BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-324L01
Chromosome18 (Build37)
Map Location 75,471,178 - 75,587,554
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSmad7
Upstream geneCcdc11, LOC668124, LOC668126, Myo5b, Acaa2, LOC672799, Lipg, Rpl17, BC031181, Dym, LOC628356, EG667777
Downstream geneGm672, Zbtb7c, 4833419G08Rik, LOC668184, Smad2, LOC668188
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-324L01.bB6Ng01-324L01.g
ACCGA112939GA112940
length1,158976
definitionB6Ng01-324L01.b B6Ng01-324L01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,586,417 - 75,587,554)(75,471,178 - 75,472,164)
sequence
aaaatgggagaaggagtgatcacgcggaattccacatgaatttagagcta
gtcatttgttcttagtagcatgctgctcagcctaggcaacctcagccctg
tgtaggtatcttccccgagcaaggagtcctgcctttcctggctgcctatt
tgggttcagggtgactgagggcaaggagggggttaacagggcagctcaca
gaagcaacccagggtccccacacatgggtctccatctccattagtctctc
atttactaagccctcctgtatcctgggcatggtcctgtgcgctcagtctt
ctgtaattctcaggagcatccagactatgggtatcattggctctggggat
ggatgactgcagccagaatcccacagctgccccgatgtagagagttctat
gtgtggtgatctcagacaccaaactcctgcttctgaggccccttacctcc
cccacaccccagtgctttcctattttttcctatttctctctccttccccc
cctccccttgcattggagggctttagggaaatacattcagaaaatgagag
ctggcagcagagcgtcccttaccacagccatccacccacaagcctagctc
aattgctgggtgaccagagcaaggttctgacagtggcatgcccatgatag
agagccaatgcctggcttagggcctccggtaatactatagtgcttgccca
atttcattcccagactcagaagaaaggacagcccctccctatcaggtgac
aagctagggggaacccccagaacccaggtctgcatgagaaaaatcagcat
gctgcatgctgagaactgagaacaagcttctagaacaaccccatgtgtcg
ccaaaacatcacagagctggattttacagatgctcactcaaatgcacaaa
accttgtacagacttgcttctagatgagccaacggtggtaggctcccaca
gcagacactcacacctgcacaatgtcaacacaggccacacgggtgtcagt
cccacttatcaccgactcaatttggagccacttcggtgaaatgtcttaac
tcagtcttctgctcagcctccttagtgctggggtttccacgtgtgccacg
cgccgtgtctcttacaacatttcctcgtaaatgtagactgtgcactcaca
ggactatc
gaattccatgacagccagggctatacagagaaaccctgtctcgaaaaaca
aaaacaacaacaacaacaacaacaaaaaaaaagccagtcataacttgggt
gagaggggagggcctgaagcaagcgtgcgcacgcagccctgagcagaact
agaaggttgagagaaggccaagggctagtggcgaggaggcagcaaatcag
gacaaaatagaccaaagagacaagtctgaggccagagaggtggaaggcaa
atcgggggtccttaaagagagaagtcgacgcacctgaatggccttgggcc
acagagagagccactgaggaagtgcaaggggctagcacctgctgtgctgg
ctggttttaggtcagcttgtccagaactggagccatctgggaagagggac
ccttgttaataccacaaggtaagaataagaccactaccataattcttgag
tcaaatttgaaggaagctttgttaaatacaggccaggtccctgagtactg
gccaggtccctgggtactggccaggtccatacccagcattcccagagtat
ggtgccaattacattagtcaggggcttataaaagcagaactgacaggcct
acgtacttcctgccttcatccaatcagcggcaagcatacatcctgtgtca
ttcctgcttttataccttctgcttacctgtgatcaaacacacatcctgta
aagttggagcaacgaagcttgtttacagaagctaaaacaaacggtttgtt
atctcaagtggacagaccccaggattccaaaaaacgcatctgtccttggg
cacgtggggcttacaggttagaggcatttttaaacataatgttaaccttc
gtaacctcacttgagtaaatgcctccgtaagatccggctataggcaagta
catggggtaatttctatagtgatggattggggagggctagccactatggt
tattccggcttgtggtccgggttcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_75586417_75587554
seq2: B6Ng01-324L01.b_27_1158 (reverse)

seq1  GATAGTCCCTGTGAGTGCACAGTCCTACATTTAACGAAGAAATGTTGTAA  50
      |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||
seq2  GATAGT-CCTGTGAGTGCACAGT-CTACATTT-ACGAGGAAATGTTGTAA  47

seq1  CCAGACACGGCGGCGGTGCACACGTGG-AACCCCAGCACTTAGGAGGCTG  99
        ||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  -GAGACACGGC-GCGTGGCACACGTGGAAACCCCAGCACTAAGGAGGCTG  95

seq1  AGGCAGGAAGACTGAGTT-AGACATTTCACCGAAGTGGCTCCAAATTGAG  148
      | ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GCA-GAAGACTGAGTTAAGACATTTCACCGAAGTGGCTCCAAATTGAG  143

seq1  TCGGTGATTAGTGGGACTGACACCCGTGTGGCCTGTGTTGACATTGTGCA  198
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTGATAAGTGGGACTGACACCCGTGTGGCCTGTGTTGACATTGTGCA  193

seq1  GGTGTGAGTGTCTGCTGTGGGAGCCTACCACCGTTGGCTCATCTAGAAGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGAGTGTCTGCTGTGGGAGCCTACCACCGTTGGCTCATCTAGAAGC  243

seq1  AAGTCTGTACAAGGTTTTGTGCATTTGAGTGAGCATCTGTAAAATCCAGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGTACAAGGTTTTGTGCATTTGAGTGAGCATCTGTAAAATCCAGC  293

seq1  TCTGTGATGTTTTGGCGACACATGGGGTTGTTCTAGAAGCTTGTTCTCAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGATGTTTTGGCGACACATGGGGTTGTTCTAGAAGCTTGTTCTCAG  343

seq1  TTCTCAGCATGCAGCATGCTGATTTTTCTCATGCAGACCTGGGTTCTGGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGCATGCAGCATGCTGATTTTTCTCATGCAGACCTGGGTTCTGGG  393

seq1  GGTTCCCCCTAGCTTGTCACCTGATAGGGAGGGGCTGTCCTTTCTTCTGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCCCCTAGCTTGTCACCTGATAGGGAGGGGCTGTCCTTTCTTCTGA  443

seq1  GTCTGGGAATGAAATTGGGCAAGCACTATAGTATTACCGGAGGCCCTAAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGGAATGAAATTGGGCAAGCACTATAGTATTACCGGAGGCCCTAAG  493

seq1  CCAGGCATTGGCTCTCTATCATGGGCATGCCACTGTCAGAACCTTGCTCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCATTGGCTCTCTATCATGGGCATGCCACTGTCAGAACCTTGCTCT  543

seq1  GGTCACCCAGCAATTGAGCTAGGCTTGTGGGTGGATGGCTGTGGTAAGGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACCCAGCAATTGAGCTAGGCTTGTGGGTGGATGGCTGTGGTAAGGG  593

seq1  ACGCTCTGCTGCCAGCTCTCATTTTCTGAATGTATTTCCCTAAAGCCCTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTCTGCTGCCAGCTCTCATTTTCTGAATGTATTTCCCTAAAGCCCTC  643

seq1  CAATGCAAGGGGAGGGGGGGAAGGAGAGAGAAATAGGAAAAAATAGGAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCAAGGGGAGGGGGGGAAGGAGAGAGAAATAGGAAAAAATAGGAAA  693

seq1  GCACTGGGGTGTGGGGGAGGTAAGGGGCCTCAGAAGCAGGAGTTTGGTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGGGTGTGGGGGAGGTAAGGGGCCTCAGAAGCAGGAGTTTGGTGT  743

seq1  CTGAGATCACCACACATAGAACTCTCTACATCGGGGCAGCTGTGGGATTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATCACCACACATAGAACTCTCTACATCGGGGCAGCTGTGGGATTC  793

seq1  TGGCTGCAGTCATCCATCCCCAGAGCCAATGATACCCATAGTCTGGATGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCAGTCATCCATCCCCAGAGCCAATGATACCCATAGTCTGGATGC  843

seq1  TCCTGAGAATTACAGAAGACTGAGCGCACAGGACCATGCCCAGGATACAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGAATTACAGAAGACTGAGCGCACAGGACCATGCCCAGGATACAG  893

seq1  GAGGGCTTAGTAAATGAGAGACTAATGGAGATGGAGACCCATGTGTGGGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCTTAGTAAATGAGAGACTAATGGAGATGGAGACCCATGTGTGGGG  943

seq1  ACCCTGGGTTGCTTCTGTGAGCTGCCCTGTTAACCCCCTCCTTGCCCTCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGGGTTGCTTCTGTGAGCTGCCCTGTTAACCCCCTCCTTGCCCTCA  993

seq1  GTCACCCTGAACCCAAATAGGCAGCCAGGAAAGGCAGGACTCCTTGCTCG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCCTGAACCCAAATAGGCAGCCAGGAAAGGCAGGACTCCTTGCTCG  1043

seq1  GGGAAGATACCTACACAGGGCTGAGGTTGCCTAGGCTGAGCAGCATGCTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGATACCTACACAGGGCTGAGGTTGCCTAGGCTGAGCAGCATGCTA  1093

seq1  CTATGAACAAATGACTAGCTCTAAATTCATGTTGGAATTC  1138
      ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTAAGAACAAATGACTAGCTCTAAATTCATG-TGGAATTC  1132

seq1: chr18_75471178_75472164
seq2: B6Ng01-324L01.g_66_1041

seq1  GAATTCCATGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACA  50

seq1  AAAACAACAACAACAACAACAACAAAAAAAAAGCCAGTCATAACTTGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAACAACAACAACAACAACAAAAAAAAAGCCAGTCATAACTTGGGT  100

seq1  GAGAGGGGAGGGCCTGAAGCAAGCGTGCGCACGCAGCCCTGAGCAGAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGGAGGGCCTGAAGCAAGCGTGCGCACGCAGCCCTGAGCAGAACT  150

seq1  AGAAGGTTGAGAGAAGGCCAAGGGCTAGTGGCGAGGAGGCAGCAAATCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTTGAGAGAAGGCCAAGGGCTAGTGGCGAGGAGGCAGCAAATCAG  200

seq1  GACAAAATAGACCAAAGAGACAAGTCTGAGGCCAGAGAGGTGGAAGGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAATAGACCAAAGAGACAAGTCTGAGGCCAGAGAGGTGGAAGGCAA  250

seq1  ATCGGGGGTCCTTAAAGAGAGAAGTCGACGCACCTGAATGGCCTTGGGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGGGGTCCTTAAAGAGAGAAGTCGACGCACCTGAATGGCCTTGGGCC  300

seq1  ACAGAGAGAGCCACTGAGGAAGTGCAAGGGGCTAGCACCTGCTGTGCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAGAGCCACTGAGGAAGTGCAAGGGGCTAGCACCTGCTGTGCTGG  350

seq1  CTGGTTTTAGGTCAGCTTGTCCAGAACTGGAGCCATCTGGGAAGAGGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTTAGGTCAGCTTGTCCAGAACTGGAGCCATCTGGGAAGAGGGAC  400

seq1  CCTTGTTAATACCACAAGGTAAGAATAAGACCACTACCATAATTCTTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTAATACCACAAGGTAAGAATAAGACCACTACCATAATTCTTGAG  450

seq1  TCAAATTTGAAGGAAGCTTTGTTAAATACAGGCCAGGTCCCTGAGTACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTTGAAGGAAGCTTTGTTAAATACAGGCCAGGTCCCTGAGTACTG  500

seq1  GCCAGGTCCCTGGGTACTGGCCAGGTCCATACCCAGCATTCCCAGAGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTCCCTGGGTACTGGCCAGGTCCATACCCAGCATTCCCAGAGTAT  550

seq1  GGTGCCAATTACATTAGTCAGGGGCTTATAAAAGCAGAACTGACAGGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCAATTACATTAGTCAGGGGCTTATAAAAGCAGAACTGACAGGCCT  600

seq1  ACGTACTTCCTGCCTTCATCCAATCAGCGGCAAGCATACATCCTGTGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTACTTCCTGCCTTCATCCAATCAGCGGCAAGCATACATCCTGTGTCA  650

seq1  TTCCTGCTTTTATACCTTCTGCTTACCTGTGATCAAACACACATCCTGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCTTTTATACCTTCTGCTTACCTGTGATCAAACACACATCCTGTA  700

seq1  AAGTTGGAGCAACGAAGCTTGTTTACAGAAGCTAAAACAAACGGTTTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGAGCAACGAAGCTTGTTTACAGAAGCTAAAACAAACGGTTTGTT  750

seq1  ATCTCAAGTGGACAGACCCCAGGATTCCAAAAAACGCATCTGTCCTTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAAGTGGACAGACCCCAGGATTCCAAAAAACGCATCTGTCCTTGGG  800

seq1  CACGTGGGGCTTACAGGTTAGAGGCATTTTTAAACATAATGTTAACCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGGGGCTTACAGGTTAGAGGCATTTTTAAACATAATGTTAACCTTC  850

seq1  GTAACCTCACTTGAGTAAATGCCTCCGTAAGATCCGGCTATAGGCAAGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCTCACTTGAGTAAATGCCTCCGTAAGATCCGGCTATAGGCAAGTA  900

seq1  CATGGGGTAATTTCTTAATTAGTGATGGATTGGGGAGGGCCTAGCCCACT  950
      |||||||||||||||    |||||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  CATGGGGTAATTTCT---ATAGTGATGGATTGGGGAGGG-CTAG-CCACT  945

seq1  ATGGGTTTTATTCCCGGGCTGGTGGTCCTGGGTTCTA  987
      ||||   |||||||  |||| ||||||| ||||||||
seq2  ATGG---TTATTCC--GGCTTGTGGTCC-GGGTTCTA  976