BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317L06
Chromosome18 (Build37)
Map Location 73,332,452 - 73,485,259
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDcc, LOC629684, LOC100043411, LOC100042955
Downstream geneRkhd2, Smad4, Elac1, Me2, Mro, Mapk4, 2810433K01Rik, Cxxc1, EG435570, Mbd1, Ccdc11, LOC628298
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317L06.bB6Ng01-317L06.g
ACCGA107781GA107782
length1,0841,183
definitionB6Ng01-317L06.b B6Ng01-317L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,484,178 - 73,485,259)(73,332,452 - 73,333,636)
sequence
gaattcaaatatttagctgctgaatagtatatgcattttttttagggttt
aagcatttttataaaggaattaagatttgaagaaataaatctgtagcttt
tctcttctctttttcataagcagtataaactggtttaagctggtttatta
atggtgtctcagttttggagttatcggttcaggtattgattcttttctcc
tggagtttgactctggttctccagtctcagtgacccgtgtgaaagatcaa
tgtgacaaggcataagctcttgaaggagggaaaggatgattatggctctt
acaaatatgatgtgctcccatgggagacaggattcgtaatgggcatcatc
tggcctaaagaggtgtgcttgttccccctgagcaccttgcaggagaggag
tgcactgctttggaacatttcctgatattgctttctctccttgagatgaa
aaaaaggaccaaacgtgagacactccaactcaaaacaggaaatagctacc
agtgaatttatctctagaaaaatttttgctatgatatcctcaggcttcaa
gggacattacccattttatggtcaacagaatgctagatgattaagaatat
tattttctgagttttattctaatttattatgtaacagaaaacctctttac
ttaagataactttaagtttagggaacgtctctattttggctgaagtctta
tgagtctagtgcaaattgataggtggttacattcacagaggagccaaggg
ataaatagtgacaacattgaccatagccacctaaactctgcctgcagtgg
actgataatttacatagatccttcagtagggtaaaggagaggaacagaag
ggagggtccttggtaaggcagaaagggagcaaaggagacatatgtttcat
agagaatttgactgcaaaggaaggaattgttctgaagagtaagatgttcc
tgtagctaagcctggagtccagcaagaaaacaggatgttagtcatactat
ctttacctagtatggaactctgagacatttgttattgtgcaagcgaatca
ttgcagtggaatagcaattgttggagttctgagt
gaattcctattccaacaacaccacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacagagagagagagagagagagagagagagagagaaca
agtagtaccagagaaatgacccccctggcctccatacactcatgagtgca
ggcatgcacacacaaacgttagggtgctcacacacgcatacacagagtca
tggggaagaactcttgaggtacttacagcagaaatggagagaagcggtat
gtgcactgatactaagaaggaaatgccatccgtgtgtgcagggagcacgg
aagggctggatgggtggcaggcagaacacagaacacaatggtactgagac
atatcaggtgccagatcagacacacaaggaacagaactcatttcaaacag
taaagccatagagaagctaacaagtaaagacgttctagcaccctttatgt
tgttaataaaactatcctcactattctattttgaaataatcatgggcaag
aagtggaactagagttggagtcatggtgagtaagatcattgggatagaga
gtcttgcagagggagacttaactgatctgatgatcagacacacgggaagt
ttgagagatataattcaaggatgtcagtgtgcttcccagcctgggtagcc
aactgaattttggttccttttgtgaaaatgaaatccctgctgagtctgca
ctactgagctttgacctctaggacctcagtgtggtgatagcaactaagag
tagtttgatatatttaaggcttagggatgtagcaccatggccgatcacta
tcttagcatagtcgtaatccctaacaacacagcagataaaaataaggatc
aatctatccaatcggacaaatgcagtggtatactccgaacacaaatagtc
aactgctctcttcccttccactcttgttgcaactgttcttcacgttgaac
ttgcaaatgaaatcttagttggaacaccaaaatggaaaccagacaaattg
taaaattttgctaattaaaatttatacttttgagttcaatattggcattc
tgcctttgataagtgatcatgagccaaatgggccagctgaactcagacat
tttggaacttgatgctgtgaatgacttctgtacttctgttagatgtccta
agaaaaaagaatcactctttgtttcgtgtgact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_73484178_73485259
seq2: B6Ng01-317L06.b_44_1127 (reverse)

seq1  ACTCAGAACTCC-ACAA-TGCTA-TCCACTGCAATGATTCGCTTGGCAC-  46
      |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| 
seq2  ACTCAGAACTCCAACAATTGCTATTCCACTGCAATGATTCGCTT-GCACA  49

seq1  ATAACAAATGTCTCAGAGTTCCATACTAGGTAAAGATAGTATGACTAACA  96
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAAATGTCTCAGAGTTCCATACTAGGTAAAGATAGTATGACTAACA  99

seq1  TCCCTGTTTCTTGCTGGACTCCAGGCTTAGCTACAGGGAACATCTTACTC  146
      |||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCCTGTTTTCTTGCTGGACTCCAGGCTTAGCTACA-GGAACATCTTACTC  148

seq1  TTCAGAACAATTCCTTCCTTTGCAGTCAAATTCTCTATGAAACATATGTC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAACAATTCCTTCCTTTGCAGTCAAATTCTCTATGAAACATATGTC  198

seq1  TCCTTTGCTCCCTTTCTGCCTTACCAAGGACCCTCCCTTCTGTTCCTCTC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGCTCCCTTTCTGCCTTACCAAGGACCCTCCCTTCTGTTCCTCTC  248

seq1  CTTTACCCTACTGAAGGATCTATGTAAATTATCAGTCCACTGCAGGCAGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCCTACTGAAGGATCTATGTAAATTATCAGTCCACTGCAGGCAGA  298

seq1  GTTTAGGTGGCTATGGTCAATGTTGTCACTATTTATCCCTTGGCTCCTCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGGTGGCTATGGTCAATGTTGTCACTATTTATCCCTTGGCTCCTCT  348

seq1  GTGAATGTAACCACCTATCAATTTGCACTAGACTCATAAGACTTCAGCCA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATGTAACCACCTATCAATTTGCACTAGACTCATAAGACTTCAGCCA  398

seq1  AAATAGAGACGTTCCCTAAACTTAAAGTTATCTTAAGTAAAGAGGTTTTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGAGACGTTCCCTAAACTTAAAGTTATCTTAAGTAAAGAGGTTTTC  448

seq1  TGTTACATAATAAATTAGAATAAAACTCAGAAAATAATATTCTTAATCAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACATAATAAATTAGAATAAAACTCAGAAAATAATATTCTTAATCAT  498

seq1  CTAGCATTCTGTTGACCATAAAATGGGTAATGTCCCTTGAAGCCTGAGGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCATTCTGTTGACCATAAAATGGGTAATGTCCCTTGAAGCCTGAGGA  548

seq1  TATCATAGCAAAAATTTTTCTAGAGATAAATTCACTGGTAGCTATTTCCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATAGCAAAAATTTTTCTAGAGATAAATTCACTGGTAGCTATTTCCT  598

seq1  GTTTTGAGTTGGAGTGTCTCACGTTTGGTCCTTTTTTTCATCTCAAGGAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGAGTTGGAGTGTCTCACGTTTGGTCCTTTTTTTCATCTCAAGGAG  648

seq1  AGAAAGCAATATCAGGAAATGTTCCAAAGCAGTGCACTCCTCTCCTGCAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCAATATCAGGAAATGTTCCAAAGCAGTGCACTCCTCTCCTGCAA  698

seq1  GGTGCTCAGGGGGAACAAGCACACCTCTTTAGGCCAGATGATGCCCATTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCAGGGGGAACAAGCACACCTCTTTAGGCCAGATGATGCCCATTA  748

seq1  CGAATCCTGTCTCCCATGGGAGCACATCATATTTGTAAGAGCCATAATCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATCCTGTCTCCCATGGGAGCACATCATATTTGTAAGAGCCATAATCA  798

seq1  TCCTTTCCCTCCTTCAAGAGCTTATGCCTTGTCACATTGATCTTTCACAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCCCTCCTTCAAGAGCTTATGCCTTGTCACATTGATCTTTCACAC  848

seq1  GGGTCACTGAGACTGGAGAACCAGAGTCAAACTCCAGGAGAAAAGAATCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCACTGAGACTGGAGAACCAGAGTCAAACTCCAGGAGAAAAGAATCA  898

seq1  ATACCTGAACCGATAACTCCAAAACTGAGACACCATTAATAAACCAGCTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTGAACCGATAACTCCAAAACTGAGACACCATTAATAAACCAGCTT  948

seq1  AAACCAGTTTATACTGCTTATGAAAAAGAGAAGAGAAAAGCTACAGATTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGTTTATACTGCTTATGAAAAAGAGAAGAGAAAAGCTACAGATTT  998

seq1  ATTTCTTCAAATCTTAATTCCTTTATAAAAATGCTTAAACCCTAAAAAAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTCAAATCTTAATTCCTTTATAAAAATGCTTAAACCCTAAAAAAA  1048

seq1  ATGCATATACTATTCAGCAGCTAAATATTTGAATTC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATATACTATTCAGCAGCTAAATATTTGAATTC  1084

seq1: chr18_73332452_73333636
seq2: B6Ng01-317L06.g_67_1249

seq1  GAATTCCTATTCCAACAACACCACACACACACACACACACACACACACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATTCCAACAACACCACACACACACACACACACACACACACAC  50

seq1  ACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACA  100
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACA  100

seq1  AGTAGTACCAGAGAAATGACCCCCCTGGCCTCCATACACTCATGAGTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTACCAGAGAAATGACCCCCCTGGCCTCCATACACTCATGAGTGCA  150

seq1  GGCATGCACACACAAACGTTAGGGTGCTCACACACGCATACACAGAGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGCACACACAAACGTTAGGGTGCTCACACACGCATACACAGAGTCA  200

seq1  TGGGGAAGAACTCTTGAGGTACTTACAGCAGAAATGGAGAGAAGCGGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAAGAACTCTTGAGGTACTTACAGCAGAAATGGAGAGAAGCGGTAT  250

seq1  GTGCACTGATACTAAGAAGGAAATGCCATCCGTGTGTGCAGGGAGCACGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACTGATACTAAGAAGGAAATGCCATCCGTGTGTGCAGGGAGCACGG  300

seq1  AAGGGCTGGATGGGTGGCAGGCAGAACACAGAACACAATGGTACTGAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCTGGATGGGTGGCAGGCAGAACACAGAACACAATGGTACTGAGAC  350

seq1  ATATCAGGTGCCAGATCAGACACACAAGGAACAGAACTCATTTCAAACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGGTGCCAGATCAGACACACAAGGAACAGAACTCATTTCAAACAG  400

seq1  TAAAGCCATAGAGAAGCTAACAAGTAAAGACGTTCTAGCACCCTTTATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCATAGAGAAGCTAACAAGTAAAGACGTTCTAGCACCCTTTATGT  450

seq1  TGTTAATAAAACTATCCTCACTATTCTATTTTGAAATAATCATGGGCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATAAAACTATCCTCACTATTCTATTTTGAAATAATCATGGGCAAG  500

seq1  AAGTGGAACTAGAGTTGGAGTCATGGTGAGTAAGATCATTGGGATAGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGAACTAGAGTTGGAGTCATGGTGAGTAAGATCATTGGGATAGAGA  550

seq1  GTCTTGCAGAGGGAGACTTAACTGATCTGATGATCAGACACACGGGAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGCAGAGGGAGACTTAACTGATCTGATGATCAGACACACGGGAAGT  600

seq1  TTGAGAGATATAATTCAAGGATGTCAGTGTGCTTCCCAGCCTGGGTAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGATATAATTCAAGGATGTCAGTGTGCTTCCCAGCCTGGGTAGCC  650

seq1  AACTGAATTTTGGTTCCTTTTGTGAAAATGAAATCCCTGCTGAGTCTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAATTTTGGTTCCTTTTGTGAAAATGAAATCCCTGCTGAGTCTGCA  700

seq1  CTACTGAGCTTTGACCTCTAGGACCTCAGTGTGGTGATAGCAACTAAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGAGCTTTGACCTCTAGGACCTCAGTGTGGTGATAGCAACTAAGAG  750

seq1  TAGTTTGATATATTTAAGGCTTAGGGATGTAGCACCATGGCCGATCACTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGATATATTTAAGGCTTAGGGATGTAGCACCATGGCCGATCACTA  800

seq1  TCTTAGCATAGTCGTAATCCCTAACAACACAGCAGATAAAAATAAGGATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGCATAGTCGTAATCCCTAACAACACAGCAGATAAAAATAAGGATC  850

seq1  AATCTATCCAATCGGACAAATGCAGTGGTATAC-CCGAACACAAATAGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AATCTATCCAATCGGACAAATGCAGTGGTATACTCCGAACACAAATAGTC  900

seq1  AACTGCTCTCTTCCCTTCCACTCTTGTTGCAACTGTTCTTCACGTTGAAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTCTCTTCCCTTCCACTCTTGTTGCAACTGTTCTTCACGTTGAAC  950

seq1  TTGCAAATGAAATCTTAGTTGGAACACCAAAATGGAAAACAGACAAATTG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTGCAAATGAAATCTTAGTTGGAACACCAAAATGGAAACCAGACAAATTG  1000

seq1  TAAAATTTTTGCTAATTAAAATTTATAC-TTTGAGTTCAATTATGGCA-T  1047
      ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| |
seq2  TAAAA-TTTTGCTAATTAAAATTTATACTTTTGAGTTCAATATTGGCATT  1049

seq1  CTGCCTATGATAAAGTGAATCATGAAGCCAAATGGGCCAGCTGAACTCAG  1097
      |||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTTGAT-AAGTG-ATCATG-AGCCAAATGGGCCAGCTGAACTCAG  1096

seq1  ACA-TTTGAGACTAGATGCTGTG-ATGACATCTGTAC-TCTGTTAGATGC  1144
      ||| ||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| 
seq2  ACATTTTGGAACTTGATGCTGTGAATGACTTCTGTACTTCTGTTAGATG-  1145

seq1  TCCAAAAAAAAAAAAGAATTCACTCTTTGTTTCGTGTGACT  1185
      |||   || ||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCC--TAAGAAAAAAGAA-TCACTCTTTGTTTCGTGTGACT  1183