BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003D20
Chromosome19 (Build37)
Map Location 58,324,119 - 58,511,560
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGfra1
Upstream geneAI450540, Trub1, LOC100043038, Atrnl1
Downstream geneLOC100043503, 1700011F14Rik, Pnlip, Pnliprp1, Pnliprp2, 1700019N19Rik, Hspa12a, 6430537H07Rik, 4930506M07Rik, LOC668626, Vax1, LOC668627, Kcnk18, Slc18a2, Pdzd8, LOC100034727, LOC100043073, Emx2os
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003D20.bB6Ng01-003D20.g
ACCDH841014DH841015
length1,0791,094
definitionDH841014|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003D20, 5' end.DH841015|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003D20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,324,119 - 58,325,210)(58,510,458 - 58,511,560)
sequence
gaattcaagaaattggatttatttatagtatgtgacccaagtgtgctcag
aggtattcttgtaggttactcggaacaagagagcatatttatagtcacga
taaggcagacatcctactgctttttattaagcatggttattacacagcaa
ttgggttaagcaattgtccaaggctgaattactgtccttctgatgggctt
ggccacacactgccctctggaccacaggcccaggtagactaatggctctt
tcctgaatgtagtaatgtaggggggatagtctccagatcccatcccagtt
tttgagatgagtggttttaaacaacgctaaggagaagacacagtaaacgt
gtaaacataagcaagaggctcaaccagaagccatgtctacagggggcaga
cctgcttcataaagctcaacttcactttctagatgaatcctggtgtccca
tcagcatgggctcctcctagctcatggtcaacaggggcccactcagaaag
ataaagcagccacagaaaaccctcactgaagctggggggactctgatctg
tttacttatcccaaccctcctaggcagtgaggctctccatgcccacagga
ggatcaaggagatcaaaagactcttcctcttggtctgtggagtactcttg
acttcattgtagcacccctttcagcatcgtcttcccaaggatgccttcaa
cacacaacctcctctttgtcttacaaaagcaccttggagagcgaacatct
ccctactagttgcatgatcctttgccagtcctcagcccactcactgccgt
tattttgttgcttaaaagagattagcttaaaaatgtgttacagagacagc
agagattgctcagtggttacaagaatactttctactcctccagaggatct
gaatcggattctaaacctgcacaaaggctcacaactatgcgttaactcca
gtaccgggagatcgaaccctacagcactacaggacatggtgcacagtcgt
agaatcaggcaaacacccatatacaaaagatggaaagtgctttggtctca
ggatatgaaagggagtgtgcttgagtctc
gaattccagccaagtttgtctagcaggaagggctttgctgctttctgcct
ttctgattgttttgtaagaaatagaaacaattgaattcaagacagattct
cagggtcctctggtctaagcaccctctttatttttgagcagaaaaaaaaa
agtatctcttactgtagaaagctcaggaagagagccctagaggtgaccag
tggacttagattgtctctgtctttgcccttggcttagtgcctagtgcctg
ttatgactgccatcccaggatgtcagagctctggatctttgctgccacca
aatgcctcttacctgctcctttagtttctgaggagcctcttgctttgacc
attacttcccatgttggctccagagggacctctgggaattagtgtatggg
tcctgcgacatctctgagctctgtttgaggagtcctcctttgcagtatgt
ccatccagctgcctgctagatacttccaccatggtaactggacacaatcc
acagctgcctcatggagaatgggcctcaaatcttagcctaagaagaggca
gatctaacctagggaagatgtttattgtgtgctggggcgaaaagagggtg
ggcttgggcagccatgtcagagtttgcccactgacttcacgaattcatca
cttagggacagtatctgtaaagcagaggtacgaatgtagaaccaggtttc
gtgagagtcgtgtgcaagggcatcactccctgtgaaggggcctcaccatg
gtgaaaaattcttacaaaacaaacatcggacatttccatcacttgggagg
ggctttgtctcctgtctgctcttgcagcttgtcctggtggacagagtgaa
agtatagctcagacttcctggatggtttccagaaaggcctctctgcgcaa
tggtgcatgtcctggtttgcctgtaaataaagtggctcaccacacacccg
ttgtatacctcacttgtttcagtctgtcaaagactggaggtgatgtgtta
cccacatcagcgacttgcttctccctacatcttcattaagaaagcacgta
gattgcagatagaataggcctttaaatgctcttgaccgagggtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_58324119_58325210
seq2: B6Ng01-003D20.b_42_1120

seq1  GAATTCAAGAAATTGGATTTATTTATAGTATGTGACCCAAGTGTGCTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAAATTGGATTTATTTATAGTATGTGACCCAAGTGTGCTCAG  50

seq1  AGGTATTCTTGTAGGTTACTCGGAACAAGAGAGCATATTTATAGTCACGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTCTTGTAGGTTACTCGGAACAAGAGAGCATATTTATAGTCACGA  100

seq1  TAAGGCAGACATCCTACTGCTTTTTATTAAGCATGGTTATTACACAGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCAGACATCCTACTGCTTTTTATTAAGCATGGTTATTACACAGCAA  150

seq1  TTGGGTTAAGCAATTGTCCAAGGCTGAATTACTGTCCTTCTGATGGGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTAAGCAATTGTCCAAGGCTGAATTACTGTCCTTCTGATGGGCTT  200

seq1  GGCCACACACTGCCCTCTGGACCACAGGCCCAGGTAGACTAATGGCTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACACACTGCCCTCTGGACCACAGGCCCAGGTAGACTAATGGCTCTT  250

seq1  TCCTGAATGTAGTAATGTAGGGGGGATAGTCTCCAGATCCCATCCCAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAATGTAGTAATGTAGGGGGGATAGTCTCCAGATCCCATCCCAGTT  300

seq1  TTTGAGATGAGTGGTTTTAAACAACGCTAAGGAGAAGACACAGTAAACGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGATGAGTGGTTTTAAACAACGCTAAGGAGAAGACACAGTAAACGT  350

seq1  GTAAACATAAGCAAGAGGCTCAACCAGAAGCCATGTCTACAGGGGGCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACATAAGCAAGAGGCTCAACCAGAAGCCATGTCTACAGGGGGCAGA  400

seq1  CCTGCTTCATAAAGCTCAACTTCACTTTCTAGATGAATCCTGGTGTCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTCATAAAGCTCAACTTCACTTTCTAGATGAATCCTGGTGTCCCA  450

seq1  TCAGCATGGGCTCCTCCTAGCTCATGGTCAACAGGGGCCCACTCAGAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATGGGCTCCTCCTAGCTCATGGTCAACAGGGGCCCACTCAGAAAG  500

seq1  ATAAAGCAGCCACAGAAAACCCTCACTGAAGCTGGGGGGACTCTGATCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCAGCCACAGAAAACCCTCACTGAAGCTGGGGGGACTCTGATCTG  550

seq1  TTTACTTATCCCAACCCTCCTAGGCAGTGAGGCTCTCCATGCCCACAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTATCCCAACCCTCCTAGGCAGTGAGGCTCTCCATGCCCACAGGA  600

seq1  GGATCAAGGAGATCAAAAGACTCTTCCTCTTGGTCTGTGGAGTACTCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAAGGAGATCAAAAGACTCTTCCTCTTGGTCTGTGGAGTACTCTTG  650

seq1  ACTTCATTGTAGCACCCCTTTCAGCATCGTCTTCCCAAGGATGCCTTCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATTGTAGCACCCCTTTCAGCATCGTCTTCCCAAGGATGCCTTCAA  700

seq1  CACACAACCTCCTCTTTGTCTTACAAAAGCACCTTGGAGAGCGAACATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAACCTCCTCTTTGTCTTACAAAAGCACCTTGGAGAGCGAACATCT  750

seq1  CCCTACTAGTTGCATGATCCTTTGCCAGTCCTCAGCCCACTCACTGCCGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACTAGTTGCATGATCCTTTGCCAGTCCTCAGCCCACTCACTGCCGT  800

seq1  TATTTTGTTGCTTAAAAGAGATTAGCTTAAAAATGTGTTACAGAGACAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTTGCTTAAAAGAGATTAGCTTAAAAATGTGTTACAGAGACAGC  850

seq1  AGAGATTGCTCAGTGGTTACAAGAATACTTCTTACTCCTCCAGAGGATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTGCTCAGTGGTTACAAGAATACTTTCTACTCCTCCAGAGGATCT  900

seq1  GAATCGGATTCTAAAACCTGCACAAAGGCTCACAACTATGCGTTAACTCC  950
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCGGATTCT-AAACCTGCACAAAGGCTCACAACTATGCGTTAACTCC  949

seq1  AGTACCGGGAGATCGAACCCCCACAGGCACTACAAGGACATGGTGCACAG  1000
      ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGTACCGGGAGATCGAA-CCCTACA-GCACTAC-AGGACATGGTGCACAG  996

seq1  TCGTAGACACAGGCAAAACACCCATATACAAAAGATTGAAAAGGTGCCTT  1050
      |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||  |
seq2  TCGTAGAATCAGGC-AAACACCCATATACAAAAGATGGAAA--GTGC--T  1041

seq1  TTGGTCTTCAGGAATATGAAAGGGAGTGTTGCCTGGAGTCTC  1092
      |||||| ||||| ||||||||||||||||   || |||||||
seq2  TTGGTC-TCAGG-ATATGAAAGGGAGTGT--GCTTGAGTCTC  1079

seq1: chr19_58510458_58511560
seq2: B6Ng01-003D20.g_65_1158 (reverse)

seq1  AACCCTC-GTCAAGAGCCATTTTTAAAAGGCTATTTCTATCTGC-ATCTA  48
      ||||||| |||||||| |||||   ||||||   |||||||||| |||||
seq2  AACCCTCGGTCAAGAG-CATTT---AAAGGCCTATTCTATCTGCAATCTA  46

seq1  CGTGCTTTTCTTAATGAAGAATGTGGGGAG-AGCAGGTCGCTGATTGTGG  97
      ||||| ||||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||| |||||
seq2  CGTGC-TTTCTTAATGAAG-ATGTAGGGAGAAGCAAGTCGCTGA-TGTGG  93

seq1  TGTAACCACATCACCTCCAGTCTTTGACAGACTGAAACAAGTGAGGTATA  147
       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GTAA-CACATCACCTCCAGTCTTTGACAGACTGAAACAAGTGAGGTATA  141

seq1  CAACGGGTGTGTGGTGAGGCCACTTTATTTTACAGGCAAACCAGGACATG  197
      ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGGGTGTGTGGTGA-GCCACTTTA-TTTACAGGCAAACCAGGACATG  189

seq1  CACCATTGCGCAGAGAGGCCTTTCTGGAAACCATCCAGGAAGTCTGAGCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTGCGCAGAGAGGCCTTTCTGGAAACCATCCAGGAAGTCTGAGCT  239

seq1  ATACCTTCACTCTGTCCACCAGGACAAGCTGCAAGGGCAGACAGGAGACA  297
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATACTTTCACTCTGTCCACCAGGACAAGCTGCAAGAGCAGACAGGAGACA  289

seq1  AAGCCCCTCCCAAGTGATGGAAATGTCCTGATGTTTGTTTTGTAAGAATT  347
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCTCCCAAGTGATGGAAATGTCC-GATGTTTGTTTTGTAAGAATT  338

seq1  TTTCACCATGGTGAGGCCCCTTCACAGGGAGTGATGCCCTTGCACACGAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACCATGGTGAGGCCCCTTCACAGGGAGTGATGCCCTTGCACACGAC  388

seq1  TCTCACGAAACCTGGTTCTACATTCGTACCTCTGCTTTACAGATACTGTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACGAAACCTGGTTCTACATTCGTACCTCTGCTTTACAGATACTGTC  438

seq1  CCTAAGTGATGAATTCGTGAAGTCAGTGGGCAAACTCTGACATGGCTGCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGTGATGAATTCGTGAAGTCAGTGGGCAAACTCTGACATGGCTGCC  488

seq1  CAAGCCCACCCTCTTTTCGCCCCAGCACACAATAAACATCTTCCCTAGGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCACCCTCTTTTCGCCCCAGCACACAATAAACATCTTCCCTAGGT  538

seq1  TAGATCTGCCTCTTCTTAGGCTAAGATTTGAGGCCCATTCTCCATGAGGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTGCCTCTTCTTAGGCTAAGATTTGAGGCCCATTCTCCATGAGGC  588

seq1  AGCTGTGGATTGTGTCCAGTTACCATGGTGGAAGTATCTAGCAGGCAGCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGGATTGTGTCCAGTTACCATGGTGGAAGTATCTAGCAGGCAGCT  638

seq1  GGATGGACATACTGCAAAGGAGGACTCCTCAAACAGAGCTCAGAGATGTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGACATACTGCAAAGGAGGACTCCTCAAACAGAGCTCAGAGATGTC  688

seq1  GCAGGACCCATACACTAATTCCCAGAGGTCCCTCTGGAGCCAACATGGGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGACCCATACACTAATTCCCAGAGGTCCCTCTGGAGCCAACATGGGA  738

seq1  AGTAATGGTCAAAGCAAGAGGCTCCTCAGAAACTAAAGGAGCAGGTAAGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATGGTCAAAGCAAGAGGCTCCTCAGAAACTAAAGGAGCAGGTAAGA  788

seq1  GGCATTTGGTGGCAGCAAAGATCCAGAGCTCTGACATCCTGGGATGGCAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTTGGTGGCAGCAAAGATCCAGAGCTCTGACATCCTGGGATGGCAG  838

seq1  TCATAACAGGCACTAGGCACTAAGCCAAGGGCAAAGACAGAGACAATCTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAACAGGCACTAGGCACTAAGCCAAGGGCAAAGACAGAGACAATCTA  888

seq1  AGTCCACTGGTCACCTCTAGGGCTCTCTTCCTGAGCTTTCTACAGTAAGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCACTGGTCACCTCTAGGGCTCTCTTCCTGAGCTTTCTACAGTAAGA  938

seq1  GATACTTTTTTTTTTCTGCTCAAAAATAAAGAGGGTGCTTAGACCAGAGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTTTTTTTTTTCTGCTCAAAAATAAAGAGGGTGCTTAGACCAGAGG  988

seq1  ACCCTGAGAATCTGTCTTGAATTCAATTGTTTCTATTTCTTACAAAACAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGAGAATCTGTCTTGAATTCAATTGTTTCTATTTCTTACAAAACAA  1038

seq1  TCAGAAAGGCAGAAAGCAGCAAAGCCCTTCCTGCTAGACAAACTTGGCTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAGGCAGAAAGCAGCAAAGCCCTTCCTGCTAGACAAACTTGGCTG  1088

seq1  GAATTC  1103
      ||||||
seq2  GAATTC  1094