BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295K04
Chromosome18 (Build37)
Map Location 70,248,203 - 70,413,648
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRab27b, 2310002L13Rik
Upstream geneLOC100043380, EG225681, Tcf4, Ccdc68
Downstream gene4930503L19Rik, Stard6, Poli, Mbd2, EG668032, Dcc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295K04.bB6Ng01-295K04.g
ACCGA091452GA091453
length1,1361,131
definitionB6Ng01-295K04.b B6Ng01-295K04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,248,203 - 70,249,342)(70,412,518 - 70,413,648)
sequence
gaattcccaaggggtttaaaaagttatcatgggaacccatggatgctatc
ctaaggaattcaaaatggtagccatgaaggttgtacaacctgtgtttcct
ctgtttgaggaacaagggtgaaaacttcatatttctcctgttcaaaatgt
tgcttcacttatgaatcactattgactatcatggatttctgaagctgtgc
aagattaagcatggttggcactcaagtattccaactgtgtgggaacagcc
atacaaacatgtttaaagaagaatctcaattttaataacaagtttgaaag
ttactagatggctatttatgaatttctgatcctattttatgacaattaat
aacaaatatatataccttggagtcacacctatgttgctttataccacaag
agaaatgaagaatcaacagaggaagagaaggttctaagcatttgtaccaa
gctaaatggttacaaaagaacatcttctctgggtagtgactaattggaaa
tgtctccccattcaagcttcttggagacttatgaactcccctttccaggc
ttctgttttatggctatactaataacccttctcatctgtgtaataacatg
ctaagtaccttctctaagtcacgtttccatatactttgtcaaacaaaaca
tgaaaatggcatgcctggttggcttcgtaattattatattctcataatct
ttacatcaaaataataactataccctgggcattactatttttagaataat
gaatattccaacagtaacacatttacataatgggtggtaaattggcataa
tggaatggtaagttttggtatgtatgttagtcaagagcaaatcatttttc
tcattgactttctaaaacctatctcttatacttgagaaccaaatgtcact
ataattaataaattctcagaattttatattttaaacgcattattttttat
atcattaaagttttctttaaaattttagttgtcacagagttctaaagaaa
ttgggtacctgtttgttttttgtttttttgtttttttttcatggtgtaac
attagttttgtgagtaacagaaaaattttccttggaatctaaaaacatac
aggcagttctcagtaaccccctttattctggaataa

gaattcacttggatggattgtgaggaagtgagtaataataccatctcata
tgtttggttttgttcacctggaagaagtagtgttgccatgtactgaaata
ggtattgacattaggaccacacccaagaaactgattcctttgaggatatt
ggactggagacagcttctctcttatagttgacatctgcctacctaataag
gactcgcaactgcctcctccatcggcaacagggtcattaaatgattcaaa
taacagcctgctcacggaaactcaatttactctctaatcacaacaaagcc
agcacctcttaccctgctctgtctagtcactttaagagcttccttctaca
cttctctcctctctgccgaaagtctgattaattgagtcataatcttgtca
tagccttatggtgtctgtgtggcattgttagtcacacacagcatctgtgt
tggattttgaatcaatgttgtggaatttggaagggtttgaaaaatagaat
aaggaattaatctgttgacttacagaagtttgagatgaatggtagatatc
agagtggtatcaatgagtccaccaacacaagtgtctaatgtttggaatac
aatctttgcttcagagagaaattcaagagccattagcatatttacagcgt
gggtctcctcaggatggatgaccttactaaggcccgagagtcaacttggg
atagggcagcctaactggcaccacaataattaaagggtaagagatgagct
agaacagctggctttcttgtaagttaggagggccaagaaaagtaatggcc
tgcatagtccaatgaaggagttgcacagagacaggaagtatgggatgtag
aaaagactacatggagaattagtctatgaagactgttgccaggacaacgt
ttcctctgtttagatttatggaataaggaaataaagactttgagcactag
gaaagggaaacactctcacagtaaattaatttagaacatccagccatgag
ttttgcacatataatggatttcttctaacattctgcagcctttcaacatc
cattttattgatgttccctagtaccctgggctctaaatttctaggtcttt
tgttctctaactgccagagcctatccagcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_70248203_70249342
seq2: B6Ng01-295K04.b_47_1182

seq1  GAATTCCCAAGGGGTTTAAAAAGTTATCATGGGAACCCATGGATGCTATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAGGGGTTTAAAAAGTTATCATGGGAACCCATGGATGCTATC  50

seq1  CTAAGGAATTCAAAATGGTAGCCATGAAGGTTGTACAACCTGTGTTTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGAATTCAAAATGGTAGCCATGAAGGTTGTACAACCTGTGTTTCCT  100

seq1  CTGTTTGAGGAACAAGGGTGAAAACTTCATATTTCTCCTGTTCAAAATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGAGGAACAAGGGTGAAAACTTCATATTTCTCCTGTTCAAAATGT  150

seq1  TGCTTCACTTATGAATCACTATTGACTATCATGGATTTCTGAAGCTGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCACTTATGAATCACTATTGACTATCATGGATTTCTGAAGCTGTGC  200

seq1  AAGATTAAGCATGGTTGGCACTCAAGTATTCCAACTGTGTGGGAACAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTAAGCATGGTTGGCACTCAAGTATTCCAACTGTGTGGGAACAGCC  250

seq1  ATACAAACATGTTTAAAGAAGAATCTCAATTTTAATAACAAGTTTGAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAACATGTTTAAAGAAGAATCTCAATTTTAATAACAAGTTTGAAAG  300

seq1  TTACTAGATGGCTATTTATGAATTTCTGATCCTATTTTATGACAATTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAGATGGCTATTTATGAATTTCTGATCCTATTTTATGACAATTAAT  350

seq1  AACAAATATATATACCTTGGAGTCACACCTATGTTGCTTTATACCACAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATATATATACCTTGGAGTCACACCTATGTTGCTTTATACCACAAG  400

seq1  AGAAATGAAGAATCAACAGAGGAAGAGAAGGTTCTAAGCATTTGTACCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGAAGAATCAACAGAGGAAGAGAAGGTTCTAAGCATTTGTACCAA  450

seq1  GCTAAATGGTTACAAAAGAACATCTTCTCTGGGTAGTGACTAATTGGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATGGTTACAAAAGAACATCTTCTCTGGGTAGTGACTAATTGGAAA  500

seq1  TGTCTCCCCATTCAAGCTTCTTGGAGACTTATGAACTCCCCTTTCCAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCCCATTCAAGCTTCTTGGAGACTTATGAACTCCCCTTTCCAGGC  550

seq1  TTCTGTTTTATGGCTATACTAATAACCCTTCTCATCTGTGTAATAACATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTTTATGGCTATACTAATAACCCTTCTCATCTGTGTAATAACATG  600

seq1  CTAAGTACCTTCTCTAAGTCACGTTTCCATATACTTTGTCAAACAAAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTACCTTCTCTAAGTCACGTTTCCATATACTTTGTCAAACAAAACA  650

seq1  TGAAAATGGCATGCCTGGTTGGCTTCGTAATTATTATATTCTCATAATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATGGCATGCCTGGTTGGCTTCGTAATTATTATATTCTCATAATCT  700

seq1  TTACATCAAAATAATAACTATACCCTGGGCATTACTATTTTTAGAATAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATCAAAATAATAACTATACCCTGGGCATTACTATTTTTAGAATAAT  750

seq1  GAATATTCCAACAGTAACACATTTACATAATGGGTGGTAAATTGGCATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTCCAACAGTAACACATTTACATAATGGGTGGTAAATTGGCATAA  800

seq1  TGGAATGGTAAGTTTTGGTATGTATGTTAGTCAAGAGCAAATCATTTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGGTAAGTTTTGGTATGTATGTTAGTCAAGAGCAAATCATTTTTC  850

seq1  TCATTGACTTTCTAAAACCTATCTCTTATACTTGAGAACCAAATGTCACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGACTTTCTAAAACCTATCTCTTATACTTGAGAACCAAATGTCACT  900

seq1  ATAATTAATAAATTCTCAGAATTTTATATTTTAAACGCATTATTTTTTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAATAAATTCTCAGAATTTTATATTTTAAACGCATTATTTTTTAT  950

seq1  ATCATTAAAGTTTTCTTTAAAATTTTAGTTGTCACAGAGTTCTAAAGAA-  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATCATTAAAGTTTTCTTTAAAATTTTAGTTGTCACAGAGTTCTAAAGAAA  1000

seq1  -TTGGTACCTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTTG-TTTTTTTTCATGGTTGTA  1047
       | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  TTGGGTACCTG-TTTGTTTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTTTCATGG-TGTA  1048

seq1  ACATTTAGTTTTGTGAGTTAACAGAAA---TTTCCTTGGAAATCTAAAAC  1094
      ||| ||||||||||||| |||||||||   ||||||||| ||||||||| 
seq2  ACA-TTAGTTTTGTGAG-TAACAGAAAAATTTTCCTTGG-AATCTAAAAA  1095

seq1  ATTACAAGGCAGTCCTTCCAGTAACCCCCTTTTAATTCTGAAATAA  1140
        ||| ||||||| ||  ||||||||||||||  |||||| |||||
seq2  CATAC-AGGCAGTTCT--CAGTAACCCCCTTT--ATTCTGGAATAA  1136


seq1: chr18_70412518_70413648
seq2: B6Ng01-295K04.g_66_1196 (reverse)

seq1  ATGCT-GATAGGGCTCT-GCAGTTTAGAGAAC-AAAGA-CTAGAAATTTA  46
      ||||| |||| |||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  ATGCTGGATA-GGCTCTGGCAG-TTAGAGAACAAAAGACCTAGAAATTTA  48

seq1  GAG-CCAGGGTACTTAGGGGAACATCAAT-AAATGGATGTTGAAAGGCTG  94
      ||| ||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCAGGGTACT--AGGGAACATCAATAAAATGGATGTTGAAAGGCTG  96

seq1  CAGAATGTTAG-AGAAATCCATTAATATGTGCAAAACTCATGGCTGGATG  143
      ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGTTAGAAGAAATCCATT-ATATGTGCAAAACTCATGGCTGGATG  145

seq1  TTCTAAATTAATTTACTGTGAGGGTGTTTTCCCCTTTCCTAGTGCTCAAA  193
      |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAATTAATTTACTGTGAGAGTGTTT--CCCTTTCCTAGTGCTCAAA  193

seq1  GTCTTTATTTCCTTATTCCATAAATCTAAACAGAGGAAACGTTGTCCTGG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTATTTCCTTATTCCATAAATCTAAACAGAGGAAACGTTGTCCTGG  243

seq1  CAACAGTCTTCATAGACTAATTCTCCATGTAGTCTTTTCTACATCCCATA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTCTTCATAGACTAATTCTCCATGTAGTCTTTTCTACATCCCATA  293

seq1  CTTCCTGTCTCTGTGCAACTCCTTCATTGGACTATGCAGGCCATTACTTT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTCTCTGTGCAACTCCTTCATTGGACTATGCAGGCCATTACTTT  343

seq1  TCTTGGCCCTCCTAACTTACAAGAAAGCCAGCTGTTCTAGCTCATCTCTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGCCCTCCTAACTTACAAGAAAGCCAGCTGTTCTAGCTCATCTCTT  393

seq1  ACCCTTTAATTATTGTGGTGCCAGTTAGGCTGCCCTATCCCAAGTTGACT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTAATTATTGTGGTGCCAGTTAGGCTGCCCTATCCCAAGTTGACT  443

seq1  CTCGGGCCTTAGTAAGGTCATCCATCCTGAGGAGACCCACGCTGTAAATA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGCCTTAGTAAGGTCATCCATCCTGAGGAGACCCACGCTGTAAATA  493

seq1  TGCTAATGGCTCTTGAATTTCTCTCTGAAGCAAAGATTGTATTCCAAACA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAATGGCTCTTGAATTTCTCTCTGAAGCAAAGATTGTATTCCAAACA  543

seq1  TTAGACACTTGTGTTGGTGGACTCATTGATACCACTCTGATATCTACCAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACACTTGTGTTGGTGGACTCATTGATACCACTCTGATATCTACCAT  593

seq1  TCATCTCAAACTTCTGTAAGTCAACAGATTAATTCCTTATTCTATTTTTC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCAAACTTCTGTAAGTCAACAGATTAATTCCTTATTCTATTTTTC  643

seq1  AAACCCTTCCAAATTCCACAACATTGATTCAAAATCCAACACAGATGCTG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTTCCAAATTCCACAACATTGATTCAAAATCCAACACAGATGCTG  693

seq1  TGTGTGACTAACAATGCCACACAGACACCATAAGGCTATGACAAGATTAT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGACTAACAATGCCACACAGACACCATAAGGCTATGACAAGATTAT  743

seq1  GACTCAATTAATCAGACTTTCGGCAGAGAGGAGAGAAGTGTAGAAGGAAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAATTAATCAGACTTTCGGCAGAGAGGAGAGAAGTGTAGAAGGAAG  793

seq1  CTCTTAAAGTGACTAGACAGAGCAGGGTAAGAGGTGCTGGCTTTGTTGTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAAAGTGACTAGACAGAGCAGGGTAAGAGGTGCTGGCTTTGTTGTG  843

seq1  ATTAGAGAGTAAATTGAGTTTCCGTGAGCAGGCTGTTATTTGAATCATTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGAGTAAATTGAGTTTCCGTGAGCAGGCTGTTATTTGAATCATTT  893

seq1  AATGACCCTGTTGCCGATGGAGGAGGCAGTTGCGAGTCCTTATTAGGTAG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACCCTGTTGCCGATGGAGGAGGCAGTTGCGAGTCCTTATTAGGTAG  943

seq1  GCAGATGTCAACTATAAGAGAGAAGCTGTCTCCAGTCCAATATCCTCAAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGTCAACTATAAGAGAGAAGCTGTCTCCAGTCCAATATCCTCAAA  993

seq1  GGAATCAGTTTCTTGGGTGTGGTCCTAATGTCAATACCTATTTCAGTACA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCAGTTTCTTGGGTGTGGTCCTAATGTCAATACCTATTTCAGTACA  1043

seq1  TGGCAACACTACTTCTTCCAGGTGAACAAAACCAAACATATGAGATGGTA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAACACTACTTCTTCCAGGTGAACAAAACCAAACATATGAGATGGTA  1093

seq1  TTATTACTCACTTCCTCACAATCCATCCAAGTGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACTCACTTCCTCACAATCCATCCAAGTGAATTC  1131


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |