BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311B12
Chromosome18 (Build37)
Map Location 50,749,543 - 50,918,061
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042373
Upstream geneDtwd2, Dmxl1, Tnfaip8, Hsd17b4, LOC626721, LOC667233, Gm93, Hdhd1a
Downstream geneLOC100042385, Prr16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311B12.bB6Ng01-311B12.g
ACCGA102897GA102898
length1,0891,091
definitionB6Ng01-311B12.b B6Ng01-311B12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,749,543 - 50,750,628)(50,916,973 - 50,918,061)
sequence
gaattcttttaataactgtaaaattaatgtgtttccctcccagatgagtt
ctgaatcattgtatccctgttacttaaacaatgtacttagagcatattag
atggctgttgtgcaagggttcaggaaaagaatgaacgactatcgcccatt
tgtttacttaagggaatatacatggcaagaagtagaaatagcagaaaata
ctttgttttaaagatataggtcttctacactcttcagttttagatctaca
actaagatatgaagcaggctaagacaagacaaaagtaaaaaatattttag
tgtaaaaaagattaaaagaagatgtcagaatcaagatatatatgcaaaaa
tagaaaggccatcacacaacagggccaagatctgattttcatttcctttc
tactatatattgatggttgattttggggaagtccattacccttttaagct
ttatttttcatttgtctttggtcataacaatacctaatacatatttagcg
agaagactaaatggcatcatgtcttcagatgctttgaactggaactagca
ggtagagcttacaacacatgactgtttttataaatattttgaactaaagc
agcgaaaataatttcagcttagttacttgataatgaatatttaagaaacc
atctttcatttccttttcttacaaagtggaattctttcattaatttctct
cggagcctcactcatttgcagtgtctcagtaatatagagtgaaaccaacc
atcactgattacattatgattaacttagctagtttatcattccaacagtg
aaggatgatatggaaatgatattccttaattagttaaacatttctcattt
ataaatttgaaggtatattatgtctcaatgaatttaaatgtgttttgacc
cagagaggctaatactctcattcacagatgtggggctgttaaattacatt
ttattagggggtcattgggttcaaggagaattaaatactctcaagggaag
accaagatgtttgtgagaaagcgttgtcagaattctcttagcctgaacgc
tgttgcattggtaaagcgagtgagagagcacatcgtgtg
gaattcctcaccataatcttaggagtgaacatgtaatccatttaagccaa
gaacagcacaagtaagtctggtgaacttcgggcattgagataataagttc
taactgtggtcctttaaatgacaattcacgaatagagcatacatgggaaa
acattttatgtgaaaggtagttgaactagctttcaaagacatcaatctga
acaattgattgattacaaatattcattaaagttcctgaaatttccaaaag
tgaaagttgaatttgtcatattccaaggactacatcaaaacacacaaatg
aatggatatatgcatgctaggctacagttttctaacatttcatatctgac
ccatctctcttcagctctcactgaacattgtcttgtgtcttaattgtgta
cagtgtagttagttctatggttgtatctatactaaatattacaggttctt
ttctattcatcatctcttaatcaacatggtattgattttacactagcatt
tgtatcattgtattgaccaatgcaaataatttactgtatgagtgtgtagt
attttggctctttatgaaggttttccacagacattgatctttggcttatg
ttcactggcataaacacttagcattattcagctcataggtaccaagcaca
caccctcttctccatcactctgtttctgtatgttcttttttctcttacta
ggacagaggtcttgtattttaagcctcacctggttaaacacgatgatgtc
atctcaagatcttaataccaccatatctgcaaagactgtttttcaaaata
agttgatagacacatacgtgagggagataccattcagtccctaaccatat
cacatctacactcttttgcagatgggacttcttctattctgttcctctga
aaagccatacttgactatagccatgatctaaaaccaacccaaactgctgc
ttgattacattataatctcagttaagcttctactgtgtgtttttttgtta
gcttgtttttattattgtttggtcatggcaatatttttacatattcctca
tttgtttgatattcatatttttaaaggtatttttcatgaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_50749543_50750628
seq2: B6Ng01-311B12.b_46_1134

seq1  GAATTCTTTTAATAACTGTAAAATTAATGTGTTTCCCTCCCAGATGAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTAATAACTGTAAAATTAATGTGTTTCCCTCCCAGATGAGTT  50

seq1  CTGAATCATTGTATCCCTGTTACTTAAACAATGTACTTAGAGCATATTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATCATTGTATCCCTGTTACTTAAACAATGTACTTAGAGCATATTAG  100

seq1  ATGGCTGTTGTGCAAGGGTTCAGGAAAAGAATGAACGACTATCGCCCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGTTGTGCAAGGGTTCAGGAAAAGAATGAACGACTATCGCCCATT  150

seq1  TGTTTACTTAAGGGAATATACATGGCAAGAAGTAGAAATAGCAGAAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACTTAAGGGAATATACATGGCAAGAAGTAGAAATAGCAGAAAATA  200

seq1  CTTTGTTTTAAAGATATAGGTCTTCTACACTCTTCAGTTTTAGATCTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTTTAAAGATATAGGTCTTCTACACTCTTCAGTTTTAGATCTACA  250

seq1  ACTAAGATATGAAGCAGGCTAAGACAAGACAAAAGTAAAAAATATTTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGATATGAAGCAGGCTAAGACAAGACAAAAGTAAAAAATATTTTAG  300

seq1  TGTAAAAAAGATTAAAAGAAGATGTCAGAATCAAGATATATATGCAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAAAAGATTAAAAGAAGATGTCAGAATCAAGATATATATGCAAAAA  350

seq1  TAGAAAGGCCATCACACAACAGGGCCAAGATCTGATTTTCATTTCCTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGGCCATCACACAACAGGGCCAAGATCTGATTTTCATTTCCTTTC  400

seq1  TACTATATATTGATGGTTGATTTTGGGGAAGTCCATTACCCTTTTAAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATATATTGATGGTTGATTTTGGGGAAGTCCATTACCCTTTTAAGCT  450

seq1  TTATTTTTCATTTGTCTTTGGTCATAACAATACCTAATACATATTTAGCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTCATTTGTCTTTGGTCATAACAATACCTAATACATATTTAGCG  500

seq1  AGAAGACTAAATGGCATCATGTCTTCAGATGCTTTGAACTGGAACTAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACTAAATGGCATCATGTCTTCAGATGCTTTGAACTGGAACTAGCA  550

seq1  GGTAGAGCTTACAACACATGACTGTTTTTATAAATATTTTGAACTAAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGCTTACAACACATGACTGTTTTTATAAATATTTTGAACTAAAGC  600

seq1  AGCGAAAATAATTTCAGCTTAGTTACTTGATAATGAATATTTAAGAAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAAAATAATTTCAGCTTAGTTACTTGATAATGAATATTTAAGAAACC  650

seq1  ATCTTTCATTTCCTTTTCTTACAAAGTGGAATTCTTTCATTAATTTCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCATTTCCTTTTCTTACAAAGTGGAATTCTTTCATTAATTTCTCT  700

seq1  CGGAGCCTCACTCATTTGCAGTGTCTCAGTAATATAGAGTGAAACCAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGCCTCACTCATTTGCAGTGTCTCAGTAATATAGAGTGAAACCAACC  750

seq1  ATCACTGATTACATTATGATTAACTTAGCTAGTTTATCATTCCAACAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGATTACATTATGATTAACTTAGCTAGTTTATCATTCCAACAGTG  800

seq1  AAGGATGATATGGAAATGATATTCCTTAATTAGTTAAACATTTCTCATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATGATATGGAAATGATATTCCTTAATTAGTTAAACATTTCTCATTT  850

seq1  ATAAATTTGAAGGTATATTATGTCTCAATGAATTTAAATGTGTTTTGACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTGAAGGTATATTATGTCTCAATGAATTTAAATGTGTTTTGACC  900

seq1  CAGAGAGGCTAATACTCTCATTCACAGATGTGGGGCTGTTAAATTACA-T  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CAGAGAGGCTAATACTCTCATTCACAGATGTGGGGCTGTTAAATTACATT  950

seq1  TTATTAGGGGGTCATT-GGTTCAGGGAGAATT-AATACTCTCAAGGGAAG  997
      |||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTATTAGGGGGTCATTGGGTTCAAGGAGAATTAAATACTCTCAAGGGAAG  1000

seq1  ACCAAGATGTTTTGTGAGAAAGCGTTGTCAGAA-TCTC-TAGCCTGAAAC  1045
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||
seq2  ACCAAGATG-TTTGTGAGAAAGCGTTGTCAGAATTCTCTTAGCCTG-AAC  1048

seq1  GCTGTGGCATTGGTAAAGCGAGTGAGAGAGCACATCGTGTG  1086
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGCATTGGTAAAGCGAGTGAGAGAGCACATCGTGTG  1089

seq1: chr18_50916973_50918061
seq2: B6Ng01-311B12.g_67_1157 (reverse)

seq1  TTTCATGAAAAATACTTTTAAAAATATG-ATATCAAACAAATGA-GAATA  48
      ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  TTTCATGAAAAATACCTTTAAAAATATGAATATCAAACAAATGAGGAATA  50

seq1  TGGTAAAATA-TGCCATGACCAAACAATAATAAAAACAAGCTAAC-AAAA  96
      ||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGTAAAAATATTGCCATGACCAAACAATAATAAAAACAAGCTAACAAAAA  100

seq1  AACACACAGTAGAAGCTTAACTGAGATTATAATGGTAATCAAGCAGCAGT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  AACACACAGTAGAAGCTTAACTGAGATTATAAT-GTAATCAAGCAGCAG-  148

seq1  TTTGGTTTGGTTTTAGATCATGGCTATAGTCAAGTATGGCTTTTCAGAGG  196
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGTTGGTTTTAGATCATGGCTATAGTCAAGTATGGCTTTTCAGAGG  198

seq1  AACAGAATAGAAGAAGTCCCATCTGCAAAAGAGTGTAGATGTGATATGGT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAATAGAAGAAGTCCCATCTGCAAAAGAGTGTAGATGTGATATGGT  248

seq1  TAGGGACTGAATGGTATCTCCCTCACGTATGTGTCTATCAACTTATTTTG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGACTGAATGGTATCTCCCTCACGTATGTGTCTATCAACTTATTTTG  298

seq1  AAAAACAGTCTTTGCAGATATGGTGGTATTAAGATCTTGAGATGACATCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAGTCTTTGCAGATATGGTGGTATTAAGATCTTGAGATGACATCA  348

seq1  TCGTGTTTAACCAGGTGAGGCTTAAAATACAAGACCTCTGTCCTAGTAAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGTTTAACCAGGTGAGGCTTAAAATACAAGACCTCTGTCCTAGTAAG  398

seq1  AGAAAAAAGAACATACAGAAACAGAGTGATGGAGAAGAGGGTGTGTGCTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAAGAACATACAGAAACAGAGTGATGGAGAAGAGGGTGTGTGCTT  448

seq1  GGTACCTATGAGCTGAATAATGCTAAGTGTTTATGCCAGTGAACATAAGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCTATGAGCTGAATAATGCTAAGTGTTTATGCCAGTGAACATAAGC  498

seq1  CAAAGATCAATGTCTGTGGAAAACCTTCATAAAGAGCCAAAATACTACAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATCAATGTCTGTGGAAAACCTTCATAAAGAGCCAAAATACTACAC  548

seq1  ACTCATACAGTAAATTATTTGCATTGGTCAATACAATGATACAAATGCTA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATACAGTAAATTATTTGCATTGGTCAATACAATGATACAAATGCTA  598

seq1  GTGTAAAATCAATACCATGTTGATTAAGAGATGATGAATAGAAAAGAACC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAAATCAATACCATGTTGATTAAGAGATGATGAATAGAAAAGAACC  648

seq1  TGTAATATTTAGTATAGATACAACCATAGAACTAACTACACTGTACACAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATATTTAGTATAGATACAACCATAGAACTAACTACACTGTACACAA  698

seq1  TTAAGACACAAGACAATGTTCAGTGAGAGCTGAAGAGAGATGGGTCAGAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGACACAAGACAATGTTCAGTGAGAGCTGAAGAGAGATGGGTCAGAT  748

seq1  ATGAAATGTTAGAAAACTGTAGCCTAGCATGCATATATCCATTCATTTGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATGTTAGAAAACTGTAGCCTAGCATGCATATATCCATTCATTTGT  798

seq1  GTGTTTTGATGTAGTCCTTGGAATATGACAAATTCAACTTTCACTTTTGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTGATGTAGTCCTTGGAATATGACAAATTCAACTTTCACTTTTGG  848

seq1  AAATTTCAGGAACTTTAATGAATATTTGTAATCAATCAATTGTTCAGATT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCAGGAACTTTAATGAATATTTGTAATCAATCAATTGTTCAGATT  898

seq1  GATGTCTTTGAAAGCTAGTTCAACTACCTTTCACATAAAATGTTTTCCCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCTTTGAAAGCTAGTTCAACTACCTTTCACATAAAATGTTTTCCCA  948

seq1  TGTATGCTCTATTCGTGAATTGTCATTTAAAGGACCACAGTTAGAACTTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGCTCTATTCGTGAATTGTCATTTAAAGGACCACAGTTAGAACTTA  998

seq1  TTATCTCAATGCCCGAAGTTCACCAGACTTACTTGTGCTGTTCTTGGCTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCAATGCCCGAAGTTCACCAGACTTACTTGTGCTGTTCTTGGCTT  1048

seq1  AAATGGATTACATGTTCACTCCTAAGATTATGGTGAGGAATTC  1089
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGATTACATGTTCACTCCTAAGATTATGGTGAGGAATTC  1091