BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-345P18
Chromosome18 (Build37)
Map Location 34,021,333 - 34,055,050
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEpb4.1l4a
Upstream geneCamk4, Stard4, EG433170, D0H4S114, ENSMUSG00000073610, LOC666281, LOC100041258
Downstream geneEG666296, Ppia-ps18_318.1, Ppia-ps18_319.1, LOC666313, Apc, Srp19, Reep5, Pkd2l2, 2610024E20Rik, Wnt8a, Nme5, 4933408B17Rik, Brd8, Kif20a, Cdc23, Gfra3, Cdc25c, LOC100041859, 2810012G03Rik, LOC100041879, LOC100041887, Jmjd1b, Reep2, Egr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-345P18.bB6Ng01-345P18.g
ACCGA128014GA128015
length1,0221,148
definitionB6Ng01-345P18.b B6Ng01-345P18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,021,333 - 34,022,338)(34,053,906 - 34,055,050)
sequence
gaattcagctcctaataaagagggagatgtccacatatacaatgtttaac
cctactgcttcagaggagaaatcacacttaaactctgtcaggagagtctc
agggagaaccagtggggggaggggcagcccccagcgcactgaacaatcag
gtggatcaaattaaagtatataaaagatgtaatatgtcatgaaataggta
tacaagaatctttaactgccatcttaatctagtgattatttaatatataa
gtaactaaaaacacattaaagataacatgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgagaaatgccactttaaatgattaaacagaaaataaagcagaaa
ctgaatgagtatcataagccctatgaggttagacattgataatttagctt
caaatttaaaagtcaaacacaaatcttgaacgcagcaatccttgttgaat
gagtttcctatggactcataaacacagtatcggcagtgcgtgggagtaac
tggaatatccgcccaccattttaacatggaatctgacattgtgtgcatgc
atggagtcctccccagcccaactggaatgactctgccaactcaggaatgt
atgtgtaaactgtggggcgcggcagaagttatggcccccattcatattac
agcagagttagctccacatcagagccttgtgaagcaaaggaaagacttta
gggagattctcgggtgctctgtttgggtgttaccattagtaagcagcaaa
cggggcaaactggagaaaatgagtggtaaggtcaggacaagatgatgggt
tgaaatgctcacggaatgccaagtgaaggcagtaaggacacaggcacctc
cactcaaaagagaggtcacagcttctcacgcaagcagtgtctcctgaaaa
cacagagatgatctagacccgaggccaggtgttattagggtaagccatgg
ggatgaatcttggtgagattgggtctagaatgaagccaggaaggctcatg
ttgtcaagaaaaggctggggag
gaattcattggccaactagcctagccaagttaatgacctgcaggctcagt
gaaagacattgtctaaaaaaaaaaaaaaaaggcagaacacaaaattggga
ggagttgggaagaaaggcaagtcaaatacgtagtgtgcatgtattaaatt
cccaattactaaaaacatataaaaatgaggagaaataattgaggacatct
gatacggacatttagcctccacatcacatgtgtccacacaaacacacagg
tacaccacatacacacagacacatgggcagttgaggtggctgatatatat
ttcataacacacaggcatttgatgcaattgatatgtattttataacaatg
acaactacaacatatatacatacagggtgttgggtgattgacatgtgttt
tataacaacacagagagagagcgagggagagagagagaagcaatctcaac
ataaaatacaactgagatatatttcatagcaatgtaaggttcttttccct
atacataaatcttgaggattttttaataaacaattgttcagtgtttttct
cttagtaaagtctttttgcatttctcttggagttttctttgcatctaatt
ttaatatcacatatacatgggtttatgtacattttctcacgctctagatt
gtactccggtgtctgtgtgtcactagcgaggctttaagtaccttgaagtt
agaggcaggtccatcttacttccctgaacggtgcctggtgtaatgtataa
agggtgcgagtagagagtgttctgtgcatgttaagcagtgtaaagcctac
ctccagacccttaagattggtgtggtgcctccagtagcaagtttctgtat
ccttttttcctctggggtatgagcagcagcctggttgtgttcagggtgac
cagacatgcactgtgtttgattgcttgttgataactagtggtgacagtgc
cgtcagactgtgtggctgctgttgttccaaggtcgtatctttccctcggt
tgaacataagtgggatttttgcatctgagacgcttggcttgtgaagcctg
gctagctgggtttattattatgtccttgaccgttatcattgtctgaccct
cttgtcacctcttgctccatttgggattaatgagaaattgtgcctggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_34021333_34022338
seq2: B6Ng01-345P18.b_48_1069

seq1  GAATTCAGCTCCTAATAAAGAGGGAGATGTCCACATATACAATGTTTAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTCCTAATAAAGAGGGAGATGTCCACATATACAATGTTTAAC  50

seq1  CCTACTGCTTCAGAGGAGAAATCACACTTAAACTCTGTCAGGAGAGTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTGCTTCAGAGGAGAAATCACACTTAAACTCTGTCAGGAGAGTCTC  100

seq1  AGGGAGAACCAGTGGGGGGAGGGGCAGCCCCCAGCGCACTGAACAATCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAACCAGTGGGGGGAGGGGCAGCCCCCAGCGCACTGAACAATCAG  150

seq1  GTGGATCAAATTAAAGTATATAAAAGATGTAATATGTCATGAAATAGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATCAAATTAAAGTATATAAAAGATGTAATATGTCATGAAATAGGTA  200

seq1  TACAAGAATCTTTAACTGCCATCTTAATCTAGTGATTATTTAATATATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGAATCTTTAACTGCCATCTTAATCTAGTGATTATTTAATATATAA  250

seq1  GTAACTAAAAACACATTAAAGATAACATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTAAAAACACATTAAAGATAACATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGT  300

seq1  GTGTGTGAGAAATGCCACTTTAAATGATTAAACAGAAAATAAAGCAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGAGAAATGCCACTTTAAATGATTAAACAGAAAATAAAGCAGAAA  350

seq1  CTGAATGAGTATCATAAGCCCTATGAGGTTAGACATTGATAATTTAGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGAGTATCATAAGCCCTATGAGGTTAGACATTGATAATTTAGCTT  400

seq1  CAAATTTAAAAGTCAAACACAAATCTTGAACGCAGCAATCCTTGTTGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTAAAAGTCAAACACAAATCTTGAACGCAGCAATCCTTGTTGAAT  450

seq1  GAGTTTCCTATGGACTCATAAACACAGTATCGGCAGTGCGTGGGAGTAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTCCTATGGACTCATAAACACAGTATCGGCAGTGCGTGGGAGTAAC  500

seq1  TGGAATATCCGCCCACCATTTTAACATGGAATCTGACATTGTGTGCATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATATCCGCCCACCATTTTAACATGGAATCTGACATTGTGTGCATGC  550

seq1  ATGGAGTCCTCCCCAGCCCAACTGGAATGACTCTGCCAACTCAGGAATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGTCCTCCCCAGCCCAACTGGAATGACTCTGCCAACTCAGGAATGT  600

seq1  ATGTGTAAACTGTGGGGCGCGGCAGAAGTTATGGCCCCCATTCATATTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTAAACTGTGGGGCGCGGCAGAAGTTATGGCCCCCATTCATATTAC  650

seq1  AGCAGAGTTAGCTCCACATCAGAGCCTTGTGAAGCAAAGGAAAGACTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGTTAGCTCCACATCAGAGCCTTGTGAAGCAAAGGAAAGACTTTA  700

seq1  GGGAGATTCTCGGGTGCTCTGTTTGGGTGTTACCATTAGTAAGCAGCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATTCTCGGGTGCTCTGTTTGGGTGTTACCATTAGTAAGCAGCAAA  750

seq1  CGGGGCAAACTGGAGAAAATGAGTGGTAAGGTCAGGACAAGATGATGGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGCAAACTGGAGAAAATGAGTGGTAAGGTCAGGACAAGATGATGGGT  800

seq1  TGAAATGCTCACGGAATGCCAAGTG-AGGCAGTAAGGACACAGGCACC-C  848
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  TGAAATGCTCACGGAATGCCAAGTGAAGGCAGTAAGGACACAGGCACCTC  850

seq1  CACTCAAAAGAGAGGTCACAGCTTCTCACGCAAGCAGTGTCCCCTGAAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CACTCAAAAGAGAGGTCACAGCTTCTCACGCAAGCAGTGTCTCCTGAAAA  900

seq1  CACAGAGATGA-CCAGACCAGAGG-CAAGTGTTAT--AGGTAAGCCAT-G  943
      ||||||||||| | ||||| |||| || |||||||   |||||||||| |
seq2  CACAGAGATGATCTAGACCCGAGGCCAGGTGTTATTAGGGTAAGCCATGG  950

seq1  GGATGAATCTT-GTGAGA-TGGGTCTAG-ATG-AGCCAGG-AGGC-CATG  987
      ||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||||| |||| ||||
seq2  GGATGAATCTTGGTGAGATTGGGTCTAGAATGAAGCCAGGAAGGCTCATG  1000

seq1  -TGTCA--GAGAGGCTGGGGAG  1006
       |||||   | |||||||||||
seq2  TTGTCAAGAAAAGGCTGGGGAG  1022

seq1: chr18_34053906_34055050
seq2: B6Ng01-345P18.g_65_1212 (reverse)

seq1  GCCAGGCACAA-ATCTCATTTTATCCAAATGGGAGGCAGAGGTGAC-AGA  48
      |||||||||||  ||||| || |||| ||  ||||  ||||||||| |||
seq2  GCCAGGCACAATTTCTCA-TTAATCCCAAATGGAGCAAGAGGTGACAAGA  49

seq1  -GGTCAGACAATGATAAACGCTCAAGAACATAAATAATAAACACAGCCTA  97
       |||||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||| ||||   
seq2  GGGTCAGACAATGAT-AACGGTCAAGGACAT-AATAATAAACCCAGCTAG  97

seq1  CCAGGCTTCACAAGCC-AGCGTCCTCAGATGCAAAA--TCCACTTATGTT  144
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||   |||||||||||
seq2  CCAGGCTTCACAAGCCAAGCGT-CTCAGATGCAAAAATCCCACTTATGTT  146

seq1  CAACCGAGGGAAAGATACGACCTTGGAACAACAGCAGCCACACAGTCTGA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCGAGGGAAAGATACGACCTTGGAACAACAGCAGCCACACAGTCTGA  196

seq1  CGGCACTTGTCACCACTAGTTATCAACAAGCAATCAAACACAGTGCATGT  244
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCAC-TGTCACCACTAGTTATCAACAAGCAATCAAACACAGTGCATGT  245

seq1  CTGGTCACCCTGAACAC-ACCAGGCTGCTGCTCATACCCCAGAGG-AAAA  292
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTGGTCACCCTGAACACAACCAGGCTGCTGCTCATACCCCAGAGGAAAAA  295

seq1  AGGATACAGAAACTTGCTACTGGAGGCACCACACCAATCTTAAGGGTCTG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACAGAAACTTGCTACTGGAGGCACCACACCAATCTTAAGGGTCTG  345

seq1  GAGGTAGGCTTTACACTGCTTAACATGCACAGAACACTCTCTACTCGCAC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAGGCTTTACACTGCTTAACATGCACAGAACACTCTCTACTCGCAC  395

seq1  CCTTTATACATTACACCAGGCACCGTTCAGGGAAGTAAGATGGACCTGCC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATACATTACACCAGGCACCGTTCAGGGAAGTAAGATGGACCTGCC  445

seq1  TCTAACTTCAAGGTACTTAAAGCCTCGCTAGTGACACACAGACACCGGAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTTCAAGGTACTTAAAGCCTCGCTAGTGACACACAGACACCGGAG  495

seq1  TACAATCTAGAGCGTGAGAAAATGTACATAAACCCATGTATATGTGATAT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCTAGAGCGTGAGAAAATGTACATAAACCCATGTATATGTGATAT  545

seq1  TAAAATTAGATGCAAAGAAAACTCCAAGAGAAATGCAAAAAGACTTTACT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTAGATGCAAAGAAAACTCCAAGAGAAATGCAAAAAGACTTTACT  595

seq1  AAGAGAAAAACACTGAACAATTGTTTATTAAAAAATCCTCAAGATTTATG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAAAACACTGAACAATTGTTTATTAAAAAATCCTCAAGATTTATG  645

seq1  TATAGGGAAAAGAACCTTACATTGCTATGAAATATATCTCAGTTGTATTT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGGAAAAGAACCTTACATTGCTATGAAATATATCTCAGTTGTATTT  695

seq1  TATGTTGAGATTGCTTCTCTCTCTCTCCCTCGCTCTCTCTCTGTGTTGTT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTGAGATTGCTTCTCTCTCTCTCCCTCGCTCTCTCTCTGTGTTGTT  745

seq1  ATAAAACACATGTCAATCACCCAACACCCTGTATGTATATATGTTGTAGT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACACATGTCAATCACCCAACACCCTGTATGTATATATGTTGTAGT  795

seq1  TGTCATTGTTATAAAATACATATCAATTGCATCAAATGCCTGTGTGTTAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTGTTATAAAATACATATCAATTGCATCAAATGCCTGTGTGTTAT  845

seq1  GAAATATATATCAGCCACCTCAACTGCCCATGTGTCTGTGTGTATGTGGT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATATATCAGCCACCTCAACTGCCCATGTGTCTGTGTGTATGTGGT  895

seq1  GTACCTGTGTGTTTGTGTGGACACATGTGATGTGGAGGCTAAATGTCCGT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTGTGTGTTTGTGTGGACACATGTGATGTGGAGGCTAAATGTCCGT  945

seq1  ATCAGATGTCCTCAATTATTTCTCCTCATTTTTATATGTTTTTAGTAATT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATGTCCTCAATTATTTCTCCTCATTTTTATATGTTTTTAGTAATT  995

seq1  GGGAATTTAATACATGCACACTACGTATTTGACTTGCCTTTCTTCCCAAC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTTAATACATGCACACTACGTATTTGACTTGCCTTTCTTCCCAAC  1045

seq1  TCCTCCCAATTTTGTGTTCTGCCTTTTTTTTTTTTTTTTAGACAATGTCT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCAATTTTGTGTTCTGCCTTTTTTTTTTTTTTTTAGACAATGTCT  1095

seq1  TTCACTGAGCCTGCAGGTCATTAACTTGGCTAGGCTAGTTGGCCAATGAA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGAGCCTGCAGGTCATTAACTTGGCTAGGCTAGTTGGCCAATGAA  1145

seq1  TTC  1145
      |||
seq2  TTC  1148