BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-297M18
Chromosome18 (Build37)
Map Location 88,815,436 - 88,931,986
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665497, LOC100040003
Upstream geneLOC329008, LOC100039961, LOC100039972, LOC623177
Downstream geneLOC623208, Socs6, Rttn, Cd226, Dok6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-297M18.bB6Ng01-297M18.g
ACCGA093070GA093071
length1,007852
definitionB6Ng01-297M18.b B6Ng01-297M18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,815,436 - 88,816,395)(88,931,135 - 88,931,986)
sequence
gaattctatgtgtcatagttaaagtttaaaaaataatcaggcaataccta
taggaattacacactcagaagaataactccatctgcataatgctttagtc
agacgtgtttatcagccccaatggactatctacattggttttatttgttg
tagatgcaatcccaacactagttcatgagtaaaatgtattccctattaaa
aggtttttaaagaactcctataaagaataaatattctcattttaccctcc
cacaattgcactattcaggacccattaggaagtctctaaatgccatatag
aatacaattaatttgttccacttgttagtaaagctatggtcttagtagaa
gcaggaaggattttaaataccaacttattagactgcacttatgtgtactt
cacacacacaccccaatacatctcagctaagtttcaaccatgcttggaaa
caatttgatggaagcatcctaagaatgaggagcagaacctgaaagagctt
ctgtaagtacatacctgttggatttgatgaacagcacggggagatcagga
taccaaagcagagtatgtcaaaaggctagaaatgttgtcaacagcaggag
aggaggtatattatatataagacattttaagtcatagtaagacacacaac
tgattataaataatcagtgggctggggaatatgagtgacatgaacatata
atccatctcaaaggattcttctggctgatgtacagtgtacacaatgaaaa
ggcaacaggccagtcatgtgaaagacacgacatctaaagactgatttaac
aatccagataaagtttgatagaggctatagaggtgcattagcagaggaaa
taatgggtatttgggttcatgaggttacttcaaggtggaaccaatagaat
ttctaatggatggaaaggttatccctcaaagtgaaaggatatacctgaaa
gtctgtatcaatacctggaaatacatgactgtctttttctgagctgagta
gaacagt

gaattctttctttactatggcaagtatgtgcctgtgcttttgtatgtata
tggctatgctggtttggaggtgatggtgtgtgtgtagttatgcctgggga
tgccttcggattttctctggagtgtgtcaggcataagtcacatctaagac
tcgctgtagctcttggttctcactatttatctttgcaaaaacccaaattt
aaagtctgtgattattttcacccagttcaagaaaagaaagcatctttcct
ggatattttggagggcatttcaattgctgtgcaacttatataggcttata
taggaaagaaaacacattaccttttttggagatgaaatttatactgattt
aaaagaaaccattgcaagcttcatattttgattatcagacattttcttaa
aattcttgcatggtttcattttttagatggaaaatgattttacacctcag
tatgagaacttttcatgatgacgcattatgtatgacatgggccattcaag
tttaaagaaccagaggactatgagggttactgcaaaatggtgcctcctgg
atatggcagggatactgccaaagtgaactcacagcagctgtggatgcctg
acttgacctgcagaagatcaaaccagtcatcgatgaagcacaggtatgtg
aagggttcacaagaccctgttcatattgaggacctataggcagtccacag
ctcctggggaagggagagttggctttcttcaggaatggactattgatagg
ttgctgatgctccagtggtaatccaaaaacagaagaagaggacatgactt
tgaaagggagatgtttgtgtaaggatgtgagaaggagtggttgggaatgg
gg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_88815436_88816395
seq2: B6Ng01-297M18.b_48_1008

seq1  GAATTCTATGTGTCATAGTTAAAGTTTAAAAAATAATCAGGCAATACCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGTGTCATAGTTAAAGTTTAAAAAATAATCAGGCAATACCTA  50

seq1  TAGGAATTACACACTCAGAAGAATAACTCCATCTGCATAATGCTTTAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATTACACACTCAGAAGAATAACTCCATCTGCATAATGCTTTAGTC  100

seq1  AGACGTGTTTATCAGCCCCAATGGACTATCTACATTGGTTTTATTTGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGTGTTTATCAGCCCCAATGGACTATCTACATTGGTTTTATTTGTTG  150

seq1  TAGATGCAATCCCAACACTAGTTCATGAGTAAAATGTATTCCCTATTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCAATCCCAACACTAGTTCATGAGTAAAATGTATTCCCTATTAAA  200

seq1  AGGTTTTTAAAGAACTCCTATAAAGAATAAATATTCTCATTTTACCCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTTAAAGAACTCCTATAAAGAATAAATATTCTCATTTTACCCTCC  250

seq1  CACAATTGCACTATTCAGGACCCATTAGGAAGTCTCTAAATGCCATATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTGCACTATTCAGGACCCATTAGGAAGTCTCTAAATGCCATATAG  300

seq1  AATACAATTAATTTGTTCCACTTGTTAGTAAAGCTATGGTCTTAGTAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAATTAATTTGTTCCACTTGTTAGTAAAGCTATGGTCTTAGTAGAA  350

seq1  GCAGGAAGGATTTTAAATACCAACTTATTAGACTGCACTTATGTGTACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAAGGATTTTAAATACCAACTTATTAGACTGCACTTATGTGTACTT  400

seq1  CACACACACACCCCAATACATCTCAGCTAAGTTTCAACCATGCTTGGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACCCCAATACATCTCAGCTAAGTTTCAACCATGCTTGGAAA  450

seq1  CAATTTGATGGAAGCATCCTAAGAATGAGGAGCAGAACCTGAAAGAGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTGATGGAAGCATCCTAAGAATGAGGAGCAGAACCTGAAAGAGCTT  500

seq1  CTGTAAGTACATACCTGTTGGATTTGATGAACAGCACGGGGAGATCAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGTACATACCTGTTGGATTTGATGAACAGCACGGGGAGATCAGGA  550

seq1  TACCAAAGCAGAGTATGTCAAAAGGCTAGAAATGTTGTCAACAGCAGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAAGCAGAGTATGTCAAAAGGCTAGAAATGTTGTCAACAGCAGGAG  600

seq1  AGGAGGTATATTATATATAAGACATTTTAAGTCATAGTAAGACACACAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTATATTATATATAAGACATTTTAAGTCATAGTAAGACACACAAC  650

seq1  TGATTATAAATAATCAGTGGGCTGGGGAATATGAGTGACATGAACATATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATAAATAATCAGTGGGCTGGGGAATATGAGTGACATGAACATATA  700

seq1  ATCCATCTCAAAGGATTCTTCTGGCTGATGTACAGTGTACACAATGAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCTCAAAGGATTCTTCTGGCTGATGTACAGTGTACACAATGAAAA  750

seq1  GGCAACAGGCCAGTCATGTGAAAGACACGACATCTAAAGACTGATTTAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACAGGCCAGTCATGTGAAAGACACGACATCTAAAGACTGATTTAAC  800

seq1  AATCCAGATAAAGTTTGATAGAGGCTATAGAGGTGCATTAGCAGAGGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAGATAAAGTTTGATAGAGGCTATAGAGGTGCATTAGCAGAGGAAA  850

seq1  TAATGGGTATTTGGGTTCATGAGGTTACTTCAAGGTGGAACCAATAGAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGGTATTTGGGTTCATGAGGTTACTTCAAGGTGGAACCAATAGAAT  900

seq1  TTCTAATGGATGG-AAGGTTATCCCTCAAAGTGAAAGGATATACCTGAAA  949
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATGGATGGAAAGGTTATCCCTCAAAGTGAAAGGATATACCTGAAA  950

seq1  GTCTGTATCAA  960
      |||||||||||
seq2  GTCTGTATCAA  961


seq1: chr18_88931135_88931986
seq2: B6Ng01-297M18.g_66_917 (reverse)

seq1  CCCCATTCCCAACCACTCCTTCTCACATCCTTACACAAACATCTCCCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTCCCAACCACTCCTTCTCACATCCTTACACAAACATCTCCCTTT  50

seq1  CAAAGTCATGTCCTCTTCTTCTGTTTTTGGATTACCACTGGAGCATCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTCATGTCCTCTTCTTCTGTTTTTGGATTACCACTGGAGCATCAGC  100

seq1  AACCTATCAATAGTCCATTCCTGAAGAAAGCCAACTCTCCCTTCCCCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTATCAATAGTCCATTCCTGAAGAAAGCCAACTCTCCCTTCCCCAGG  150

seq1  AGCTGTGGACTGCCTATAGGTCCTCAATATGAACAGGGTCTTGTGAACCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGGACTGCCTATAGGTCCTCAATATGAACAGGGTCTTGTGAACCC  200

seq1  TTCACATACCTGTGCTTCATCGATGACTGGTTTGATCTTCTGCAGGTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATACCTGTGCTTCATCGATGACTGGTTTGATCTTCTGCAGGTCAA  250

seq1  GTCAGGCATCCACAGCTGCTGTGAGTTCACTTTGGCAGTATCCCTGCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGCATCCACAGCTGCTGTGAGTTCACTTTGGCAGTATCCCTGCCAT  300

seq1  ATCCAGGAGGCACCATTTTGCAGTAACCCTCATAGTCCTCTGGTTCTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGAGGCACCATTTTGCAGTAACCCTCATAGTCCTCTGGTTCTTTA  350

seq1  AACTTGAATGGCCCATGTCATACATAATGCGTCATCATGAAAAGTTCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAATGGCCCATGTCATACATAATGCGTCATCATGAAAAGTTCTCA  400

seq1  TACTGAGGTGTAAAATCATTTTCCATCTAAAAAATGAAACCATGCAAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGGTGTAAAATCATTTTCCATCTAAAAAATGAAACCATGCAAGAA  450

seq1  TTTTAAGAAAATGTCTGATAATCAAAATATGAAGCTTGCAATGGTTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGAAAATGTCTGATAATCAAAATATGAAGCTTGCAATGGTTTCTT  500

seq1  TTAAATCAGTATAAATTTCATCTCCAAAAAAGGTAATGTGTTTTCTTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCAGTATAAATTTCATCTCCAAAAAAGGTAATGTGTTTTCTTTCC  550

seq1  TATATAAGCCTATATAAGTTGCACAGCAATTGAAATGCCCTCCAAAATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAGCCTATATAAGTTGCACAGCAATTGAAATGCCCTCCAAAATAT  600

seq1  CCAGGAAAGATGCTTTCTTTTCTTGAACTGGGTGAAAATAATCACAGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAAGATGCTTTCTTTTCTTGAACTGGGTGAAAATAATCACAGACT  650

seq1  TTAAATTTGGGTTTTTGCAAAGATAAATAGTGAGAACCAAGAGCTACAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTGGGTTTTTGCAAAGATAAATAGTGAGAACCAAGAGCTACAGC  700

seq1  GAGTCTTAGATGTGACTTATGCCTGACACACTCCAGAGAAAATCCGAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTTAGATGTGACTTATGCCTGACACACTCCAGAGAAAATCCGAAGG  750

seq1  CATCCCCAGGCATAACTACACACACACCATCACCTCCAAACCAGCATAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCCAGGCATAACTACACACACACCATCACCTCCAAACCAGCATAGC  800

seq1  CATATACATACAAAAGCACAGGCACATACTTGCCATAGTAAAGAAAGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACATACAAAAGCACAGGCACATACTTGCCATAGTAAAGAAAGAAT  850

seq1  TC  852
      ||
seq2  TC  852


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |