BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015F21
Chromosome19 (Build37)
Map Location 58,860,369 - 58,958,472
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700019N19Rik, Hspa12a
Upstream geneAtrnl1, Gfra1, LOC100043503, 1700011F14Rik, Pnlip, Pnliprp1, Pnliprp2
Downstream gene6430537H07Rik, 4930506M07Rik, LOC668626, Vax1, LOC668627, Kcnk18, Slc18a2, Pdzd8, LOC100034727, LOC100043073, Emx2os, Emx2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015F21.bB6Ng01-015F21.g
ACCDH849643DH849644
length1,112932
definitionDH849643|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015F21, 5' end.DH849644|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015F21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,957,354 - 58,958,472)(58,860,369 - 58,861,291)
sequence
gaattctgagtatataagtactgaattagcactccaggtcgtccatcatg
agacctgcctgtgtcctacagcagacctttcccaggggactaacaactaa
caacaggggacaggggcctgagaactggaagcaatgacacttacctctag
ttctggggaccaccaaaggctgagagctgggcagatgtcagtggatctgt
tgcataagtggagaatctgtacctgcccagccagttaccaccccatggcc
atggccactttaacagcctttatagcactcaagtgccctaggccaggact
ctgtggagtcagcacatgttgtctttccaaggctggcatgactcttggca
ccgtgagggaaccccactgttcccagtcccacagagagctcagtgtatcc
tctcttcagcagctacctccatcgatgtcacagacacggaggctggtgcc
acagggtcacaggctgcttgctctgtgaagggtcaggaaagggttttaaa
cctcctccttctgttccccaaagtgcccaagtcccctagctctggggact
ctgccttttctttatacagcaaatgaaatggccttgggctacttaactca
cttgagctacttaactacttaactacttaactacttgagctcaccccagc
cttcttttttttcccccattagatattatatttatttacatttcaaatat
tatcccccttcctagtttcccctccagaaaatcccctatcctgtccccct
cccccagctttctgtgagggtactccctcacccacccacccactcctgcc
ttaccaccctagcactcccctacttttggtgtattgaggctccacaggac
caaggacctcccatcccattgatgtccaacagggcatcctctgctttatt
atacagcttagagccataggttgctccatgtgtactcatggttggtggtt
tagtcactgggagctctggagtgtctggttggttgaatatgttgtccttc
ctatggggtgcaacccttcagctccaggaggccctcagagccggaagggc
tagcagcaatggcatccatcacctgatgccacgtccagtctgggagctgc
cacagggccacc
gaattcttattaaatcacctcattgcccaaagagggtgagggggctgatt
ttgatgcaagtacaacaggtgtctgtgctcccttgaggcttacatctcct
agggaggatgcagggctctagctctcggcaaaagcctttgctaaggatgg
tggctccccatacacattcctgctgcatgactggctggaccactgagcac
aaccacagggcctgggagcttgggggtcctcacttgggggtgtttgacct
ggaagagaaagattccatatgagctgcacacaggtgaccttgctgagcaa
aggggtcagaaggaaacactgcctccctagcttacctggcccagagaatt
ctggaaatgcgggtgagagaccttgcagctgcaagatttttgaagaaggg
ctaagaggctgggcagccctcacatcgtatgttctaaaataagcagaaag
catgacatcacatcttttaatatgaggtttagcatgcaggtcctgagcaa
gcacagtgcattcgttctaatctttataacccaccctaaggtttgtaaat
accatccctatttcacagatggtaaactgaggctgagtgcttccctatgc
actgctccggtgtccctgcccgctccctccctcagcatcctgagagcttg
cttagaggttctagcagggagcacaggagatcagtcctctttccacaaag
cagacaacttcaggaggagagaagagaccagaggaagaggacaccaccca
gccagccagatctcccaaatcaattccagcaataaaatggggtgacagat
gttacaaccagtcacccccattttttgttgtttgattaaattttttgaga
ctgggatctccctatgtagcctttggctgtcctgaaaactcactatgtag
aactaagccagcctttggcttctgggattgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_58957354_58958472
seq2: B6Ng01-015F21.b_43_1154 (reverse)

seq1  GGTGGCCCTGTGGCAGCCTTCCTGGCTTGGACGTGGCATCAGGGTGATGT  50
      |||||||||||||||||  |||  |  |||||||||||||| ||||||| 
seq2  GGTGGCCCTGTGGCAGC--TCCCAGACTGGACGTGGCATCA-GGTGATG-  46

seq1  GATGGCCATTTGCTGCCTAG--CTTCTCAGCTCTGAGTGCCT-CTGGAGC  97
      ||| |||| |||||| ||||  |||| | |||||||| |||| |||||||
seq2  GAT-GCCA-TTGCTG-CTAGCCCTTC-CGGCTCTGAGGGCCTCCTGGAGC  92

seq1  TGAAGGGGTTTGCAACCCCATAGGAAGAACAACAATATCAACCAACCAGA  147
      |||||||  |||| ||||||||||||| ||||||   |||||||||||||
seq2  TGAAGGG--TTGC-ACCCCATAGGAAGGACAACATATTCAACCAACCAGA  139

seq1  CACTCCAGAGCTCCCAGTGACTAAACCACCAACCAATGAGTACACATGGA  197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CACTCCAGAGCTCCCAGTGACTAAACCACCAACC-ATGAGTACACATGGA  188

seq1  GCAACCTATGGCTCT-AGCTGTAT-ATATAGCAGAGGATGGCCTTGTTGG  245
      ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||
seq2  GCAACCTATGGCTCTAAGCTGTATAATAAAGCAGAGGAT-GCCCTGTTGG  237

seq1  ACATCAATGGGATGGGAGGTCCTTGGTCTTGTGGAGCCTCAATACACC-A  294
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  ACATCAATGGGATGGGAGGTCCTTGGTCCTGTGGAGCCTCAATACACCAA  287

seq1  AAGTAGGGGAGTGCTAGGGTGGTAAGGCAGGAGTGGGTGGGTGGGTGAGG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGGGGAGTGCTAGGGTGGTAAGGCAGGAGTGGGTGGGTGGGTGAGG  337

seq1  GAGTACCCTCACAGAAAGCTGGGGGAGGGGGACAGGATAGGGGATTTTCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACCCTCACAGAAAGCTGGGGGAGGGGGACAGGATAGGGGATTTTCT  387

seq1  GGAGGGGAAACTAGGAAGGGGGATAATATTTGAAATGTAAATAAATATAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGAAACTAGGAAGGGGGATAATATTTGAAATGTAAATAAATATAA  437

seq1  TATCTAATGGGGGAAAAAAAAGAAGGCTGGGGTGAGCTCAAGTAGTTAAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAATGGGGGAAAAAAAAGAAGGCTGGGGTGAGCTCAAGTAGTTAAG  487

seq1  TAGTTAAGTAGTTAAGTAGCTCAAGTGAGTTAAGTAGCCCAAGGCCATTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAAGTAGTTAAGTAGCTCAAGTGAGTTAAGTAGCCCAAGGCCATTT  537

seq1  CATTTGCTGTATAAAGAAAAGGCAGAGTCCCCAGAGCTAGGGGACTTGGG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCTGTATAAAGAAAAGGCAGAGTCCCCAGAGCTAGGGGACTTGGG  587

seq1  CACTTTGGGGAACAGAAGGAGGAGGTTTAAAACCCTTTCCTGACCCTTCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGGGGAACAGAAGGAGGAGGTTTAAAACCCTTTCCTGACCCTTCA  637

seq1  CAGAGCAAGCAGCCTGTGACCCTGTGGCACCAGCCTCCGTGTCTGTGACA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAAGCAGCCTGTGACCCTGTGGCACCAGCCTCCGTGTCTGTGACA  687

seq1  TCGATGGAGGTAGCTGCTGAAGAGAGGATACACTGAGCTCTCTGTGGGAC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATGGAGGTAGCTGCTGAAGAGAGGATACACTGAGCTCTCTGTGGGAC  737

seq1  TGGGAACAGTGGGGTTCCCTCACGGTGCCAAGAGTCATGCCAGCCTTGGA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACAGTGGGGTTCCCTCACGGTGCCAAGAGTCATGCCAGCCTTGGA  787

seq1  AAGACAACATGTGCTGACTCCACAGAGTCCTGGCCTAGGGCACTTGAGTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAACATGTGCTGACTCCACAGAGTCCTGGCCTAGGGCACTTGAGTG  837

seq1  CTATAAAGGCTGTTAAAGTGGCCATGGCCATGGGGTGGTAACTGGCTGGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAAGGCTGTTAAAGTGGCCATGGCCATGGGGTGGTAACTGGCTGGG  887

seq1  CAGGTACAGATTCTCCACTTATGCAACAGATCCACTGACATCTGCCCAGC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTACAGATTCTCCACTTATGCAACAGATCCACTGACATCTGCCCAGC  937

seq1  TCTCAGCCTTTGGTGGTCCCCAGAACTAGAGGTAAGTGTCATTGCTTCCA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCCTTTGGTGGTCCCCAGAACTAGAGGTAAGTGTCATTGCTTCCA  987

seq1  GTTCTCAGGCCCCTGTCCCCTGTTGTTAGTTGTTAGTCCCCTGGGAAAGG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCAGGCCCCTGTCCCCTGTTGTTAGTTGTTAGTCCCCTGGGAAAGG  1037

seq1  TCTGCTGTAGGACACAGGCAGGTCTCATGATGGACGACCTGGAGTGCTAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGTAGGACACAGGCAGGTCTCATGATGGACGACCTGGAGTGCTAA  1087

seq1  TTCAGTACTTATATACTCAGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTACTTATATACTCAGAATTC  1112

seq1: chr19_58860369_58861291
seq2: B6Ng01-015F21.g_68_998

seq1  GAATTCTTATTAAATCACCTCATTGCCCAAAGAGGGTGAGGGGGCTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATTAAATCACCTCATTGCCCAAAGAGGGTGAGGGGGCTGATT  50

seq1  TTGATGCAAGTACAACAGGTGTCTGTGCTCCCTTGAGGCTTACATCTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGCAAGTACAACAGGTGTCTGTGCTCCCTTGAGGCTTACATCTCCT  100

seq1  AGGGAGGATGCAGGGCTCTAGCTCTCGGCAAAAGCCTTTGCTAAGGATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGATGCAGGGCTCTAGCTCTCGGCAAAAGCCTTTGCTAAGGATGG  150

seq1  TGGCTCCCCATACACATTCCTGCTGCATGACTGGCTGGACCACTGAGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCCCCATACACATTCCTGCTGCATGACTGGCTGGACCACTGAGCAC  200

seq1  AACCACAGGGCCTGGGAGCTTGGGGGTCCTCACTTGGGGGTGTTTGACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACAGGGCCTGGGAGCTTGGGGGTCCTCACTTGGGGGTGTTTGACCT  250

seq1  GGAAGAGAAAGATTCCATATGAGCTGCACACAGGTGACCTTGCTGAGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGAAAGATTCCATATGAGCTGCACACAGGTGACCTTGCTGAGCAA  300

seq1  AGGGGTCAGAAGGAAACACTGCCTCCCTAGCTTACCTGGCCCAGAGAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTCAGAAGGAAACACTGCCTCCCTAGCTTACCTGGCCCAGAGAATT  350

seq1  CTGGAAATGCGGGTGAGAGACCTTGCAGCTGCAAGATTTTTGAAGAAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAATGCGGGTGAGAGACCTTGCAGCTGCAAGATTTTTGAAGAAGGG  400

seq1  CTAAGAGGCTGGGCAGCCCTCACATCGTATGTTCTAAAATAAGCAGAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGGCTGGGCAGCCCTCACATCGTATGTTCTAAAATAAGCAGAAAG  450

seq1  CATGACATCACATCTTTTAATATGAGGTTTAGCATGCAGGTCCTGAGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACATCACATCTTTTAATATGAGGTTTAGCATGCAGGTCCTGAGCAA  500

seq1  GCACAGTGCATTCGTTCTAATCTTTATAACCCACCCTAAGGTTTGTAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTGCATTCGTTCTAATCTTTATAACCCACCCTAAGGTTTGTAAAT  550

seq1  ACCATCCCTATTTCACAGATGGTAAACTGAGGCTGAGTGCTTCCCTATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCCCTATTTCACAGATGGTAAACTGAGGCTGAGTGCTTCCCTATGC  600

seq1  ACTGCTCCGGTGTCCCTGCCCGCTCCCTCCCTCAGCATCCTGAGAGCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCCGGTGTCCCTGCCCGCTCCCTCCCTCAGCATCCTGAGAGCTTG  650

seq1  CTTAGAGGTTCTAGCAGGGAGCACAGGAGATCAGTCCTC-TTCCACAAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTAGAGGTTCTAGCAGGGAGCACAGGAGATCAGTCCTCTTTCCACAAAG  700

seq1  CAGACAACTTCAGGAGGAGAGAAGAGACCAGAGGAAGAGGACACCACCCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAACTTCAGGAGGAGAGAAGAGACCAGAGGAAGAGGACACCACCCA  750

seq1  GCCAGCCAGATCTCCCAAATCAATTCCAGCAAT-AAATGGGGTGACAGAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCAGATCTCCCAAATCAATTCCAGCAATAAAATGGGGTGACAGAT  800

seq1  GTTACAACCAGTCACCCCCATTTTTTGTTGTTTGATTAATTTTTTTGAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTTACAACCAGTCACCCCCATTTTTTGTTGTTTGATTAAATTTTTTGAGA  850

seq1  CT-GGATCTCCCTATGTAGCC-TTGGCTGTCCTG-AAACTCACTATGTAG  895
      || |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGGGATCTCCCTATGTAGCCTTTGGCTGTCCTGAAAACTCACTATGTAG  900

seq1  -ACTAAGCCAGCCTTT-GCCTCT-GGATTGC  923
       ||||||||||||||| || ||| |||||||
seq2  AACTAAGCCAGCCTTTGGCTTCTGGGATTGC  931