BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-001F08
Chromosome19 (Build37)
Map Location 35,274,895 - 35,377,475
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneStambpl1, Acta2, Fas, Ch25h, Lipa, Ifit2, Ifit3, OTTMUSG00000016644, LOC667370, 2010002M12Rik, Ifit1, Slc16a12, LOC676714, Pank1, Mphosph1, LOC383464
Downstream geneLOC100042292, A830019P07Rik, Htr7, Rpp30, Ankrd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-001F08.bB6Ng01-001F08.g
ACCDH839686DH839687
length1,232813
definitionDH839686|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001F08, 5' end.DH839687|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001F08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,376,235 - 35,377,475)(35,274,895 - 35,275,699)
sequence
gaattctactcaagtgtacactttaaatggctggagcagtaaatgttctt
atgtggaatttgtcacatcctctaaattcaatgctagaaaccaccactcc
cacacaagtctctctctgctcacaaatgtatacacattcacaccatgatt
ctgtggccttttatttcatgcatcccttgagttcccagaactgcacctcc
tgggaactctggcatgtccctgacagattattttgtgatgcttctcacat
gatggtttcagggtgccagtgatggaattcatggttgtaacatatttctt
aaccaacgggttgaatttcaaactggctacaattatgtgggtttaatgag
ggtacatttctatgacaagagttttaggacacagtatgccaaatggaatc
atttcaatctttaaagcaattgaacattattgatagaaaagccaggaact
ggaaagagtaggaatatgggggttttttctacactgtccctcaacttacc
acccaccatagaaaaacatacaggaaaaggtgtgtatcactttcataaaa
agctcccaaaagtgacttttgtctgagcaatcgggcttgtggtcatatct
ggaaatattgcttattggtatatagacagaattgaaagctcgctgaaaac
attcagtcttttggtgtgattgttagagacccatttccttcctcagactg
ttggccacagatgaaacagccacatcctctttgacttcatcagggtgggg
attaagaaagagcaacaaattgtttccaattctaagaaggggcaaagtgt
ccacactttggtcttcgttcttcttcagttttatgtgtttagcaaattgt
atcttatatctcgctatattaagtttctgggctaatatccacttattcag
tgagtacctatcatttgagttcttttgtgattgtgttacctcactcagga
tgatgcccctccaggtcagagacaagtttgaagctgagataaaggatgga
ccatctagagactgccatatccagggatccatccatattagccttcaaag
atgaaccattgcatacactagcatttgctgcagaccctgatatagctggt
cctctttgagaactaggcctgctagcaaacacatagtggatgcttcacag
acagcttatagatgggatccagggcccagggagacttgaatggaattcac
agagagaaccttaagagatctgccacctgtag
gaattcatttcaataatgaatgtttttacatactgaattagatactggct
ttgtggcaagggtgttaaagcttgatctttagcacatgtttaggttgaac
tttgaacttaggtgctatatctagagcagaagcttctggaggctcacctc
ttacccactgctaccacacttttttcccccacattttaaaagtgtaatat
tttattaattgtttaaacattttatacatgtacacaacacattttgatca
tattcatcctgttacttttctctctaacttctcctagctctatcctctct
gcactctcaaaactttatgttccatctattttctatctatctatctatct
atctatctatctatctatctatctatctatccatccatccatccatccac
ccacccacccacccatccatccatccatccatccatcatctatctgtctg
tctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctatc
tatctttctatcattttccatctatctacctatcatctatcatctttcta
ccattttctattatctacctatcatctatctatcatctatttttctatca
tctatctttctatctatcatctatatttctatattgatagatgatagata
gaggaatagaaaggttattgcttgatagataaattattgatagatagata
gacaaacagacagacagatagatagattgatagatgatagaaaaatggta
gatagatagatagatagagataggtagatagatagatagatagatagata
gagagagagatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_35376235_35377475
seq2: B6Ng01-001F08.b_47_1278 (reverse)

seq1  CTACAGGGTTGCAGATCTCTTTAG-----CTCCTTGGATACTTTCTCTAG  45
      ||||| ||| ||||||||||| ||     |||  || || |  | || ||
seq2  CTACA-GGTGGCAGATCTCTTAAGGTTCTCTCTGTGAATTCCAT-TCAAG  48

seq1  CTCCTCCACTGGGGGCCCTGTGAT-CCATCTAATAGCTGACTGTG-AGCA  93
         |||| ||  |||||||| ||| |||||||  ||||| ||||| ||||
seq2  --TCTCC-CT--GGGCCCTG-GATCCCATCTATAAGCTGTCTGTGAAGCA  92

seq1  TCCACTTATGTGTTTGCTAGGCCCTGGCCTAG-TCTCACAAGAG--ACAG  140
      ||||| ||||||||||||||   | ||||||| ||||| |||||   |||
seq2  TCCAC-TATGTGTTTGCTAG---CAGGCCTAGTTCTCA-AAGAGGACCAG  137

seq1  CTATATCAGGGTCCTTGCAGCAAATGCTAGTGTATGCAATGGTGTCATCT  190
      |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  CTATATCAGGGTC--TGCAGCAAATGCTAGTGTATGCAATGGT-TCATC-  183

seq1  TTTGGAGGCTAATTATGGGATGGATCCCTGGATATGGCAGTCTCTAGATG  240
      |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGGCTAA-TAT-GGATGGATCCCTGGATATGGCAGTCTCTAGATG  231

seq1  GTCCATCCTTTTATCTCAGCTTCAAACTTTGTCTCTGACCTGGA-GGGCA  289
      |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  GTCCATCC-TTTATCTCAGCTTCAAAC-TTGTCTCTGACCTGGAGGGGCA  279

seq1  TCATCCTGAGTGAGGTAACACAATCACAAAAGAACTCAAATGATAGGTAC  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCTGAGTGAGGTAACACAATCACAAAAGAACTCAAATGATAGGTAC  329

seq1  TCACTG-ATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAATATAGCGAGATATAA  388
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAATATAGCGAGATATAA  379

seq1  GATACAATTTGCTAAACACATAAAACTGAAGAAGAACGAAGACCAAAGTG  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAATTTGCTAAACACATAAAACTGAAGAAGAACGAAGACCAAAGTG  429

seq1  TGGACACTTTGCCCCTTCTTAGAATTGGAAACAATTTGTTGCTCTTTCTT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACACTTTGCCCCTTCTTAGAATTGGAAACAATTTGTTGCTCTTTCTT  479

seq1  AATCCCCACCCTGATGAAGTCAAAGAGGATGTGGCTGTTTCATCTGTGGC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCCACCCTGATGAAGTCAAAGAGGATGTGGCTGTTTCATCTGTGGC  529

seq1  CAACAGTCTGAGGAAGGAAATGGGTCTCTAACAATCACACCAAAAGACTG  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTCTGAGGAAGGAAATGGGTCTCTAACAATCACACCAAAAGACTG  579

seq1  AATGTTTTCAGCGAGCTTTCAATTCTGTCTATATACCAATAAGCAATATT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTTCAGCGAGCTTTCAATTCTGTCTATATACCAATAAGCAATATT  629

seq1  TCCAGATATGACCACAAGCCCGATTGCTCAGACAAAAGTCACTTTTGGGA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGATATGACCACAAGCCCGATTGCTCAGACAAAAGTCACTTTTGGGA  679

seq1  GCTTTTTATGAAAGTGATACACACCTTTTCCTGTATGTTTTTCTATGGTG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTTATGAAAGTGATACACACCTTTTCCTGTATGTTTTTCTATGGTG  729

seq1  GGTGGTAAGTTGAGGGACAGTGTAGAAAAAACCCCCATATTCCTACTCTT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTAAGTTGAGGGACAGTGTAGAAAAAACCCCCATATTCCTACTCTT  779

seq1  TCCAGTTCCTGGCTTTTCTATCAATAATGTTCAATTGCTTTAAAGATTGA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTCCTGGCTTTTCTATCAATAATGTTCAATTGCTTTAAAGATTGA  829

seq1  AATGATTCCATTTGGCATACTGTGTCCTAAAACTCTTGTCATAGAAATGT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTCCATTTGGCATACTGTGTCCTAAAACTCTTGTCATAGAAATGT  879

seq1  ACCCTCATTAAACCCACATAATTGTAGCCAGTTTGAAATTCAACCCGTTG  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCATTAAACCCACATAATTGTAGCCAGTTTGAAATTCAACCCGTTG  929

seq1  GTTAAGAAATATGTTACAACCATGAATTCCATCACTGGCACCCTGAAACC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGAAATATGTTACAACCATGAATTCCATCACTGGCACCCTGAAACC  979

seq1  ATCATGTGAGAAGCATCACAAAATAATCTGTCAGGGACATGCCAGAGTTC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTGAGAAGCATCACAAAATAATCTGTCAGGGACATGCCAGAGTTC  1029

seq1  CCAGGAGGTGCAGTTCTGGGAACTCAAGGGATGCATGAAATAAAAGGCCA  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGGTGCAGTTCTGGGAACTCAAGGGATGCATGAAATAAAAGGCCA  1079

seq1  CAGAATCATGGTGTGAATGTGTATACATTTGTGAGCAGAGAGAGACTTGT  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCATGGTGTGAATGTGTATACATTTGTGAGCAGAGAGAGACTTGT  1129

seq1  GTGGGAGTGGTGGTTTCTAGCATTGAATTTAGAGGATGTGACAAATTCCA  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAGTGGTGGTTTCTAGCATTGAATTTAGAGGATGTGACAAATTCCA  1179

seq1  CATAAGAACATTTACTGCTCCAGCCATTTAAAGTGTACACTTGAGTAGAA  1238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGAACATTTACTGCTCCAGCCATTTAAAGTGTACACTTGAGTAGAA  1229

seq1  TTC  1241
      |||
seq2  TTC  1232

seq1: chr19_35274895_35275699
seq2: B6Ng01-001F08.g_68_880

seq1  GAATTCATTTCAATAATGAATGTTTTTACATACTGAATTAGATACTGGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTCAATAATGAATGTTTTTACATACTGAATTAGATACTGGCT  50

seq1  TTGTGGCAAGGGTGTTAAAGCTTGATCTTTAGCACATGTTTAGGTTGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGCAAGGGTGTTAAAGCTTGATCTTTAGCACATGTTTAGGTTGAAC  100

seq1  TTTGAACTTAGGTGCTATATCTAGAGCAGAAGCTTCTGGAGGCTCACCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACTTAGGTGCTATATCTAGAGCAGAAGCTTCTGGAGGCTCACCTC  150

seq1  TTACCCACTGCTACCACACTTTTTTCCCCCACATTTTAAAAGTGTAATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCACTGCTACCACACTTTTTTCCCCCACATTTTAAAAGTGTAATAT  200

seq1  TTTATTAATTGTTTAAACATTTTATACATGTACACAACACATTTTGATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAATTGTTTAAACATTTTATACATGTACACAACACATTTTGATCA  250

seq1  TATTCATCCTGTTACTTTTCTCTCTAACTTCTCCTAGCTCTATCCTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATCCTGTTACTTTTCTCTCTAACTTCTCCTAGCTCTATCCTCTCT  300

seq1  GCACTCTCAAAACTTTATGTTCCATCTATTTTCTATCTATCTATCTATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTCAAAACTTTATGTTCCATCTATTTTCTATCTATCTATCTATCT  350

seq1  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCCATCCATCCATCCATCCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCCATCCATCCATCCATCCAC  400

seq1  CCACCCACCCACCCATCCATCCATCCATCCATCCATCATCTA----TCTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||
seq2  CCACCCACCCACCCATCCATCCATCCATCCATCCATCATCTATCTGTCTG  450

seq1  TCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTATC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTATC  500

seq1  TATCTTTCTATCATTTTCCATCTATCTACCTATCATCTATCATCTTTCTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTCTATCATTTTCCATCTATCTACCTATCATCTATCATCTTTCTA  550

seq1  CCATTTTCTATTATCTACCTATCATCTATCTATCATCTATTTTTCTATCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTCTATTATCTACCTATCATCTATCTATCATCTATTTTTCTATCA  600

seq1  TCTATCTTTCTATCTATCATCTATATTTCTATATTGATAGATGATAGATA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTTTCTATCTATCATCTATATTTCTATATTGATAGATGATAGATA  650

seq1  GAGGAATAGAAAGGTTATTGCTTGATAGATAAATTATTGATAGATAGATA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATAGAAAGGTTATTGCTTGATAGATAAATTATTGATAGATAGATA  700

seq1  GACAAACAGACAGACAGATAGATAGATTGATAGATGATAGAAAAATGGTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAACAGACAGACAGATAGATAGATTGATAGATGATAGAAAAATGGTA  750

seq1  GATAGATAGATAGATAGAGATAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGAGATAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  800

seq1  GATAGATAG----  805
      || ||| ||    
seq2  GAGAGAGAGATAG  813