BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-020H24
Chromosome19 (Build37)
Map Location 10,084,344 - 10,273,067
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRab3il1, Fads3, Fads2, LOC100040227, Fads1
Upstream geneAhnak, Scgb1a1, Asrgl1, EG621699, LOC100040104, LOC623810, Pcna-ps2, LOC100040130, LOC100040137, LOC100040143, LOC100040152, Stxbp3b, LOC623688, LOC100040178, LOC100040192, 6720475J19Rik, LOC100040203, Incenp, LOC100040215, Fth1, Best1
Downstream geneFen1, 1810006K21Rik, Gm98, Dagla, Syt7, Gm705, 4930579J09Rik, 0610038F07Rik, 5730453I16Rik, 2810441K11Rik, Tmem138, Cybasc3, Dak, Ddb1, Vwce, Pga5, 2210404E10Rik, Vps37c, Cd5, Cd6, Slc15a3, Tmem132a, Tmem109, Prpf19, Zp1, Gpr44, Ccdc86, Ms4a10, E530011F12Rik, 5033428B15Rik, AW112010, Ms4a8a, Gm336, LOC624395, 1700025F22Rik, Ms4a13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-020H24.bB6Ng01-020H24.g
ACCDH853279DH853280
length1,031742
definitionDH853279|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020H24, 5' end.DH853280|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020H24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,272,033 - 10,273,067)(10,084,344 - 10,085,068)
sequence
gaattcagtagtttagtccacaagggatgtctcaactgatcttcaatcta
catgaagaagtaggttctaataccagagaagggatgtctcagcaagagga
tgcctgggcaagaagcaaaagtctccatgtccttttgtgtgggctgccac
tagaaggggtagcccagagttagggtgagttttctacctccacacagact
gggccagctgctcgggttctggttgcttccagacatggtcaagttgataa
gccattataactagtaaagcttagtgggggagccagcctgtgagctctga
tctcacaattgtgctattaacagcacataattaacttgaaaaggccttga
caacagcttgagtagaagactaatagcatgggccttcaagtcctttaaat
tccactatacggtgggggcaggtgagcgtgtggaggtcaaagggcagctt
tcagggatcttttacctgccatgcctttgcacaatgatttttaatttcct
tcctggtcatctgtcctcgcacccccagctgctgtgcctccaacacacac
atacatacactcagggtctcactatgtatccctggccggtctggaactca
gaccagaaattccgccttgaattcatactgtttcccaaagaagtcttggg
tgaatgtagacactgttttatcctgagagcagagcacttattttgttctc
tgctctcgcagttgatgagtggaactgactttaccagattaaatttgagt
tgtcccccccccccccccaccattccataatttgattctaaatgtgcagt
ggcaatgagctgagtgccaaggctgcactgcctgagcgcagtggccttta
ggggcttgtatcccgtggtcggcaagcatttagaggtctggcttgctttt
aaatttggacttcgtagccctttctattgtgctgatttgtgcttggccct
gtgaatgttctgctgtttcactcagctgaagttcatagttaagagcgtgc
agtaaaaggcatggctcttgcatctgatcga
gaattcttgatatgttaaagatgtggcccctttgccattggctgagcatg
ctcttctagattatttgccttataatttttgccatgggtgatgagggtaa
gggagagggcttggaaaagttttcagtgtttacataaacagattggttga
ttatcttccgtttctatcctggccagtgcttcaagactggccaagtcatc
ctccctggagatttgatgagtattttcagctgccagccctactccgctca
ccttgctaatagaatgaatgaatgagtggataaatggatggatgaaggaa
tgaaacaaatgttaacaatgctcctagagcatttagaatgaactccacat
tgtctagcttggtctctgagactccaagccttgagctctcttcccagccc
tttctgccttttctggatgatgccctattcatccccaagctcccaggagg
ttgaaggatctgcctctctctggacgtgtctgctttggccactcccaagc
ctgctgctcccgctccctaaaatgccccacttctactttaactattgcaa
atttctcaagttccactgattccaaaagccctcgtttttcagtgcttggg
agccagagtcaggagtgttgccctgaggtccaggccagccaggtttcata
gtgagaccctgttacagaaaaacaataattttgggtggatgagatggctt
ggttgtgtttattggtgcttgctgataatcttgactacttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_10272033_10273067
seq2: B6Ng01-020H24.b_45_1075 (reverse)

seq1  TCGATCAGACTGC-AGAGCCATGCCTCTTAACTGCAACGCCTCTTAACTA  49
      ||||||||| ||| |||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||
seq2  TCGATCAGA-TGCAAGAGCCATGCCT-TTTACTGC-ACG-CTCTTAACTA  46

seq1  TTGAACTTCAGCTGAGTGAAACAGCAGAACATTCACAGGGCCAAGCACAA  99
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TGAACTTCAGCTGAGTGAAACAGCAGAACATTCACAGGGCCAAGCACAA  95

seq1  ATCAGCACAATTAGAAAGGGCTACGAAGTTCAAATTTAAAAGCAAGCCAG  149
      |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCACAA-TAGAAAGGGCTACGAAGTCCAAATTTAAAAGCAAGCCAG  144

seq1  ACCTCTAAATGCTTGCCGACCACGGGATACAAGCCCCTAAAGGCCACTGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTAAATGCTTGCCGACCACGGGATACAAGCCCCTAAAGGCCACTGC  194

seq1  GCTCAGGCAGTGCAGCCTTGGCACTCAGCTCATTGCCACTGCACATTTAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGCAGTGCAGCCTTGGCACTCAGCTCATTGCCACTGCACATTTAG  244

seq1  AATCAAATTATGGAATGGT-GGGGGGGGGGGGGGACAACTCAAATTTAAT  298
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAATTATGGAATGGTGGGGGGGGGGGGGGGACAACTCAAATTTAAT  294

seq1  CTGGTAAAGTCAGTTCCACTCATCAACTGCGAGAGCAGAGAACAAAATAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAAAGTCAGTTCCACTCATCAACTGCGAGAGCAGAGAACAAAATAA  344

seq1  GTGCTCTGCTCTCAGGATAAAACAGTGTCTACATTCACCCAAGACTTCTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCTGCTCTCAGGATAAAACAGTGTCTACATTCACCCAAGACTTCTT  394

seq1  TGGGAAACAGTATGAATTCAAGGCGGAATTTCTGGTCTGAGTTCCAGACC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAACAGTATGAATTCAAGGCGGAATTTCTGGTCTGAGTTCCAGACC  444

seq1  GGCCAGGGATACATAGTGAGACCCTGAGTGTATGTATGTGTGTGTTGGAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGGGATACATAGTGAGACCCTGAGTGTATGTATGTGTGTGTTGGAG  494

seq1  GCACAGCAGCTGGGGGTGCGAGGACAGATGACCAGGAAGGAAATTAAAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGCAGCTGGGGGTGCGAGGACAGATGACCAGGAAGGAAATTAAAAA  544

seq1  TCATTGTGCAAAGGCATGGCAGGTAAAAGATCCCTGAAAGCTGCCCTTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTGCAAAGGCATGGCAGGTAAAAGATCCCTGAAAGCTGCCCTTTG  594

seq1  ACCTCCACACGCTCACCTGCCCCCACCGTATAGTGGAATTTAAAGGACTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCACACGCTCACCTGCCCCCACCGTATAGTGGAATTTAAAGGACTT  644

seq1  GAAGGCCCATGCTATTAGTCTTCTACTCAAGCTGTTGTCAAGGCCTTTTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCCCATGCTATTAGTCTTCTACTCAAGCTGTTGTCAAGGCCTTTTC  694

seq1  AAGTTAATTATGTGCTGTTAATAGCACAATTGTGAGATCAGAGCTCACAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAATTATGTGCTGTTAATAGCACAATTGTGAGATCAGAGCTCACAG  744

seq1  GCTGGCTCCCCCACTAAGCTTTACTAGTTATAATGGCTTATCAACTTGAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTCCCCCACTAAGCTTTACTAGTTATAATGGCTTATCAACTTGAC  794

seq1  CATGTCTGGAAGCAACCAGAACCCGAGCAGCTGGCCCAGTCTGTGTGGAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTGGAAGCAACCAGAACCCGAGCAGCTGGCCCAGTCTGTGTGGAG  844

seq1  GTAGAAAACTCACCCTAACTCTGGGCTACCCCTTCTAGTGGCAGCCCACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAAACTCACCCTAACTCTGGGCTACCCCTTCTAGTGGCAGCCCACA  894

seq1  CAAAAGGACATGGAGACTTTTGCTTCTTGCCCAGGCATCCTCTTGCTGAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGACATGGAGACTTTTGCTTCTTGCCCAGGCATCCTCTTGCTGAG  944

seq1  ACATCCCTTCTCTGGTATTAGAACCTACTTCTTCATGTAGATTGAAGATC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCCTTCTCTGGTATTAGAACCTACTTCTTCATGTAGATTGAAGATC  994

seq1  AGTTGAGACATCCCTTGTGGACTAAACTACTGAATTC  1035
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGACATCCCTTGTGGACTAAACTACTGAATTC  1031

seq1: chr19_10084344_10085068
seq2: B6Ng01-020H24.g_70_797

seq1  GAATTCTTGATATGTTAAAGATGTGGCCCCTTTGCCATTGGCTGAGCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGATATGTTAAAGATGTGGCCCCTTTGCCATTGGCTGAGCATG  50

seq1  CTCTTCTAGATTATTTGCCTTATAATTTTTGCCATGGGTGATGAGGGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTAGATTATTTGCCTTATAATTTTTGCCATGGGTGATGAGGGTAA  100

seq1  GGGAGAGGGCTTGGAAAAGTTTTCAGTGTTTACATAAACAGATTGGTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGGGCTTGGAAAAGTTTTCAGTGTTTACATAAACAGATTGGTTGA  150

seq1  TTATCTTCCGTTTCTATCCTGGCCAGTGCTTCAAGACTGGCCAAGTCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTCCGTTTCTATCCTGGCCAGTGCTTCAAGACTGGCCAAGTCATC  200

seq1  CTCCCTGGAGATTTGATGAGTATTTTCAGCTGCCAGCCCTACTCCGCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGGAGATTTGATGAGTATTTTCAGCTGCCAGCCCTACTCCGCTCA  250

seq1  CCTTGCTAATAGAATGAATGAATGAGTGGATAAATGGATGGATGAAGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTAATAGAATGAATGAATGAGTGGATAAATGGATGGATGAAGGAA  300

seq1  TGAAACAAATGTTAACAATGCTCCTAGAGCATTTAGAATGAACTCCACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACAAATGTTAACAATGCTCCTAGAGCATTTAGAATGAACTCCACAT  350

seq1  TGTCTAGCTTGGTCTCTGAGACTCCAAGCCTTGAGCTCTCTTCCCAGCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGCTTGGTCTCTGAGACTCCAAGCCTTGAGCTCTCTTCCCAGCCC  400

seq1  TTTCTGCCTTTTCTGGATGATGCCCTATTCATCCCCAAGCTCCCAGGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCCTTTTCTGGATGATGCCCTATTCATCCCCAAGCTCCCAGGAGG  450

seq1  TTGAAGGATCTGCCTCTCTCTGGACGTGTCTGCTTTGGCCACTCCCAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGGATCTGCCTCTCTCTGGACGTGTCTGCTTTGGCCACTCCCAAGC  500

seq1  CTGCTGCTCCCGCTCCCTAAAATGCCCCACTTCTACTTTAACTATTGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCTCCCGCTCCCTAAAATGCCCCACTTCTACTTTAACTATTGCAA  550

seq1  ATTTCTCAAGTTCCACTGATTCCAAAAGCCCTCG-TTTTCAGTGCTTGGG  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATTTCTCAAGTTCCACTGATTCCAAAAGCCCTCGTTTTTCAGTGCTTGGG  600

seq1  AGCCAGAGTCAGGAGTGTTGCCCTGAGGTCCAGGCCAGCCAGGTTTCATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAGTCAGGAGTGTTGCCCTGAGGTCCAGGCCAGCCAGGTTTCATA  650

seq1  GTGAGACCCTGTTACAGAAAAACAAGAAATTTGGGTGGATGAGATGGCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACCCTGTTACAGAAAAACAATAATTTTGGGTGGATGAGATGGCTT  700

seq1  GGT--GGGTTAAGGGTGCTTGCTGATAA  725
      |||   | |||  |||||||||||||||
seq2  GGTTGTGTTTATTGGTGCTTGCTGATAA  728