BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004L11
Chromosome19 (Build37)
Map Location 7,217,451 - 7,387,560
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD930010J01Rik, Otub1, Cox8a, Nat11, Rcor2, Mark2
Upstream geneLOC622554, Gpha2, Ppp2r5b, 1810013C15Rik, Ehd1, Cdc42bpg, Men1, Map4k2, Sf1, Pygm, Rasgrp2, Nrxn2, Slc22a12, LOC629372, Rps6ka4, Ccdc88, Prdx5, 0610038D11Rik, Esrra, 1700019N12Rik, Kcnk4, Gpr137, Bad, Plcb3, Ppp1r14b, Fkbp2, Vegfb, Dnajc4, Nudt22, Trpt1, BC032204, Stip1, Flrt1
Downstream geneAI846148, EG665419, 2700081O15Rik, Rtn3, LOC100039547, 5730596K20Rik, Hrasls3, Lgals12, Hrasls5, LOC433217, Slc22a19, LOC666543, BC014805, LOC632903, AB056442, LOC620946, LOC623030, 9530053H05Rik, EG434674, LOC100039705, D630002G06Rik, EG633120, EG666601
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004L11.bB6Ng01-004L11.g
ACCDH842052DH842053
length1,0951,000
definitionDH842052|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004L11, 5' end.DH842053|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004L11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,386,464 - 7,387,560)(7,217,451 - 7,218,452)
sequence
gaattctgtgcagtggtgagaagtgtgatgaagctgttggctgggagtta
aggaaggaaaccagacttgataactgtccattgggagacaatgaagatct
ataagcatgcttagtcacagtcatgtggactgagagggggactctggtac
agaacttggagttcccagtacttaccaagacaactcactcagctcctgtt
ttgtctttattttcatgactgaatcctgagcaagtttttgtttacatgta
tatattttttatgtgtcagagagcacacatgcctgtgggtatggttgcct
ttgtgttgcaatgcacatgtagaggtcagagagtaacccataggagtcag
ttctcttccactatgtgggctccaagaattggtctttgaggcttagcacc
aaacacctttacccactgagccatgttgccagccctagagcagatttttt
ggcttttcaaaaagttttttttttttttttcataaccttattattgggct
tgactttgaggttcggacagtgataaaagacaagaaaggtacataaatac
tgagacactattgtcagtattcctgggtcacttctttcttgcttattata
tagtgattcttacagagaccaatcagtgcctatgtgtctgaattcatcaa
gccccagggtttaagcaaatcttggcagcaccgatagttctcactcaaag
tgaggtctaaggtagtctttgactattcctctgaataataactaaaggtc
acagaccactaataaattgggtgaagggactaactataacttcagtttct
ggatttggctttgtaatttgtatacttttcatgttaggactgctaactct
tttgaaggctagctatatatactgttgtgtgtgtctatgcctgcctgctt
gctatctgtaaaccctttctcctggtgcctatagggtggcttttttatca
gtcagctcttaatgaattgtctggtgaatgaaaaacagaaatagtttgaa
agttgtgccttggtggaaggctctggatttatttccatcactgcaaaaat
taaattgcagcaaggtattcttcactgtatgttacctagggaaat
gaattcactatgtagatcaggctagcctcaaacttgtcctcatcctcctg
ctatggagtactgggattatgggtctgcaccctcacattatggctggagg
agggtattttaaaatgcagattctgggacctggaaggtgtctcggtgggt
aggaaagtctgatggcctgagttcaaagccaggaaccaccagaaggagag
agcaacccctgtgtatgtctagacacatatacaaataattgaaacttaaa
aataaaatgcaaaaagcaaacaaatcaagtaaaatgcagattttgagtcc
cagctacagataatgtggcaaactgaagcagtgcccagagccctgcttgg
tctgtttttgtttctagacagggtctcactgcagctcaagctggcatgga
acttagtgtgtgtggcctgagggggtacactgaacttctgaccttcctgc
ctccagtccttagtgctggggttatagtatgcaccgcactgtcatgccaa
gtatatgtggtgctgggtatgaaacccaaggctttggacatgctaggcta
atgccctaccaactcggccaagtctctctgcattttgggtcaggctttgg
tgattccttacagagaggttgagggcactgtgggtcaccggtgagtgact
tggaaagcccatgcttggcgcaagaaggaccactcctatccccaagcaaa
tgcccctcaactacaggctaggggctggagccccagtggtggcacggcgt
gaaggaagggcagacagcggtaaagtcagcgcgggagcatccatctgccc
tgacagccagcaattacaccgcgtgatcgccagatactccaaatgcatta
ttacaggggttagaagcgggggacttatttactggcaaatccatactcat
tacagactcagcctagccctagactgaaaacagctcaactgaacaaataa
ttaccaaaggtccttccagcggcgaggctcttcagtgttgtgtgtagggg

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_7386464_7387560
seq2: B6Ng01-004L11.b_47_1141 (reverse)

seq1  ATTTCCCTGAGGTATACTACAGTGAAGAATACCTATGCTGCAATTTTTAT  50
      |||||||| |||||   ||||||||||||||||| ||||||||  |||| 
seq2  ATTTCCCT-AGGTAACATACAGTGAAGAATACCT-TGCTGCAA--TTTAA  46

seq1  TTTTTGCAGTGATGGGAATAAAATCCAGAGCC-TCCACCAAGGCAC-ACT  98
      ||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  TTTTTGCAGTGATGGAAAT-AAATCCAGAGCCTTCCACCAAGGCACAACT  95

seq1  TTCAAACTATTTCTTGTTTTTCATTTCACAGACAATTCATTAAGAGCTGA  148
      ||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACTATTTC-TGTTTTTCATTCACCAGACAATTCATTAAGAGCTGA  144

seq1  CTG-TATAAAAAGCACCCTATAGGCA-CAGGAGAAAGGGTTTTACAGATA  196
      ||| || ||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGATAAAAAAGCCACCCTATAGGCACCAGGAGAAAGGG-TTTACAGATA  193

seq1  GGCAAGCAGGCAGGCATAGACACACAC-ACAGTATATTATAGCTAGCCTT  245
       |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  -GCAAGCAGGCAGGCATAGACACACACAACAGTATA-TATAGCTAGCCTT  241

seq1  CAAAAGAGTTAGCAGT-CTAACATGAAAAGTATACAAATTAC-AAGCCAA  293
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAAAAGAGTTAGCAGTCCTAACATGAAAAGTATACAAATTACAAAGCCAA  291

seq1  ATCCAGAAACTGAAGTTATAGTTAGTCCCTTCACCCAATTTATTAGTGGT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGAAACTGAAGTTATAGTTAGTCCCTTCACCCAATTTATTAGTGGT  341

seq1  CTGTGACCTTTAGTTATTATTCAGAGGAATAGTCAAAGACTACCTTAGAC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACCTTTAGTTATTATTCAGAGGAATAGTCAAAGACTACCTTAGAC  391

seq1  CTCACTTTGAGTGAGAACTATCGGTGCTGCCAAGATTTGCTTAAACCCTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTTGAGTGAGAACTATCGGTGCTGCCAAGATTTGCTTAAACCCTG  441

seq1  GGGCTTGATGAATTCAGACACATAGGCACTGATTGGTCTCTGTAAGAATC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTGATGAATTCAGACACATAGGCACTGATTGGTCTCTGTAAGAATC  491

seq1  ACTATATAATAAGCAAGAAAGAAGTGACCCAGGAATACTGACAATAGTGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATAATAAGCAAGAAAGAAGTGACCCAGGAATACTGACAATAGTGT  541

seq1  CTCAGTATTTATGTACCTTTCTTGTCTTTTATCACTGTCCGAACCTCAAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTATTTATGTACCTTTCTTGTCTTTTATCACTGTCCGAACCTCAAA  591

seq1  GTCAAGCCCAATAATAAGGTTATGAAAAAAAAAAAAAAAACTTTTTGAAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGCCCAATAATAAGGTTATGAAAAAAAAAAAAAAAACTTTTTGAAA  641

seq1  AGCCAAAAAATCTGCTCTAGGGCTGGCAACATGGCTCAGTGGGTAAAGGT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAAAAATCTGCTCTAGGGCTGGCAACATGGCTCAGTGGGTAAAGGT  691

seq1  GTTTGGTGCTAAGCCTCAAAGACCAATTCTTGGAGCCCACATAGTGGAAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGTGCTAAGCCTCAAAGACCAATTCTTGGAGCCCACATAGTGGAAG  741

seq1  AGAACTGACTCCTATGGGTTACTCTCTGACCTCTACATGTGCATTGCAAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGACTCCTATGGGTTACTCTCTGACCTCTACATGTGCATTGCAAC  791

seq1  ACAAAGGCAACCATACCCACAGGCATGTGTGCTCTCTGACACATAAAAAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGCAACCATACCCACAGGCATGTGTGCTCTCTGACACATAAAAAA  841

seq1  TATATACATGTAAACAAAAACTTGCTCAGGATTCAGTCATGAAAATAAAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACATGTAAACAAAAACTTGCTCAGGATTCAGTCATGAAAATAAAG  891

seq1  ACAAAACAGGAGCTGAGTGAGTTGTCTTGGTAAGTACTGGGAACTCCAAG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAGGAGCTGAGTGAGTTGTCTTGGTAAGTACTGGGAACTCCAAG  941

seq1  TTCTGTACCAGAGTCCCCCTCTCAGTCCACATGACTGTGACTAAGCATGC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTACCAGAGTCCCCCTCTCAGTCCACATGACTGTGACTAAGCATGC  991

seq1  TTATAGATCTTCATTGTCTCCCAATGGACAGTTATCAAGTCTGGTTTCCT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGATCTTCATTGTCTCCCAATGGACAGTTATCAAGTCTGGTTTCCT  1041

seq1  TCCTTAACTCCCAGCCAACAGCTTCATCACACTTCTCACCACTGCACAGA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAACTCCCAGCCAACAGCTTCATCACACTTCTCACCACTGCACAGA  1091

seq1  ATTC  1097
      ||||
seq2  ATTC  1095

seq1: chr19_7217451_7218452
seq2: B6Ng01-004L11.g_68_1067

seq1  GAATTCACTATGTAGATCAGGCTAGCCTCAAACTTGTCCTCATCCTCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGATCAGGCTAGCCTCAAACTTGTCCTCATCCTCCTG  50

seq1  CTATGGAGTACTGGGATTATGGGTCTGCACCCTCACATTATGGCTGGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGAGTACTGGGATTATGGGTCTGCACCCTCACATTATGGCTGGAGG  100

seq1  AGGGTATTTTAAAATGCAGATTCTGGGACCTGGAAGGTGTCTCGGTGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTATTTTAAAATGCAGATTCTGGGACCTGGAAGGTGTCTCGGTGGGT  150

seq1  AGGAAAGTCTGATGGCCTGAGTTCAAAGCCAGGAACCACCAGAAGGAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGTCTGATGGCCTGAGTTCAAAGCCAGGAACCACCAGAAGGAGAG  200

seq1  AGCAACCCCTGTGTATGTCTAGACACATATACAAATAATTGAAACTTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCCCTGTGTATGTCTAGACACATATACAAATAATTGAAACTTAAA  250

seq1  AATAAAATGCAAAAAGCAAACAAATCAAGTAAAATGCAGATTTTGAGTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATGCAAAAAGCAAACAAATCAAGTAAAATGCAGATTTTGAGTCC  300

seq1  CAGCTACAGATAATGTGGCAAACTGAAGCAGTGCCCAGAGCCCTGCTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACAGATAATGTGGCAAACTGAAGCAGTGCCCAGAGCCCTGCTTGG  350

seq1  TCTGTTTTTGTTTCTAGACAGGGTCTCACTGCAGCTCAAGCTGGCATGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTTTGTTTCTAGACAGGGTCTCACTGCAGCTCAAGCTGGCATGGA  400

seq1  ACTTAGTGTGTGTGGCCTGAGGGGGTACACTGAACTTCTGACCTTCCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGTGTGTGTGGCCTGAGGGGGTACACTGAACTTCTGACCTTCCTGC  450

seq1  CTCCAGTCCTTAGTGCTGGGGTTATAGTATGCACCGCACTGTCATGCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTCCTTAGTGCTGGGGTTATAGTATGCACCGCACTGTCATGCCAA  500

seq1  GTATATGTGGTGCTGGGTATGAAACCCAAGGCTTTGGACATGCTAGGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGTGGTGCTGGGTATGAAACCCAAGGCTTTGGACATGCTAGGCTA  550

seq1  ATGCCCTACCAACTCGGCCAAGTCTCTCTGCATTTTGGGTCAGGCTTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCTACCAACTCGGCCAAGTCTCTCTGCATTTTGGGTCAGGCTTTGG  600

seq1  TGATTCCTTACAGAGAGGTTGAGGGCACTGTGGGTCACCGGTGAGTGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCCTTACAGAGAGGTTGAGGGCACTGTGGGTCACCGGTGAGTGACT  650

seq1  TGGAAAGCCCATGCTTGGCGCAAGAAGGACCACTCCTATCCCCAAGCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGCCCATGCTTGGCGCAAGAAGGACCACTCCTATCCCCAAGCAAA  700

seq1  TGCCCCTCAACTACAGGCTAGGGGCTGGAGCCCCAGTGGTGGCACGGCGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCTCAACTACAGGCTAGGGGCTGGAGCCCCAGTGGTGGCACGGCGT  750

seq1  GAAGGAAGGGCAGACAGCGGTAAAGTCAGCGCGGGAGCATCCATCTGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAGGGCAGACAGCGGTAAAGTCAGCGCGGGAGCATCCATCTGCCC  800

seq1  TGACAGCCAGCAATTACACCGCGTGATCGCCAGATTACTCCAAATGCATT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  TGACAGCCAGCAATTACACCGCGTGATCGCCAGA-TACTCCAAATGCA-T  848

seq1  TATTACAGGGGTTAGAAGCGGGGGACTTATTTACTGGCAAATCCATACTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACAGGGGTTAGAAGCGGGGGACTTATTTACTGGCAAATCCATACTC  898

seq1  ATTACAAGACTCAGCCTAG-CCTAGACTGAAAACAGCTCAACTGAAACAA  949
      ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATTAC-AGACTCAGCCTAGCCCTAGACTGAAAACAGCTCAACTG-AACAA  946

seq1  ATAATTACCAAA-GTCCTTCCAGC-GCGAGGCTCTCAGGTGGTTGTGTGT  997
      |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||   || |||||||||
seq2  ATAATTACCAAAGGTCCTTCCAGCGGCGAGGCTCTTCAGT-GTTGTGTGT  995

seq1  AGGGG  1002
      |||||
seq2  AGGGG  1000