BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-019H16
Chromosome19 (Build37)
Map Location 29,598,025 - 29,708,184
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC030046E11Rik, D19Wsu12e
Upstream geneGlis3, EG434460, EG627788, Slc1a1, LOC545262, 4430402I18Rik, Ppapdc2, LOC100042006, EG226086, Cdc37l1, LOC672214, Ak3, Rcl1, LOC433238, Jak2, Insl6, Rln1, 5033414D02Rik, Cd274, Pdcd1lg2
Downstream geneMlana, 9930021J03Rik, Ranbp6, Il33, Trpd52l3, Uhrf2, Gldc, EG625917, Mbl2, LOC100042088, LOC668020, EG546723, Dkk1, Prkg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-019H16.bB6Ng01-019H16.g
ACCDH852552DH852553
length1,0701,031
definitionDH852552|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019H16, 5' end.DH852553|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019H16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,707,109 - 29,708,184)(29,598,025 - 29,599,061)
sequence
gaattctggtaaggcatatgctcatggcttttccaccactctgagcaaac
cagtgctaatttgctctataactttttgagatttttaaggtattttttct
tatttaagttttttaaaatttatttacctgtatttttttaagatttatat
atttattatatgtaagtacactgtagttgtctttagatactttttcttct
ctctctggtccctctcgttccagccccactcactctgcccaaagatttat
ttattatgtgtaagtacactgtagctgtcttcagacactccagaagaggg
catcagatctcatggatggttgtgagccaccatgtggttgctgggtttga
actcaggacttttggaagagaagtcagtgctcctaaccactgagccattt
ctccagcgcccatttacctgtattttatgtgcattggtgttttgtgtgca
tgtgtatcttggagttatagatagttgtgaactgctatgtgggtgctggg
atttgaaccctgatcctctggaagaacagtcagtgcccttaaccactgag
ccatctttccagccctgggatttttaaaaaaaatgtgtatttatgtgcat
gaacacatagtcatattatttccttaaaaatggaataatatttagcaact
gttgccatccttagaatatatataaaatccatggctttattaaggtataa
tttaagtgtcctgtaatttatccacttgtggtaagattgtgttttaggtt
tttccacatagttgtgtaccattatcataattctagagcattttaagaaa
agatttgtttatgcttgtatgctcatgtgtatgtgaatatgggcgcatgt
gtgtgcagctgccgaaaaagtatgaagaagtcatcggatcccttagagtt
agagttagagttagagttagaggtgtctgtgagcccctgacatgggtgct
aggagctgagccctgctcctgacaactgagcagcaaagctctaaccactg
agcactctgcatctcctagaaattatcctaaggagtccttgtactcacca
gtcgctctcgctcacatttc
gaattctttgctttcagcctggcttttttttttttttcctcccgtgcctt
gagttccgagtagataagagaattaacttgaaaaagtaaggggtgaatgg
gctagcccccgtccggtttttgttgctcctggacatctgtaaaaattaca
gaattctgagttttaagatccccccccacacactgcattcagagagacag
tactaattgatgtcagagtggtggtggtcttgaaaagagactagaggttg
gttgaccttgcccttgctagatatgtgaaacactggttttggtttggtta
aaccctttagatctctgcttattaccatggtgtgctgataatgcccttga
ttgtccgcacacacagctgtggtaaaaccgatgctagaatttaagcaatt
taattggtttctcttttactattacatagttaggctatttgtcactaagt
tttggctgacctaattttcagaaaggtatgaaaaccgcaggttactaaac
aattacagcatcagcaatgtgatactcagatccgtgctgaattgaatttt
taaatatgtgcgttgtaaatgtaagttggtacctaagtgagatccgtttt
caatttatgagcagttgaacaacttttatgtagtgcaactatttaaagtc
aatagttgtttggaagagcataattagaagttgaattttacattgtttcc
taaatttagtagttttgttcgaatgtaacacttttaaaatctaacgtttt
aatcattttaacccctaaggatacaaatctgatttatgtaagtttagcat
ggtaggccagaagcttgtaggctaccttctccacacacaccccaccccca
cccccacattaaaatgagtctcagtgtcttgtggacattgtgacatggat
aaaatctgtttggcttgggagtagatgtagtgttatggaactatgcatct
ctgttcattcccttcaacctcccactctacacacctgagtctcacaaagt
accttggtactactgattccttgtgtgtgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_29707109_29708184
seq2: B6Ng01-019H16.b_40_1109 (reverse)

seq1  GAAATGTGAGCGAGAGCTGACTGGTGAGTACAGGGACTCCTTAGGAATAA  50
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  GAAATGTGAGCGAGAGC-GACTGGTGAGTACAAGGACTCCTTAGG-ATAA  48

seq1  TGTTCTAGGAGATGCAGAGTTGCTCAGTGGTTAGAGCTTTGCTGCTCAGT  100
      | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-TTCTAGGAGATGCAGAG-TGCTCAGTGGTTAGAGCTTTGCTGCTCAGT  96

seq1  TGTCAGGAGCAGGGCTCAGCTCCTAGCACCCATGTCAGGGGGCTCACAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGTCAGGAGCAGGGCTCAGCTCCTAGCACCCATGTCA-GGGGCTCACAGA  145

seq1  CACCTCTAACTCTAACTCTAACTCTAACTCTAAGGGATCCGATGACTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCTAACTCTAACTCTAACTCTAACTCTAAGGGATCCGATGACTTCT  195

seq1  TCATACCTTTTTCGGCAGCTGCACACACATGCGCCCATATTCACATACAC  250
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATA-CTTTTTCGGCAGCTGCACACACATGCGCCCATATTCACATACAC  244

seq1  ATGAGCATACAAGCATAAACAAATCTTTTCTTAAAATGCTCTAGAATTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCATACAAGCATAAACAAATCTTTTCTTAAAATGCTCTAGAATTAT  294

seq1  GATAATGGTACACAACTATGTGGAAAAACCTAAAACACAATCTTACCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATGGTACACAACTATGTGGAAAAACCTAAAACACAATCTTACCACA  344

seq1  AGTGGATAAATTACAGGACACTTAAATTATACCTTAATAAAGCCATGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATAAATTACAGGACACTTAAATTATACCTTAATAAAGCCATGGAT  394

seq1  TTTATATATATTCTAAGGATGGCAACAGTTGCTAAATATTATTCCATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATATATTCTAAGGATGGCAACAGTTGCTAAATATTATTCCATTTT  444

seq1  TAAGGAAATAATATGACTATGTGTTCATGCACATAAATACACATTTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAAATAATATGACTATGTGTTCATGCACATAAATACACATTTTTTT  494

seq1  TAAAAATCCCAGGGCTGGAAAGATGGCTCAGTGGTTAAGGGCACTGACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATCCCAGGGCTGGAAAGATGGCTCAGTGGTTAAGGGCACTGACTG  544

seq1  TTCTTCCAGAGGATCAGGGTTCAAATCCCAGCACCCACATAGCAGTTCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCAGAGGATCAGGGTTCAAATCCCAGCACCCACATAGCAGTTCAC  594

seq1  AACTATCTATAACTCCAAGATACACATGCACACAAAACACCAATGCACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATCTATAACTCCAAGATACACATGCACACAAAACACCAATGCACAT  644

seq1  AAAATACAGGTAAATGGGCGCTGGAGAAATGGCTCAGTGGTTAGGAGCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACAGGTAAATGGGCGCTGGAGAAATGGCTCAGTGGTTAGGAGCAC  694

seq1  TGACTTCTCTTCCAAAAGTCCTGAGTTCAAACCCAGCAACCACATGGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTCTCTTCCAAAAGTCCTGAGTTCAAACCCAGCAACCACATGGTGG  744

seq1  CTCACAACCATCCATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAACCATCCATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGAC  794

seq1  AGCTACAGTGTACTTACACATAATAAATAAATCTTTGGGCAGAGTGAGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACAGTGTACTTACACATAATAAATAAATCTTTGGGCAGAGTGAGTG  844

seq1  GGGCTGGAACGAGAGGGACCAGAGAGAGAAGAAAAAGTATCTAAAGACAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGAACGAGAGGGACCAGAGAGAGAAGAAAAAGTATCTAAAGACAA  894

seq1  CTACAGTGTACTTACATATAATAAATATATAAATCTTAAAAAAATACAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGTGTACTTACATATAATAAATATATAAATCTTAAAAAAATACAGG  944

seq1  TAAATAAATTTTAAAAAACTTAAATAAGAAAAAATACCTTAAAAATCTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATTTTAAAAAACTTAAATAAGAAAAAATACCTTAAAAATCTCA  994

seq1  AAAAGTTATAGAGCAAATTAGCACTGGTTTGCTCAGAGTGGTGGAAAAGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTATAGAGCAAATTAGCACTGGTTTGCTCAGAGTGGTGGAAAAGC  1044

seq1  CATGAGCATATGCCTTACCAGAATTC  1076
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGCATATGCCTTACCAGAATTC  1070

seq1: chr19_29598025_29599061
seq2: B6Ng01-019H16.g_67_1097

seq1  GAATTCTTTGCTTTCAGCCTGGCTTTTTTTTTTTTTTCCTCCCGTGCCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGCTTTCAGCCTGGCTTTTTTTTTTTTTTCCTCCCGTGCCTT  50

seq1  GAGTTCCGAGTAGATAAGAGAATTAACTTGAAAAAGTAAGGGGTGAATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCGAGTAGATAAGAGAATTAACTTGAAAAAGTAAGGGGTGAATGG  100

seq1  GCTAGCCCCCGTCCGGTTTTTGTTGCTCCTGGACATCTGTAAAAATTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCCCCCGTCCGGTTTTTGTTGCTCCTGGACATCTGTAAAAATTACA  150

seq1  GAATTCTGAGTTTTAAGATCCCCCCCCACACACTGCATTCAGAGAGACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGTTTTAAGATCCCCCCCCACACACTGCATTCAGAGAGACAG  200

seq1  TACTAATTGATGTCAGAGTGGTGGTGGTCTTGAAAAGAGACTAGAGGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAATTGATGTCAGAGTGGTGGTGGTCTTGAAAAGAGACTAGAGGTTG  250

seq1  GTTGACCTTGCCCTTGCTAGATATGTGAAACACTGGTTTTGGTTTGGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACCTTGCCCTTGCTAGATATGTGAAACACTGGTTTTGGTTTGGTTA  300

seq1  AACCCTTTAGATCTCTGCTTATTACCATGGTGTGCTGATAATGCCCTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTTAGATCTCTGCTTATTACCATGGTGTGCTGATAATGCCCTTGA  350

seq1  TTGTCCGCACACACAGCTGTGGTAAAACCGATGCTAGAATTTAAGCAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCGCACACACAGCTGTGGTAAAACCGATGCTAGAATTTAAGCAATT  400

seq1  TAATTGGTTTCTCTTTTACTATTACATAGTTAGGCTATTTGTCACTAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGGTTTCTCTTTTACTATTACATAGTTAGGCTATTTGTCACTAAGT  450

seq1  TTTGGCTGACCTAATTTTCAGAAAGGTATGAAAACCGCAGGTTACTAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTGACCTAATTTTCAGAAAGGTATGAAAACCGCAGGTTACTAAAC  500

seq1  AATTACAGCATCAGCAATGTGATACTCAGATCCGTGCTGAATTGAATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACAGCATCAGCAATGTGATACTCAGATCCGTGCTGAATTGAATTTT  550

seq1  TAAATATGTGCGTTGTAAATGTAAGTTGGTACCTAAGTGAGATCCGTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATGTGCGTTGTAAATGTAAGTTGGTACCTAAGTGAGATCCGTTTT  600

seq1  CAATTTATGAGCAGTTGAACAACTTTTATGTAGTGCAACTATTTAAAGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTATGAGCAGTTGAACAACTTTTATGTAGTGCAACTATTTAAAGTC  650

seq1  AATAGTTGTTTGGAAGAGCATAATTAGAAGTTGAATTTTACATTGTTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTGTTTGGAAGAGCATAATTAGAAGTTGAATTTTACATTGTTTCC  700

seq1  TAAATTTAGTAGTTTTGTTCGAATGTAACACTTTTAAAATCTAACGTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTAGTAGTTTTGTTCGAATGTAACACTTTTAAAATCTAACGTTTT  750

seq1  AATCATTTTAACCCCTAAGGATACAAATCTGATTTATGTAAGTTTAGCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATTTTAACCCCTAAGGATACAAATCTGATTTATGTAAGTTTAGCAT  800

seq1  GGTAGGCCAGAAGCTTGTAGGCTACCTTCTCCACACACACCCCACCCCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGCCAGAAGCTTGTAGGCTACCTTCTCCACACACACCCCACCCCCA  850

seq1  CCCCCACATTAAAATGAGTCTCAGTTGTCTTGTGGACATTGTGACATGGA  900
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACATTAAAATGAGTCTCAG-TGTCTTGTGGACATTGTGACATGGA  899

seq1  TAAAATCTGTTTGGCTTGGGAGTTAGATGTAGTGTTATGGAACTTATGCA  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAAAATCTGTTTGGCTTGGGAG-TAGATGTAGTGTTATGGAAC-TATGCA  947

seq1  TCCTCTGTTCATTCCCTTCAAACTCCCACTCTACACACCTGAGTCTCACA  1000
      | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  T-CTCTGTTCATTCCCTTCAACCTCCCACTCTACACACCTGAGTCTCAC-  995

seq1  AAAGTACCTTGGTTACTACTGATCTCTAGTGTGTGAA  1037
      |||||||||||| ||||||||||  || |||||||||
seq2  AAAGTACCTTGG-TACTACTGATTCCTTGTGTGTGAA  1031