BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327D09
Chromosome18 (Build37)
Map Location 69,927,654 - 70,043,053
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043380, EG225681, Tcf4
Downstream geneCcdc68, Rab27b, 2310002L13Rik, 4930503L19Rik, Stard6, Poli, Mbd2, EG668032
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327D09.bB6Ng01-327D09.g
ACCGA114819GA114820
length1,1031,143
definitionB6Ng01-327D09.b B6Ng01-327D09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,927,654 - 69,928,756)(70,041,897 - 70,043,053)
sequence
gaattcctgtaatatgtgttggtgttttgtcttccatggtttagaaagtt
ttatacgattttcctttcatgtgtgtatgtgttcttgtaggaatatgttc
agaggaagtcatagggtccctacagctggagttacagatggttgtgggtg
ttgagaaccaaacttgggttctgtataatggcagaatgtgatgtcaacag
tcgaacatctctctaggttaatagttttcaatctgtgggttgcaacccct
ttggcaaacctctatcttcaaaaaaaaaatatttgtatcacaatttataa
ccgcagcaaagttgtagttataaagtattcatagaagtaattttgtggtt
ggaggtcaccacaatatgtggagccccattaaagagtcacagcgtgagga
aggttaagaactgctgagctagcccgttaagaaactgaattatgcttgga
gaagtttactttcactaaactactgatattaacaaaatggttcttacacc
ttctgaggtatctttcctggaataatgccatttatagggtaggtaattaa
tttttcactaatctaggcagatgttggatttaactgtatttctctatatt
atttttagaggattttttttatgtgtatgttagttttgcctgcatggatg
tacgtgaaccacatgtgttaaatgcttgtggaagcctgtaagccactatt
tgaatactgggaatccaacctgggtactcttcaagagcaccaactgctct
taacttctgaacctctctctagctctctgcttatattgtttagtatgaat
gcagtaggcccctcatctctgtggattttctttccatggttcacttacac
agagtccaattttattatataacactgttgaaaatgctctattttattac
tagctattataacttttactgtttttagtctaaaaagtaaacattgctta
ggatatatatgtatatgtatatatgagagaaatatatacttaataaaata
tcatactatacatagagattcgtgctatcattgatttcagtgcttacgaa
gaaaatttaccaattttccagtgtggactgagtcaaccactcaatgccca
ttt

gaattcttcgtgaatcatcaaacagcaccttcactagaacacttcattgt
agtttctaagggagccatacttaatctttgtagtcaccgaggcctgaatg
accacagtggaagggagtgttgtcatttgtttggccacaacgaagactgt
tttaaataatagctaccagtgtatgggcgtgcatgtgaacaatgtattct
cagagagtgctggagtgttctacctagattcctcttaattcattctatga
acaagaaatttatattcttctgtgccttaattccctcacttgtaagagat
gctagcattagaatctaccctatgaggtctttgagggcattaaaggtgtt
aaatcaaacacttttttaaaccataattcctaagacattttatatagtca
ataattattagcgtttacttatgattcataattaacgtatctctgaatgt
aaatattcataaaatcataatgagccaaaaccatcatggaataatagcaa
gtccagaacaggagtcaggacacaggaatctgcaggccactctaggctcc
cacctcttttaagtatataaaaaagttattgggatgtagcctcatccgtt
ctttgcaaattctctgtgctgaaatcttggctataatgggaagacatgag
tggctgcaactcagtcctagcaagtaaagccttgaacgccacctgtactg
ctctagagaagctgccacccacttgtccagacctgaaagagcagccagga
aaaatatatgacacttgaaggaaaccccgtatgtgaagaaataagatagg
aagagacagcctgaggaatgactctgagtcactgcttggcaggaaaagaa
gcaatagtaaaggttaaaaaccaaaggggaagaacctctaccacacaaca
tcaaggcacggacagcagttggcttatttgagaacaagaaggaatcctat
caaagagaaaggggaaaaagaaagaaactggaagttagattcttacgtgg
atcatggagactaggaagccatctttactttattatagtctgtgagatta
gcagtagaaactacctactcaaatatcatagtgctctattctaaattatt
ttttaaaaaacacacatcacatgcatgtgttgctattcatgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_69927654_69928756
seq2: B6Ng01-327D09.b_45_1147

seq1  GAATTCCTGTAATATGTGTTGGTGTTTTGTCTTCCATGGTTTAGAAAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTAATATGTGTTGGTGTTTTGTCTTCCATGGTTTAGAAAGTT  50

seq1  TTATACGATTTTCCTTTCATGTGTGTATGTGTTCTTGTAGGAATATGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACGATTTTCCTTTCATGTGTGTATGTGTTCTTGTAGGAATATGTTC  100

seq1  AGAGGAAGTCATAGGGTCCCTACAGCTGGAGTTACAGATGGTTGTGGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAGTCATAGGGTCCCTACAGCTGGAGTTACAGATGGTTGTGGGTG  150

seq1  TTGAGAACCAAACTTGGGTTCTGTATAATGGCAGAATGTGATGTCAACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAACCAAACTTGGGTTCTGTATAATGGCAGAATGTGATGTCAACAG  200

seq1  TCGAACATCTCTCTAGGTTAATAGTTTTCAATCTGTGGGTTGCAACCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAACATCTCTCTAGGTTAATAGTTTTCAATCTGTGGGTTGCAACCCCT  250

seq1  TTGGCAAACCTCTATCTTCAAAAAAAAAATATTTGTATCACAATTTATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAAACCTCTATCTTCAAAAAAAAAATATTTGTATCACAATTTATAA  300

seq1  CCGCAGCAAAGTTGTAGTTATAAAGTATTCATAGAAGTAATTTTGTGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAGCAAAGTTGTAGTTATAAAGTATTCATAGAAGTAATTTTGTGGTT  350

seq1  GGAGGTCACCACAATATGTGGAGCCCCATTAAAGAGTCACAGCGTGAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTCACCACAATATGTGGAGCCCCATTAAAGAGTCACAGCGTGAGGA  400

seq1  AGGTTAAGAACTGCTGAGCTAGCCCGTTAAGAAACTGAATTATGCTTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAAGAACTGCTGAGCTAGCCCGTTAAGAAACTGAATTATGCTTGGA  450

seq1  GAAGTTTACTTTCACTAAACTACTGATATTAACAAAATGGTTCTTACACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTTACTTTCACTAAACTACTGATATTAACAAAATGGTTCTTACACC  500

seq1  TTCTGAGGTATCTTTCCTGGAATAATGCCATTTATAGGGTAGGTAATTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGGTATCTTTCCTGGAATAATGCCATTTATAGGGTAGGTAATTAA  550

seq1  TTTTTCACTAATCTAGGCAGATGTTGGATTTAACTGTATTTCTCTATATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCACTAATCTAGGCAGATGTTGGATTTAACTGTATTTCTCTATATT  600

seq1  ATTTTTAGAGGATTTTTTTTATGTGTATGTTAGTTTTGCCTGCATGGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAGAGGATTTTTTTTATGTGTATGTTAGTTTTGCCTGCATGGATG  650

seq1  TACGTGAACCACATGTGTTAAATGCTTGTGGAAGCCTGTAAGCCACTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTGAACCACATGTGTTAAATGCTTGTGGAAGCCTGTAAGCCACTATT  700

seq1  TGAATACTGGGAATCCAACCTGGGTACTCTTCAAGAGCACCAACTGCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATACTGGGAATCCAACCTGGGTACTCTTCAAGAGCACCAACTGCTCT  750

seq1  TAACTTCTGAACCTCTCTCTAGCTCTCTGCTTATATTGTTTAGTATGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTCTGAACCTCTCTCTAGCTCTCTGCTTATATTGTTTAGTATGAAT  800

seq1  GCAGTAGGCCCCTCATCTCTGTGGATTTTCTTTCCATGGTTCACTTACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAGGCCCCTCATCTCTGTGGATTTTCTTTCCATGGTTCACTTACAC  850

seq1  AGAGTCCAATTTTATTATATAACACTGTTGAAAATGCTCTATTTTATTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCAATTTTATTATATAACACTGTTGAAAATGCTCTATTTTATTAC  900

seq1  TAGCTATTATAACTTTTACTGTTTTTAGTCTAAAAAGTAAACATTGCTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATTATAACTTTTACTGTTTTTAGTCTAAAAAGTAAACATTGCTTA  950

seq1  GGATATATATGTATATGTATATATGAGAGAAAATATATACTTAATAAAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGATATATATGTATATGTATATATGAGAG-AAATATATACTTAATAAAAT  999

seq1  ATCATA-TATACATAGAGTTTCGTGCTATCATTGGTTTCAAGTGCTTACA  1049
      |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| 
seq2  ATCATACTATACATAGAGATTCGTGCTATCATTGATTTC-AGTGCTTACG  1048

seq1  GAGAAAATTTTACCATTTTCCAGTGTGGACTGAGTC-ACCACTACAATG-  1097
       |||||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| 
seq2  AAGAAAATTTACCAATTTTCCAGTGTGGACTGAGTCAACCACT-CAATGC  1097

seq1  CCATTT  1103
      ||||||
seq2  CCATTT  1103


seq1: chr18_70041897_70043053
seq2: B6Ng01-327D09.g_66_1208 (reverse)

seq1  TCCATGATTAGC-ACACATGCATGGTTGATTGTTGTTGTTTTTTTTAAAA  49
      ||||||| |||| |||||||||||  ||||      ||| ||||||||||
seq2  TCCATGAATAGCAACACATGCATG--TGAT-----GTGTGTTTTTTAAAA  43

seq1  AATAATTTAG-ATAGAGCACTATTGATTAATTTGAGTAAGTAGTTTCTTA  98
      |||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||| |||||||| ||
seq2  AATAATTTAGAATAGAGCACTA-TGAT--ATTTGAGTAGGTAGTTTC-TA  89

seq1  CTGCCTAATCTCACAGACCTAT-ATAAAGTAAAGATGGCCTTCCTAGTTC  147
      ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  CTG-CTAATCTCACAGA-CTATAATAAAGTAAAGATGG-CTTCCTAG-TC  135

seq1  TCCATGATCCACCGTAAGATCTTAACTTCCAGTTTTCTTTCTTTTTCCCC  197
      ||||||||||| |||||||   |||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  TCCATGATCCA-CGTAAGAATCTAACTTCCAG-TTTCTTTCTTTTT-CCC  182

seq1  CTTTCTCTTTGATAGGATTCCTTCTTGTTCTCAAATAAGCCAACTGCTGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTTTGATAGGATTCCTTCTTGTTCTCAAATAAGCCAACTGCTGT  232

seq1  CCGTGCCTTGATGTTGTGTGGTAGAGGTTCTTCCCCCTTGGTTTTTAACC  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCGTGCCTTGATGTTGTGTGGTAGAGGTTCTTCCCCTTTGGTTTTTAACC  282

seq1  -TTACTATTGCTTCTTTTCCTGCCAAGCAGTGACTCAGAGTCATTCCTCA  346
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTATTGCTTCTTTTCCTGCCAAGCAGTGACTCAGAGTCATTCCTCA  332

seq1  GGCTGTCTCTTCCTATCTTATTTCTTCACATACGGGGTTTCCTTCAAGTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCTCTTCCTATCTTATTTCTTCACATACGGGGTTTCCTTCAAGTG  382

seq1  TCATATATTTTTCCTGGCTGCTCTTTCAGGTCTGGACAAGTGGGTGGCAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATATTTTTCCTGGCTGCTCTTTCAGGTCTGGACAAGTGGGTGGCAG  432

seq1  CTTCTCTAGAGCAGTACAGGTGGCGTTCAAGGCTTTACTTGCTAGGACTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTAGAGCAGTACAGGTGGCGTTCAAGGCTTTACTTGCTAGGACTG  482

seq1  AGTTGCAGCCACTCATGTCTTCCCATTATAGCCAAGATTTCAGCACAGAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCAGCCACTCATGTCTTCCCATTATAGCCAAGATTTCAGCACAGAG  532

seq1  AATTTGCAAAGAACGGATGAGGCTACATCCCAATAACTTTTTTATATACT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGCAAAGAACGGATGAGGCTACATCCCAATAACTTTTTTATATACT  582

seq1  TAAAAGAGGTGGGAGCCTAGAGTGGCCTGCAGATTCCTGTGTCCTGACTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGAGGTGGGAGCCTAGAGTGGCCTGCAGATTCCTGTGTCCTGACTC  632

seq1  CTGTTCTGGACTTGCTATTATTCCATGATGGTTTTGGCTCATTATGATTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTGGACTTGCTATTATTCCATGATGGTTTTGGCTCATTATGATTT  682

seq1  TATGAATATTTACATTCAGAGATACGTTAATTATGAATCATAAGTAAACG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATATTTACATTCAGAGATACGTTAATTATGAATCATAAGTAAACG  732

seq1  CTAATAATTATTGACTATATAAAATGTCTTAGGAATTATGGTTTAAAAAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAATTATTGACTATATAAAATGTCTTAGGAATTATGGTTTAAAAAA  782

seq1  GTGTTTGATTTAACACCTTTAATGCCCTCAAAGACCTCATAGGGTAGATT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGATTTAACACCTTTAATGCCCTCAAAGACCTCATAGGGTAGATT  832

seq1  CTAATGCTAGCATCTCTTACAAGTGAGGGAATTAAGGCACAGAAGAATAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGCTAGCATCTCTTACAAGTGAGGGAATTAAGGCACAGAAGAATAT  882

seq1  AAATTTCTTGTTCATAGAATGAATTAAGAGGAATCTAGGTAGAACACTCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCTTGTTCATAGAATGAATTAAGAGGAATCTAGGTAGAACACTCC  932

seq1  AGCACTCTCTGAGAATACATTGTTCACATGCACGCCCATACACTGGTAGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCTCTGAGAATACATTGTTCACATGCACGCCCATACACTGGTAGC  982

seq1  TATTATTTAAAACAGTCTTCGTTGTGGCCAAACAAATGACAACACTCCCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTAAAACAGTCTTCGTTGTGGCCAAACAAATGACAACACTCCCT  1032

seq1  TCCACTGTGGTCATTCAGGCCTCGGTGACTACAAAGATTAAGTATGGCTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGTGGTCATTCAGGCCTCGGTGACTACAAAGATTAAGTATGGCTC  1082

seq1  CCTTAGAAACTACAATGAAGTGTTCTAGTGAAGGTGCTGTTTGATGATTC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGAAACTACAATGAAGTGTTCTAGTGAAGGTGCTGTTTGATGATTC  1132

seq1  ACGAAGAATTC  1157
      |||||||||||
seq2  ACGAAGAATTC  1143


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |