BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311H23
Chromosome18 (Build37)
Map Location 26,636,430 - 26,775,206
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBrunol4, LOC100041241, LOC665916, LOC100041263, LOC100041274
Downstream geneEG665977, EG665646
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311H23.bB6Ng01-311H23.g
ACCGA103200GA103201
length8831,022
definitionB6Ng01-311H23.b B6Ng01-311H23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,774,323 - 26,775,206)(26,636,430 - 26,637,460)
sequence
gaattctcagaagtatttcttttcattgaaaatgtctgtttttctttctt
gagcagtcaatagatgtcatttaacagaatttaacaaattcatggatata
acctatcaacttggagatacccaccagaaatgtataaataattttggggg
ataaaaaacatttgcagcttattatctatcatagaatatttttgatattt
taagaaattattttataaacataatttatgacaatgttttctttcaatgg
caaatttcttttgatgaaataaagactgaaaatataagaactaattaata
agccaatattattaatgacaaatgagtgagaaagctagttctaaggaaaa
ttattaggtaacatgaaatagacatggggcagtaacttacctgaggctaa
ttataacttcataggaagcaatactttcaggtaagatagctcactccgta
aaatccttactgtatagacatgtcattctgagtttgatctccagaaccaa
ccagcaaaagctaagtgataaaatattcttgtaatcctagtggtgggctg
tgtgtgtgtgtgtgtgagagagagagagagagacagagagagagacacag
agagagagagagagagagacagagagagagagagagagagagagagaggt
agatcttgggcccaggtggtcagccagccttgtctacttgaataacctaa
aagaaaaacacctgaggatgtcctttagtctcaatattcccacacacact
catcacatgcacacgtctgcatctgcatctacacataggcctgcacaaat
tgtgcacgcatccataatgaaaacacacacacacaaacacaaatgctcac
acatacgagagagagagagagagagagagagag

gaattcagtttctgaatgagtgcttatctgtgcttttcttgcctgttgta
atgttttatgtgtcaagattcaaagttctcaatgcagttataaaattttc
tttaaagtttgtgtctatagctaatttgtgctatatcatttaatttttat
tgctaggattcctgttaatgaatttattctcctgtaatcattaaactact
tgcctcaaaatttctgatttaatctgtattgattttgaatggctacattt
ttgaataacccgaatcgttctaattcttgttgatataactatgaatgtaa
tgaatctcaccttggatttataaggatcatattttgaaaagaagcaggtc
ttctgatatatgagtgtccctgtggtggagcttcctcaagtatacctaac
ataagaaggtgggtggatggagagatgaggcgtgagtctccctcttacgt
catcagaacaggagttgtatatctatctgaatggagataaaatctaatgt
aactatgtctcccagtacctagtagaattcaagagctagcaaattataaa
gcaaacaaacagacagtcagatggacagacacagacagacctgtatgtta
gggtgcacataaaatgaaacatcgtaaagcatatcctcatctcacctgaa
ggatgagtatgtatgtgtgtacatagatagatagacagataagaaagaaa
tccaaaacaaatactgatcaaagtaatatgtgatatgaatatgatatagg
ctctacattttcaaatgagacttaccagtatcctgcgtgcagtgcctgag
aatgtttccagagcttaaatatgcttttgaggttaacattcttttagatg
caatgggagagagaaattgttaaaacactgaataattatgcaaatgatca
ctagcaaatttgaataacagaaacaaatagaaggtaaaaaaaaatgtcag
tgtcaattcctagtttattctgtgagagagaaaaagtcttgccagattta
gacaatgagggccacagagaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_26774323_26775206
seq2: B6Ng01-311H23.b_45_927 (reverse)

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTATGTGTGAGCATTTGTGTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTATGTGTGAGCATTTGTGTTTG  50

seq1  TGTGTGTGTGTTTTCATTATGGATGCGTGCACAATTTTGTGCAGGCCTAT  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTTTTCATTATGGATGCGTGCACAA-TTTGTGCAGGCCTAT  99

seq1  GTGTAGATGCAGATGCAGACGTGTGCATGTGATGAGTGTGTGTGGGAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGATGCAGATGCAGACGTGTGCATGTGATGAGTGTGTGTGGGAATA  149

seq1  TTGAGACTAAAGGACATCCTCAGGTGTTTTTCTTTTAGGTTATTCAAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGACTAAAGGACATCCTCAGGTGTTTTTCTTTTAGGTTATTCAAGTA  199

seq1  GACAAGGCTGGCTGACCACCTGGGCCCAAGATCTACCTCTCTCTCTCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGGCTGGCTGACCACCTGGGCCCAAGATCTACCTCTCTCTCTCTCT  249

seq1  CTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTCTCTCTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTCTCTCTCTCT  299

seq1  GTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACAGCCCACCACTAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACAGCCCACCACTAGGA  349

seq1  TTACAAGAATATTTTATCACTTAGCTTTTGCTGGTTGGTTCTGGAGATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAGAATATTTTATCACTTAGCTTTTGCTGGTTGGTTCTGGAGATCA  399

seq1  AACTCAGAATGACATGTCTATACAGTAAGGATTTTACGGAGTGAGCTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGAATGACATGTCTATACAGTAAGGATTTTACGGAGTGAGCTATC  449

seq1  TTACCTGAAAGTATTGCTTCCTATGAAGTTATAATTAGCCTCAGGTAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGAAAGTATTGCTTCCTATGAAGTTATAATTAGCCTCAGGTAAGT  499

seq1  TACTGCCCCATGTCTATTTCATGTTACCTAATAATTTTCCTTAGAACTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCCCCATGTCTATTTCATGTTACCTAATAATTTTCCTTAGAACTAG  549

seq1  CTTTCTCACTCATTTGTCATTAATAATATTGGCTTATTAATTAGTTCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCACTCATTTGTCATTAATAATATTGGCTTATTAATTAGTTCTTA  599

seq1  TATTTTCAGTCTTTATTTCATCAAAAGAAATTTGCCATTGAAAGAAAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCAGTCTTTATTTCATCAAAAGAAATTTGCCATTGAAAGAAAACA  649

seq1  TTGTCATAAATTATGTTTATAAAATAATTTCTTAAAATATCAAAAATATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATAAATTATGTTTATAAAATAATTTCTTAAAATATCAAAAATATT  699

seq1  CTATGATAGATAATAAGCTGCAAATGTTTTTTATCCCCCAAAATTATTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGATAGATAATAAGCTGCAAATGTTTTTTATCCCCCAAAATTATTTA  749

seq1  TACATTTCTGGTGGGTATCTCCAAGTTGATAGGTTATATCCATGAATTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTCTGGTGGGTATCTCCAAGTTGATAGGTTATATCCATGAATTTG  799

seq1  TTAAATTCTGTTAAATGACATCTATTGACTGCTCAAGAAAGAAAAACAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTCTGTTAAATGACATCTATTGACTGCTCAAGAAAGAAAAACAGA  849

seq1  CATTTTCAATGAAAAGAAATACTTCTGAGAATTC  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCAATGAAAAGAAATACTTCTGAGAATTC  883


seq1: chr18_26636430_26637460
seq2: B6Ng01-311H23.g_65_1086

seq1  GAATTCAGTTTCTGAATGAGTGCTTATCTGTGCTTTTCTTGCCTGTTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTTCTGAATGAGTGCTTATCTGTGCTTTTCTTGCCTGTTGTA  50

seq1  ATGTTTTATGTGTCAAGATTCAAAGTTCTCAATGCAGTTATAAAATTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTATGTGTCAAGATTCAAAGTTCTCAATGCAGTTATAAAATTTTC  100

seq1  TTTAAAGTTTGTGTCTATAGCTAATTTGTGCTATATCATTTAATTTTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGTTTGTGTCTATAGCTAATTTGTGCTATATCATTTAATTTTTAT  150

seq1  TGCTAGGATTCCTGTTAATGAATTTATTCTCCTGTAATCATTAAACTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGGATTCCTGTTAATGAATTTATTCTCCTGTAATCATTAAACTACT  200

seq1  TGCCTCAAAATTTCTGATTTAATCTGTATTGATTTTGAATGGCTACATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCAAAATTTCTGATTTAATCTGTATTGATTTTGAATGGCTACATTT  250

seq1  TTGAATAACCCGAATCGTTCTAATTCTTGTTGATATAACTATGAATGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATAACCCGAATCGTTCTAATTCTTGTTGATATAACTATGAATGTAA  300

seq1  TGAATCTCACCTTGGATTTATAAGGATCATATTTTGAAAAGAAGCAGGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCTCACCTTGGATTTATAAGGATCATATTTTGAAAAGAAGCAGGTC  350

seq1  TTCTGATATATGAGTGTCCCTGTGGTGGAGCTTCCTCAAGTATACCTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATATATGAGTGTCCCTGTGGTGGAGCTTCCTCAAGTATACCTAAC  400

seq1  ATAAGAAGGTGGGTGGATGGAGAGATGAGGCGTGAGTCTCCCTCTTACGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAAGGTGGGTGGATGGAGAGATGAGGCGTGAGTCTCCCTCTTACGT  450

seq1  CATCAGAACAGGAGTTGTATATCTATCTGAATGGAGATAAAATCTAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGAACAGGAGTTGTATATCTATCTGAATGGAGATAAAATCTAATGT  500

seq1  AACTATGTCTCCCAGTACCTAGTAGAATTCAAGAGCTAGCAAATTATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGTCTCCCAGTACCTAGTAGAATTCAAGAGCTAGCAAATTATAAA  550

seq1  GCAAACAAACAGACAGTCAGATGGACAGACACAGACAGACCTGTATGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACAAACAGACAGTCAGATGGACAGACACAGACAGACCTGTATGTTA  600

seq1  GGGTGCACATAAAATGAAACATCGTAAAGCATATCCTCATCTCACCTGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCACATAAAATGAAACATCGTAAAGCATATCCTCATCTCACCTGAA  650

seq1  GGATGAGTATGTATGTGTGTACATAGATAGATAGACAGATAAGAAAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGTATGTATGTGTGTACATAGATAGATAGACAGATAAGAAAGAAA  700

seq1  TCCAAAACAAATACTGATCAAAGTAATATGTGATATGAATATGATATAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAACAAATACTGATCAAAGTAATATGTGATATGAATATGATATAGG  750

seq1  CTCTACATTTTCAAATGAGACTTACCAGTATCCTGCGTGCAGTGCCTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACATTTTCAAATGAGACTTACCAGTATCCTGCGTGCAGTGCCTGAG  800

seq1  AATGTTTCCAGAGCTTAAATATGCTTTTGAGGTTAACATTCTTTTAGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTCCAGAGCTTAAATATGCTTTTGAGGTTAACATTCTTTTAGATG  850

seq1  CAATGGGAGAGAGAAAATTGTTAAAACACTGAATAATTATGCAAATGATC  900
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGGAGAGAG-AAATTGTTAAAACACTGAATAATTATGCAAATGATC  899

seq1  ACTAGCAAAATTTGAAATAACAGAAACAAATAAGAAAGGTAAAAAAAAAA  950
      |||||| ||||||| |||||||||||||||||   ||||| |||||||||
seq2  ACTAGC-AAATTTG-AATAACAGAAACAAATA--GAAGGT-AAAAAAAAA  944

seq1  TGTCAGTGTTCAATTCCTAGTTTTATCTGTGAGAGAGAAAAAGTCTTGCC  1000
      |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTG-TCAATTCCTAGTTTATTCTGTGAGAGAGAAAAAGTCTTGCC  993

seq1  AAGATTTAAGACAATGAGGGGCACAGAGAAT  1031
       |||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  -AGATTT-AGACAATGAGGGCCACAGAGAAT  1022


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |