BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-347J08
Chromosome18 (Build37)
Map Location 4,624,253 - 4,765,680
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC433157, 9430020K01Rik, LOC268988
Upstream geneLOC435549, EG664867, LOC621666, Lyzl1, LOC383374, LOC664909, Map3k8, Papd1, EG664931, LOC100039354
Downstream geneSvil, Zfp438, LOC100039442, Zeb1, EG664925
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-347J08.bB6Ng01-347J08.g
ACCGA129145GA129146
length1,2131,106
definitionB6Ng01-347J08.b B6Ng01-347J08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,764,467 - 4,765,680)(4,624,253 - 4,625,355)
sequence
gaattctcttaagagtagaaactgtgtccacttgtttagctgtgtgttcc
catgtctagcatttttcctggtgcttcatagaacattctccaaaattcat
ctattaaggacacatattgagtagagagagtttcttggtagccaactatg
gatacctgtcatttattctactgatcctttgttgctgggtttcagggacc
ctgttcaatgccatgaacagttaatttatccttttggaagcacacttgca
taaaaatctggttatggtaagttaaacacccatgtttcttctcttctgtt
ccagacatggatagttctatgacgtcattaaggacacaatgttctgtctt
tgcactgcatcctggacttatcctcaagagaatataatgggtgctagaat
tctaaccattactgctgaaattccatgcaggaaacagaaccaccaactga
tcttattcaaaaggttaaacaaagttgggtgtgatcaaacaatagtcaaa
tagtagctgagcaaaatttctcaaatcactcattacttctgtctttccta
taggttataaagagtctctcttttaatagaacaaatgttaccactctacc
agtaaactgtatctcagtgtaccaagacgaaagcttcctcattgatcagc
cagcctccaatgcaaatgactaggtatgcctttcccagagctcagtggca
acggagtggagaaactggacttggacactgttcattggatgagctgacat
gtttgtgtgctggaaggaacagacagacatgttttgtgtcagctctccag
gtgcctttgtgcctgatgcagcagggatgacagctgatagagccaacggc
agcctgagttcctgcccctcttagaggtctcctttcagattaagcagaac
ctctgactgtctcagcaaatgtcaggaagaatttactaaaagcaaagtta
gtgagtttaagtattcaccacagagtcatccagggaaaataaaatccaga
gctagggcgtgggctcttcaagagtcctgcttggtcgtttgcacggctat
acacgagatgctgtgttctctcagtatatgtctcaaagaactggtgtaag
ttctcttctaaggctcaagagcaaacaaagacttgggtatctacataaaa
gtcttgagccggaactctatcctcccttgaattctttgaggtaagcgtag
ggtggcttctgtg

gaattcaaagccagtttgggctgcactatgagttgaaggctagtctagac
aggttagtgagaccctgtctcaaaataaaagatataagaaagttttggga
tgtcgcttagtggtagaacatttaccagacatggataaggccttgggttc
aattccgtatagagctggaagaagggttaaaagcaaaaagacgtaatttc
cccccatgagccccatgagagaatggtgcttaaaagtgtcattaagtttc
tagagattgacgattcaccaccaccagcactgtgctgtgatgtgccaggt
gcttcagggctcccattctttgccataaatctctaggaaggtgctacaca
aagatggccacactaagggcacaccagctctgtactgagtgtgtctgtgt
aaagtctgtggtttcttgttacctacggaaattgaggcttgaacatctaa
attgatctgtctaaagacagaaagtcgtcatcagcattgcaatccaaggg
gaaatggatgagcctgcatgatcatgcttctcccccatcatcagatgcca
gcaaaggtgcctggcaacagggaacatgtgatgctggaccgcactcagct
cccccagtggggttgggggttaagaatctaagagcaccttctgatgacaa
gctctgactggaactggtcacaagctgtggcttatgtgtacaccagaatc
caagactttgaagatgcagatttgtaagcctttagctagtcaccactatt
gtttttccaaatagtccctatgtttactgatccatgatttagcagagttg
actatggcacttctagtctttctttcttttaaaacttatttttatttatt
cactgacattttcatatatttatatacagttgattcatatttcatcctac
tgactcctctcatccccctcacatgccctcaagagcccttcttccaatca
gtcttactttcctattctcttgcccctcttcactcatctactgagctgcc
tgcataagcatgggatgtagttatttactacttcatgacaacttcaccag
tgcctgccccgctcagaaaatgactcccttttcccagacagcacattctg
cccagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_4764467_4765680
seq2: B6Ng01-347J08.b_46_1258 (reverse)

seq1  CACAGAAGCCACCTTACGGCTTCACTTTCAAAAGAACTCCAAGAGA-GAT  49
      ||||||||||||| ||| ||||  ||    |||||| | |||| || |||
seq2  CACAGAAGCCACCCTAC-GCTTACCT---CAAAGAA-TTCAAGGGAGGAT  45

seq1  -GAGT--CGGCTCAAAGACTTTTAATGTAGATA-CCAAGTC-TTGTTTGC  94
       ||||  |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  AGAGTTCCGGCTC-AAGACTTTT-ATGTAGATACCCAAGTCTTTGTTTGC  93

seq1  TCTTGAAGCCTTAGAAGAG-ACTTACA-CAG-TCTTTGAGACATATTACT  141
      ||||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||
seq2  TCTTG-AGCCTTAGAAGAGAACTTACACCAGTTCTTTGAGACATA-TACT  141

seq1  GAGAG-ACACAGCATCTCGTGTATAGCCGTGCAAACGGACCCAAGCAGGA  190
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  GAGAGAACACAGCATCTCGTGTATAGCCGTGCAAACG--ACCAAGCAGGA  189

seq1  CTCTTGGAAGAAGCCCACGCCCTAGCTCTGGATTTTATTTT-CCTGGATG  239
      ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTCTT-GAAG-AGCCCACGCCCTAGCTCTGGATTTTATTTTCCCTGGATG  237

seq1  ACTCTGT-GTGAATACTTAAACTCACTAACTTTGCTTTTAGTAAATTCTT  288
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTGGTGAATACTTAAACTCACTAACTTTGCTTTTAGTAAATTCTT  287

seq1  CCTGACATTTGCTGAGACAGTCAGAGGTTCTGCTTAATCTGAAAGGAGAC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACATTTGCTGAGACAGTCAGAGGTTCTGCTTAATCTGAAAGGAGAC  337

seq1  CTCTAAGAGGGGCAGGAACTCAGGCTGCCGTTGGCTCTATCAGCTGTCAT  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAGAGGGGCAGGAACTCAGGCTGCCGTTGGCTCTATCAGCTGTCAT  387

seq1  CCCTGCTGCATCAGGCACAAAGGCACCTGGAGAGCTGACACAAAACATGT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTGCATCAGGCACAAAGGCACCTGGAGAGCTGACACAAAACATGT  437

seq1  CTGTCTGTTCCTTCCAGCACACAAACATGTCAGCTCATCCAATGAACAGT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGTTCCTTCCAGCACACAAACATGTCAGCTCATCCAATGAACAGT  487

seq1  GTCCAAGTCCAGTTTCTCCACTCCGTTGCCACTGAGCTCTGGGAAAGGCA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAGTCCAGTTTCTCCACTCCGTTGCCACTGAGCTCTGGGAAAGGCA  537

seq1  TACCTAGTCATTTGCATTGGAGGCTGGCTGATCAATGAGGAAGCTTTCGT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAGTCATTTGCATTGGAGGCTGGCTGATCAATGAGGAAGCTTTCGT  587

seq1  CTTGGTACACTGAGATACAGTTTACTGGTAGAGTGGTAACATTTGTTCTA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTACACTGAGATACAGTTTACTGGTAGAGTGGTAACATTTGTTCTA  637

seq1  TTAAAAGAGAGACTCTTTATAACCTATAGGAAAGACAGAAGTAATGAGTG  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGAGAGACTCTTTATAACCTATAGGAAAGACAGAAGTAATGAGTG  687

seq1  ATTTGAGAAATTTTGCTCAGCTACTATTTGACTATTGTTTGATCACACCC  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGAAATTTTGCTCAGCTACTATTTGACTATTGTTTGATCACACCC  737

seq1  AACTTTGTTTAACCTTTTGAATAAGATCAGTTGGTGGTTCTGTTTCCTGC  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGTTTAACCTTTTGAATAAGATCAGTTGGTGGTTCTGTTTCCTGC  787

seq1  ATGGAATTTCAGCAGTAATGGTTAGAATTCTAGCACCCATTATATTCTCT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATTTCAGCAGTAATGGTTAGAATTCTAGCACCCATTATATTCTCT  837

seq1  TGAGGATAAGTCCAGGATGCAGTGCAAAGACAGAACATTGTGTCCTTAAT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGATAAGTCCAGGATGCAGTGCAAAGACAGAACATTGTGTCCTTAAT  887

seq1  GACGTCATAGAACTATCCATGTCTGGAACAGAAGAGAAGAAACATGGGTG  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTCATAGAACTATCCATGTCTGGAACAGAAGAGAAGAAACATGGGTG  937

seq1  TTTAACTTACCATAACCAGATTTTTATGCAAGTGTGCTTCCAAAAGGATA  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTTACCATAACCAGATTTTTATGCAAGTGTGCTTCCAAAAGGATA  987

seq1  AATTAACTGTTCATGGCATTGAACAGGGTCCCTGAAACCCAGCAACAAAG  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAACTGTTCATGGCATTGAACAGGGTCCCTGAAACCCAGCAACAAAG  1037

seq1  GATCAGTAGAATAAATGACAGGTATCCATAGTTGGCTACCAAGAAACTCT  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGTAGAATAAATGACAGGTATCCATAGTTGGCTACCAAGAAACTCT  1087

seq1  CTCTACTCAATATGTGTCCTTAATAGATGAATTTTGGAGAATGTTCTATG  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTCAATATGTGTCCTTAATAGATGAATTTTGGAGAATGTTCTATG  1137

seq1  AAGCACCAGGAAAAATGCTAGACATGGGAACACACAGCTAAACAAGTGGA  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACCAGGAAAAATGCTAGACATGGGAACACACAGCTAAACAAGTGGA  1187

seq1  CACAGTTTCTACTCTTAAGAGAATTC  1214
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTTCTACTCTTAAGAGAATTC  1213


seq1: chr18_4624253_4625355
seq2: B6Ng01-347J08.g_67_1172

seq1  GAATTCAAAGCCAGTTTGGGCTGCACTATGAGTTGAAGGCTAGTCTAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCCAGTTTGGGCTGCACTATGAGTTGAAGGCTAGTCTAGAC  50

seq1  AGGTTAGTGAGACCCTGTCTCAAAATAAAAGATATAAGAAAGTTTTGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAGTGAGACCCTGTCTCAAAATAAAAGATATAAGAAAGTTTTGGGA  100

seq1  TGTCGCTTAGTGGTAGAACATTTACCAGACATGGATAAGGCCTTGGGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCGCTTAGTGGTAGAACATTTACCAGACATGGATAAGGCCTTGGGTTC  150

seq1  AATTCCGTATAGAGCTGGAAGAAGGGTTAAAAGCAAAAAGACGTAATTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCGTATAGAGCTGGAAGAAGGGTTAAAAGCAAAAAGACGTAATTTC  200

seq1  CCCCCATGAGCCCCATGAGAGAATGGTGCTTAAAAGTGTCATTAAGTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATGAGCCCCATGAGAGAATGGTGCTTAAAAGTGTCATTAAGTTTC  250

seq1  TAGAGATTGACGATTCACCACCACCAGCACTGTGCTGTGATGTGCCAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATTGACGATTCACCACCACCAGCACTGTGCTGTGATGTGCCAGGT  300

seq1  GCTTCAGGGCTCCCATTCTTTGCCATAAATCTCTAGGAAGGTGCTACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAGGGCTCCCATTCTTTGCCATAAATCTCTAGGAAGGTGCTACACA  350

seq1  AAGATGGCCACACTAAGGGCACACCAGCTCTGTACTGAGTGTGTCTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGCCACACTAAGGGCACACCAGCTCTGTACTGAGTGTGTCTGTGT  400

seq1  AAAGTCTGTGGTTTCTTGTTACCTACGGAAATTGAGGCTTGAACATCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTGTGGTTTCTTGTTACCTACGGAAATTGAGGCTTGAACATCTAA  450

seq1  ATTGATCTGTCTAAAGACAGAAAGTCGTCATCAGCATTGCAATCCAAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATCTGTCTAAAGACAGAAAGTCGTCATCAGCATTGCAATCCAAGGG  500

seq1  GAAATGGATGAGCCTGCATGATCATGCTTCTCCCCCATCATCAGATGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGGATGAGCCTGCATGATCATGCTTCTCCCCCATCATCAGATGCCA  550

seq1  GCAAAGGTGCCTGGCAACAGGGAACATGTGATGCTGGACCGCACTCAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGGTGCCTGGCAACAGGGAACATGTGATGCTGGACCGCACTCAGCT  600

seq1  CCCCCAGTGGGGTTGGGGGTTAAGAATCTAAGAGCACCTTCTGATGACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAGTGGGGTTGGGGGTTAAGAATCTAAGAGCACCTTCTGATGACAA  650

seq1  GCTCTGACTGGAACTGGTCACAAGCTGTGGCTTATGTGTACACCAGAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGACTGGAACTGGTCACAAGCTGTGGCTTATGTGTACACCAGAATC  700

seq1  CAAGACTTTGAAGATGCAGATTTGTAAGCCTTTAGCTAGTCACCACTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACTTTGAAGATGCAGATTTGTAAGCCTTTAGCTAGTCACCACTATT  750

seq1  GTTTTTCCAAATAGTCCCTATGTTTACTGATCCATGATTTAGCAGAGTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCCAAATAGTCCCTATGTTTACTGATCCATGATTTAGCAGAGTTG  800

seq1  ACTATGGCACTTCTAGTCTTTCTTTCTTTTAAAACTTATTTTTATTTATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGGCACTTCTAGTCTTTCTTTCTTTTAAAACTTATTTTTATTTATT  850

seq1  CACTGACATTTTCATATATTTATATACAG-TGA-TCATA-TTCATCCTAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||
seq2  CACTGACATTTTCATATATTTATATACAGTTGATTCATATTTCATCCTAC  900

seq1  TGACTCCTCTCATCCCCCTCACATGCCCTC-AGAGCCCCTTCTTCCAATC  946
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  TGACTCCTCTCATCCCCCTCACATGCCCTCAAGAG-CCCTTCTTCCAATC  949

seq1  AGTC-TAC-TTCCTATTCTCTTGCCCCCTCTCCACTCATCTACTGAGCTG  994
      |||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTACTTTCCTATTCTCTTG-CCCCTCTTCACTCATCTACTGAGCTG  998

seq1  CCTGCATAAGCAT-GGATGTAGTTATTTACTACTTCATGAACAAC-TCA-  1041
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| 
seq2  CCTGCATAAGCATGGGATGTAGTTATTTACTACTTCATG-ACAACTTCAC  1047

seq1  CAGTGGCTGCCCCGCTCAAGAAAAATGACCTCCCCTTTCCCAG-CAGCCA  1090
      ||||| ||||||||||||   ||||||| ||||| |||||||| ||| ||
seq2  CAGTGCCTGCCCCGCTCA--GAAAATGA-CTCCCTTTTCCCAGACAG-CA  1093

seq1  CCATCTGCCCAGG  1103
      |  ||||||||||
seq2  CATTCTGCCCAGG  1106


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |