BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295J09
Chromosome18 (Build37)
Map Location 56,523,848 - 56,661,752
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667432, Gramd3
Upstream geneLOC667401, LOC667409, LOC629043, LOC100043099, LOC629057, LOC100043104, LOC676543
Downstream geneLOC667458, Aldh7a1, Rnuxa, 1700065I17Rik, LOC675171, Lmnb1, March3, C330018D20Rik, Megf10, LOC672445, Prrc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295J09.bB6Ng01-295J09.g
ACCGA091414GA091415
length1,182965
definitionB6Ng01-295J09.b B6Ng01-295J09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,660,572 - 56,661,752)(56,523,848 - 56,524,811)
sequence
gaattcagagcaagggttgctgcacaaccagtattatgatgggaatagag
aatcccatggctcaaaagaacacaaccttcatctatggtctggtatttgt
agccccactactaaacagaacccccaaagtcctatgtcggtgatcctttg
atttggggctttattcacaattgcatcagtgattgactaagaagagctat
ccaaggtagcaagctcactttgtctcatcatggagttcccattagcagga
agtccttccctaggtatgacgtcctgactttagcccccctggcctccaga
ctgagagcttaatataccctttttttctttacaaattacccaatttgcga
gcactaagttatagctgcagagcaaactaagggactgcttggaggaagcc
tgtgatatcctacaggcatgctcggggagcaaaaagtaagggggctctgt
cttagttagggttttcattgctgtgcacaggcaccatgaccaagaactct
tcttagaaaggacaacatttcattggggctggcttgcaggttcagaggtt
cagtccattgtcatcaaggtgggagcatggcagcatccaggcaagcatgg
tgcaggcagagctgagagttctacatcttcttctgaaggctgctaatgga
agactggcttccagacagctaggatgaggatcttaagctcatacccacac
ctactccaacaaggccacacctcctaatggtgccactccctgggccaagc
aaatacaaaccatcgcaggttctaacaagcctaggtaggtacatatttat
gtattctagccttgactatgccaccccatacagaagcagggtctccattt
gtaactgagggtaaagggatgatcagtgataggaccatgtacacaggtag
caagcgacagagcaagaattaaataaaacctctaaaactgaatgttcttc
ccactgtttctctatcaccgataccacttctagtcctaaataaacaatga
cttctttacctattaaaacttctggggggagatgggctgctggagggatg
gctcagcagttagagactctctgctcctgcagagagctggttgtttccta
gcacccacatgtgtgctactggcctgtaacttcagttccagtaatcttaa
taccttccttattcttcaaggggccacacgtg

gaattcaagcattcgggctgtcttcccagctcagccttgctgttttacaa
gaaagggcacgctcctcactggtggcagtctcgtgacttaatccctgtgc
tgactggctttgtgtcaacttgatacaagctagaattgtctaaaaagagg
gaacctcaattgagaaaacgcctccataaaaatctagctgtaaggcattt
gcttaagtaatgatcagtggggaagggcccagcccattgtgggcggagcc
atccatggattggtggtactggattctataagaaagcagctgagtaagcc
atgaggaacaagccagtaagcagcagccctccatggcctctgcgtcagct
cctgcctccaggttccagccctgcttgagttcctaccgtaatgaacagaa
atatgaaaatgcaagccaaataaaccctttcatccccaacttgcattttg
gtcgtggtgtttcgtgacaacaatagaaaccctaagacaatgtcctccct
tttctcttgtttattttttgagaaggggtcgcagactcgttctggggttc
aggctggtctcagatcatgagctccccatgccatggcctcctaagcactg
agaataagacatgaatctttagattcatcttggtgatcaactttcagcat
acacattttggagacagacaatcaaagatcctcattttgttgttattaag
agagagggtctcaccatgttaaccacactggaatcaaaaccaaggattca
gaggaccctcccaccgcagactccagaatagttaggatggtggaatacgc
taagatgcacagctttagtttgtttttttaattatcaaaaaaaaccattc
agtgcctttttgcttgctggtcccttcccctttacacaatccattgagta
cttaggaattcatgttcagcaagaagtgtgaagtcagggggagggggtgc
aagggcggggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_56660572_56661752
seq2: B6Ng01-295J09.b_45_1226 (reverse)

seq1  CACGT---GCCCCTTG-AGGATA--GAAGTTATT-AGATTACCTGGGACT  43
      |||||   |||||||| || |||  |||| |||| |||||| |||| |||
seq2  CACGTGTGGCCCCTTGAAGAATAAGGAAGGTATTAAGATTA-CTGGAACT  49

seq1  GGAGTTACAGG-CAGTAAGCCACCACATGTGGGTGCTAGGAAACAAACCA  92
      | ||||||||| |||| |||   ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAAGTTACAGGCCAGT-AGC--ACACATGTGGGTGCTAGGAAAC-AACCA  95

seq1  GGCTCCTCTGCAAGAGCAGAGAGTTCTCTTACCTGCTGAGCCATCCCTCC  142
       ||| ||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||
seq2  -GCT-CTCTGCAGGAGCAGAGAG-TCTC-TAACTGCTGAGCCATCCCTCC  141

seq1  AGCAGCCCATCT-CCCCCAGAAGTTTTTAATAGGTAAAGAAGTCATTGTT  191
      |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCCATCTCCCCCCAGAAG-TTTTAATAGGTAAAGAAGTCATTGTT  190

seq1  TATTTAGGACTAGAAGTGGTATCGGTGATAGAGAAACAGTGGGAAGAACA  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGGACTAGAAGTGGTATCGGTGATAGAGAAACAGTGGGAAGAACA  240

seq1  TTCAGTTTTAGAGGTTTTATTT-ATTCTTGCTCTGTCGCTTGCTACCTGT  290
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTTTAGAGGTTTTATTTAATTCTTGCTCTGTCGCTTGCTACCTGT  290

seq1  GTACATGGTCCTATCACTGATCATCCC-TTACCCTCAGTTACAAATGGAG  339
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGGTCCTATCACTGATCATCCCTTTACCCTCAGTTACAAATGGAG  340

seq1  ACCCTGCTTCTGTATGGGGTGGCATAGTCAAGGCTAGAATACATAAATAT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGCTTCTGTATGGGGTGGCATAGTCAAGGCTAGAATACATAAATAT  390

seq1  GTACCTACCTAGGCTTGTTAGAACCTGCGATGGTTTGTATTTGCTTGGCC  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTACCTAGGCTTGTTAGAACCTGCGATGGTTTGTATTTGCTTGGCC  440

seq1  CAGGGAGTGGCACCATTAGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGTAGGTGTGGGT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGTGGCACCATTAGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGTAGGTGTGGGT  490

seq1  ATGAGCTTAAGATCCTCATCCTAGCTGTCTGGAAGCCAGTCTTCCATTAG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTTAAGATCCTCATCCTAGCTGTCTGGAAGCCAGTCTTCCATTAG  540

seq1  CAGCCTTCAGAAGAAGATGTAGAACTCTCAGCTCTGCCTGCACCATGCTT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTCAGAAGAAGATGTAGAACTCTCAGCTCTGCCTGCACCATGCTT  590

seq1  GCCTGGATGCTGCCATGCTCCCACCTTGATGACAATGGACTGAACCTCTG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGATGCTGCCATGCTCCCACCTTGATGACAATGGACTGAACCTCTG  640

seq1  AACCTGCAAGCCAGCCCCAATGAAATGTTGTCCTTTCTAAGAAGAGTTCT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGCAAGCCAGCCCCAATGAAATGTTGTCCTTTCTAAGAAGAGTTCT  690

seq1  TGGTCATGGTGCCTGTGCACAGCAATGAAAACCCTAACTAAGACAGAGCC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATGGTGCCTGTGCACAGCAATGAAAACCCTAACTAAGACAGAGCC  740

seq1  CCCTTACTTTTTGCTCCCCGAGCATGCCTGTAGGATATCACAGGCTTCCT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTACTTTTTGCTCCCCGAGCATGCCTGTAGGATATCACAGGCTTCCT  790

seq1  CCAAGCAGTCCCTTAGTTTGCTCTGCAGCTATAACTTAGTGCTCGCAAAT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCAGTCCCTTAGTTTGCTCTGCAGCTATAACTTAGTGCTCGCAAAT  840

seq1  TGGGTAATTTGTAAAGAAAAAAAGGGTATATTAAGCTCTCAGTCTGGAGG  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAATTTGTAAAGAAAAAAAGGGTATATTAAGCTCTCAGTCTGGAGG  890

seq1  CCAGGGGGGCTAAAGTCAGGACGTCATACCTAGGGAAGGACTTCCTGCTA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGGGGCTAAAGTCAGGACGTCATACCTAGGGAAGGACTTCCTGCTA  940

seq1  ATGGGAACTCCATGATGAGACAAAGTGAGCTTGCTACCTTGGATAGCTCT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAACTCCATGATGAGACAAAGTGAGCTTGCTACCTTGGATAGCTCT  990

seq1  TCTTAGTCAATCACTGATGCAATTGTGAATAAAGCCCCAAATCAAAGGAT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTCAATCACTGATGCAATTGTGAATAAAGCCCCAAATCAAAGGAT  1040

seq1  CACCGACATAGGACTTTGGGGGTTCTGTTTAGTAGTGGGGCTACAAATAC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGACATAGGACTTTGGGGGTTCTGTTTAGTAGTGGGGCTACAAATAC  1090

seq1  CAGACCATAGATGAAGGTTGTGTTCTTTTGAGCCATGGGATTCTCTATTC  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCATAGATGAAGGTTGTGTTCTTTTGAGCCATGGGATTCTCTATTC  1140

seq1  CCATCATAATACTGGTTGTGCAGCAACCCTTGCTCTGAATTC  1181
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATAATACTGGTTGTGCAGCAACCCTTGCTCTGAATTC  1182


seq1: chr18_56523848_56524811
seq2: B6Ng01-295J09.g_69_1033

seq1  GAATTCAAGCATTCGGGCTGTCTTCCCAGCTCAGCCTTGCTGTTTTACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGCATTCGGGCTGTCTTCCCAGCTCAGCCTTGCTGTTTTACAA  50

seq1  GAAAGGGCACGCTCCTCACTGGTGGCAGTCTCGTGACTTAATCCCTGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGCACGCTCCTCACTGGTGGCAGTCTCGTGACTTAATCCCTGTGC  100

seq1  TGACTGGCTTTGTGTCAACTTGATACAAGCTAGAATTGTCTAAAAAGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGGCTTTGTGTCAACTTGATACAAGCTAGAATTGTCTAAAAAGAGG  150

seq1  GAACCTCAATTGAGAAAACGCCTCCATAAAAATCTAGCTGTAAGGCATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTCAATTGAGAAAACGCCTCCATAAAAATCTAGCTGTAAGGCATTT  200

seq1  GCTTAAGTAATGATCAGTGGGGAAGGGCCCAGCCCATTGTGGGCGGAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAGTAATGATCAGTGGGGAAGGGCCCAGCCCATTGTGGGCGGAGCC  250

seq1  ATCCATGGATTGGTGGTACTGGATTCTATAAGAAAGCAGCTGAGTAAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATGGATTGGTGGTACTGGATTCTATAAGAAAGCAGCTGAGTAAGCC  300

seq1  ATGAGGAACAAGCCAGTAAGCAGCAGCCCTCCATGGCCTCTGCGTCAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGAACAAGCCAGTAAGCAGCAGCCCTCCATGGCCTCTGCGTCAGCT  350

seq1  CCTGCCTCCAGGTTCCAGCCCTGCTTGAGTTCCTACCGTAATGAACAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTCCAGGTTCCAGCCCTGCTTGAGTTCCTACCGTAATGAACAGAA  400

seq1  ATATGAAAATGCAAGCCAAATAAACCCTTTCATCCCCAACTTGCATTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAAAATGCAAGCCAAATAAACCCTTTCATCCCCAACTTGCATTTTG  450

seq1  GTCGTGGTGTTTCGTGACAACAATAGAAACCCTAAGACAATGTCCTCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGTGGTGTTTCGTGACAACAATAGAAACCCTAAGACAATGTCCTCCCT  500

seq1  TTTCTCTTGTTTATTTTTTGAGAAGGGGTCGCAGACTCGTTCTGGGGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTGTTTATTTTTTGAGAAGGGGTCGCAGACTCGTTCTGGGGTTC  550

seq1  AGGCTGGTCTCAGATCATGAGCTCCCCATGCCATGGCCTCCTAAGCACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGTCTCAGATCATGAGCTCCCCATGCCATGGCCTCCTAAGCACTG  600

seq1  AGAATAAGACATGAATCTTTAGATTCATCTTGGTGATCAACTTTCAGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAAGACATGAATCTTTAGATTCATCTTGGTGATCAACTTTCAGCAT  650

seq1  ACACATTTTGGAGACAGACAATCAAAGATCCTCATTTTGTTGTTATTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTTTGGAGACAGACAATCAAAGATCCTCATTTTGTTGTTATTAAG  700

seq1  AGAGAGGGTCTCACCATGTTAACCACACTGGAATCAAAACCAAGGATTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGGTCTCACCATGTTAACCACACTGGAATCAAAACCAAGGATTCA  750

seq1  GAGGACCCTCCCACCGCAGACTCCAGAATAGTTAGGATGGTGGAATACGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACCCTCCCACCGCAGACTCCAGAATAGTTAGGATGGTGGAATACGC  800

seq1  TAAGATGCACAGCTTTAGTTTG-TTTTTTAATTATCAAAAAAAACCATTC  849
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATGCACAGCTTTAGTTTGTTTTTTTAATTATCAAAAAAAACCATTC  850

seq1  AGTGCCTTTTTGCTTGCTGGTCCCTTCCCCTTTACACAATCCATTGAGTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCTTTTTGCTTGCTGGTCCCTTCCCCTTTACACAATCCATTGAGTA  900

seq1  CTTAGGAATTCATGTTCAGCAAGAAGTGTGAAGTCAGGGGGAGGGGGTGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGAATTCATGTTCAGCAAGAAGTGTGAAGTCAGGGGGAGGGGGTGC  950

seq1  AAGGGCGGGGGGGGG  964
      |||||||||||||||
seq2  AAGGGCGGGGGGGGG  965


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |