BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319F11
Chromosome18 (Build37)
Map Location 21,175,869 - 21,340,068
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRnf138, Mep1b, EG622978, Gm944
Upstream geneDsc2, Dsc1, Dsg1c, Dsg1a, Dsg1b, Dsg4, LOC435558, Dsg3, Tpi-rs10, Dsg2, Ttr, LOC100040823, B4galt6, D030074E01Rik, Rnf125
Downstream geneLOC665722, LOC225264, Klhl14, 4921528I01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319F11.bB6Ng01-319F11.g
ACCGA108995GA108996
length1,1771,040
definitionB6Ng01-319F11.b B6Ng01-319F11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,338,887 - 21,340,068)(21,175,869 - 21,176,909)
sequence
gaattctgtgtgctatagtgtttgcctagactctgcaatctggcgacagt
cctttcagaaagctggccctaggcctatgtggagttttcaagggaacact
agcagtgagcagtagagcaattctcaaaaaggaattttgatttgtcctca
aactcagtgctctaagacactgtgaattattccctctgtcctctgcctct
ttccttctatatcaaatgctgattttgaaaaacagccataagttttcttt
ccacaaataaaagaatgggggagggggactattttattccaatttattgt
ggtcactttctttcttcccactcagccacatgcagccagttaaatatgtt
tattgagccttgtgtctctgcaagtgcttttgaaaaggtaatttctgtgc
acatattttaaggtgtggtataggtgtgtgctgcatatgatacacgtgtg
catgtgtgcatgagtaaatacttggagaccagaggaggactttgggcatc
ttcccagtcaccctctatcttgttcccttgagataggatctctcaggaaa
cctggagttaggtttttcagctaggctacctggccagacagctcctctaa
tcctcctatctacgtgcaacttcgcaccccacctccagtgatgaggtaag
ggtctgcagtcatacccaaccttctccctggactcagatccaatctcagg
tccctgtcatgtactccaacccactgagcaacctccccagcccgcaaaca
tctttaatttatgaaaagtggatagtgttttaaatctctttttctgtttt
tttctttttcattcagcacgatccagccttgcttcagatccagtttcttt
tttcaggacaacatcatgataagcaacatcatgctgtagtgacagtccct
cataggctgtcccctatgttcctatgtaatgtctttggtacttacatata
gcagtagaatttcctggtgttacatacacaattagtcaatacacaattta
caatcactttctgcatattctgaaacttgagagcatcatcaccatcaaat
acaaatactttagtcctcacactgagtctttgcattcctaccccacagag
gtacatgtgtctgtggaactgattatttgaattttctatgatcactgaaa
cgaacataccttaagtgtgtaatttgt
gaattctctgtagttcaggctgtcctcaaatctatgacctttttgcctca
gcctcctgcccttttataatttatttaaaaaaaaaaaatgaatgaataga
aattccaacagtcttacttgatttggaaagcagtgccatgaatatttagt
attttatgactacttgaagtttagactttttttaaaatagggctgtatgt
ttttcctgcatgtgtacccagatgtatgcctgatatctatagagaccaaa
aggtatcagatcttcaaactggaggtaaatatggttgtgtgctggtaact
gaacctgggtcctctgcaagagcaacacatgttcttaattaagtgctgag
ctatttccagcccttgaagttcaggctggtcatttttattaagcagctta
cactaatgaccctgacgtgttatttattatttcccccttgtgcttcttaa
gtaataggagtgaaacatctgcatctgataacacagaaacttatcaagag
gatacaaggtaaaattttaaaaattctacttcaaaaagtaatactgttga
ataatatagaagatttttatttgtggtggttaagaatttaatttaggggg
ctggtgagatggctcagcaggtaagagcacccgactgctcttccaaaggt
cctgacttcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaaccatccgtaat
gagatctgactccctcttctggtgtgtctgaagacagctacaagtgtact
tacatataataaataaataaatctttaaaaaaaaagaatttaattcagga
ttgagcatgtataatacattgagcattcactatgctgtttagctgtaacc
tttgaatccttataataaatttctctgagacaggtttttgcacactctta
ggctggccttaaactcatgatactctgcctaagccttcagagtgcttaga
gtttcagcctataggttataacatagattagttattagatttttatttta
aacatttaaattttattgtgtgatttgtgcttggtgtgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_21338887_21340068
seq2: B6Ng01-319F11.b_47_1223 (reverse)

seq1  ACAAATTA-ACACATAAAGTATGGTTCTGTTTACAGTGTATCATAGAAAA  49
      |||||||| |||| ||| |||| |||| |||| ||||| |||||||||||
seq2  ACAAATTACACACTTAAGGTAT-GTTC-GTTT-CAGTG-ATCATAGAAAA  46

seq1  TATCAATTATCAG-TCCACAAGACACAATGTCCCTCTGT-GGGTA-GAAT  96
      |   ||| ||||| ||||| |||||| |||| ||||||| ||||| ||||
seq2  TTCAAATAATCAGTTCCAC-AGACAC-ATGTACCTCTGTGGGGTAGGAAT  94

seq1  GCAAAGACTCAGTTGTGA-GACTAAGTTATTTGTTATTTTGATGGTGATG  145
      |||||||||||| ||||| ||||||  |||||||   |||||||||||||
seq2  GCAAAGACTCAG-TGTGAGGACTAAAGTATTTGT--ATTTGATGGTGATG  141

seq1  ATGCTCTCAAAGTTTCAGAATATGCAGAAAGTGATTGTAAATTGTGTA-T  194
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATGCTCTC-AAGTTTCAGAATATGCAGAAAGTGATTGTAAATTGTGTATT  190

seq1  GACTAATTGTGTATGTAACACCCAGGAATTCTACTGCTATATGTAAGTAC  244
      ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAATTGTGTATGTAACACCAGGAAATTCTACTGCTATATGTAAGTAC  240

seq1  CAAAGACATTTACATAGGAACATAGGGGACAGCCTATGAGGGACTGTCAC  294
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACA-TTACATAGGAACATAGGGGACAGCCTATGAGGGACTGTCAC  289

seq1  TACAGCATGATGTTGCTTATCATGATGTTGTCCTGAAAAAAGAAACTGGA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCATGATGTTGCTTATCATGATGTTGTCCTGAAAAAAGAAACTGGA  339

seq1  TCTGAAGCAAGGCTGGATCGTGCTGAATGAAAAAGAAAAAAACAGAAAAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGCAAGGCTGGATCGTGCTGAATGAAAAAGAAAAAAACAGAAAAA  389

seq1  GAGATTTAAAACACTATCCACTTTTCATAAATTAAAGATGTTTGCGGGCT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTAAAACACTATCCACTTTTCATAAATTAAAGATGTTTGCGGGCT  439

seq1  GGGGAGGTTGCTCAGTGGGTTGGAGTACATGACAGGGACCTGAGATTGGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGTTGCTCAGTGGGTTGGAGTACATGACAGGGACCTGAGATTGGA  489

seq1  TCTGAGTCCAGGGAGAAGGTTGGGTATGACTGCAGACCCTTACCTCATCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTCCAGGGAGAAGGTTGGGTATGACTGCAGACCCTTACCTCATCA  539

seq1  CTGGAGGTGGGGTGCGAAGTTGCACGTAGATAGGAGGATTAGAGGAGCTG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGTGGGGTGCGAAGTTGCACGTAGATAGGAGGATTAGAGGAGCTG  589

seq1  TCTGGCCAGGTAGCCTAGCTGAAAAACCTAACTCCAGGTTTCCTGAGAGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCAGGTAGCCTAGCTGAAAAACCTAACTCCAGGTTTCCTGAGAGA  639

seq1  TCCTATCTCAAGGGAACAAGATAGAGGGTGACTGGGAAGATGCCCAAAGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATCTCAAGGGAACAAGATAGAGGGTGACTGGGAAGATGCCCAAAGT  689

seq1  CCTCCTCTGGTCTCCAAGTATTTACTCATGCACACATGCACACGTGTATC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCTGGTCTCCAAGTATTTACTCATGCACACATGCACACGTGTATC  739

seq1  ATATGCAGCACACACCTATACCACACCTTAAAATATGTGCACAGAAATTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCAGCACACACCTATACCACACCTTAAAATATGTGCACAGAAATTA  789

seq1  CCTTTTCAAAAGCACTTGCAGAGACACAAGGCTCAATAAACATATTTAAC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCAAAAGCACTTGCAGAGACACAAGGCTCAATAAACATATTTAAC  839

seq1  TGGCTGCATGTGGCTGAGTGGGAAGAAAGAAAGTGACCACAATAAATTGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCATGTGGCTGAGTGGGAAGAAAGAAAGTGACCACAATAAATTGG  889

seq1  AATAAAATAGTCCCCCTCCCCCATTCTTTTATTTGTGGAAAGAAAACTTA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATAGTCCCCCTCCCCCATTCTTTTATTTGTGGAAAGAAAACTTA  939

seq1  TGGCTGTTTTTCAAAATCAGCATTTGATATAGAAGGAAAGAGGCAGAGGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTTTTTCAAAATCAGCATTTGATATAGAAGGAAAGAGGCAGAGGA  989

seq1  CAGAGGGAATAATTCACAGTGTCTTAGAGCACTGAGTTTGAGGACAAATC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGAATAATTCACAGTGTCTTAGAGCACTGAGTTTGAGGACAAATC  1039

seq1  AAAATTCCTTTTTGAGAATTGCTCTACTGCTCACTGCTAGTGTTCCCTTG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCCTTTTTGAGAATTGCTCTACTGCTCACTGCTAGTGTTCCCTTG  1089

seq1  AAAACTCCACATAGGCCTAGGGCCAGCTTTCTGAAAGGACTGTCGCCAGA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCCACATAGGCCTAGGGCCAGCTTTCTGAAAGGACTGTCGCCAGA  1139

seq1  TTGCAGAGTCTAGGCAAACACTATAGCACACAGAATTC  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGAGTCTAGGCAAACACTATAGCACACAGAATTC  1177

seq1: chr18_21175869_21176909
seq2: B6Ng01-319F11.g_67_1105

seq1  GAATTCTCTGTAGTTCAGGCTGTCCTCAAATCTATGACCTTTTTGCCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTAGTTCAGGCTGTCCTCAAATCTATGACCTTTTTGCCTCA  50

seq1  GCCTCCTGCCCTTTTATAATTTATTTAAAAAAAAAAAATGAATGAATAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTGCCCTTTTATAATTTATTTAAAAAAAAAAAATGAATGAATAGA  100

seq1  AATTCCAACAGTCTTACTTGATTTGGAAAGCAGTGCCATGAATATTTAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCAACAGTCTTACTTGATTTGGAAAGCAGTGCCATGAATATTTAGT  150

seq1  ATTTTATGACTACTTGAAGTTTAGACTTTTTTTAAAATAGGGCTGTATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATGACTACTTGAAGTTTAGACTTTTTTTAAAATAGGGCTGTATGT  200

seq1  TTTTCCTGCATGTGTACCCAGATGTATGCCTGATATCTATAGAGACCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTGCATGTGTACCCAGATGTATGCCTGATATCTATAGAGACCAAA  250

seq1  AGGTATCAGATCTTCAAACTGGAGGTAAATATGGTTGTGTGCTGGTAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATCAGATCTTCAAACTGGAGGTAAATATGGTTGTGTGCTGGTAACT  300

seq1  GAACCTGGGTCCTCTGCAAGAGCAACACATGTTCTTAATTAAGTGCTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGGGTCCTCTGCAAGAGCAACACATGTTCTTAATTAAGTGCTGAG  350

seq1  CTATTTCCAGCCCTTGAAGTTCAGGCTGGTCATTTTTATTAAGCAGCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCCAGCCCTTGAAGTTCAGGCTGGTCATTTTTATTAAGCAGCTTA  400

seq1  CACTAATGACCCTGACGTGTTATTTATTATTTCCCCCTTGTGCTTCTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAATGACCCTGACGTGTTATTTATTATTTCCCCCTTGTGCTTCTTAA  450

seq1  GTAATAGGAGTGAAACATCTGCATCTGATAACACAGAAACTTATCAAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAGGAGTGAAACATCTGCATCTGATAACACAGAAACTTATCAAGAG  500

seq1  GATACAAGGTAAAATTTTAAAAATTCTACTTCAAAAAGTAATACTGTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAAGGTAAAATTTTAAAAATTCTACTTCAAAAAGTAATACTGTTGA  550

seq1  ATAATATAGAAGATTTTTATTTGTGGTGGTTAAGAATTTAATTTAGGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATAGAAGATTTTTATTTGTGGTGGTTAAGAATTTAATTTAGGGGG  600

seq1  CTGGTGAGATGGCTCAGCAGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCAAAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGAGATGGCTCAGCAGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCAAAGGT  650

seq1  CCTGACTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCGTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCGTAAT  700

seq1  GAGATCTGACTCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAAGTGTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCTGACTCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAAGTGTACT  750

seq1  TACATATAATAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAGAATTTAATTCAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATAATAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAGAATTTAATTCAGGA  800

seq1  TTGAGCATGTATAATACATTGAGCATTCACTATGCTGTTTAGCTGTAACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCATGTATAATACATTGAGCATTCACTATGCTGTTTAGCTGTAACC  850

seq1  -TTGAATCCTTATAATAAATTTCTCTGAGACAGGTTTTTGCACACTCTTA  899
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATCCTTATAATAAATTTCTCTGAGACAGGTTTTTGCACACTCTTA  900

seq1  GGCTGGCCTTAAACTCATGATACTCTGCCTAAGCCTTCAGAGTGCTTAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCCTTAAACTCATGATACTCTGCCTAAGCCTTCAGAGTGCTTAGA  950

seq1  GTTTCAGGCCTATAGGTTATAACAATAGATTAGTTATTAGATTTTTA-TT  998
      |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTTTCA-GCCTATAGGTTATAAC-ATAGATTAGTTATTAGATTTTTATTT  998

seq1  TAAACATTTAAAATTTTATTGTGTGATTTGTGCTTGTGTGTGT  1041
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAAACATTT-AAATTTTATTGTGTGATTTGTGCTTG-GTGTGT  1039