BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-297F04
Chromosome18 (Build37)
Map Location 65,120,362 - 65,246,814
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNedd4l
Upstream geneWdr7, LOC629436, LOC667773, St8sia3, LOC433193, Onecut2, LOC667783, LOC100043304, Fech, Nars, Atp8b1, LOC629480
Downstream geneAlpk2, LOC667816, Malt1, LOC638570, LOC100042820, Zfp532, 5330437I02Rik, Sec11c, Grp, Rax, Cplx4, Lman1, Ccbe1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-297F04.bB6Ng01-297F04.g
ACCGA092708GA092709
length1,1211,083
definitionB6Ng01-297F04.b B6Ng01-297F04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,120,362 - 65,121,478)(65,245,730 - 65,246,814)
sequence
gaattcacatcaccctcatgacacatcctgagttggatgtaaaggcccca
ccccgacccagcccatttccccttcccaatttgggaatgcaggtgtcaaa
tacaaagaagtgggttctgggctcttctagttttaatttggctgtttttg
tgatccatcagttcgagcaattctgtttccttcagaaaatgtcagaatgc
gggactgggaaggtggcttggtggataagctgttgcacaagcatggggac
ttgtttttgatcctagcactcaggttaaaagcttacacgctgctagtgtt
ccacagagagataggagatggagaaaaaaagagtcctccagaacttgagg
gccagcgtgcctagtgtacgcagcaaggagcaaaactcacacacgtcgga
aggtgatgaccacacatgcgtcatggcctctgcacccacacttacaggag
caagtgaacacacatgtcacatacacacatcacacacacactttcttttt
tctaaaagtcagaacatctttctctctctttttttttttttaaaaattgg
ttgtcgagggctggagtggggtaagcgagtttttgaatacccaagactgg
ctttaaactcactgtagctagaatagccttgaacggattctcttgtccca
gcctcttggttgcagaggtaggtcacaggctgtctccttcattcccaatt
tatggagtgccaaggctcaaacttgggtttcctgcatgcagtgcaggcag
tctcccagctgagctacatctcttatcccgagtctcacgcttttccccaa
atcgcctgcttctgtatttctgaaggcatcgggttgggatcttttacttg
tttactgaagcatacaccagtgaggcagagaatggggaagggcgagtgtc
tgttcctttagagcagagaacaggggtaaaaaaaccaagcagcatttagc
tgtcttcatagctccacagcagccccccctggcctttgctgatactcttc
ccaagcgccgaaccggttcccttcaagcctgtagttgctataagcctgtt
tgttgcctctgggagcaacagtgctgaactacttgttatcgtgcctccca
tcctgcctggtcgctcttctg
gaattctaagaccctggagacattttcttgtctattgctgttacctttaa
gaacagatttgctttatgggtgatgtttggggagtctactctcacccaga
tttcccctgtattttctactaagaatctagctggttaatatcgttagatt
tagaatgtttgggaggcacatttaaaagcacactgagcatgctgtgcaaa
aggacctccatatcaaaagatttcctacatcactcacacccagactgagt
aatcggttgtgcttaattgttcattgagaataacgatgacctgtccttaa
gagtaaagcagcagctaactgaaccccgctgaaggaggctagtgacagcc
agactgtagacgcctaagtgaatgttttccttcaagataaataaggctca
ggcagctgctggccaagcctaacacccttggtctctatgatacacataca
aagctggtgaatagacagatcgttccattacaagaccaagtctgctctct
cctccttccttccttcctgcctgcctactttattttgttgtttttgtttt
gttttgttttgttttttgttctgggggaaagacctttgcttaaaagaaaa
gcatcagtttgccaaccacatgtgaattttttatgtgtccagaatacata
cattgttcctcatgttgtggtgacccccaaccacaaaattattttcattg
ctactttgtaactgtaattttgccactgttatgaacaatagtgtaaatat
ctgatacatggctccttcctcaaaggggtcatgaaccacacattgaggac
cagtgatctacatagttcttgaaacctacatccttaaaaatccacgaaat
tttaggacaccttttttaaaaatttctttagagattctagactgggagtt
tagtcatgtaactgtatctgtacccaacacctaaacaccacaaggacttc
cgttttcagcagtcacgtcaacctgaggaaaggcattcctcactgggggc
ttgttcctggctgacacggatggtgctgataaagcttgaaactgtttcca
tagtggaattcttggggtaggtttaacaactgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_65120362_65121478
seq2: B6Ng01-297F04.b_47_1167

seq1  GAATTCACATCACCCTCATGACACATCCTGAGTTGGATGTAAAGGCCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATCACCCTCATGACACATCCTGAGTTGGATGTAAAGGCCCCA  50

seq1  CCCCGACCCAGCCCATTTCCCCTTCCCAATTTGGGAATGCAGGTGTCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGACCCAGCCCATTTCCCCTTCCCAATTTGGGAATGCAGGTGTCAAA  100

seq1  TACAAAGAAGTGGGTTCTGGGCTCTTCTAGTTTTAATTTGGCTGTTTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGAAGTGGGTTCTGGGCTCTTCTAGTTTTAATTTGGCTGTTTTTG  150

seq1  TGATCCATCAGTTCGAGCAATTCTGTTTCCTTCAGAAAATGTCAGAATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCATCAGTTCGAGCAATTCTGTTTCCTTCAGAAAATGTCAGAATGC  200

seq1  GGGACTGGGAAGGTGGCTTGGTGGATAAGCTGTTGCACAAGCATGGGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTGGGAAGGTGGCTTGGTGGATAAGCTGTTGCACAAGCATGGGGAC  250

seq1  TTGTTTTTGATCCTAGCACTCAGGTTAAAAGCTTACACGCTGCTAGTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTGATCCTAGCACTCAGGTTAAAAGCTTACACGCTGCTAGTGTT  300

seq1  CCACAGAGAGATAGGAGATGGAGAAAAAAAGAGTCCTCCAGAACTTGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAGAGATAGGAGATGGAGAAAAAAAGAGTCCTCCAGAACTTGAGG  350

seq1  GCCAGCGTGCCTAGTGTACGCAGCAAGGAGCAAAACTCACACACGTCGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCGTGCCTAGTGTACGCAGCAAGGAGCAAAACTCACACACGTCGGA  400

seq1  AGGTGATGACCACACATGCGTCATGGCCTCTGCACCCACACTTACAGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATGACCACACATGCGTCATGGCCTCTGCACCCACACTTACAGGAG  450

seq1  CAAGTGAACACACATGTCACATACACACATCACACACACACTTTCTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGAACACACATGTCACATACACACATCACACACACACTTTCTTTTT  500

seq1  TCTAAAAGTCAGAACATCTTTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTAAAAATTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAGTCAGAACATCTTTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTAAAAATTGG  550

seq1  TTGTCGAGGGCTGGAGTGGGGTAAGCGAGTTTTTGAATACCCAAGACTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCGAGGGCTGGAGTGGGGTAAGCGAGTTTTTGAATACCCAAGACTGG  600

seq1  CTTTAAACTCACTGTAGCTAGAATAGCCTTGAACGGATTCTCTTGTCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAACTCACTGTAGCTAGAATAGCCTTGAACGGATTCTCTTGTCCCA  650

seq1  GCCTCTTGGTTGCAGAGGTAGGTCACAGGCTGTCTCCTTCATTCCCAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTTGGTTGCAGAGGTAGGTCACAGGCTGTCTCCTTCATTCCCAATT  700

seq1  TATGGAGTGCCAAGGCTCAAACTTGGGTTTCCTGCATGCAGTGCAGGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAGTGCCAAGGCTCAAACTTGGGTTTCCTGCATGCAGTGCAGGCAG  750

seq1  TCTCCCAGCTGAGCTACATCTCTTAT-CCGAGTCTCACGCTTTACCCCAA  799
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  TCTCCCAGCTGAGCTACATCTCTTATCCCGAGTCTCACGCTTTTCCCCAA  800

seq1  ATCGCCTGCTTCTGTATTTCTGAAGGCATCGGGTTGGGATCTTTAACTTG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATCGCCTGCTTCTGTATTTCTGAAGGCATCGGGTTGGGATCTTTTACTTG  850

seq1  TTTACTGAAGCATACACCAGTGAGGCAGAGAATGGGGAAGGGCGAGTGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTGAAGCATACACCAGTGAGGCAGAGAATGGGGAAGGGCGAGTGTC  900

seq1  TGTTCCTTTAGAGCAGAGAACAGGGGTAAAAAAACCAAGCAGCA-TTAGC  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGTTCCTTTAGAGCAGAGAACAGGGGTAAAAAAACCAAGCAGCATTTAGC  950

seq1  TGCCTTCAGAGCTCCACAGCAG-CCCCCCTGG-CTTTGCTGATACTCTTT  996
      || ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  TGTCTTCATAGCTCCACAGCAGCCCCCCCTGGCCTTTGCTGATACTCTTC  1000

seq1  CCAAGCGCGGAGC--GTTCCCTTC-AGGCTGTAGTTTGCTATAAGCTTGT  1043
      |||||||| || |  ||||||||| || |||||| ||||||||||| |||
seq2  CCAAGCGCCGAACCGGTTCCCTTCAAGCCTGTAG-TTGCTATAAGCCTGT  1049

seq1  TTG-TGCCTCTTGGGAGCCAACAGTGCTGAACTAC-TGTTATCTGTGCCT  1091
      ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  TTGTTGCCTC-TGGGAG-CAACAGTGCTGAACTACTTGTTATC-GTGCCT  1096

seq1  CCCTTCTTGTCTGGGTCGCTCTTCTG  1117
      ||| || || || |||||||||||||
seq2  CCCATCCTGCCT-GGTCGCTCTTCTG  1121

seq1: chr18_65245730_65246814
seq2: B6Ng01-297F04.g_68_1150 (reverse)

seq1  GCAGTTTGTTTAACCTACCCCAAGAAAT-CACTATAGAAACAGTTTCAAG  49
      |||| ||||| ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||
seq2  GCAG-TTGTTAAACCTACCCCAAGAATTCCACTATGGAAACAGTTTCAAG  49

seq1  CTTTATCAGCACCATCCCGTGTTCAGCCAGGAAC-AGCCCCCAGTGAGGA  98
      ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTTTATCAGCACCAT-CCGTG-TCAGCCAGGAACAAGCCCCCAGTGAGGA  97

seq1  ATGCCTTTCCTCAGGTTGACGTGACTGCTGAAAACGGAAGTCCTTTGTGG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATGCCTTTCCTCAGGTTGACGTGACTGCTGAAAACGGAAGTCC-TTGTGG  146

seq1  TGTTTAGGTGTTGGGTACAGATACAGTTACATGACTAAACTCCCAGTCTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGGTGTTGGGTACAGATACAGTTACATGACTAAACTCCCAGTCTA  196

seq1  GAATCTCTAAAGAAATTTTTAAAAAAGGTGTCCTAAAATTTCGTGGATTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTCTAAAGAAATTTTTAAAAAAGGTGTCCTAAAATTTCGTGGATTT  246

seq1  TTAAGGATGTAGGTTTCAAGAACTATGTAGATCACTGGTCCTCAATGTGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGATGTAGGTTTCAAGAACTATGTAGATCACTGGTCCTCAATGTGT  296

seq1  GGTTCATGACCCCTTTGAGGAAGGAGCCATGTATCAGATATTTACACTAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCATGACCCCTTTGAGGAAGGAGCCATGTATCAGATATTTACACTAT  346

seq1  TGTTCATAACAGTGGCAAAATTACAGTTACAAAGTAGCAATGAAAATAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATAACAGTGGCAAAATTACAGTTACAAAGTAGCAATGAAAATAAT  396

seq1  TTTGTGGTTGGGGGTCACCACAACATGAGGAACAATGTATGTATTCTGGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGTTGGGGGTCACCACAACATGAGGAACAATGTATGTATTCTGGA  446

seq1  CACATAAAAAATTCACATGTGGTTGGCAAACTGATGCTTTTCTTTTAAGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAAAAAATTCACATGTGGTTGGCAAACTGATGCTTTTCTTTTAAGC  496

seq1  AAAGGTCTTTCCCCCAGAACAAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAACAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTCTTTCCCCCAGAACAAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAACAA  546

seq1  CAAAATAAAGTAGGCAGGCAGGAAGGAAGGAAGGAGGAGAGAGCAGACTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAAAGTAGGCAGGCAGGAAGGAAGGAAGGAGGAGAGAGCAGACTT  596

seq1  GGTCTTGTAATGGAACGATCTGTCTATTCACCAGCTTTGTATGTGTATCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTGTAATGGAACGATCTGTCTATTCACCAGCTTTGTATGTGTATCA  646

seq1  TAGAGACCAAGGGTGTTAGGCTTGGCCAGCAGCTGCCTGAGCCTTATTTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACCAAGGGTGTTAGGCTTGGCCAGCAGCTGCCTGAGCCTTATTTA  696

seq1  TCTTGAAGGAAAACATTCACTTAGGCGTCTACAGTCTGGCTGTCACTAGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAGGAAAACATTCACTTAGGCGTCTACAGTCTGGCTGTCACTAGC  746

seq1  CTCCTTCAGCGGGGTTCAGTTAGCTGCTGCTTTACTCTTAAGGACAGGTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCAGCGGGGTTCAGTTAGCTGCTGCTTTACTCTTAAGGACAGGTC  796

seq1  ATCGTTATTCTCAATGAACAATTAAGCACAACCGATTACTCAGTCTGGGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTTATTCTCAATGAACAATTAAGCACAACCGATTACTCAGTCTGGGT  846

seq1  GTGAGTGATGTAGGAAATCTTTTGATATGGAGGTCCTTTTGCACAGCATG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGATGTAGGAAATCTTTTGATATGGAGGTCCTTTTGCACAGCATG  896

seq1  CTCAGTGTGCTTTTAAATGTGCCTCCCAAACATTCTAAATCTAACGATAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGTGCTTTTAAATGTGCCTCCCAAACATTCTAAATCTAACGATAT  946

seq1  TAACCAGCTAGATTCTTAGTAGAAAATACAGGGGAAATCTGGGTGAGAGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAGCTAGATTCTTAGTAGAAAATACAGGGGAAATCTGGGTGAGAGT  996

seq1  AGACTCCCCAAACATCACCCATAAAGCAAATCTGTTCTTAAAGGTAACAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCCCAAACATCACCCATAAAGCAAATCTGTTCTTAAAGGTAACAG  1046

seq1  CAATAGACAAGAAAATGTCTCCAGGGTCTTAGAATTC  1085
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGACAAGAAAATGTCTCCAGGGTCTTAGAATTC  1083