BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308C03
Chromosome18 (Build37)
Map Location 82,412,878 - 82,617,854
singlet/doubletdoublet
Overlap geneB020010K11Rik, Galr1
Upstream geneLOC100039458, LOC100040871
Downstream geneMbp, EG637748, Zfp236, LOC100039563, Zfp516, LOC100041001, 4921531P14Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308C03.bB6Ng01-308C03.g
ACCGA100713GA100714
length1,059698
definitionB6Ng01-308C03.b B6Ng01-308C03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,616,801 - 82,617,854)(82,412,878 - 82,413,574)
sequence
gaattcttatagaattatcattaggaattaagaaaccatctgcttgtctg
tatagcatcacctcaagacagtacatcttcgttgatctgcagaaagtctg
tccaatagggtgggctatgcccagggattgttatttaatttaataatgcc
aggaaaggcatatcaatagcagaaatcaaatcccaaaaatgtcgttctgt
gagctttgcctgcaagggctcattcgttgcagtccagggtccatggcgaa
gtcatctcaggcagatcacctactggcctttagcctttcctagatggctc
ctgacaaagtaatagtaggtgacaacggtgttcttgtctggcagaccttt
tctcctgaaccgctttaccagtctcttcacacagtacctcccgctttgca
gtggtaacagctcctgctatcgatcccattactctccttatgttttgttt
tgttttttcaagacagggtttctctgtgtatccctggctgtcctggaact
cactttgtagaccaggctggcctcgaactcaaaaatccacctgcctctgc
cttccaagtgctggaattaaaggtgtgcaccaccactgccctactctcct
tattttttgttcttcagctctcatttagtcatcctagccttgcataattt
tcatatgaatgctaggttagctacatgctgttctctctaaaaaccagaat
tttgtttgctctgagcattaaaattgtaagtgaactctgggagcacacat
ctttatcatgatgattggcacctgcctagcattataggtgtactttattc
ctttgtactttgtgtgtgtatatgtatgtgtaggtgtgcgtgtgcatgtg
tgtgcatgtatgtgtgttggtctgtagcagccagcagacaagtacagtcc
tgggaagtttaacatcagagtgttagctcctatggtgctggaggtgagaa
agtccaaaggacaggcgcctctgtagatttccctttcttctgagacctcc
tctaatgtcttgcaaggcctgtcattctccttggggtctttcatagtctt
ttagttcat

gaattctcttgtcccaagaaggggtagctttgcacataatgcctagaaca
caattgacgctcccaccatatgcacggctagcttcaagctggggcacgca
cccacattacagctaccgctgggccaaccgaggttgtaaattgacacccg
ctgacagacactctcagatgatgctatcctcagaaatgaacagcatgctc
atgataaaatcaaggcaggacagtagctaacacgtgagcccatgggatgt
gccaggcacttgtcccgttccctccccttgagctgcatgggtagttataa
gaatgtgcaagacaaggctgtgcctcagaagtaccactgtccccacttac
aaaccagggccaagaaacatcaggtaatgaggggcattttgcgcccagga
taccaatataaatagctgttgctacaagataacctcttgtgaaacagctt
gatacagttgaggagaacaagagatcttagaatagtccacaagaaggaga
gagactatttgttaaatacaacctactacgggggtggccatagaaggcac
agaatgccctgtgaagttccacttttagccatgcaactaataatctctta
gtattaaaatagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgccaa
ataaagcaggtaatactgaaacatgcattgctgcctcaaaaattcaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_82616801_82617854
seq2: B6Ng01-308C03.b_43_1101 (reverse)

seq1  ATGAACT-AAAGACTATGGAAGGACCCAAGGAG-ATGACAGG-CTTGCAA  47
      ||||||| |||||||||| |||  ||||||||| |||||||| |||||||
seq2  ATGAACTAAAAGACTATGAAAGACCCCAAGGAGAATGACAGGCCTTGCAA  50

seq1  GACATTAGGAGAGGTCTCAGAAGAAA-GGAAATCTACAGAGGCGCCTGTC  96
      ||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTAGAGGAGGTCTCAGAAGAAAGGGAAATCTACAGAGGCGCCTGTC  100

seq1  C-TTGGACTTTCTCACCTCCAGCACCATAGGAGCTAACACTCTGATGTTT  145
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTTTGGACTTTCTCACCTCCAGCACCATAGGAGCTAACACTCTGATG-TT  149

seq1  AAACTT-CCAGGACTGTACTTGTCTGCTGGCTGCTACAGACCAACACACA  194
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCCCAGGACTGTACTTGTCTGCTGGCTGCTACAGACCAACACACA  199

seq1  TACATGCACACACATGCACACGCACACCTACACATACATATACACACACA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCACACACATGCACACGCACACCTACACATACATATACACACACA  249

seq1  AAGTACAAAGGAATAAAGTACACCTATAATGCTAGGCAGGTGCCAATCAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACAAAGGAATAAAGTACACCTATAATGCTAGGCAGGTGCCAATCAT  299

seq1  CATGATAAAGATGTGTGCTCCCAGAGTTCACTTACAATTTTAATGCTCAG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATAAAGATGTGTGCTCCCAGAGTTCACTTACAATTTTAATGCTCAG  349

seq1  AGCAAACAAAATTCTGGTTTTTAGAGAGAACAGCATGTAGCTAACCTAGC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACAAAATTCTGGTTTTTAGAGAGAACAGCATGTAGCTAACCTAGC  399

seq1  ATTCATATGAAAATTATGCAAGGCTAGGATGACTAAATGAGAGCTGAAGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATATGAAAATTATGCAAGGCTAGGATGACTAAATGAGAGCTGAAGA  449

seq1  ACAAAAAATAAGGAGAGTAGGGCAGTGGTGGTGCACACCTTTAATTCCAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAATAAGGAGAGTAGGGCAGTGGTGGTGCACACCTTTAATTCCAG  499

seq1  CACTTGGAAGGCAGAGGCAGGTGGATTTTTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGGAAGGCAGAGGCAGGTGGATTTTTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGT  549

seq1  CTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGATACACAGAGAAACCCTGTCT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGATACACAGAGAAACCCTGTCT  599

seq1  TGAAAAAACAAAACAAAACATAAGGAGAGTAATGGGATCGATAGCAGGAG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAACAAAACAAAACATAAGGAGAGTAATGGGATCGATAGCAGGAG  649

seq1  CTGTTACCACTGCAAAGCGGGAGGTACTGTGTGAAGAGACTGGTAAAGCG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACCACTGCAAAGCGGGAGGTACTGTGTGAAGAGACTGGTAAAGCG  699

seq1  GTTCAGGAGAAAAGGTCTGCCAGACAAGAACACCGTTGTCACCTACTATT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGAGAAAAGGTCTGCCAGACAAGAACACCGTTGTCACCTACTATT  749

seq1  ACTTTGTCAGGAGCCATCTAGGAAAGGCTAAAGGCCAGTAGGTGATCTGC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTCAGGAGCCATCTAGGAAAGGCTAAAGGCCAGTAGGTGATCTGC  799

seq1  CTGAGATGACTTCGCCATGGACCCTGGACTGCAACGAATGAGCCCTTGCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATGACTTCGCCATGGACCCTGGACTGCAACGAATGAGCCCTTGCA  849

seq1  GGCAAAGCTCACAGAACGACATTTTTGGGATTTGATTTCTGCTATTGATA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGCTCACAGAACGACATTTTTGGGATTTGATTTCTGCTATTGATA  899

seq1  TGCCTTTCCTGGCATTATTAAATTAAATAACAATCCCTGGGCATAGCCCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTCCTGGCATTATTAAATTAAATAACAATCCCTGGGCATAGCCCA  949

seq1  CCCTATTGGACAGACTTTCTGCAGATCAACGAAGATGTACTGTCTTGAGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATTGGACAGACTTTCTGCAGATCAACGAAGATGTACTGTCTTGAGG  999

seq1  TGATGCTATACAGACAAGCAGATGGTTTCTTAATTCCTAATGATAATTCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTATACAGACAAGCAGATGGTTTCTTAATTCCTAATGATAATTCT  1049

seq1  ATAAGAATTC  1054
      ||||||||||
seq2  ATAAGAATTC  1059


seq1: chr18_82412878_82413574
seq2: B6Ng01-308C03.g_66_763

seq1  GAATTCTCTTGTCCCAAGAAGGGGTAGCTTTGCACATAATGCCTAGAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGTCCCAAGAAGGGGTAGCTTTGCACATAATGCCTAGAACA  50

seq1  CAATTGACGCTCCCACCATATGCACGGCTAGCTTCAAGCTGGGGCACGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGACGCTCCCACCATATGCACGGCTAGCTTCAAGCTGGGGCACGCA  100

seq1  CCCACATTACAGCTACCGCTGGGCCAACCGAGGTTGTAAATTGACACCCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATTACAGCTACCGCTGGGCCAACCGAGGTTGTAAATTGACACCCG  150

seq1  CTGACAGACACTCTCAGATGATGCTATCCTCAGAAATGAACAGCATGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAGACACTCTCAGATGATGCTATCCTCAGAAATGAACAGCATGCTC  200

seq1  ATGATAAAATCAAGGCAGGACAGTAGCTAACACGTGAGCCCATGGGATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAAAATCAAGGCAGGACAGTAGCTAACACGTGAGCCCATGGGATGT  250

seq1  GCCAGGCACTTGTCCCGTTCCCTCCCCTTGAGCTGCATGGGTAGTTATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGCACTTGTCCCGTTCCCTCCCCTTGAGCTGCATGGGTAGTTATAA  300

seq1  GAATGTGCAAGACAAGGCTGTGCCTCAGAAGTACCACTGTCCCCACTTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGCAAGACAAGGCTGTGCCTCAGAAGTACCACTGTCCCCACTTAC  350

seq1  AAACCAGGGCCAAGAAACATCAGGTAATGAGGGGCATTTTGCGCCCAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGGGCCAAGAAACATCAGGTAATGAGGGGCATTTTGCGCCCAGGA  400

seq1  TACCAATATAAATAGCTGTTGCTACAAGATAACCTCTTGTGAAACAGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAATATAAATAGCTGTTGCTACAAGATAACCTCTTGTGAAACAGCTT  450

seq1  GATACAGTTGAGGAGAACAAGAGATCTTAGAATAGTCCACAAGAAGGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGTTGAGGAGAACAAGAGATCTTAGAATAGTCCACAAGAAGGAGA  500

seq1  GAGACTATTTGTTAAATACAACCTACTACGGGGGTGGCCATAGAAGGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTATTTGTTAAATACAACCTACTACGGGGGTGGCCATAGAAGGCAC  550

seq1  AGAATGCCCTGTGAAGTTCCACTTTTAGCCATGCAACTAATAATCTCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCCCTGTGAAGTTCCACTTTTAGCCATGCAACTAATAATCTCTTA  600

seq1  GTATTAAAATAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAAAATAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCCAA  650

seq1  ATATAGCAGGAAATACTGAAACATGCATTGCTG-CTCAGAAATTCAAA  697
      ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  ATAAAGCAGGTAATACTGAAACATGCATTGCTGCCTCAAAAATTCAAA  698


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |