BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309M15
Chromosome18 (Build37)
Map Location 16,797,268 - 16,931,128
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh2
Upstream geneChst9, LOC670012, LOC100040551, EG225228, LOC100040202, Ppia-ps18_172.1, EG665509
Downstream geneLOC665519, 1700001G01Rik, 4921533I20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309M15.bB6Ng01-309M15.g
ACCGA101942GA101943
length1,1071,159
definitionB6Ng01-309M15.b B6Ng01-309M15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,797,268 - 16,798,386)(16,929,965 - 16,931,128)
sequence
gaattccacatctcacaggaactcttgtgtggaacgagaaatattatggt
tgcaacctgcactaaatcttcttgatatagtcaatcttaccccagggaga
gactaccgaaaaaatactgtcatcttatccaaagtatgatactcatactg
agtttatgggtgtgtcagaatagtgtttcacattatatcagacaaggcga
gaagactatgctgaactgtcattttcttttttcctttgtccagtaagtgt
ggtgtatccttgtgtgactatgcagatgtgcatccctgtctagatcagag
gaggatgcctatatagtatactgttgaaacaaggtctctttcacagaacg
tggagctaggctgaacgccagtcagccccagtgactctctggtctctgcc
cccccagagtgctgagtttatagacactttgcaatgaccagctttttatg
tagatttggagattccaaatcaggttctcctgctagcacagtgaacacat
ttatccactgggctgtttctccacccccttgaactttgagcgcattgcaa
aaattaaattcctctttggatgtctgaacatttttcctgactggttctgt
tacttggttatgatggttccagaacaattttgtgtatataactaattaca
atagcaatgctgtctttaattcagttcacatgcacattgttgaagtagag
agaacataaaaccattaacttctcaataccttgtcaataatctatgtcat
ggtgtatataatgttcctacttgacacaatctgaggctctgttacagcaa
aagctggctcagcctggaaattgcaacccacaatttctaggtgttgaccc
tttaaagaattccctcaaacaatgattatcgatggccaatggccctaaga
agctgaaagacaactgccaggacacagaatagaaaaagatgtcaaagttt
cctgaccagtgcctgagaaagcacagatggctggagaattgaagttcatg
tctagagaaccaggctcgaaagcctttcagaataggccatgacagcattg
tgatgtactcagctctacatatctatctagcacgtaacaatatgccaatt
cttgtac

gaattcactcaaacatctgaggagcagtacacttgtctttccaagagtcg
ccaattattttcctgtcagagatctgaccataaatgcttgcaaggtttta
tcttctatatatttttggagtctttagtaggctgataatccaaagctgtg
ccattcacggaagccaaatgccatgccataattaaatgcattagtttgga
tactgcagtaattcaatttactttatacacatggcattgctaagccagga
agggtgattgcttctgctgtgtgctagtgatctgtaaggtttaaagaaac
aattgtccgtgaaagtccatgacccttccccaagccgttggcagactggg
gtgttccaccataattaatgaattaccaccattgaacttcatcttattgt
cattgtgctgtcttgcctgagttgcagaacattcctttctaaatcctgta
gcttatatgtgtcctttaaagttagaatcagttttgttattctagccagt
cattttaattctgtattttcaacattcgataacatcattcttggtatttc
ctttggtttcttactgatgatattttcaaagaggacagtggttcacccat
tgcatgctgtgatgtcacaggacacgaatgacatataaaggttcaggaaa
gccttaagagtcttggtgtttagtgtagggctgctgatcatttttcaaca
gttgagtagtaatcttcacaaaggtgctaggcaaggattaagctctcctt
acagacttgagatgacgttagagaagccacagaagatgtggcatggacag
tcactaaagaacaacttgtccccatcctcccgttcattcatcagacaaca
catttcaagaaccagttaggcactccagtgtctcttccagatcccgtaag
tttgtacttttgtaaaaccacgaagagaatgatgtgacttatgctcagcc
ttcgcctccccttcatagtatttgaatactttagctcattaaagaagagt
ccacaattttttaaatagctataatagccattttatgtaagcttgtgttc
tgtgtgctagcaaacagaatttttctagctggtgtgtctaattttaaaca
atacaggttgttccaatgctccctgatgcatatgctgcctggagaatccc
cagagaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_16797268_16798386
seq2: B6Ng01-309M15.b_47_1153

seq1  GAATTCCACATCTCACAGGAACTCTTGTGTGGAACGAGAAATATTATGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATCTCACAGGAACTCTTGTGTGGAACGAGAAATATTATGGT  50

seq1  TGCAACCTGCACTAAATCTTCTTGATATAGTCAATCTTACCCCAGGGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACCTGCACTAAATCTTCTTGATATAGTCAATCTTACCCCAGGGAGA  100

seq1  GACTACCGAAAAAATACTGTCATCTTATCCAAAGTATGATACTCATACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACCGAAAAAATACTGTCATCTTATCCAAAGTATGATACTCATACTG  150

seq1  AGTTTATGGGTGTGTCAGAATAGTGTTTCACATTATATCAGACAAGGCGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATGGGTGTGTCAGAATAGTGTTTCACATTATATCAGACAAGGCGA  200

seq1  GAAGACTATGCTGAACTGTCATTTTCTTTTTTCCTTTGTCCAGTAAGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTATGCTGAACTGTCATTTTCTTTTTTCCTTTGTCCAGTAAGTGT  250

seq1  GGTGTATCCTTGTGTGACTATGCAGATGTGCATCCCTGTCTAGATCAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTATCCTTGTGTGACTATGCAGATGTGCATCCCTGTCTAGATCAGAG  300

seq1  GAGGATGCCTATATAGTATACTGTTGAAACAAGGTCTCTTTCACAGAACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGCCTATATAGTATACTGTTGAAACAAGGTCTCTTTCACAGAACG  350

seq1  TGGAGCTAGGCTGAACGCCAGTCAGCCCCAGTGACTCTCTGGTCTCTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTAGGCTGAACGCCAGTCAGCCCCAGTGACTCTCTGGTCTCTGCC  400

seq1  CCCCCAGAGTGCTGAGTTTATAGACACTTTGCAATGACCAGCTTTTTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAGAGTGCTGAGTTTATAGACACTTTGCAATGACCAGCTTTTTATG  450

seq1  TAGATTTGGAGATTCCAAATCAGGTTCTCCTGCTAGCACAGTGAACACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTGGAGATTCCAAATCAGGTTCTCCTGCTAGCACAGTGAACACAT  500

seq1  TTATCCACTGGGCTGTTTCTCCACCCCCTTGAACTTTGAGCGCATTGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCACTGGGCTGTTTCTCCACCCCCTTGAACTTTGAGCGCATTGCAA  550

seq1  AAATTAAATTCCTCTTTGGATGTCTGAACATTTTTCCTGACTGGTTCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAATTCCTCTTTGGATGTCTGAACATTTTTCCTGACTGGTTCTGT  600

seq1  TACTTGGTTATGATGGTTCCAGAACAATTTTGTGTATATAACTAATTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGGTTATGATGGTTCCAGAACAATTTTGTGTATATAACTAATTACA  650

seq1  ATAGCAATGCTGTCTTTAATTCAGTTCACATGCACATTGTTGAAGTAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAATGCTGTCTTTAATTCAGTTCACATGCACATTGTTGAAGTAGAG  700

seq1  AGAACATAAAACCATTAACTTCTCAATACCTTGTCAATAATCTATGTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATAAAACCATTAACTTCTCAATACCTTGTCAATAATCTATGTCAT  750

seq1  GGTGTATATAATGTTCCTACTTGACACAATCTGAGGCTCTGTTACAGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTATATAATGTTCCTACTTGACACAATCTGAGGCTCTGTTACAGCAA  800

seq1  AAGCTGGCTCAGCCTGGAAATTGCAACCCACAATTTCTAGGTGTTGACCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGCTCAGCCTGGAAATTGCAACCCACAATTTCTAGGTGTTGACCC  850

seq1  TTTAAAAGAATTCCCTCAAACAATGATTATCGATGGCCAATGGCCCTAAG  900
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTT-AAAGAATTCCCTCAAACAATGATTATCGATGGCCAATGGCCCTAAG  899

seq1  AAGCTGAAAGACAACTGCCAGGACACAGAATAGAAAAAGGATGTCAAAGT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGCTGAAAGACAACTGCCAGGACACAGAATAGAAAAA-GATGTCAAAGT  948

seq1  TTCCTGACCAGTGCCTGGAGAAAGCACAAGATGGCTGGAGAATTGGAAGG  1000
      |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  | |
seq2  TTCCTGACCAGTGCCT-GAGAAAGCAC-AGATGGCTGGAGAATTG--AAG  994

seq1  TTCAATGTCTAGAGAACCAGGCTCGAAAGCCCTTTCAG-ATAGGCCATGA  1049
      ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  TTC-ATGTCTAGAGAACCAGGCTCGAAAG-CCTTTCAGAATAGGCCATGA  1042

seq1  CAAGCATTGTGATGGTACTCAGCTCTACATATCTATCTAGCACGTTACCA  1099
      | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  
seq2  C-AGCATTGTGAT-GTACTCAGCTCTACATATCTATCTAGCACGTAAC--  1088

seq1  AAATATGCACATTCTTGTAC  1119
       |||||||  ||||||||||
seq2  -AATATGCCAATTCTTGTAC  1107


seq1: chr18_16929965_16931128
seq2: B6Ng01-309M15.g_64_1222 (reverse)

seq1  CTTTCTCT-GGGATCTTCCCAGCAGCACTATGCATCAGAGAAGACAATTG  49
      |||||||| |||||  |||  |||||| ||||||||||    ||  ||||
seq2  CTTTCTCTGGGGATTCTCCAGGCAGCA-TATGCATCAG---GGAGCATTG  46

seq1  GAAACAACCTGTA-TGTTTAAAAATAGACACA-CAGCTAAGAAAAATCTG  97
      | ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||  |||| ||||
seq2  G-AACAACCTGTATTGTTTAAAATTAGACACACCAGCTAGAAAAATTCTG  95

seq1  GTTTTGCTAGCAACACAGAACACAAGCCTACATAAAATGGCTA-TATAGC  146
        ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  --TTTGCTAGC-ACACAGAACACAAGCTTACATAAAATGGCTATTATAGC  142

seq1  TATTTAAAAAAATTGTGGACTC-TCTTTAATGAGCTAAAGTATTCAAATA  195
      ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTT-AAAAAATTGTGGACTCTTCTTTAATGAGCTAAAGTATTCAAATA  191

seq1  CTATGAAAGGGGAGGCGAAGGCTGAGCATAAGTCACATCATTCTCTTCGT  245
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATG-AAGGGGAGGCGAAGGCTGAGCATAAGTCACATCATTCTCTTCGT  240

seq1  GGTTTTACAAAAGTACAAACTTACGGGATCTGGAAGAGACACTGGAGTGC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTACAAAAGTACAAACTTACGGGATCTGGAAGAGACACTGGAGTGC  290

seq1  CTAACTGGTTCTTGAAATGTGTTGTCTGATGAATGAACGGGAGGATGGGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGGTTCTTGAAATGTGTTGTCTGATGAATGAACGGGAGGATGGGG  340

seq1  ACAAGTTGTTCTTTAGTGACTGTCCATGCCACATCTTCTGTGGCTTCTCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTTGTTCTTTAGTGACTGTCCATGCCACATCTTCTGTGGCTTCTCT  390

seq1  AACGTCATCTCAAGTCTGTAAGGAGAGCTTAATCCTTGCCTAGCACCTTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTCATCTCAAGTCTGTAAGGAGAGCTTAATCCTTGCCTAGCACCTTT  440

seq1  GTGAAGATTACTACTCAACTGTTGAAAAATGATCAGCAGCCCTACACTAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGATTACTACTCAACTGTTGAAAAATGATCAGCAGCCCTACACTAA  490

seq1  ACACCAAGACTCTTAAGGCTTTCCTGAACCTTTATATGTCATTCGTGTCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAAGACTCTTAAGGCTTTCCTGAACCTTTATATGTCATTCGTGTCC  540

seq1  TGTGACATCACAGCATGCAATGGGTGAACCACTGTCCTCTTTGAAAATAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACATCACAGCATGCAATGGGTGAACCACTGTCCTCTTTGAAAATAT  590

seq1  CATCAGTAAGAAACCAAAGGAAATACCAAGAATGATGTTATCGAATGTTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGTAAGAAACCAAAGGAAATACCAAGAATGATGTTATCGAATGTTG  640

seq1  AAAATACAGAATTAAAATGACTGGCTAGAATAACAAAACTGATTCTAACT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACAGAATTAAAATGACTGGCTAGAATAACAAAACTGATTCTAACT  690

seq1  TTAAAGGACACATATAAGCTACAGGATTTAGAAAGGAATGTTCTGCAACT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGACACATATAAGCTACAGGATTTAGAAAGGAATGTTCTGCAACT  740

seq1  CAGGCAAGACAGCACAATGACAATAAGATGAAGTTCAATGGTGGTAATTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAAGACAGCACAATGACAATAAGATGAAGTTCAATGGTGGTAATTC  790

seq1  ATTAATTATGGTGGAACACCCCAGTCTGCCAACGGCTTGGGGAAGGGTCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTATGGTGGAACACCCCAGTCTGCCAACGGCTTGGGGAAGGGTCA  840

seq1  TGGACTTTCACGGACAATTGTTTCTTTAAACCTTACAGATCACTAGCACA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTTCACGGACAATTGTTTCTTTAAACCTTACAGATCACTAGCACA  890

seq1  CAGCAGAAGCAATCACCCTTCCTGGCTTAGCAATGCCATGTGTATAAAGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGAAGCAATCACCCTTCCTGGCTTAGCAATGCCATGTGTATAAAGT  940

seq1  AAATTGAATTACTGCAGTATCCAAACTAATGCATTTAATTATGGCATGGC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGAATTACTGCAGTATCCAAACTAATGCATTTAATTATGGCATGGC  990

seq1  ATTTGGCTTCCGTGAATGGCACAGCTTTGGATTATCAGCCTACTAAAGAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGCTTCCGTGAATGGCACAGCTTTGGATTATCAGCCTACTAAAGAC  1040

seq1  TCCAAAAATATATAGAAGATAAAACCTTGCAAGCATTTATGGTCAGATCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAAATATATAGAAGATAAAACCTTGCAAGCATTTATGGTCAGATCT  1090

seq1  CTGACAGGAAAATAATTGGCGACTCTTGGAAAGACAAGTGTACTGCTCCT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAGGAAAATAATTGGCGACTCTTGGAAAGACAAGTGTACTGCTCCT  1140

seq1  CAGATGTTTGAGTGAATTC  1164
      |||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTTTGAGTGAATTC  1159


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |