BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028H21
Chromosome19 (Build37)
Map Location 30,875,648 - 31,016,099
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrkg1, LOC625995
Upstream geneRanbp6, Il33, Trpd52l3, Uhrf2, Gldc, EG625917, Mbl2, LOC100042088, LOC668020, EG546723, Dkk1
Downstream geneCstf2t, 8430431K14Rik, 1810073H04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028H21.bB6Ng01-028H21.g
ACCDH858954DH858955
length1,1391,058
definitionDH858954|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028H21, 5' end.DH858955|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028H21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,875,648 - 30,876,797)(31,015,032 - 31,016,099)
sequence
gaattctatcttctttcttattcttttcagtggtttaaacattattctcc
tcagtcaaaacaatcttctaaagagctactccttgtctgtcatgaaacaa
gttaactatgtatgttgctagactttgctccaaaccaatagcacaccgtg
acacaagatcagtttataatttccaagatagggagcatatgcctcccttc
cttaaacccctgcttcactaacactgaaagacgggctccctctttgcaca
cccagagtctagccagctatgaatctacagatgatcctgtcaaacaatct
gtgtattatgcatgatctgaggtgtgcagcattgctagtgtttgttagtc
agtcaaaaactatttatgatgcatactactaagcacttgggaattaatgc
tgaagagactcagttcttgttttaaagagaaattaaattcagtggagaca
tatgaacaatgtcaataagttaaaatcaaaaagactttttgagctcttac
catacactaagcagtataatttttgtatgtatgatctcatttgacatcac
aataattttgaagggcatattttattattaaaccaatttacaacgaagta
aaaccacaacccagaaactgaaacaatgaaggtcaaacaacacacagata
aaactggatatattatatttcagctggtaaatgcagcatattaaattaac
acacgcacacataccaataacaaaaacaaagtaccttctgatttatattc
catctccacttggcttttgtggaaactgtaaattgccaagcctctgaagt
acaagtaacatgtctatgaaagataacttccccttgaggttacttgattc
cccagaaccaaaaatgtcagtcataagcaagaagatgcccactcacaagg
tactacattgaacaatctaaggaagataaacgcattacgtaaatcacact
gttgttaggaaaggcagctccctctaattatttacctaaatcaaatgttt
ctgtgggagtaagatattatatactgtaaatcatggaagaattacaagca
tatataaaggtgtgaagatgtgccaatgagatgaccctcacattcctctc
aggtgcaattagactgttactactcgtctctacctcttc
gaattctgttaaaagatgaccttacactctggtaagcgggtagaattttt
gtagtcttttcagatacagcatttcccaggaactttgaaagtagaccatt
tgggtctgctaacgctctgatgtctgctcgggatgtctacttctccagca
gtaacatgtttctgatataacacgtctctgaatcgttccatattttatag
gagcaaagtgaagacactggggtgaaatgtttgtgtattcacatctgctt
aggaaaaacctgtcctgacatcatcttgatatacctttgccatggatctt
ggatattgttttagtattcattcacaaacaggaaacactttcctgtcacc
tcattctttgtagagatcatgaagctgttcatcaagtaaggcatgtcact
gagcaactccctctgtcaccagaattatgggatacaaatgaaagtttaat
tttgttatggggaggcatttacattgaatatcagatatattggtaaatca
taggtaggttattattctcagaaaaacccataaatagcttcagaagtttc
catatatcaggaacacttgtatttcttcaaattgtagtcattaactatcc
ttatggtaaaaacagaacccatcttgaaaatgctgctgtgttacatcttc
agcaaaacaaactcgtggtgaaattagtttgagagcacgagtgctcgact
atgtcttaacatcccacagcctcttttacattcaccatcaataattcact
actaataccaataaaattgttctatcttacaataaagatttttttaaatg
tctgttcctgtgaagcaaaagtgttattttcaatttgatgagtaggtcaa
acgtaaaaacttaaaaacctgttgagtgtctaattggatctccagctatg
ttttctcattccaatctttcccttaatggctttgccttttatcagaggga
aaactctactggctgaaatttggttagcatattagtgaggcatctctcag
ctaggctatgcatacatttagatggcaccaagacagctaagggttaaagg
actagatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_30875648_30876797
seq2: B6Ng01-028H21.b_46_1184

seq1  GAATTCTATCTTCTTTCTTATTCTTTTCAGTGGTTTAAACATTATTCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATCTTCTTTCTTATTCTTTTCAGTGGTTTAAACATTATTCTCC  50

seq1  TCAGTCAAAACAATCTTCTAAAGAGCTACTCCTTGTCTGTCATGAAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCAAAACAATCTTCTAAAGAGCTACTCCTTGTCTGTCATGAAACAA  100

seq1  GTTAACTATGTATGTTGCTAGACTTTGCTCCAAACCAATAGCACACCGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACTATGTATGTTGCTAGACTTTGCTCCAAACCAATAGCACACCGTG  150

seq1  ACACAAGATCAGTTTATAATTTCCAAGATAGGGAGCATATGCCTCCCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAGATCAGTTTATAATTTCCAAGATAGGGAGCATATGCCTCCCTTC  200

seq1  CTTAAACCCCTGCTTCACTAACACTGAAAGACGGGCTCCCTCTTTGCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAACCCCTGCTTCACTAACACTGAAAGACGGGCTCCCTCTTTGCACA  250

seq1  CCCAGAGTCTAGCCAGCTATGAATCTACAGATGATCCTGTCAAACAATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGTCTAGCCAGCTATGAATCTACAGATGATCCTGTCAAACAATCT  300

seq1  GTGTATTATGCATGATCTGAGGTGTGCAGCATTGCTAGTGTTTGTTAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATTATGCATGATCTGAGGTGTGCAGCATTGCTAGTGTTTGTTAGTC  350

seq1  AGTCAAAAACTATTTATGATGCATACTACTAAGCACTTGGGAATTAATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAAAACTATTTATGATGCATACTACTAAGCACTTGGGAATTAATGC  400

seq1  TGAAGAGACTCAGTTCTTGTTTTAAAGAGAAATTAAATTCAGTGGAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGACTCAGTTCTTGTTTTAAAGAGAAATTAAATTCAGTGGAGACA  450

seq1  TATGAACAATGTCAATAAGTTAAAATCAAAAAGACTTTTTGAGCTCTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACAATGTCAATAAGTTAAAATCAAAAAGACTTTTTGAGCTCTTAC  500

seq1  CATACACTAAGCAGTATAATTTTTGTATGTATGATCTCATTTGACATCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACTAAGCAGTATAATTTTTGTATGTATGATCTCATTTGACATCAC  550

seq1  AATAATTTTGAAGGGCATATTTTATTATTAAACCAATTTACAACGAAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTTTGAAGGGCATATTTTATTATTAAACCAATTTACAACGAAGTA  600

seq1  AAACCACAACCCAGAAACTGAAACAATGAAGGTCAAACAACACACAGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACAACCCAGAAACTGAAACAATGAAGGTCAAACAACACACAGATA  650

seq1  AAACTGGATATATTATATTTCAGCTGGTAAATGCAGCATATTAAATTAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGATATATTATATTTCAGCTGGTAAATGCAGCATATTAAATTAAC  700

seq1  ACACGCACACATACCAATAACAAAAACAAAGTACCTTCTGATTTATATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGCACACATACCAATAACAAAAACAAAGTACCTTCTGATTTATATTC  750

seq1  CATCTCCACTTGGCTTTTGTGGAAACTGTAAATTGCCAAGCCTCTGAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCACTTGGCTTTTGTGGAAACTGTAAATTGCCAAGCCTCTGAAGT  800

seq1  ACAAGTAACATGTCTATGAAAGATAACTTCCCCTTGAGGTTACTTGATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTAACATGTCTATGAAAGATAACTTCCCCTTGAGGTTACTTGATTC  850

seq1  CCCAGAACCAAAAATGTCAGTCATAAGCAAGAAGATGCCCACTCACAAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAACCAAAAATGTCAGTCATAAGCAAGAAGATGCCCACTCACAAGG  900

seq1  TACTACATTGAACAATCTAAGGAAGATAAACGCATTAGGTAAATCACACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TACTACATTGAACAATCTAAGGAAGATAAACGCATTACGTAAATCACACT  950

seq1  GTTGTTAGGAAAGGCAGCTCCCTCTAATTATTTACCTAAATCAAATGTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTAGGAAAGGCAGCTCCCTCTAATTATTTACCTAAATCAAATGTTT  1000

seq1  CTGT-GGAGTAAGATATTATATAACTTGTAAATCATTGAAAGAATTTACA  1049
      |||| ||||||||||||||||||   ||||||||| || ||||| |||| 
seq2  CTGTGGGAGTAAGATATTATATA--CTGTAAATCA-TGGAAGAA-TTAC-  1045

seq1  AAGCATATATAAA-GTGTGAAAGATGTGCCAATGAAGATGACCCTCACAT  1098
      ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAGCATATATAAAGGTGTG-AAGATGTGCCAATG-AGATGACCCTCACAT  1093

seq1  TCCTCTCAGGTTGCCAAATTTTAGACTGTTACTACTCTGTCCTCTA-CTC  1147
      |||||||||||   |||   ||||||||||||||||| || ||||| |||
seq2  TCCTCTCAGGT--GCAA---TTAGACTGTTACTACTC-GT-CTCTACCTC  1136

seq1  TTC  1150
      |||
seq2  TTC  1139

seq1: chr19_31015032_31016099
seq2: B6Ng01-028H21.g_63_1120 (reverse)

seq1  CATCTAGTCCTTTTACACCCTTTAGCTGTCTTTGGTGCCATTCTAAATGT  50
      |||||||||||||   | || ||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  CATCTAGTCCTTT---AACCCTTAGCTGTC-TTGGTGCCA-TCTAAATGT  45

seq1  ATGCATAGGCCTAGCTGAGAAGATGCCTCACTAATATGCTAACCAAAATT  100
      ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  ATGCATA-GCCTAGCTGAG-AGATGCCTCACTAATATGCTAACCAAA--T  91

seq1  TTCAGCCAGTTAGAGTTTTCCCTCTGATAAAAGGCAAAGCCATTAAGGGA  150
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCCAG-TAGAGTTTTCCCTCTGATAAAAGGCAAAGCCATTAAGGGA  140

seq1  AAGATTGGAATGAGAAAACATAGCTGGAGATCCAATTAGACACTCAACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGGAATGAGAAAACATAGCTGGAGATCCAATTAGACACTCAACAG  190

seq1  GTTTTTAAGTTTTTACGTTTGACCTACTCATCAAATTGAAAATAACACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTAAGTTTTTACGTTTGACCTACTCATCAAATTGAAAATAACACTT  240

seq1  TTGCTTCACAGGAACAGACATTTAAAAAAATCTTTATTGTAAGATAGAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCACAGGAACAGACATTTAAAAAAATCTTTATTGTAAGATAGAAC  290

seq1  AATTTTATTGGTATTAGTAGTGAATTATTGATGGTGAATGTAAAAGAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTATTGGTATTAGTAGTGAATTATTGATGGTGAATGTAAAAGAGGC  340

seq1  TGTGGGATGTTAAGACATAGTCGAGCACTCGTGCTCTCAAACTAATTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGATGTTAAGACATAGTCGAGCACTCGTGCTCTCAAACTAATTTCA  390

seq1  CCACGAGTTTGTTTTGCTGAAGATGTAACACAGCAGCATTTTCAAGATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGAGTTTGTTTTGCTGAAGATGTAACACAGCAGCATTTTCAAGATGG  440

seq1  GTTCTGTTTTTACCATAAGGATAGTTAATGACTACAATTTGAAGAAATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGTTTTTACCATAAGGATAGTTAATGACTACAATTTGAAGAAATAC  490

seq1  AAGTGTTCCTGATATATGGAAACTTCTGAAGCTATTTATGGGTTTTTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTCCTGATATATGGAAACTTCTGAAGCTATTTATGGGTTTTTCTG  540

seq1  AGAATAATAACCTACCTATGATTTACCAATATATCTGATATTCAATGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAATAACCTACCTATGATTTACCAATATATCTGATATTCAATGTAA  590

seq1  ATGCCTCCCCATAACAAAATTAAACTTTCATTTGTATCCCATAATTCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCCCCATAACAAAATTAAACTTTCATTTGTATCCCATAATTCTGG  640

seq1  TGACAGAGGGAGTTGCTCAGTGACATGCCTTACTTGATGAACAGCTTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGAGGGAGTTGCTCAGTGACATGCCTTACTTGATGAACAGCTTCAT  690

seq1  GATCTCTACAAAGAATGAGGTGACAGGAAAGTGTTTCCTGTTTGTGAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCTACAAAGAATGAGGTGACAGGAAAGTGTTTCCTGTTTGTGAATG  740

seq1  AATACTAAAACAATATCCAAGATCCATGGCAAAGGTATATCAAGATGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTAAAACAATATCCAAGATCCATGGCAAAGGTATATCAAGATGATG  790

seq1  TCAGGACAGGTTTTTCCTAAGCAGATGTGAATACACAAACATTTCACCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGACAGGTTTTTCCTAAGCAGATGTGAATACACAAACATTTCACCCC  840

seq1  AGTGTCTTCACTTTGCTCCTATAAAATATGGAACGATTCAGAGACGTGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTTCACTTTGCTCCTATAAAATATGGAACGATTCAGAGACGTGTT  890

seq1  ATATCAGAAACATGTTACTGCTGGAGAAGTAGACATCCCGAGCAGACATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGAAACATGTTACTGCTGGAGAAGTAGACATCCCGAGCAGACATC  940

seq1  AGAGCGTTAGCAGACCCAAATGGTCTACTTTCAAAGTTCCTGGGAAATGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGTTAGCAGACCCAAATGGTCTACTTTCAAAGTTCCTGGGAAATGC  990

seq1  TGTATCTGAAAAGACTACAAAAATTCTACCCGCTTACCAGAGTGTAAGGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTGAAAAGACTACAAAAATTCTACCCGCTTACCAGAGTGTAAGGT  1040

seq1  CATCTTTTAACAGAATTC  1068
      ||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTTAACAGAATTC  1058