BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296L01
Chromosome18 (Build37)
Map Location 69,758,802 - 69,838,454
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTcf4
Upstream geneLOC100043380, EG225681
Downstream geneCcdc68, Rab27b, 2310002L13Rik, 4930503L19Rik, Stard6, Poli, Mbd2, EG668032
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296L01.bB6Ng01-296L01.g
ACCGA092233GA092234
length1,117134
definitionB6Ng01-296L01.b B6Ng01-296L01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,758,802 - 69,759,924)(69,838,321 - 69,838,454)
sequence
gaattcaatgggagcatatgtttgctccctacagcaagcctaaatgcttg
ccacctagcacatgcagtaagtgatgtgtagctggggttgtttttccccc
ctccaatactgttggactcacacaaaaggcacatttgctcatcatcatta
tagaaggaagacgatggaggatcaagtgttttcaaaatttttaagtgtct
gattagatttttattctttggctctcaatactttcaaacataactcttta
agatgacacggggcacaatgagatgtgataaaaatgatgggcggtgacaa
atgaaatcctgccttttcctcaaccacttacagacagagccctacacaac
aacagtctgcattacccccggaatcaaatgaatactgtcaaatcggtggg
agacaagttagtaaaagagtcgtatctcgaagacagaggtgacgccggaa
gtcaccactggaccttgtagaacagtgaaatccctgcagacttctagttt
ttaaatggataataacttctgtggtgcgttatcatatcatgtaaggtgag
ctgcagaaacgatccttacatttttgttaagcaacgtgatgttttctatt
ccgaggaacagttcttaaggctgatgcccctccctttgaggacattatgg
gaggtgacactaggctttcttctttgaagtgctggagatctctaactccc
aaactgcaactttgccttcccatgtgtgcttgtgttacagcgccatggtc
cgcttagaatatttaagttccatttttctgataatgctgtttttacactc
caggctgtcaaaggtttgacccaaacctttcctcatttcttaaggatgcc
tggtgttttcttccaaatgacttggaaagggagaggaatagctgtaatgt
tttgcttggaggggacaccaccttgagcccagtcccttctcccccaggtt
gggttagagattgagctgaaacaccttgagctgtaggaagtgtcagcttc
cagacttgctggtcagatgcaactccattgctatcagcccgggatttggt
gggcaccctcagggacctagatctgcgtcctctcagcagactacactcat
ttgaaaagggctgattg

caaaccatccaatgaccagattcaagtttaaagagacacaccgaatgaga
aggttccagatatttaagaacatcaattccaatttgaagctatttccctg
tggttgggtttgtagtagcgggggttgggggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_69758802_69759924
seq2: B6Ng01-296L01.b_45_1161

seq1  GAATTCAATGGGAGCATATGTTTGCTCCCTACAGCAAGCCTAAATGCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGGGAGCATATGTTTGCTCCCTACAGCAAGCCTAAATGCTTG  50

seq1  CCACCTAGCACATGCAGTAAGTGATGTGTAGCTGGGGTTGTTTTTCCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTAGCACATGCAGTAAGTGATGTGTAGCTGGGGTTGTTTTTCCCCC  100

seq1  CTCCAATACTGTTGGACTCACACAAAAGGCACATTTGCTCATCATCATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAATACTGTTGGACTCACACAAAAGGCACATTTGCTCATCATCATTA  150

seq1  TAGAAGGAAGACGATGGAGGATCAAGTGTTTTCAAAATTTTTAAGTGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGGAAGACGATGGAGGATCAAGTGTTTTCAAAATTTTTAAGTGTCT  200

seq1  GATTAGATTTTTATTCTTTGGCTCTCAATACTTTCAAACATAACTCTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGATTTTTATTCTTTGGCTCTCAATACTTTCAAACATAACTCTTTA  250

seq1  AGATGACACGGGGCACAATGAGATGTGATAAAAATGATGGGCGGTGACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACACGGGGCACAATGAGATGTGATAAAAATGATGGGCGGTGACAA  300

seq1  ATGAAATCCTGCCTTTTCCTCAACCACTTACAGACAGAGCCCTACACAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATCCTGCCTTTTCCTCAACCACTTACAGACAGAGCCCTACACAAC  350

seq1  AACAGTCTGCATTACCCCCGGAATCAAATGAATACTGTCAAATCGGTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTCTGCATTACCCCCGGAATCAAATGAATACTGTCAAATCGGTGGG  400

seq1  AGACAAGTTAGTAAAAGAGTCGTATCTCGAAGACAGAGGTGACGCCGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGTTAGTAAAAGAGTCGTATCTCGAAGACAGAGGTGACGCCGGAA  450

seq1  GTCACCACTGGACCTTGTAGAACAGTGAAATCCCTGCAGACTTCTAGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCACTGGACCTTGTAGAACAGTGAAATCCCTGCAGACTTCTAGTTT  500

seq1  TTAAATGGATAATAACTTCTGTGGTGCGTTATCATATCATGTAAGGTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGGATAATAACTTCTGTGGTGCGTTATCATATCATGTAAGGTGAG  550

seq1  CTGCAGAAACGATCCTTACATTTTTGTTAAGCAACGTGATGTTTTCTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAAACGATCCTTACATTTTTGTTAAGCAACGTGATGTTTTCTATT  600

seq1  CCGAGGAACAGTTCTTAAGGCTGATGCCCCTCCCTTTGAGGACATTATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGGAACAGTTCTTAAGGCTGATGCCCCTCCCTTTGAGGACATTATGG  650

seq1  GAGGTGACACTAGGCTTTCTTCTTTGAAGTGCTGGAGATCTCTAACTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGACACTAGGCTTTCTTCTTTGAAGTGCTGGAGATCTCTAACTCCC  700

seq1  AAACTGCAACTTTGCCTTCCCATGTGTGCTTGTGTTACAGCGCCATGGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCAACTTTGCCTTCCCATGTGTGCTTGTGTTACAGCGCCATGGTC  750

seq1  CGCTTAGAATATTTAAGTTCCATTTTTCTGATAATGCTGTTTTTACACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTAGAATATTTAAGTTCCATTTTTCTGATAATGCTGTTTTTACACTC  800

seq1  CAGGCTGTCAAAGGTTTGACCCAAACCTTTCCTCATTTCTTAAGGATGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGTCAAAGGTTTGACCCAAACCTTTCCTCATTTCTTAAGGATGCC  850

seq1  TGGTGTTTTCTTCCAAATGACTTGG-AAGGGAGAGGAATAGCTGTAATGT  899
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTTTTCTTCCAAATGACTTGGAAAGGGAGAGGAATAGCTGTAATGT  900

seq1  TTTGCTTGGAGGGGACACCACCTTGAGCCCAGTCCCTTCTCCCCCAGGTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTGGAGGGGACACCACCTTGAGCCCAGTCCCTTCTCCCCCAGGTT  950

seq1  GGGTTAGAGATTGAGCTGAAACACC-TGAGCTGTAGGAAGTGTCAGCTTC  998
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAGAGATTGAGCTGAAACACCTTGAGCTGTAGGAAGTGTCAGCTTC  1000

seq1  CAGACTTGCTGGTCAGATGGCAACTCCATTGCTATCAGGCCCGGATTTGG  1048
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||
seq2  CAGACTTGCTGGTCAGAT-GCAACTCCATTGCTATCAGCCCGGGATTTGG  1049

seq1  TGGGCACCCTCCAGGGACCTAGATCTGCGTCTTCCTCCAGGCCAGACTAC  1098
      |||||||||| |||||||||||||||||||| ||   |||  ||||||||
seq2  TGGGCACCCT-CAGGGACCTAGATCTGCGTCCTC--TCAG--CAGACTAC  1094

seq1  ACTCATTTTGAGAGGGGGCTGATTG  1123
      ||||||||  | |  ||||||||||
seq2  ACTCATTTGAAAA--GGGCTGATTG  1117


seq1: chr18_69838321_69838454
seq2: B6Ng01-296L01.g_75_208 (reverse)

seq1  CCACCCCCAACCCCCGCTACTACAAACCCAACCACAGGGAAATAGCTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCCAACCCCCGCTACTACAAACCCAACCACAGGGAAATAGCTTCA  50

seq1  AATTGGAATTGATGTTCTTAAATATCTGGAACCTTCTCATTCGGTGTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGAATTGATGTTCTTAAATATCTGGAACCTTCTCATTCGGTGTGTC  100

seq1  TCTTTAAACTTGAATCTGGTCATTGGATGGTTTG  134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAACTTGAATCTGGTCATTGGATGGTTTG  134


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |