BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317G12
Chromosome18 (Build37)
Map Location 70,727,402 - 70,852,591
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMbd2, EG668032
Upstream geneTcf4, Ccdc68, Rab27b, 2310002L13Rik, 4930503L19Rik, Stard6, Poli
Downstream geneDcc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317G12.bB6Ng01-317G12.g
ACCGA107559GA107560
length1,195571
definitionB6Ng01-317G12.b B6Ng01-317G12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,851,408 - 70,852,591)(70,727,402 - 70,727,977)
sequence
gaattcccatgaccatccaagagtagtggacctaagaaattcattggctc
agtgagttataaacaagcacagagctataatacataaagtacagaaagaa
aaaaacatgagcttggtactctggtcatcgatgacatgcagctgctgaag
ttcactaacaagccagatgtgtgggactgcgcctatagatttctgaggca
aagccaccatttaagtcacactttcgctcagagttccacaatagcaccat
ccatcctcattcccaggagatgacattcttgcctatctggattggtgata
gttgggcctgacctccaccaccacccatacacacatgcagaggttccagt
gagtctcatgggctttctcattttccaacttagaacacttctacaccata
actatccatcttgactgaaacatgtgttatttaaaaccaatttctcaaag
ctttccattgatttttttccccaagtaaaacacaaagaataagcaataca
cccatcatttatcactggtgaagcactcggggagtgtcacacctaatttg
ggtgaaagctatgcaatagcagtatctggtatgaatgccagcaagacaga
attgggttttagagctgagaggacctccatattttacagccaagacacct
gtttcccagacacagtgaaggcccaggcaagtgacggcattgcagaacta
cagctggaatttgagtttacgtacctctctcatgcacgacctggtactat
gtgctcttaagttctctttatcatctgctagcagagatttaataatccct
aaaaaaatcccacctgactcaaagtggatataataggtcaacttctccct
ccctctattcttcccacagtccttaagattattatacagattgtcagaag
tcatgtgatatttcagagaaaggtaaaccttgatctttgccttccccacc
tttccctcaccacagttgtttattaatgtttttggcaataggcctcacac
attattcttacatttgtaacattgtctctttgcattgaatggaaaataag
tactttttttctaattaggacttggaacctctagcatagctaatggctcc
gcaagtcataaggttctcaagcacacagttgactttacactggtggcaca
ctgaactaatttcatgaatgcagttttgtgaatggatgagtattc
catatgaattcagggattttagccctttctagaagccaaacccttatgac
tgccctttaaaagtggtaagagaattggtcagtggccctgactccaaggt
ctggaggatactgacaacagtttcaaggggatactgttatcattcttcca
atccgaagttcctgggaaaccatggtggacaggaggctcactgccatttc
attcagagcacagctgagtttgaaaatacaaaatgagatgttttgtttgc
tccttagttgagaagcaaacataggtaaccacatacaatggctacagtta
accctgctccttacaacgtagccggccacgcttgacacgggtcagtagga
ctccaccggtctagccttcagcgctctgcctgcccagtgggggttgggcc
ggaagggcgcggcgggggcggagcaggtggtcacggggggcgtggcccag
aggaggcggagacaatatggcctcgcccctagcttggaggacctaagagg
cgcggtcggggccacgccccgggcgggagggccctctctgtgcgctcccg
ctctatgatgcttgcgcgcgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_70851408_70852591
seq2: B6Ng01-317G12.b_49_1243 (reverse)

seq1  GAATACTCATACCATATCACAAAACTGCATTCATGAAATTAGGTCAGTGT  50
      |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAATACTCAT-CCAT-TCACAAAACTGCATTCATGAAATTAGTTCAGTGT  48

seq1  GC--ACAGTGTAAAGTCAACTGTGTTGCTTGAGGAAACTTATGACTTGCG  98
      ||   ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||
seq2  GCCACCAGTGTAAAGTCAACTGTG-TGCTTGA-GAACCTTATGACTTGCG  96

seq1  GAGCCATTAGCTATGCTAGAG--TCCAAGTCCTAATTAG-AAAAAAGTAC  145
      |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGCCATTAGCTATGCTAGAGGTTCCAAGTCCTAATTAGAAAAAAAGTAC  146

seq1  TTATTTT-CATTCAATGC-AAGAGACAATG-TAC-AATGTAAGAATAATG  191
      ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||
seq2  TTATTTTCCATTCAATGCAAAGAGACAATGTTACAAATGTAAGAATAATG  196

seq1  TGTGAGG-CTATTGCC-AAAACATT-ATAAACAACTGTGGTGAGGG-AAG  237
      ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  TGTGAGGCCTATTGCCAAAAACATTAATAAACAACTGTGGTGAGGGAAAG  246

seq1  GTGGGG-AGGCAAAGATCAAGGTTTACCTTTCTCTG-AATATCACATGAC  285
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTGGGGAAGGCAAAGATCAAGGTTTACCTTTCTCTGAAATATCACATGAC  296

seq1  TTCTGACAATCTGTATAATAATCTTAAGGACTGTGGGAAGAATAGAGGGA  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACAATCTGTATAATAATCTTAAGGACTGTGGGAAGAATAGAGGGA  346

seq1  GGGAGAAGTTGACCTATTATATCCACTTTGAGTCAGGTGGGATTTTTTTA  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAGTTGACCTATTATATCCACTTTGAGTCAGGTGGGATTTTTTTA  396

seq1  GGGATTATTAAATCTCTGCTAGCAGATGATAAAGAGAACTTAAGAGCACA  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTATTAAATCTCTGCTAGCAGATGATAAAGAGAACTTAAGAGCACA  446

seq1  TAGTACCAGGTCGTGCATGAGAGAGGTACGTAAACTCAAATTCCAGCTGT  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACCAGGTCGTGCATGAGAGAGGTACGTAAACTCAAATTCCAGCTGT  496

seq1  AGTTCTGCAATGCCGTCACTTGCCTGGGCCTTCACTGTGTCTGGGAAACA  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGCAATGCCGTCACTTGCCTGGGCCTTCACTGTGTCTGGGAAACA  546

seq1  GGTGTCTTGGCTGTAAAATATGGAGGTCCTCTCAGCTCTAAAACCCAATT  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCTTGGCTGTAAAATATGGAGGTCCTCTCAGCTCTAAAACCCAATT  596

seq1  CTGTCTTGCTGGCATTCATACCAGATACTGCTATTGCATAGCTTTCACCC  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTGCTGGCATTCATACCAGATACTGCTATTGCATAGCTTTCACCC  646

seq1  AAATTAGGTGTGACACTCCCCGAGTGCTTCACCAGTGATAAATGATGGGT  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGGTGTGACACTCCCCGAGTGCTTCACCAGTGATAAATGATGGGT  696

seq1  GTATTGCTTATTCTTTGTGTTTTACTTGGGGAAAAAAATCAATGGAAAGC  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGCTTATTCTTTGTGTTTTACTTGGGGAAAAAAATCAATGGAAAGC  746

seq1  TTTGAGAAATTGGTTTTAAATAACACATGTTTCAGTCAAGATGGATAGTT  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAAATTGGTTTTAAATAACACATGTTTCAGTCAAGATGGATAGTT  796

seq1  ATGGTGTAGAAGTGTTCTAAGTTGGAAAATGAGAAAGCCCATGAGACTCA  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTAGAAGTGTTCTAAGTTGGAAAATGAGAAAGCCCATGAGACTCA  846

seq1  CTGGAACCTCTGCATGTGTGTATGGGTGGTGGTGGAGGTCAGGCCCAACT  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAACCTCTGCATGTGTGTATGGGTGGTGGTGGAGGTCAGGCCCAACT  896

seq1  ATCACCAATCCAGATAGGCAAGAATGTCATCTCCTGGGAATGAGGATGGA  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCAATCCAGATAGGCAAGAATGTCATCTCCTGGGAATGAGGATGGA  946

seq1  TGGTGCTATTGTGGAACTCTGAGCGAAAGTGTGACTTAAATGGTGGCTTT  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTATTGTGGAACTCTGAGCGAAAGTGTGACTTAAATGGTGGCTTT  996

seq1  GCCTCAGAAATCTATAGGCGCAGTCCCACACATCTGGCTTGTTAGTGAAC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAGAAATCTATAGGCGCAGTCCCACACATCTGGCTTGTTAGTGAAC  1046

seq1  TTCAGCAGCTGCATGTCATCGATGACCAGAGTACCAAGCTCATGTTTTTT  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCAGCTGCATGTCATCGATGACCAGAGTACCAAGCTCATGTTTTTT  1096

seq1  TCTTTCTGTACTTTATGTATTATAGCTCTGTGCTTGTTTATAACTCACTG  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGTACTTTATGTATTATAGCTCTGTGCTTGTTTATAACTCACTG  1146

seq1  AGCCAATGAATTTCTTAGGTCCACTACTCTTGGATGGTCATGGGAATTC  1184
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAATGAATTTCTTAGGTCCACTACTCTTGGATGGTCATGGGAATTC  1195

seq1: chr18_70727402_70727977
seq2: B6Ng01-317G12.g_68_644

seq1  GAATTCCATATGAATTCAGGGATTTTAGCCCTTTCTAGAAGCCAAACCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATATGAATTCAGGGATTTTAGCCCTTTCTAGAAGCCAAACCCT  50

seq1  TATGACTGCCCTTTAAAAGTGGTAAGAGAATTGGTCAGTGGCCCTGACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACTGCCCTTTAAAAGTGGTAAGAGAATTGGTCAGTGGCCCTGACTC  100

seq1  CAAGGTCTGGAGGATACTGACAACAGTTTCAAGGGGATACTGTTATCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTCTGGAGGATACTGACAACAGTTTCAAGGGGATACTGTTATCATT  150

seq1  CTTCCAATCCGAAGTTCCTGGGAAACCATGGTGGACAGGAGGCTCACTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAATCCGAAGTTCCTGGGAAACCATGGTGGACAGGAGGCTCACTGC  200

seq1  CATTTCATTCAGAGCACAGCTGAGTTTGAAAATACAAAATGAGATGTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCATTCAGAGCACAGCTGAGTTTGAAAATACAAAATGAGATGTTTT  250

seq1  GTTTGCTCCTTAGTTGAGAAGCAAACATAGGTAACCACATACAATGGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTCCTTAGTTGAGAAGCAAACATAGGTAACCACATACAATGGCTA  300

seq1  CAGTTAACCCTGCTCCTTACAACGTAGCCGGCCACGCTTGACACGGGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAACCCTGCTCCTTACAACGTAGCCGGCCACGCTTGACACGGGTCA  350

seq1  GTAGGACTCCACCGGTCTAGCCTTCAGCGCTCTGCCTGCCCAGTGGGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGACTCCACCGGTCTAGCCTTCAGCGCTCTGCCTGCCCAGTGGGGGT  400

seq1  TGGGCCGGAAGGGCGCGGCGGGGGCGGAGCAGGTGGTCACGGGGGGCGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCGGAAGGGCGCGGCGGGGGCGGAGCAGGTGGTCACGGGGGGCGTG  450

seq1  GCCCAGAGGAGGCGGAGACAATATGGCCTCGCCCCTAGCTTGGAGGACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGAGGAGGCGGAGACAATATGGCCTCGCCCCTAGCTTGGAGGACCT  500

seq1  AAGAGGCGCGGCCGGGGCCACGCCCCGGGCGGGAGGG-CCGCTCTGTGCG  549
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
seq2  AAGAGGCGCGGTCGGGGCCACGCCCCGGGCGGGAGGGCCCTCTCTGTGCG  550

seq1  CGCCCGCTCTATGATGCTTGCGCGCGT  576
      | |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCGCTCTATGATGCTTGCGCGCGT  577