BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325D06
Chromosome18 (Build37)
Map Location 65,118,116 - 65,246,814
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNedd4l
Upstream geneWdr7, LOC629436, LOC667773, St8sia3, LOC433193, Onecut2, LOC667783, LOC100043304, Fech, Nars, Atp8b1, LOC629480
Downstream geneAlpk2, LOC667816, Malt1, LOC638570, LOC100042820, Zfp532, 5330437I02Rik, Sec11c, Grp, Rax, Cplx4, Lman1, Ccbe1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325D06.bB6Ng01-325D06.g
ACCGA113322GA113323
length1,1281,157
definitionB6Ng01-325D06.b B6Ng01-325D06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,118,116 - 65,119,242)(65,245,663 - 65,246,814)
sequence
gaattccagggtaatacaatatgtagtttggccaagaggcaattacttta
attgtgacttgagtaatacttactgccttttagaaaggcacccttagcct
gttctccccatcccgactgctgtaggctgagtaacccctaacccaaacaa
gcaaaatcaaaaaacgctgtgccaacacggccccacaagctggaaaacca
aacagcctggagatgttttctgtccagaatttttaaaattatgattgtgt
aaaattaccttcaagctgtgtgcatgaagttatgtgttctgtgggtggat
tttgtgtttagaacagagtcccatcctcaagatgtttattgtgaatctgc
aaacacaccagaaagcacaaacaaaacactgaaatacacaacactctgga
tgcatgccttttgagtgagggtcattcaacctgtaatatctattcacttg
actctgttgagttgttttaactacacacacacacacacacacacacacac
acacacacagagagagagagagagagagagtcacagggttttgtagtggg
tctttttgacagtcattggagtgggaattgggaagggaccatcaatggaa
cacctttgggatggcttccatcactgggctgccacagaggaatggctgca
atggatgttgtgtttgagtgtttacattacttctgcagtgctgaatttag
ctcaacgcgcagctctgtgcaagagtaaacactgccgggtgtggtttgag
tacatctgtaaccctagcagttggaaatcagaggcaggaggatatcaagt
ttgagcagcacccctgtactctccctcacttcccatatagccagccccct
gtctcaaccacacagattaaaacagttttcctgtttgtttggaatgtcac
agaaggtgcccaaaagccttagctttcgaagctcctgttgttaggtaggg
tacgatacgtggctccagcacgcttttagcagcttaattatcacgtactc
ggggtccgggtgtgaaaggggtcataataacagtctcaaagtggctctaa
agagtcatggaagaacaagtgctcggcagctgttggtgcgtgtacctgtg
ctggacctttctgaagcatctgtggctt
gaattctaagaccctggagacattttcttgtctattgctgttacctttaa
gaacagatttgctttatgggtgatgtttggggagtctactctcacccaga
tttcccctgtattttctactaagaatctagctggttaatatcgttagatt
tagaatgtttgggaggcacatttaaaagcacactgagcatgctgtgcaaa
aggacctccatatcaaaagatttcctacatcactcacacccagactgagt
aatcggttgtgcttaattgttcattgagaataacgatgacctgtccttaa
gagtaaagcagcagctaactgaaccccgctgaaggaggctagtgacagcc
agactgtagacgcctaagtgaatgttttccttcaagataaataaggctca
ggcagctgctggccaagcctaacacccttggtctctatgatacacataca
aagctggtgaatagacagatcgttccattacaagaccaagtctgctctct
cctccttccttccttcctgcctgcctactttattttgttgtttttgtttt
gttttgttttgttttttgttctgggggaaagacctttgcttaaaagaaaa
gcatcagtttgccaaccacatgtgaattttttatgtgtccagaatacata
cattgttcctcatgttgtggtgacccccaaccacaaaattattttcattg
ctactttgtaactgtaattttgccactgttatgaacaatagtgtaaatat
ctgatacatggctccttcctcaaaggggtcatgaaccacacattgaggac
cagtgatctacatagttcttgaaacctacatccttaaaaatccacgaaat
tttaggacaccttttttaaaaatttctttagagattctagactgggagtt
tagtcatgtaactgtatctgtacccaacacctaaacaccacaaggacttc
cgttttcaggcagtcacgtcacctgaggaaaggcattcctcactgggggc
tgttcctggctgaacacgggatggtgctgataaagcttgaaactttttct
tatagtgaattctttggggtaggttaaccaaactgcttaccctgtcagaa
cacacactgaatctgtgtaccagtcagggaaactgtattggggtttggaa
caaggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_65118116_65119242
seq2: B6Ng01-325D06.b_44_1171

seq1  GAATTCCAGGGTAATACAATATGTAGTTTGGCCAAGAGGCAATTACTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGTAATACAATATGTAGTTTGGCCAAGAGGCAATTACTTTA  50

seq1  ATTGTGACTTGAGTAATACTTACTGCCTTTTAGAAAGGCACCCTTAGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGACTTGAGTAATACTTACTGCCTTTTAGAAAGGCACCCTTAGCCT  100

seq1  GTTCTCCCCATCCCGACTGCTGTAGGCTGAGTAACCCCTAACCCAAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCCCCATCCCGACTGCTGTAGGCTGAGTAACCCCTAACCCAAACAA  150

seq1  GCAAAATCAAAAAACGCTGTGCCAACACGGCCCCACAAGCTGGAAAACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATCAAAAAACGCTGTGCCAACACGGCCCCACAAGCTGGAAAACCA  200

seq1  AACAGCCTGGAGATGTTTTCTGTCCAGAATTTTTAAAATTATGATTGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCCTGGAGATGTTTTCTGTCCAGAATTTTTAAAATTATGATTGTGT  250

seq1  AAAATTACCTTCAAGCTGTGTGCATGAAGTTATGTGTTCTGTGGGTGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTACCTTCAAGCTGTGTGCATGAAGTTATGTGTTCTGTGGGTGGAT  300

seq1  TTTGTGTTTAGAACAGAGTCCCATCCTCAAGATGTTTATTGTGAATCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTTTAGAACAGAGTCCCATCCTCAAGATGTTTATTGTGAATCTGC  350

seq1  AAACACACCAGAAAGCACAAACAAAACACTGAAATACACAACACTCTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACACCAGAAAGCACAAACAAAACACTGAAATACACAACACTCTGGA  400

seq1  TGCATGCCTTTTGAGTGAGGGTCATTCAACCTGTAATATCTATTCACTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCCTTTTGAGTGAGGGTCATTCAACCTGTAATATCTATTCACTTG  450

seq1  ACTCTGTTGAGTTGTTTTAACTACACACACACACACACACACACACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTTGAGTTGTTTTAACTACACACACACACACACACACACACACAC  500

seq1  ACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCACAGGGTTTTGTAGTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCACAGGGTTTTGTAGTGGG  550

seq1  TCTTTTTGACAGTCATTGGAGTGGGAATTGGGAAGGGACCATCAATGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTGACAGTCATTGGAGTGGGAATTGGGAAGGGACCATCAATGGAA  600

seq1  CACCTTTGGGATGGCTTCCATCACTGGGCTGCCACAGAGGAATGGCTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTGGGATGGCTTCCATCACTGGGCTGCCACAGAGGAATGGCTGCA  650

seq1  ATGGATGTTGTGTTTGAGTGTTTACATTACTTCTGCAGTGCTGAATTTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGTTGTGTTTGAGTGTTTACATTACTTCTGCAGTGCTGAATTTAG  700

seq1  CTCAACGCGCAGCTCTGTGCAAGAGTAAACACTGCCGGGTGTGGTTTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACGCGCAGCTCTGTGCAAGAGTAAACACTGCCGGGTGTGGTTTGAG  750

seq1  TACATCTGTAACCCTAGCAGTTGGAAATCAGAGGCAGGAGGATATCAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTGTAACCCTAGCAGTTGGAAATCAGAGGCAGGAGGATATCAAGT  800

seq1  TTGAGCAGCACCCCTGTACTCTCCCTCACTTCCCATATAGCCAGCCCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCAGCACCCCTGTACTCTCCCTCACTTCCCATATAGCCAGCCCCCT  850

seq1  GTCTCAACCACACAGATTAAAACAGTTTTCCTGTTTGTTTGGAATGTCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAACCACACAGATTAAAACAGTTTTCCTGTTTGTTTGGAATGTCAC  900

seq1  AGAAGGTGCCCAAAAGCCTTAGCTTTCGAAGCTCCTGTTGTTAGGTAGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTGCCCAAAAGCCTTAGCTTTCGAAGCTCCTGTTGTTAGGTAGGG  950

seq1  TACGATTACGTGGCTCCAGCACGCTTTTAGCAGCTTAATTATCACGTACT  1000
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGA-TACGTGGCTCCAGCACGCTTTTAGCAGCTTAATTATCACGTACT  999

seq1  CCGGGGTCCGGGTGTGAAAGGGGTCATAATAACAGTCTCAGAGTTGGCTC  1050
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
seq2  -CGGGGTCCGGGTGTGAAAGGGGTCATAATAACAGTCTCAAAG-TGGCTC  1047

seq1  TAAGGAGTCATGG-AGAAC-AGTGCTCGGCAGCTG-TGGTGCTGTTACCT  1097
      ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||   |||||
seq2  TAAAGAGTCATGGAAGAACAAGTGCTCGGCAGCTGTTGGTGCGTGTACCT  1097

seq1  GTGCTGGGCCTTTCTG-AGCATCTGTGGCTT  1127
      ||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  GTGCTGGACCTTTCTGAAGCATCTGTGGCTT  1128

seq1: chr18_65245663_65246814
seq2: B6Ng01-325D06.g_66_1222 (reverse)

seq1  TTCCTTGGTCCAAACCC--ATACAGTTTCCTTGACTGTAACACAGATCTC  48
      ||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||  |||||||| ||
seq2  TTCCTTGTTCCAAACCCCAATACAGTTTCCCTGACTGGTACACAGAT-TC  49

seq1  AGTGTGTCT--TGACAGTGT-AGCAGTTTGTTTAACCTACCCC-AAGAAA  94
      ||||||| |  |||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||| 
seq2  AGTGTGTGTTCTGACAGGGTAAGCAGTTTGGTTAACCTACCCCAAAGAAT  99

seq1  TCACTAT-AGAAACAGTTTCAAGCTTTATCAGCACCATCCCGTGTTCAGC  143
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATAAGAAAAAGTTTCAAGCTTTATCAGCACCATCCCGTGTTCAGC  149

seq1  CAGGAACAGCCCCCAGTGAGGAATGCCTTTCCTCAGGTTGACGTGACTG-  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| 
seq2  CAGGAACAGCCCCCAGTGAGGAATGCCTTTCCTCAGG-TGACGTGACTGC  198

seq1  CTGAAAACGGAAGTCCTTTGTGGTGTTTAGGTGTTGGGTACAGATACAGT  242
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAACGGAAGTCC-TTGTGGTGTTTAGGTGTTGGGTACAGATACAGT  247

seq1  TACATGACTAAACTCCCAGTCTAGAATCTCTAAAGAAATTTTTAAAAAAG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGACTAAACTCCCAGTCTAGAATCTCTAAAGAAATTTTTAAAAAAG  297

seq1  GTGTCCTAAAATTTCGTGGATTTTTAAGGATGTAGGTTTCAAGAACTATG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCTAAAATTTCGTGGATTTTTAAGGATGTAGGTTTCAAGAACTATG  347

seq1  TAGATCACTGGTCCTCAATGTGTGGTTCATGACCCCTTTGAGGAAGGAGC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCACTGGTCCTCAATGTGTGGTTCATGACCCCTTTGAGGAAGGAGC  397

seq1  CATGTATCAGATATTTACACTATTGTTCATAACAGTGGCAAAATTACAGT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATCAGATATTTACACTATTGTTCATAACAGTGGCAAAATTACAGT  447

seq1  TACAAAGTAGCAATGAAAATAATTTTGTGGTTGGGGGTCACCACAACATG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGTAGCAATGAAAATAATTTTGTGGTTGGGGGTCACCACAACATG  497

seq1  AGGAACAATGTATGTATTCTGGACACATAAAAAATTCACATGTGGTTGGC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACAATGTATGTATTCTGGACACATAAAAAATTCACATGTGGTTGGC  547

seq1  AAACTGATGCTTTTCTTTTAAGCAAAGGTCTTTCCCCCAGAACAAAAAAC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGATGCTTTTCTTTTAAGCAAAGGTCTTTCCCCCAGAACAAAAAAC  597

seq1  AAAACAAAACAAAACAAAAACAACAAAATAAAGTAGGCAGGCAGGAAGGA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAACAAAACAAAAACAACAAAATAAAGTAGGCAGGCAGGAAGGA  647

seq1  AGGAAGGAGGAGAGAGCAGACTTGGTCTTGTAATGGAACGATCTGTCTAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGAGGAGAGAGCAGACTTGGTCTTGTAATGGAACGATCTGTCTAT  697

seq1  TCACCAGCTTTGTATGTGTATCATAGAGACCAAGGGTGTTAGGCTTGGCC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAGCTTTGTATGTGTATCATAGAGACCAAGGGTGTTAGGCTTGGCC  747

seq1  AGCAGCTGCCTGAGCCTTATTTATCTTGAAGGAAAACATTCACTTAGGCG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTGCCTGAGCCTTATTTATCTTGAAGGAAAACATTCACTTAGGCG  797

seq1  TCTACAGTCTGGCTGTCACTAGCCTCCTTCAGCGGGGTTCAGTTAGCTGC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGTCTGGCTGTCACTAGCCTCCTTCAGCGGGGTTCAGTTAGCTGC  847

seq1  TGCTTTACTCTTAAGGACAGGTCATCGTTATTCTCAATGAACAATTAAGC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTACTCTTAAGGACAGGTCATCGTTATTCTCAATGAACAATTAAGC  897

seq1  ACAACCGATTACTCAGTCTGGGTGTGAGTGATGTAGGAAATCTTTTGATA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCGATTACTCAGTCTGGGTGTGAGTGATGTAGGAAATCTTTTGATA  947

seq1  TGGAGGTCCTTTTGCACAGCATGCTCAGTGTGCTTTTAAATGTGCCTCCC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTCCTTTTGCACAGCATGCTCAGTGTGCTTTTAAATGTGCCTCCC  997

seq1  AAACATTCTAAATCTAACGATATTAACCAGCTAGATTCTTAGTAGAAAAT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTCTAAATCTAACGATATTAACCAGCTAGATTCTTAGTAGAAAAT  1047

seq1  ACAGGGGAAATCTGGGTGAGAGTAGACTCCCCAAACATCACCCATAAAGC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGGAAATCTGGGTGAGAGTAGACTCCCCAAACATCACCCATAAAGC  1097

seq1  AAATCTGTTCTTAAAGGTAACAGCAATAGACAAGAAAATGTCTCCAGGGT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGTTCTTAAAGGTAACAGCAATAGACAAGAAAATGTCTCCAGGGT  1147

seq1  CTTAGAATTC  1152
      ||||||||||
seq2  CTTAGAATTC  1157