BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307K23
Chromosome18 (Build37)
Map Location 58,718,012 - 58,796,197
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc27a6
Upstream gene1700011I03Rik, 2210409D07Rik, Slc12a2, 9330166H04Rik, Fbn2
Downstream geneIsoc1, Adamts19, A730017C20Rik, 4833446K15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307K23.bB6Ng01-307K23.g
ACCGA100391GA100392
length1,1741,107
definitionB6Ng01-307K23.b B6Ng01-307K23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,795,034 - 58,796,197)(58,718,012 - 58,719,115)
sequence
gaattccagtctcctggctgtttttggatcaagatgtagaattctcagct
ctttcagcatcacatctgccaggcttcccaccatcatgataatagactaa
acctctgaaactgtaacccagccccatttaatgtttgcctttttaagact
tgacttggtcatggtgtctcttcacagcaataaaacactaagaaacatgt
tcataggaaagacattttatttgtagtcacaaatgaacagggaatggata
tattagtaatttattaagggatctattagtaatttattaagggaaaagga
gaaaaatcaaatttgcatcccactgtcccctgattgctttgcttccttcc
tttcttctgtttccttatcacgcctcaaaaggaaagtttccactggaata
ttatttccagaaagaaaatcaagacgaaccttctgtgtagatctagtgat
caatggtgcaagaaagactaaaggggcttactaagacacacccctgaggc
agcctttgagtttcagattctctaagtacagaaagaagcctgggaagtga
gtgacattatcttcctagtgatgctgattttactggtccaaaaccacacc
tgcaaaccattgcctaactgtaggcagcagcccaaagtgccctgtgtgca
ctaaacatggattcattcctcccgaagcacccgcctcctagatgctgata
aataaatggaagccagcactgaaaggccaggtcacttgtacctcgatttt
catgagcctctgaaatctacgggcatgatgtgaacactgagcctgaatgg
acatgaaggacttggtcacagatataatagtttactagttactcactcaa
tgcccatatgaaccagacaaacaggattaatgaagcctttccatgaagtt
acaaacgcatagcccagatatcggagcagtccagaaactcacttactgtg
tgggacttaactgtcctgcattctgtagatgtgcatatgtctgctcagtc
ctagttatttctattttgttgtttaaggcaaatttttcactgtggagatg
gaccataaatctccccattggacccgatcagtggtaaaaccttaatatta
actataaattctcaatttctaattttgtagtccgtaacttgacttgaagg
gaggtggaatctatttggataaac
gaattccaacttgtgctagaaaatgttacctgccttcagaagagcaaact
aagagggttccagtgtgagatctttgtggctaagatgctgaggtcaataa
gaggacctcctatagaacaaaacactaagaagttcttctgagggacacag
tacagggcacctctcaagttggtgtgcagacctggctgtagcatgcggtg
ttgtttaatcatgttcaactaatggtatagttcctgtgttctagctttta
ctcagttctccagtaattaatacatcccagcctccccccacttccttttt
ggtgcataaaagctatggagactggagacatagctaagttcagcaaagta
ccatccaaacaccatccaaagtaccatcccaaggttggtctccagaaccc
aaatttaaaaataagtaagtaagtaagtaggtagtaagtaaagctacgtg
tggtaatctcagagctgcgaggcagaggtaagtggatcccgagtgcacac
tggccatttagcatagcctacttgctgagctccaggccagtgagagactc
tatctcagaaactggtaaggtggaactcaatggaagaacacacaaggctg
acttctaacctccacaccagctcatgcactttctcacacacacgtacaca
cacattcatacacaaacttgtacacacacatgaacacacatatgcattca
cacatccacatacattcatgtgcaaaaaatacatgcacacactcacaagc
atgcacacatacaagcatgcacacacacaagcatgcacacacagactaca
actttaggttactgggattttaagtcaaatactatgtagtagagtttttt
tttcaacaaaatagtttaactagcgaaatcaagctttaagttacattaac
tattcatgttcacatatcttaaaacacaaattacatgaattttaaagatg
tgatagttctattctaattaatgaatggtttgctttgttaggaacagctt
aggtccagtaaattgtgtgcatttaagttctactgtgaaacagtgtattt
ctttttaagtgacattttcaggctgcaatggtgaccagtatacttaggta
aataatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_58795034_58796197
seq2: B6Ng01-307K23.b_48_1221 (reverse)

seq1  GTTTATCAAAATAGA-TCCACCTCC--TC-AGTCAAAGTTACGAACCACA  46
      ||||||| ||||||| |||||||||  || |||| |||||||| || |||
seq2  GTTTATCCAAATAGATTCCACCTCCCTTCAAGTC-AAGTTACGGACTACA  49

seq1  AAATTAGAA--TTAGAA-TTATAGTTTAATATTTA-GTTTTACCAACTGA  92
      |||||||||  | |||| |||||| |||||||| | |||||||| |||||
seq2  AAATTAGAAATTGAGAATTTATAG-TTAATATTAAGGTTTTACC-ACTGA  97

seq1  TC-GGTCAAAT-GGGAGA-TTATGGT-CATCT-CACAGTGAAAAATTTGC  137
      || |||| ||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  TCGGGTCCAATGGGGAGATTTATGGTCCATCTCCACAGTGAAAAATTTGC  147

seq1  CTTTAAACAAC-AAATAGAAATAACTAGGACTGAGCAGACATATGCACAT  186
      | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TTAAACAACAAAATAGAAATAACTAGGACTGAGCAGACATATGCACAT  196

seq1  CTACAGAATGCAGGACAGTTAAGTCCCACACAGTAAGTGAGTTTCTGGAC  236
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAATGCAGGACAGTTAAGTCCCACACAGTAAGTGAGTTTCTGGAC  246

seq1  TGCTCCGATATCTGGGCTATGCGTTTGTAACTTCATGGAAAGGCTTCATT  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCGATATCTGGGCTATGCGTTTGTAACTTCATGGAAAGGCTTCATT  296

seq1  AATCCTGTTTGTCTGGTTCATATGGGCATTGAGTGAGTAACTAGTAAACT  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGTTTGTCTGGTTCATATGGGCATTGAGTGAGTAACTAGTAAACT  346

seq1  ATTATATCTGTGACCAAGTCCTTCATGTCCATTCAGGCTCAGTGTTCACA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATCTGTGACCAAGTCCTTCATGTCCATTCAGGCTCAGTGTTCACA  396

seq1  TCATGCCCGTAGATTTCAGAGGCTCATGAAAATCGAGGTACAAGTGACCT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCCGTAGATTTCAGAGGCTCATGAAAATCGAGGTACAAGTGACCT  446

seq1  GGCCTTTCAGTGCTGGCTTCCATTTATTTATCAGCATCTAGGAGGCGGGT  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTCAGTGCTGGCTTCCATTTATTTATCAGCATCTAGGAGGCGGGT  496

seq1  GCTTCGGGAGGAATGAATCCATGTTTAGTGCACACAGGGCACTTTGGGCT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCGGGAGGAATGAATCCATGTTTAGTGCACACAGGGCACTTTGGGCT  546

seq1  GCTGCCTACAGTTAGGCAATGGTTTGCAGGTGTGGTTTTGGACCAGTAAA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTACAGTTAGGCAATGGTTTGCAGGTGTGGTTTTGGACCAGTAAA  596

seq1  ATCAGCATCACTAGGAAGATAATGTCACTCACTTCCCAGGCTTCTTTCTG  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCATCACTAGGAAGATAATGTCACTCACTTCCCAGGCTTCTTTCTG  646

seq1  TACTTAGAGAATCTGAAACTCAAAGGCTGCCTCAGGGGTGTGTCTTAGTA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAGAGAATCTGAAACTCAAAGGCTGCCTCAGGGGTGTGTCTTAGTA  696

seq1  AGCCCCTTTAGTCTTTCTTGCACCATTGATCACTAGATCTACACAGAAGG  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCTTTAGTCTTTCTTGCACCATTGATCACTAGATCTACACAGAAGG  746

seq1  TTCGTCTTGATTTTCTTTCTGGAAATAATATTCCAGTGGAAACTTTCCTT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTCTTGATTTTCTTTCTGGAAATAATATTCCAGTGGAAACTTTCCTT  796

seq1  TTGAGGCGTGATAAGGAAACAGAAGAAAGGAAGGAAGCAAAGCAATCAGG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGCGTGATAAGGAAACAGAAGAAAGGAAGGAAGCAAAGCAATCAGG  846

seq1  GGACAGTGGGATGCAAATTTGATTTTTCTCCTTTTCCCTTAATAAATTAC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTGGGATGCAAATTTGATTTTTCTCCTTTTCCCTTAATAAATTAC  896

seq1  TAATAGATCCCTTAATAAATTACTAATATATCCATTCCCTGTTCATTTGT  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGATCCCTTAATAAATTACTAATATATCCATTCCCTGTTCATTTGT  946

seq1  GACTACAAATAAAATGTCTTTCCTATGAACATGTTTCTTAGTGTTTTATT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACAAATAAAATGTCTTTCCTATGAACATGTTTCTTAGTGTTTTATT  996

seq1  GCTGTGAAGAGACACCATGACCAAGTCAAGTCTTAAAAAGGCAAACATTA  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGAAGAGACACCATGACCAAGTCAAGTCTTAAAAAGGCAAACATTA  1046

seq1  AATGGGGCTGGGTTACAGTTTCAGAGGTTTAGTCTATTATCATGATGGTG  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGGCTGGGTTACAGTTTCAGAGGTTTAGTCTATTATCATGATGGTG  1096

seq1  GGAAGCCTGGCAGATGTGATGCTGAAAGAGCTGAGAATTCTACATCTTGA  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCTGGCAGATGTGATGCTGAAAGAGCTGAGAATTCTACATCTTGA  1146

seq1  TCCAAAAACAGCCAGGAGACTGGAATTC  1164
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAAACAGCCAGGAGACTGGAATTC  1174

seq1: chr18_58718012_58719115
seq2: B6Ng01-307K23.g_65_1171

seq1  GAATTCCAACTTGTGCTAGAAAATGTTACCTGCCTTCAGAAGAGCAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACTTGTGCTAGAAAATGTTACCTGCCTTCAGAAGAGCAAACT  50

seq1  AAGAGGGTTCCAGTGTGAGATCTTTGTGGCTAAGATGCTGAGGTCAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGTTCCAGTGTGAGATCTTTGTGGCTAAGATGCTGAGGTCAATAA  100

seq1  GAGGACCTCCTATAGAACAAAACACTAAGAAGTTCTTCTGAGGGACACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACCTCCTATAGAACAAAACACTAAGAAGTTCTTCTGAGGGACACAG  150

seq1  TACAGGGCACCTCTCAAGTTGGTGTGCAGACCTGGCTGTAGCATGCGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGGCACCTCTCAAGTTGGTGTGCAGACCTGGCTGTAGCATGCGGTG  200

seq1  TTGTTTAATCATGTTCAACTAATGGTATAGTTCCTGTGTTCTAGCTTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTAATCATGTTCAACTAATGGTATAGTTCCTGTGTTCTAGCTTTTA  250

seq1  CTCAGTTCTCCAGTAATTAATACATCCCAGCCTCCCCCCACTTCCTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTCTCCAGTAATTAATACATCCCAGCCTCCCCCCACTTCCTTTTT  300

seq1  GGTGCATAAAAGCTATGGAGACTGGAGACATAGCTAAGTTCAGCAAAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCATAAAAGCTATGGAGACTGGAGACATAGCTAAGTTCAGCAAAGTA  350

seq1  CCATCCAAACACCATCCAAAGTACCATCCCAAGGTTGGTCTCCAGAACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCAAACACCATCCAAAGTACCATCCCAAGGTTGGTCTCCAGAACCC  400

seq1  AAATTTAAAAATAAGTAAGTAAGTAAGTAGGTAGTAAGTAAAGCTACGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTAAAAATAAGTAAGTAAGTAAGTAGGTAGTAAGTAAAGCTACGTG  450

seq1  TGGTAATCTCAGAGCTGCGAGGCAGAGGTAAGTGGATCCCGAGTGCACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAATCTCAGAGCTGCGAGGCAGAGGTAAGTGGATCCCGAGTGCACAC  500

seq1  TGGCCATTTAGCATAGCCTACTTGCTGAGCTCCAGGCCAGTGAGAGACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATTTAGCATAGCCTACTTGCTGAGCTCCAGGCCAGTGAGAGACTC  550

seq1  TATCTCAGAAACTGGTAAGGTGGAACTCAATGGAAGAACACACAAGGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCAGAAACTGGTAAGGTGGAACTCAATGGAAGAACACACAAGGCTG  600

seq1  ACTTCTAACCTCCACACCAGCTCATGCACTTTCTCACACACACGTACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTAACCTCCACACCAGCTCATGCACTTTCTCACACACACGTACACA  650

seq1  CACATTCATACACAAACTTGTACACACACATGAACACACATATGCATTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCATACACAAACTTGTACACACACATGAACACACATATGCATTCA  700

seq1  CACATCCACATACATTCATGTGCAAAAAATACATGCACACACTCACAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCACATACATTCATGTGCAAAAAATACATGCACACACTCACAAGC  750

seq1  ATGCACACATACAAGCATGCACACACACAAGCATGCACACACAGACTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACACATACAAGCATGCACACACACAAGCATGCACACACAGACTACA  800

seq1  ACTTTAGGTTACTGGGATTTTAAGTCAAATACTATGTAGTAGAG-TTTTT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACTTTAGGTTACTGGGATTTTAAGTCAAATACTATGTAGTAGAGTTTTTT  850

seq1  TTTCAACAAAATAG-TTAACTAGCGAAATCAAGC-TTAAGTTACATTAAC  897
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTTCAACAAAATAGTTTAACTAGCGAAATCAAGCTTTAAGTTACATTAAC  900

seq1  TATTCATGTTCACATATCTTAAAACACAAATTACATGAATTTTAAAGATG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATGTTCACATATCTTAAAACACAAATTACATGAATTTTAAAGATG  950

seq1  TGATAGTTCTATTCTAATTAATGAATGGTTTGCTTTGTTAAGAACAGCTT  997
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGATAGTTCTATTCTAATTAATGAATGGTTTGCTTTGTTAGGAACAGCTT  1000

seq1  AGGTCCCAGTAAATTGTGTGCATTTAAAGTTCTTACTGTGAAACAGTGTA  1047
      |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  AGGT-CCAGTAAATTGTGTGCATTT-AAGTTC-TACTGTGAAACAGTGTA  1047

seq1  TT--CTTTTAAGTGACATTTT-AAGCTGCAATGGTGAACAGTATAC-TAG  1093
      ||   |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||
seq2  TTTCTTTTTAAGTGACATTTTCAGGCTGCAATGGTGACCAGTATACTTAG  1097

seq1  TAATAATAATT  1104
        | |||||||
seq2  GTA-AATAATT  1107