BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325M22
Chromosome18 (Build37)
Map Location 69,776,667 - 69,927,659
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTcf4
Upstream geneLOC100043380, EG225681
Downstream geneCcdc68, Rab27b, 2310002L13Rik, 4930503L19Rik, Stard6, Poli, Mbd2, EG668032
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325M22.bB6Ng01-325M22.g
ACCGA113770GA113771
length1,1891,041
definitionB6Ng01-325M22.b B6Ng01-325M22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,776,667 - 69,777,873)(69,926,612 - 69,927,659)
sequence
gaattctttaaaaaaagattatttggttgggtacttaccttattcattta
tttatttactttctagttattaacaaatggagaaatatgtatagaggtat
aagtgtttttaaatatatgtaaacagccaccaagcagtacgtgagtgatc
cggtgttcattttgtaagttggagtgaagagtgaaggtctcctgcctggg
gagccctgtgcctggcttcttagctctctttctggaggccgagggctttc
cacagatgtcaggttacaccctgaatcagctcatcccaaacagcttgctg
tctctccttaagatctgtctgtggtacccatggcaagtgtgcgctttcat
gtgcacaaggaagagattggtaacttcaaggacagttaggaataccaaaa
cacagtctgccaagttagaattagactcagacttaatacaatctgagttt
tgaacagaatttgaagctttgaggagaaatatggaagattgtgatgagca
tctttttttcccctccaactctcttactgtttgcaaatcattgcttcctg
atcctggggtgggcggggagggaaaaaacctcaaaggaaaggctcaacgg
gcttcctggacatcaaatagcaagtataaaacaacgttctgatgacttgc
atgtaaataaatcagaaacatatgaattaaacttctctcaaaatacacat
ggattgaagaagggagaagtgctgagaaaatgtgttttgggttttgctga
gcccatgacatttgaaaaactagtatgagacactgaacaaacacaaaaca
tggcttggctcacccattcctaatattagcctcctggttcaatggcaaat
caatttaccagatgcccaaatcgaagccacctttggtgtgctcctccaca
cttaattgcttgcagtttaattttttttccaattagaagctcaaaaatag
catcacattttagaaagtgcaatcttagcatttttcgacccagttggctg
acatcagacctttttagaaaaaacaccagagatcctcaccttagagcagt
cacactgagtggtctttttgatgtatatgaatacatcacagaggaacggc
gttagtatggaaacagcacaccataattgctgtaaccgagcctagcctag
gcagtcacatgatgaaccatgaaccatctcctggattca
gaattcattggtgaaaccttaaatgtggagttgtgaagaaagctggaatc
tagaaagcatcttgcgaaaagaggtttacaagcagatacttggtcaacac
ttgatgcaagactgctgacttcagtgacaaatagcaccaaggcctttgtg
caaacgcaccacgaagcagtgccactgtgatgctgagctcatcagcccca
gcagcagggtaccagctgattcaagcatctcccaggaactccatgaacta
atgggcaggaactctgcccccagccatgcccaaaacagttcagaacacaa
acaacaaatatccaagaagcacatcaactcttaaagagtgactcagaaga
catggcacaaggacagtcaagtattgttcagttgtcctaacacccccatg
ttgtcaccagtgtgagatgtcatttctcacatatcacttggctcttattg
tgaaacccattagagatatacttggcaaagcagagatcttagtaaggaga
aaagacacatagatatagcctggcagcatcagatttcttccaattcccag
gaaagacttgggttaaaataaaatgagtttggaaaaaaaactcatgtgca
aattgtggagtgaacataaattactctctaagcccactcgcctataatat
attcactctgtacacattctatagcaatgataaatccagactgactctaa
ttactatggtatctatccgtgctctcaaaaacatgcatgcataaatccta
aaaacccaacaaattataaaacaaaaacagctgaaggcacacgtgatgtg
ggggaataccctgaacttgctgatggtcctatcattagcttgttcaaagc
taccagctcaatctgtaattttccctttcctgagctttaagcttcttctt
cttcccaatgatgctatgaaacagttcatatatcacatacagtacatttc
tccatgtttccagatggcatttgataaaatggaaacaaagaaagactaga
aagaaaatggatgcttgctacctttcactgtgaaatagatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_69776667_69777873
seq2: B6Ng01-325M22.b_42_1230

seq1  GAATTCTTTAAAAAAAGATTATTTGGTTGGGTACTTACCTTATTCATTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAAAAAAGATTATTTGGTTGGGTACTTACCTTATTCATTTA  50

seq1  TTTATTTACTTTCTAGTTATTAACAAATGGAGAAATATGTATAGAGGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTACTTTCTAGTTATTAACAAATGGAGAAATATGTATAGAGGTAT  100

seq1  AAGTGTTTTTAAATATATGTAAACAGCCACCAAGCAGTACGTGAGTGATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTTTTAAATATATGTAAACAGCCACCAAGCAGTACGTGAGTGATC  150

seq1  CGGTGTTCATTTTGTAAGTTGGAGTGAAGAGTGAAGGTCTCCTGCCTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGTTCATTTTGTAAGTTGGAGTGAAGAGTGAAGGTCTCCTGCCTGGG  200

seq1  GAGCCCTGTGCCTGGCTTCTTAGCTCTCTTTCTGGAGGCCGAGGGCTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTGTGCCTGGCTTCTTAGCTCTCTTTCTGGAGGCCGAGGGCTTTC  250

seq1  CACAGATGTCAGGTTACACCCTGAATCAGCTCATCCCAAACAGCTTGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATGTCAGGTTACACCCTGAATCAGCTCATCCCAAACAGCTTGCTG  300

seq1  TCTCTCCTTAAGATCTGTCTGTGGTACCCATGGCAAGTGTGCGCTTTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCTTAAGATCTGTCTGTGGTACCCATGGCAAGTGTGCGCTTTCAT  350

seq1  GTGCACAAGGAAGAGATTGGTAACTTCAAGGACAGTTAGGAATACCAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACAAGGAAGAGATTGGTAACTTCAAGGACAGTTAGGAATACCAAAA  400

seq1  CACAGTCTGCCAAGTTAGAATTAGACTCAGACTTAATACAATCTGAGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCTGCCAAGTTAGAATTAGACTCAGACTTAATACAATCTGAGTTT  450

seq1  TGAACAGAATTTGAAGCTTTGAGGAGAAATATGGAAGATTGTGATGAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGAATTTGAAGCTTTGAGGAGAAATATGGAAGATTGTGATGAGCA  500

seq1  TCTTTTTTTCCCCTCCAACTCTCTTACTGTTTGCAAATCATTGCTTCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTTTCCCCTCCAACTCTCTTACTGTTTGCAAATCATTGCTTCCTG  550

seq1  ATCCTGGGGTGGGCGGGGAGGGAAAAAACCTCAAAGGAAAGGCTCAACGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGGGTGGGCGGGGAGGGAAAAAACCTCAAAGGAAAGGCTCAACGG  600

seq1  GCTTCCTGGACATCAAATAGCAAGTATAAAACAACGTTCTGATGACTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTGGACATCAAATAGCAAGTATAAAACAACGTTCTGATGACTTGC  650

seq1  ATGTAAATAAATCAGAAACATATGAATTAAACTTCTCTCAAAATACACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAATAAATCAGAAACATATGAATTAAACTTCTCTCAAAATACACAT  700

seq1  GGATTGAAGAAGGGAGAAGTGCTGAGAAAATGTGTTTTGGGTTTTGCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGAAGAAGGGAGAAGTGCTGAGAAAATGTGTTTTGGGTTTTGCTGA  750

seq1  GCCCATGACATTTGAAAAACTAGTATGAGACACTGAACAAACACAAAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATGACATTTGAAAAACTAGTATGAGACACTGAACAAACACAAAACA  800

seq1  TGGCTTGGCTCACCCATTCCTAATATTAGCCTCCTGGTTCAATGGCAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGGCTCACCCATTCCTAATATTAGCCTCCTGGTTCAATGGCAAAT  850

seq1  CAATTTACCAGATGCCCAAATCGAAGCCACCTTTGGTGTGCTCCTCCACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTACCAGATGCCCAAATCGAAGCCACCTTTGGTGTGCTCCTCCACA  900

seq1  CTTAATTGCTTGCAGTTTAATTTTTTTTCCAATTAGAAGCTCAAAAATAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTGCTTGCAGTTTAATTTTTTTTCCAATTAGAAGCTCAAAAATAG  950

seq1  CATCACATTTTAAGAAAAGTGCAAATCTTAGCATTTTTCGAACCCAGTTG  1000
      ||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CATCACATTTTA--GAAAGTGC-AATCTTAGCATTTTTCG-ACCCAGTTG  996

seq1  GCTGACATCAGACCTTTTTAG-AAAAACACCAGAGATCCTCACCTTAAGA  1049
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCTGACATCAGACCTTTTTAGAAAAAACACCAGAGATCCTCACCTT-AGA  1045

seq1  GCAGTCACACTGAGGTGGTCCTTTTTGATGTATATG-ATACATCACAGAG  1098
      ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCAGTCACACTGA-GTGGT-CTTTTTGATGTATATGAATACATCACAGAG  1093

seq1  GAAAGGCGTTAGTATTGGAAAACCAGCACCAACATAAATTTGCTGGTTAA  1148
      ||| |||||||||| ||||||  ||||| || |||||  ||||||  |||
seq2  GAACGGCGTTAGTA-TGGAAA--CAGCA-CACCATAA--TTGCTG--TAA  1135

seq1  ACAGAAGCCAAAACCTAGGGGCAGTCAACATGGATG-ACCATGAACCATC  1197
       |   ||||  | ||||  ||||||| |||| |||| |||||||||||||
seq2  CC--GAGCC-TAGCCTA--GGCAGTC-ACAT-GATGAACCATGAACCATC  1178

seq1  TCCTGG-TTCA  1207
      |||||| ||||
seq2  TCCTGGATTCA  1189

seq1: chr18_69926612_69927659
seq2: B6Ng01-325M22.g_66_1106 (reverse)

seq1  AATCTATTTCAACAGTGAAA-GTAGCAAAGCATCCATTTTTCTTTCTTAT  49
      |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||   
seq2  AATCTATTTC-ACAGTGAAAGGTAGC-AAGCATCCA-TTTTCTTTCT--A  45

seq1  GTCTTTCTTTTGTTTCCATTTTATCAAATGCCATCTGGAAAACATGGAGA  99
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTCTTTC-TTTGTTTCCATTTTATCAAATGCCATCTGG-AAACATGGAGA  93

seq1  AATGTACTGTATGTGATATATGAACTTGTTTCATAGCATCATTGGGAAGA  149
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTACTGTATGTGATATATGAAC-TGTTTCATAGCATCATTGGGAAGA  142

seq1  AGAAGAAGCTTAAAGCTCAGGAAAGGGAAAATTACAGATTGAGCTGGTAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAGCTTAAAGCTCAGGAAAGGGAAAATTACAGATTGAGCTGGTAG  192

seq1  CTTTGAACAAGCTAATGATAGGACCATCAGCAAGTTCAGGGTATTCCCCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAACAAGCTAATGATAGGACCATCAGCAAGTTCAGGGTATTCCCCC  242

seq1  ACATCACGTGTGCCTTCAGCTGTTTTTGTTTTATAATTTGTTGGGTTTTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCACGTGTGCCTTCAGCTGTTTTTGTTTTATAATTTGTTGGGTTTTT  292

seq1  AGGATTTATGCATGCATGTTTTTGAGAGCACGGATAGATACCATAGTAAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTTATGCATGCATGTTTTTGAGAGCACGGATAGATACCATAGTAAT  342

seq1  TAGAGTCAGTCTGGATTTATCATTGCTATAGAATGTGTACAGAGTGAATA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCAGTCTGGATTTATCATTGCTATAGAATGTGTACAGAGTGAATA  392

seq1  TATTATAGGCGAGTGGGCTTAGAGAGTAATTTATGTTCACTCCACAATTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATAGGCGAGTGGGCTTAGAGAGTAATTTATGTTCACTCCACAATTT  442

seq1  GCACATGAGTTTTTTTTCCAAACTCATTTTATTTTAACCCAAGTCTTTCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGAGTTTTTTTTCCAAACTCATTTTATTTTAACCCAAGTCTTTCC  492

seq1  TGGGAATTGGAAGAAATCTGATGCTGCCAGGCTATATCTATGTGTCTTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATTGGAAGAAATCTGATGCTGCCAGGCTATATCTATGTGTCTTTT  542

seq1  CTCCTTACTAAGATCTCTGCTTTGCCAAGTATATCTCTAATGGGTTTCAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTACTAAGATCTCTGCTTTGCCAAGTATATCTCTAATGGGTTTCAC  592

seq1  AATAAGAGCCAAGTGATATGTGAGAAATGACATCTCACACTGGTGACAAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGAGCCAAGTGATATGTGAGAAATGACATCTCACACTGGTGACAAC  642

seq1  ATGGGGGTGTTAGGACAACTGAACAATACTTGACTGTCCTTGTGCCATGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGGTGTTAGGACAACTGAACAATACTTGACTGTCCTTGTGCCATGT  692

seq1  CTTCTGAGTCACTCTTTAAGAGTTGATGTGCTTCTTGGATATTTGTTGTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGAGTCACTCTTTAAGAGTTGATGTGCTTCTTGGATATTTGTTGTT  742

seq1  TGTGTTCTGAACTGTTTTGGGCATGGCTGGGGGCAGAGTTCCTGCCCATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCTGAACTGTTTTGGGCATGGCTGGGGGCAGAGTTCCTGCCCATT  792

seq1  AGTTCATGGAGTTCCTGGGAGATGCTTGAATCAGCTGGTACCCTGCTGCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATGGAGTTCCTGGGAGATGCTTGAATCAGCTGGTACCCTGCTGCT  842

seq1  GGGGCTGATGAGCTCAGCATCACAGTGGCACTGCTTCGTGGTGCGTTTGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTGATGAGCTCAGCATCACAGTGGCACTGCTTCGTGGTGCGTTTGC  892

seq1  ACAAAGGCCTTGGTGCTATTTGTCACTGAAGTCAGCAGTCTTGCATCAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGCCTTGGTGCTATTTGTCACTGAAGTCAGCAGTCTTGCATCAAG  942

seq1  TGTTGACCAAGTATCTGCTTGTAAACCTCTTTTCGCAAGATGCTTTCTAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGACCAAGTATCTGCTTGTAAACCTCTTTTCGCAAGATGCTTTCTAG  992

seq1  ATTCCAGCTTTCTTCACAACTCCACATTTAAGGTTTCACCAATGAATTC  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAGCTTTCTTCACAACTCCACATTTAAGGTTTCACCAATGAATTC  1041