BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338D08
Chromosome18 (Build37)
Map Location 15,417,329 - 15,418,368
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040103, LOC100040391, LOC382096, LOC100040129, EG623867, Ss18, LOC100040446, Psma8, Taf4b, LOC669965, Kctd1, EG622268, LOC100040151
Downstream geneAqp4, LOC665473, Chst9, LOC670012, LOC100040551, EG225228, LOC100040202, Ppia-ps18_172.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338D08.bB6Ng01-338D08.g
ACCGA122584GA122585
length1,043108
definitionB6Ng01-338D08.b B6Ng01-338D08.g
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattcttctacagatagttaaaatggagcatccatgacaatgagcaact
taactccaggcgggcaggaaactggtccaggctacatcactccctagcat
acactccacactgtttgaggagtcctagttgaccagcctcaagagctgtt
accatgtgctcaagtcatagtcagaagctcctagcacaagctttgcaaga
ggagccatgccaggctccttcacactgggtctatgcacagggctaaggct
ggaatacatttaggaacatatgaaaagtacacattatggtgaaatgtgaa
tgcattttggggtcttatggtgaataggaaatgaatgtagcctccacaac
taagcaagcaggcaggcaattgctttgcctttcttcccaaaaggtccttc
atatttccagatttctgtagagttgttcagtctagccacagtgctagcca
aagctgtctgcatcactgagcactctcaagatctgataaaaatggatggg
atactctgatatttttaaataaaccttagcaacagaactacaacagagct
ctatcagaagtagagtgtccctgaattcttttccttctcctttaaaaaaa
aaaattcaagagtgagtctagtctagtcttttttttttttttaagattta
tttgttgtatataagtacactgtagctgtcttcagacacaccagaagagg
gcatcagatcttattatggatggttgtgagccaccatgtggttgctggga
atcaaactcaggacctctggaagagcagtcagtgctcttaaccactgagc
catctctccagcgttttcttcttctttataaatatcctttatatagtgat
ttccagctgcttaaaatgttactcttatatatatagatatatatagagat
atagatatatatagatatatacatatacatatatgtgtgtgtgctctata
tgtatatgtgcacacacgtatatgtatatattatatgcatatatgtacac
catacatatatgtatgttgtgtgtttggaatatgcaacagtgc

ccatacaaccaacttttataacctaagctaatgcatagctatagtcttaa
gttatgtactcttccatgccaatgacccaaagttgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_15417329_15418368
seq2: B6Ng01-338D08.b_47_1089 (reverse)

seq1  GCACTGTTGCATA-TCCATACACAC-ACATACATATATGTAT-GTGTACA  47
      ||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  GCACTGTTGCATATTCCAAACACACAACATACATATATGTATGGTGTACA  50

seq1  TATATGCATATAATATATACATATACGTGTGTGCACATATACATATAGAG  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCATATAATATATACATATACGTGTGTGCACATATACATATAGAG  100

seq1  CACACACACATATATGTATATGTATATATCTATATATATCTATATCTCTA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACATATATGTATATGTATATATCTATATATATCTATATCTCTA  150

seq1  TATATATCTATATATATAAGAGTAACATTTTAAGCAGCTGGAAATCACTA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATCTATATATATAAGAGTAACATTTTAAGCAGCTGGAAATCACTA  200

seq1  TATAAAGGATATTTATAAAGAAGAAGAAAACGCTGGAGAGATGGCTCAGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGGATATTTATAAAGAAGAAGAAAACGCTGGAGAGATGGCTCAGT  250

seq1  GGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTTGATTCCCAGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTTGATTCCCAGC  300

seq1  AACCACATGGTGGCTCACAACCATCCATAATAAGATCTGATGCCCTCTTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACATGGTGGCTCACAACCATCCATAATAAGATCTGATGCCCTCTTC  350

seq1  TGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTATATACAACAAATAAATCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTATATACAACAAATAAATCT  400

seq1  TAAAAAAAAAAAAAAGACTAGACTAGACTCACTCTTGAATTTTTTTTTTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAAAAAAAAGACTAGACTAGACTCACTCTTGAATTTTTTTTTTT  450

seq1  AAAGGAGAAGGAAAAGAATTCAGGGACACTCTACTTCTGATAGAGCTCTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGAAGGAAAAGAATTCAGGGACACTCTACTTCTGATAGAGCTCTG  500

seq1  TTGTAGTTCTGTTGCTAAGGTTTATTTAAAAATATCAGAGTATCCCATCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTTCTGTTGCTAAGGTTTATTTAAAAATATCAGAGTATCCCATCC  550

seq1  ATTTTTATCAGATCTTGAGAGTGCTCAGTGATGCAGACAGCTTTGGCTAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTATCAGATCTTGAGAGTGCTCAGTGATGCAGACAGCTTTGGCTAG  600

seq1  CACTGTGGCTAGACTGAACAACTCTACAGAAATCTGGAAATATGAAGGAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGGCTAGACTGAACAACTCTACAGAAATCTGGAAATATGAAGGAC  650

seq1  CTTTTGGGAAGAAAGGCAAAGCAATTGCCTGCCTGCTTGCTTAGTTGTGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGGGAAGAAAGGCAAAGCAATTGCCTGCCTGCTTGCTTAGTTGTGG  700

seq1  AGGCTACATTCATTTCCTATTCACCATAAGACCCCAAAATGCATTCACAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTACATTCATTTCCTATTCACCATAAGACCCCAAAATGCATTCACAT  750

seq1  TTCACCATAATGTGTACTTTTCATATGTTCCTAAATGTATTCCAGCCTTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCATAATGTGTACTTTTCATATGTTCCTAAATGTATTCCAGCCTTA  800

seq1  GCCCTGTGCATAGACCCAGTGTGAAGGAGCCTGGCATGGCTCCTCTTGCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTGCATAGACCCAGTGTGAAGGAGCCTGGCATGGCTCCTCTTGCA  850

seq1  AAGCTTGTGCTAGGAGCTTCTGACTATGACTTGAGCACATGGTAACAGCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTGTGCTAGGAGCTTCTGACTATGACTTGAGCACATGGTAACAGCT  900

seq1  CTTGAGGCTGGTCAACTAGGACTCCTCAAACAGTGTGGAGTGTATGCTAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGGCTGGTCAACTAGGACTCCTCAAACAGTGTGGAGTGTATGCTAG  950

seq1  GGAGTGATGTAGCCTGGACCAGTTTCCTGCCCGCCTGGAGTTAAGTTGCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGATGTAGCCTGGACCAGTTTCCTGCCCGCCTGGAGTTAAGTTGCT  1000

seq1  CATTGTCATGGATGCTCCATTTTAACTATCTGTAGAAGAATTC  1040
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTCATGGATGCTCCATTTTAACTATCTGTAGAAGAATTC  1043


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |