BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-314D04
Chromosome18 (Build37)
Map Location 51,051,323 - 51,181,396
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042385
Upstream geneDmxl1, Tnfaip8, Hsd17b4, LOC626721, LOC667233, Gm93, Hdhd1a, LOC100042373
Downstream genePrr16, EG240289
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-314D04.bB6Ng01-314D04.g
ACCGA105205GA105206
length1,1411,133
definitionB6Ng01-314D04.b B6Ng01-314D04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,180,256 - 51,181,396)(51,051,323 - 51,052,455)
sequence
gaattccagtctgtgtttttcagaatctaagcatgctgattgcttaggag
ctcatagtccctgtgactatttaagccctaagttgtgcccagggccagat
ttgctgttgcatgctgtcgctgttttggtggtgcagaacaatctcagtct
aggtttcttccaaacatagttagcatgttaattttcaaaattaaaagatg
gtttttggtgaagaataatatgtcacttcaaacttttcccagtgccccaa
gagccttccccatagctagttaatagcttaactcaagtcagtctgtaaga
gatgaacctcagtctcctatgccatacctacctatgttcactatgctgtc
tatctgtatggaacccattgtctgtagccctctagtacaagcgcagcact
ggagcataaccaaagtccacaacattatagactgcttattgccaaagtag
actcacaatcaccagctacaaatgattctagctagaaatcctggagaagt
ggctgtgtgtcattctcaggagactttagtagcaagcagggctggttgtg
gtggctgtaacattttactagcataatagtaagatccaaagcaaaagctt
caaattcctgtactgccagcgattggagccatgtgcttcatcttactttc
ttatattggagtacttgtcgttaatgcaattttttgaccatgaaggctga
ccgtaaactagaatgtgtgaatttcacaaagataaagaactcgtagagtc
aaaaattcccagtgtctatatgagccctgtacaagtcctcttcactggga
tacaggcctttgcttagtctacttacaagcattgaactggccaggctttg
agcctctaggtttgagaagagatagtggatacagtttttgcctttgtcta
atactgatggcaagctgtgtgactagatttcgttgggagtatggcttttt
tccctgtctccctagtccagaaatgatgctagttgaaattcagccctgac
caatctggaaacagattcctccctgtgttggctaatttatacattccatt
tgtgagctggctgtgtaatgggctttcagctttaaccaacgcactatcaa
tgcttgcgtactcaatactttaaaataaagcctgtgttaac

gaattctcctttgaatttattataatgtgtttaaagtttcctccataatt
attaaacaaaacttcgacatccacttgctttgtatttttaaaagactaac
cattttatcttttaaaaaaaatgttccttttgaacaagaaaattattccc
taatattgtagatagaaaaacaggcttagaaaaatttgataactagtcca
ttatgacactgctaaaagtctaaacttataattatcgaaacaaatgtgta
ttcatttccagtgaatcacaatgttgttcatgtaaacaattcacatggaa
tttatatgctagaacactcagaacattggctcacatatgcatgaaaactc
aatgaactaataattactactgattatgtaattagagactggaattgata
attacatttcaacatagacactgtatagtaattacacaaacataattgcc
tagtgaagcataaacaaagcaacgctattcaaacctagccatcaatggat
cagtgtgatttcaattagaattttaagaaatttctaaggtacttttcttt
tagactctttttttaaagactcatttatttattatatgtacactgtagct
gtcttcagacatatcaggagaggacatcagatctcattacagatggttgt
gagtcatcatatggttgctgggatttgaactcaggacctcaggaagagca
gtcagtgctcttaaccactgagctatctctccagtccttcttttagattc
tgattaataagattaacatagactactagaagttttaatattttcttact
ggaaaagaatccacaaaggacaagaaagtgaaagatgaagaagagcagca
gtcttcaaatgagacaaactcaagaggcagatgtgtagaccaaggaattc
ttttgtagagtgtgggccctacttaagccagatcttcaaagtcaagctct
tcttgcatgatgtagggatatgccacctgccaatagatacgatgggatga
aagcatgtctatcatcatctgagcaatgggttttgtagtgagtttaaaac
ccctttggtcagcctacttagctccagaatgatcaatattcccatgacca
aagaagcaggcatatagcagaaaaaatttagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_51180256_51181396
seq2: B6Ng01-314D04.b_48_1188 (reverse)

seq1  GTTAACACAGGGCTTTATTTTAAAGGTATTTGAGGTACGC-AGCAATGAT  49
      ||||||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||| |||| ||||
seq2  GTTAACACA-GGCTTTATTTTAAA-GTA-TTGA-GTACGCAAGCATTGAT  46

seq1  AGTGCGT--GGTAAAGCTGAAAGCCATTTACACAGGCCCAAGCTCACAAA  97
      |||||||  | ||||||||||||||  ||||||||   | ||||||||||
seq2  AGTGCGTTGGTTAAAGCTGAAAGCCCATTACACAG---CCAGCTCACAAA  93

seq1  TGGAATGTATAAATTAGCCAACACAGGGA-GAATCTGTTTCCAGATTGGT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGTATAAATTAGCCAACACAGGGAGGAATCTGTTTCCAGATTGGT  143

seq1  CA-GGCTGAATTTCAACTAGCATCATTTCTGGACTAGGGAGACAGGG-AA  194
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAGGGCTGAATTTCAACTAGCATCATTTCTGGACTAGGGAGACAGGGAAA  193

seq1  AAAGCCATACT-CCAACGAAATCTAGTCACACAGCTTGCCATCAGTATTA  243
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCATACTCCCAACGAAATCTAGTCACACAGCTTGCCATCAGTATTA  243

seq1  GACAAAGGCAAAAACTGTATCCACTATCTCTTCTCAAACCTAGAGGCTCA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAGGCAAAAACTGTATCCACTATCTCTTCTCAAACCTAGAGGCTCA  293

seq1  AAGCCTGGCCAGTTCAATGCTTGTAAGTAGACTAAGCAAAGGCCTGTATC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGGCCAGTTCAATGCTTGTAAGTAGACTAAGCAAAGGCCTGTATC  343

seq1  CCAGTGAAGAGGACTTGTACAGGGCTCATATAGACACTGGGAATTTTTGA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAAGAGGACTTGTACAGGGCTCATATAGACACTGGGAATTTTTGA  393

seq1  CTCTACGAGTTCTTTATCTTTGTGAAATTCACACATTCTAGTTTACGGTC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACGAGTTCTTTATCTTTGTGAAATTCACACATTCTAGTTTACGGTC  443

seq1  AGCCTTCATGGTCAAAAAATTGCATTAACGACAAGTACTCCAATATAAGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCATGGTCAAAAAATTGCATTAACGACAAGTACTCCAATATAAGA  493

seq1  AAGTAAGATGAAGCACATGGCTCCAATCGCTGGCAGTACAGGAATTTGAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGATGAAGCACATGGCTCCAATCGCTGGCAGTACAGGAATTTGAA  543

seq1  GCTTTTGCTTTGGATCTTACTATTATGCTAGTAAAATGTTACAGCCACCA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGCTTTGGATCTTACTATTATGCTAGTAAAATGTTACAGCCACCA  593

seq1  CAACCAGCCCTGCTTGCTACTAAAGTCTCCTGAGAATGACACACAGCCAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGCCCTGCTTGCTACTAAAGTCTCCTGAGAATGACACACAGCCAC  643

seq1  TTCTCCAGGATTTCTAGCTAGAATCATTTGTAGCTGGTGATTGTGAGTCT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAGGATTTCTAGCTAGAATCATTTGTAGCTGGTGATTGTGAGTCT  693

seq1  ACTTTGGCAATAAGCAGTCTATAATGTTGTGGACTTTGGTTATGCTCCAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGGCAATAAGCAGTCTATAATGTTGTGGACTTTGGTTATGCTCCAG  743

seq1  TGCTGCGCTTGTACTAGAGGGCTACAGACAATGGGTTCCATACAGATAGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCGCTTGTACTAGAGGGCTACAGACAATGGGTTCCATACAGATAGA  793

seq1  CAGCATAGTGAACATAGGTAGGTATGGCATAGGAGACTGAGGTTCATCTC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATAGTGAACATAGGTAGGTATGGCATAGGAGACTGAGGTTCATCTC  843

seq1  TTACAGACTGACTTGAGTTAAGCTATTAACTAGCTATGGGGAAGGCTCTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGACTGACTTGAGTTAAGCTATTAACTAGCTATGGGGAAGGCTCTT  893

seq1  GGGGCACTGGGAAAAGTTTGAAGTGACATATTATTCTTCACCAAAAACCA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCACTGGGAAAAGTTTGAAGTGACATATTATTCTTCACCAAAAACCA  943

seq1  TCTTTTAATTTTGAAAATTAACATGCTAACTATGTTTGGAAGAAACCTAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAATTTTGAAAATTAACATGCTAACTATGTTTGGAAGAAACCTAG  993

seq1  ACTGAGATTGTTCTGCACCACCAAAACAGCGACAGCATGCAACAGCAAAT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGATTGTTCTGCACCACCAAAACAGCGACAGCATGCAACAGCAAAT  1043

seq1  CTGGCCCTGGGCACAACTTAGGGCTTAAATAGTCACAGGGACTATGAGCT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCCTGGGCACAACTTAGGGCTTAAATAGTCACAGGGACTATGAGCT  1093

seq1  CCTAAGCAATCAGCATGCTTAGATTCTGAAAAACACAGACTGGAATTC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGCAATCAGCATGCTTAGATTCTGAAAAACACAGACTGGAATTC  1141


seq1: chr18_51051323_51052455
seq2: B6Ng01-314D04.g_64_1196

seq1  GAATTCTCCTTTGAATTTATTATAATGTGTTTAAAGTTTCCTCCATAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTTTGAATTTATTATAATGTGTTTAAAGTTTCCTCCATAATT  50

seq1  ATTAAACAAAACTTCGACATCCACTTGCTTTGTATTTTTAAAAGACTAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACAAAACTTCGACATCCACTTGCTTTGTATTTTTAAAAGACTAAC  100

seq1  CATTTTATCTTTTAAAAAAAATGTTCCTTTTGAACAAGAAAATTATTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTATCTTTTAAAAAAAATGTTCCTTTTGAACAAGAAAATTATTCCC  150

seq1  TAATATTGTAGATAGAAAAACAGGCTTAGAAAAATTTGATAACTAGTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTGTAGATAGAAAAACAGGCTTAGAAAAATTTGATAACTAGTCCA  200

seq1  TTATGACACTGCTAAAAGTCTAAACTTATAATTATCGAAACAAATGTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGACACTGCTAAAAGTCTAAACTTATAATTATCGAAACAAATGTGTA  250

seq1  TTCATTTCCAGTGAATCACAATGTTGTTCATGTAAACAATTCACATGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTCCAGTGAATCACAATGTTGTTCATGTAAACAATTCACATGGAA  300

seq1  TTTATATGCTAGAACACTCAGAACATTGGCTCACATATGCATGAAAACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATGCTAGAACACTCAGAACATTGGCTCACATATGCATGAAAACTC  350

seq1  AATGAACTAATAATTACTACTGATTATGTAATTAGAGACTGGAATTGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAACTAATAATTACTACTGATTATGTAATTAGAGACTGGAATTGATA  400

seq1  ATTACATTTCAACATAGACACTGTATAGTAATTACACAAACATAATTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATTTCAACATAGACACTGTATAGTAATTACACAAACATAATTGCC  450

seq1  TAGTGAAGCATAAACAAAGCAACGCTATTCAAACCTAGCCATCAATGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAAGCATAAACAAAGCAACGCTATTCAAACCTAGCCATCAATGGAT  500

seq1  CAGTGTGATTTCAATTAGAATTTTAAGAAATTTCTAAGGTACTTTTCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGATTTCAATTAGAATTTTAAGAAATTTCTAAGGTACTTTTCTTT  550

seq1  TAGACTCTTTTTTTAAAGACTCATTTATTTATTATATGTACACTGTAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTCTTTTTTTAAAGACTCATTTATTTATTATATGTACACTGTAGCT  600

seq1  GTCTTCAGACATATCAGGAGAGGACATCAGATCTCATTACAGATGGTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCAGACATATCAGGAGAGGACATCAGATCTCATTACAGATGGTTGT  650

seq1  GAGTCATCATATGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTCAGGAAGAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATCATATGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTCAGGAAGAGCA  700

seq1  GTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCTATCTCTCCAGTCCTTCTTTTAGATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCTATCTCTCCAGTCCTTCTTTTAGATTC  750

seq1  TGATTAATAAGATTAACATAGACTACTAGAAGTTTTAATATTTTCTTACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAATAAGATTAACATAGACTACTAGAAGTTTTAATATTTTCTTACT  800

seq1  GGAAAAGAATCCACAAAGGACAAGAAAGTGAAAGATGAAGAAGAGCAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGAATCCACAAAGGACAAGAAAGTGAAAGATGAAGAAGAGCAGCA  850

seq1  GTCTTCAAATGAGACAAACTCAAGAGGCAGATGTGTAGACCAAGGAATTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCAAATGAGACAAACTCAAGAGGCAGATGTGTAGACCAAGGAATTC  900

seq1  TTTTGTAGAGTGTGGG-CCTACTTAAGCCAGATCTTCAAAGTCAAGCTCT  949
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAGAGTGTGGGCCCTACTTAAGCCAGATCTTCAAAGTCAAGCTCT  950

seq1  TCTTGCATGATGTAGGGATATGCCACCTGCCAATAAGATACGATGGGATG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCTTGCATGATGTAGGGATATGCCACCTGCCAAT-AGATACGATGGGATG  999

seq1  AAAGCATGTCTATCCATCATCTGGAGCAATGGG-TTTGTAGTGAGTTTAA  1048
      ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAAGCATGTCTAT-CATCATCT-GAGCAATGGGTTTTGTAGTGAGTTTAA  1047

seq1  AACCCCTTTGGTCAGCCTACCTTAGCTCCAGATGAATCAATAATCCCCAT  1098
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||| || |||||
seq2  AACCCCTTTGGTCAGCCTA-CTTAGCTCCAGAATGATCAAT-ATTCCCAT  1095

seq1  GACACAAAGAAGCAGG-ATATAGCAG---AAATTTAGGA  1133
      ||| |||||||||||| |||||||||   ||||||||||
seq2  GAC-CAAAGAAGCAGGCATATAGCAGAAAAAATTTAGGA  1133


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |