTTCTTGCAGTAACGCAATCTTTACTCTTTTGAGAAATTC  50
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGACTTGTTCTGGCAGTAACGCAATCTTTACTCTTTTGAGAAATTC  50

seq1  ATTCTTTCTACTATACCTAAACCTATACCTAGGTTTAACTTTTGTTGTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTCTACTATACCTAAACCTATACCTAGGTTTAACTTTTGTTGTCC  100

seq1  TGTTCCA-TTAGTAGAGACTT-CCAGAAGATGTTGAGAGACAAGCCATCC  148
      ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCATTTAGTAGAGACTTCCCAGAAGATGTTGAGAGACAAGCCATCC  150

seq1  TTGACTTGTTCCAGATGTTCATGAGAAAGCCTTGAGTTTCTCACCTTTGA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTGTTCCAGATGTTCATGAGAAAGCCTTGAGTTTCTCACCTTTGA  200

seq1  GCAAAATGGTTAGAATAAAAGGCTTTGTTTTGGAATTTTCATATGTGTGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATGGTTAGAATAAAAGGCTTTGTTTTGGAATTTTCATATGTGTGT  250

seq1  ATCCTTGTATCTTGTTCAGATTTGCTTCCACACTGTCTTCCTCTGTTGCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTGTATCTTGTTCAGATTTGCTTCCACACTGTCTTCCTCTGTTGCC  300

seq1  ACTCCTCATTTCTTGTCCTGTTCCTTCCTTCAAGTCGTGCCTGCAGTTAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTCATTTCTTGTCCTGTTCCTTCCTTCAAGTCGTGCCTGCAGTTAT  350

seq1  GTCCCTTATGTTGTTACTCTCTCATGTTTCCCTCCTCTCTTCTTAGCTTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTTATGTTGTTACTCTCTCATGTTTCCCTCCTCTCTTCTTAGCTTT  400

seq1  CTCCCTCCCATACGCCTGTCACCTCAGCTATCAATGTCATGTCATTGATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCCCATACGCCTGTCACCTCAGCTATCAATGTCATGTCATTGATA  450

seq1  GATGAGAGAAAATGTGGTACATGTTTCCGGAGCCCTTTTTATCTTGGCTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGAGAAAATGTGGTACATGTTTCCGGAGCCCTTTTTATCTTGGCTA  500

seq1  CTGTTATACCTCCTAGTCCCAATTGTTTCCTGCAGATATTACAATTTCAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATACCTCCTAGTCCCAATTGTTTCCTGCAGATATTACAATTTCAT  550

seq1  TCCTTAAATAGATATTTGCTATTTTAATACATTTAAAAATATATATCACT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAAATAGATATTTGCTATTTTAATACATTTAAAAATATATATCACT  600

seq1  TTCCTCTTTCCTTTTCCTCCCTTTGTGTCCTCTCTCAAATTATATATACA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTTTCCTTTTCCTCCCTTTGTGTCCTCTCTCAAATTATATATACA  650

seq1  TATACATACATATATAAATATATATTGCACAATTATATAAATACAACCTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATACATATATAAATATATATTGCACAATTATATAAATACAACCTG  700

seq1  CTGAATCTGTTTTTGTTGCTGTGTGTATACAATATCAGGGCCAATTACTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATCTGTTTTTGTTGCTGTGTGTATACAATATCAGGGCCAATTACTT  750

seq1  TGCATTGGACAAGCCACAAAGGGACTCATCTTTGGGTGAGGCTAATGGTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTGGACAAGCCACAAAGGGACTCATCTTTGGGTGAGGCTAATGGTC  800

seq1  CATATCTTAGCAGTCATCAGTTGCTAGTAGTTCTATAGCTAGGAATGGGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTTAGCAGTCATCAGTTGCTAGTAGTTCTATAGCTAGGAATGGGG  850

seq1  CCCTGTAAAATGTTGTCTTTTACCTGTGAGCATGTCTAGGAAAGACTGGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTAAAATGTTGTCTTTTACCTGTGAGCATGTCTAGGAAAGACTGGT  900

seq1  TCACAGGAGATTTCCTGGAATTC  921
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGAGATTTCCTGGAATTC  923


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |