BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008B09
Chromosome19 (Build37)
Map Location 46,249,911 - 46,416,777
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGbf1, LOC668094, Nfkb2, Psd, Fbxl15, Cuedc2
Upstream geneLbx1, Btrc, EG627889, Poll, 5330431N19Rik, Fbxw4, Fgf8, Npm3, Mgea5, E330018D03Rik, Kcnip2, 9130011E15Rik, EG627939, 4930505N22Rik, Hps6, Ldb1, Pprc1, Nolc1, Elovl3, Pitx3
Downstream gene2310034G01Rik, Tmem180, Actr1a, Sufu, Trim8, Arl3, Sfxn2, D19Wsu162e, Cyp17a1, EG629359, 2010012O05Rik, As3mt, Cnnm2, Nt5c2, Ina, Pcgf6, LOC100042842, Taf5, Usmg5, Pdcd11, 2810048G17Rik, EG546729, EG240669, EG629389, Neurl, EG329070, Sh3pxd2a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008B09.bB6Ng01-008B09.g
ACCDH844463DH844464
length5511,085
definitionDH844463|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008B09, 5' end.DH844464|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008B09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,416,222 - 46,416,777)(46,249,911 - 46,250,999)
sequence
agttctcagagccaggtggccaaagttctctcagtctggatgctgccctg
cagagctctcttctgtggactgttcttacatttattcagtgtgtgccttg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgagagagagagagagagagagagagagagagag
cgagagagagagagagagagcctctgtgtgtgcttgtgacatgaataccc
acacacagggcatatgagatcagttggtttcttcattccaccatgtgggc
ttaggggtgtcaagttttgtggtaagcaccttgagccctctcattggttc
ccccttctgtaaatgtcccccagatcccaacatggacaaattgagattca
gcagatagcctgggatctcagaatactgcccactccctcagaggtggggt
gctgagcttgagctgaaaaaatagggtgccacagctagagaaacggacaa
gaactgggtaagaacaagagtgtgaggggagccgggtgtggtggctcacg
cctttaatcccagcatttctggaggcagaggcatgtggatttctgagttc
g
gaattcagcatctgagcaggaggtttgagtacatctaccctccagaggtt
tcagagaacatttaaacagagtctggaagccaatctgggaggaactatga
cttaacacctgtctggcccagacctcttagaaatagctgcctaggtagaa
aagagcttctcaaggatgcctgattaccctaggagtaagtgtcaggaaaa
ggattgaacacattatattagatcactagatttatttcctgtagagattg
aatgtatatattcattttttctataggtgtctctagtttggggaatagca
gagtaatagatcattagatagcccctgaagagccatgagtgagccattga
ctttccttcacttggaactgaagtaaactttttgttttgctttgttttga
ggcagggtctcactatgtaggtgtggctggtggaattcactatgtagatc
aggctaccctggaatgcagatgtctttctacctctgtcttctgagtgctg
agattaaaagtgtatatcactatgtctggcaagaattgaacttttaaaat
ttcaaggtataacagaaaactatttttgtttctttttagaggaaattaaa
agaaccaagtttgtcagataaatttatataaatgactgaatattggaagg
ggcaaagttggccaaatatatgtatttcctataccacttatttactttct
tggtttataataaacataagatgatatatataaatgtagtatatatttac
atgcatacatacatacatacacacacagagacaaaacataagattgatga
gcatgttagagtgtggcttgattactgggcacagtaactatattttccag
ctgtttgcgaagtagaggcaggattgctgaggctcagcagttcaaatcat
gatggagcaacaaaatgagaccttgttaaaaaatggttacaagatcctgc
ttcaaattaagtgaagataatagaagatggccaatggtgacttttggttc
atgatcatggagctcatgtagaccacaacatgcaacttgatggggtaata
aagactctctgaaaactagatagctggtgtggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_46416222_46416777
seq2: B6Ng01-008B09.b_44_600 (reverse)

seq1  CGAACTCAGAAATCCACATGCCTCTGCCTCCCG-AATGCTGGGATTAAAG  49
      ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
seq2  CGAACTCAGAAATCCACATGCCTCTGCCTCCAGAAATGCTGGGATTAAAG  50

seq1  GCGTGAGCCACCACACCCGGCTCCCCTCACACTCTTGTTCTTACCCAGTT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGAGCCACCACACCCGGCTCCCCTCACACTCTTGTTCTTACCCAGTT  100

seq1  CTTGTCCGTTTCTCTAGCTGTGGCACCCTATTTTTTCAGCTCAAGCTCAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCCGTTTCTCTAGCTGTGGCACCCTATTTTTTCAGCTCAAGCTCAG  150

seq1  CACCCCACCTCTGAGGGAGTGGGCAGTATTCTGAGATCCCAGGCTATCTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCACCTCTGAGGGAGTGGGCAGTATTCTGAGATCCCAGGCTATCTG  200

seq1  CTGAATCTCAATTTGTCCATGTTGGGATCTGGGGGACATTTACAGAAGGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATCTCAATTTGTCCATGTTGGGATCTGGGGGACATTTACAGAAGGG  250

seq1  GGAACCAATGAGAGGGCTCAAGGTGCTTACCACAAAACTTGACACCCCTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCAATGAGAGGGCTCAAGGTGCTTACCACAAAACTTGACACCCCTA  300

seq1  AGCCCACATGGTGGAATGAAGAAACCAACTGATCTCATATGCCCTGTGTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACATGGTGGAATGAAGAAACCAACTGATCTCATATGCCCTGTGTG  350

seq1  TGGGTATTCATGTCACAAGCACACACAGAGGCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTATTCATGTCACAAGCACACACAGAGGCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  400

seq1  GCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACAC  450

seq1  ACAAGGCACACACTGAATAAATGTAAGAACAGTCCACAGAAGAGAGCTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGCACACACTGAATAAATGTAAGAACAGTCCACAGAAGAGAGCTCT  500

seq1  GCAGGGCAGCATCCAGACTGAGAGAACTTTGGCCACCTGGCTCTGAGAAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGCAGCATCCAGACTGAGAGAACTTTGGCCACCTGGCTCTGAGAAC  550

seq1  TGAATTC  556
      |||||||
seq2  TGAATTC  557

seq1: chr19_46249911_46250999
seq2: B6Ng01-008B09.g_69_1153

seq1  GAATTCAGCATCTGAGCAGGAGGTTTGAGTACATCTACCCTCCAGAGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCATCTGAGCAGGAGGTTTGAGTACATCTACCCTCCAGAGGTT  50

seq1  TCAGAGAACATTTAAACAGAGTCTGGAAGCCAATCTGGGAGGAACTATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAACATTTAAACAGAGTCTGGAAGCCAATCTGGGAGGAACTATGA  100

seq1  CTTAACACCTGTCTGGCCCAGACCTCTTAGAAATAGCTGCCTAGGTAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACACCTGTCTGGCCCAGACCTCTTAGAAATAGCTGCCTAGGTAGAA  150

seq1  AAGAGCTTCTCAAGGATGCCTGATTACCCTAGGAGTAAGTGTCAGGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTTCTCAAGGATGCCTGATTACCCTAGGAGTAAGTGTCAGGAAAA  200

seq1  GGATTGAACACATTATATTAGATCACTAGATTTATTTCCTGTAGAGATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGAACACATTATATTAGATCACTAGATTTATTTCCTGTAGAGATTG  250

seq1  AATGTATATATTCATTTTTTCTATAGGTGTCTCTAGTTTGGGGAATAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATATATTCATTTTTTCTATAGGTGTCTCTAGTTTGGGGAATAGCA  300

seq1  GAGTAATAGATCATTAGATAGCCCCTGAAGAGCCATGAGTGAGCCATTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAATAGATCATTAGATAGCCCCTGAAGAGCCATGAGTGAGCCATTGA  350

seq1  CTTTCCTTCACTTGGAACTGAAGTAAACTTTTTGTTTTGCTTTGTTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTCACTTGGAACTGAAGTAAACTTTTTGTTTTGCTTTGTTTTGA  400

seq1  GGCAGGGTCTCACTATGTAGGTGTGGCTGGTGGAATTCACTATGTAGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGTCTCACTATGTAGGTGTGGCTGGTGGAATTCACTATGTAGATC  450

seq1  AGGCTACCCTGGAATGCAGATGTCTTTCTACCTCTGTCTTCTGAGTGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTACCCTGGAATGCAGATGTCTTTCTACCTCTGTCTTCTGAGTGCTG  500

seq1  AGATTAAAAGTGTATATCACTATGTCTGGCAAGAATTGAACTTTTAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAAAAGTGTATATCACTATGTCTGGCAAGAATTGAACTTTTAAAAT  550

seq1  TTCAAGGTATAACAGAAAACTATTTTTGTTTCTTTTTAGAGGAAATTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGTATAACAGAAAACTATTTTTGTTTCTTTTTAGAGGAAATTAAA  600

seq1  AGAACCAAGTTTGTCAGATAAATTTATATAAATGACTGAATATTGGAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCAAGTTTGTCAGATAAATTTATATAAATGACTGAATATTGGAAGG  650

seq1  GGCAAAGTTGGCCAAATATATGTATTTCCTATACCACTTATTTACTTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGTTGGCCAAATATATGTATTTCCTATACCACTTATTTACTTTCT  700

seq1  TGGTTTATAATAAACATAAGATGATATATATAAATGTAGTATATATTTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTATAATAAACATAAGATGATATATATAAATGTAGTATATATTTAC  750

seq1  ATGCATACATACATACATACACACACAGAGACAAAACATAAGATTGATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATACATACATACATACACACACAGAGACAAAACATAAGATTGATGA  800

seq1  GCATGTTAGAGTGTGGCTTGATTACTGGGCACAGTAACTATA-TTTCCAG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCATGTTAGAGTGTGGCTTGATTACTGGGCACAGTAACTATATTTTCCAG  850

seq1  CTGTTTGCGAAGTAGAGGCAGGATTGCTGAGGCTCAGCAGTTCAAATCAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGCGAAGTAGAGGCAGGATTGCTGAGGCTCAGCAGTTCAAATCAT  900

seq1  GATGGAGCAACAAAATGAGACCTTGTTAAAAAAAGGTTACAAGATCCTGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GATGGAGCAACAAAATGAGACCTTGTTAAAAAATGGTTACAAGATCCTGC  950

seq1  CTCAAAATTAAGGTGAAGAATAATAGAAGATGGCCAATGGTGACCTTTGG  999
       || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTC-AAATTAA-GTGAAG-ATAATAGAAGATGGCCAATGGTGACTTTTGG  997

seq1  TTCAATGATCAT-GAGCTCATGTAGACACAAACATGCATACATATGATGG  1048
      ||| |||||||| ||||||||||||||   ||||||||   |  ||||||
seq2  TTC-ATGATCATGGAGCTCATGTAGACCACAACATGCA---ACTTGATGG  1043

seq1  GGTAATAAAGACTCT-TG-AGACTAGATAGCTGGGTGTGGTGG  1089
      ||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||
seq2  GGTAATAAAGACTCTCTGAAAACTAGATAGCT-GGTGTGGTGG  1085