BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-033A24
Chromosome19 (Build37)
Map Location 49,344,363 - 49,495,176
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSorcs3, LOC100042896
Downstream geneLOC629448, Siah1-ps1, EG433251, Sorcs1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-033A24.bB6Ng01-033A24.g
ACCDH862220DH862221
length9981,089
definitionDH862220|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033A24, 5' end.DH862221|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033A24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,344,363 - 49,345,369)(49,494,060 - 49,495,176)
sequence
gaattcttttcagggtgtttccctattatagccatttggggatgtgagaa
attacattcaacagcctggaaaactacccccaaagcttccattagcatct
gtgtctcatctccttgtgctggtgagtatctcgattcgcatctccaatcg
ctctgccccacttttaatgctggctaataaaacccaagtactcattagaa
aataaaaatatttgcctggcataccaccataaacaaagctattggaatgg
tacatcatttttataactatatgcacatgaatgtaatgagataacaaatg
tacttcatcccccaaataaagatgcaccagttgtgatcagaggaagtgtg
gggagcaagctctggtaggacatcttcatcagcacagtgctgtgggtgtg
ctctggtgacacagttggctgtttttaatctgtctttgctatatattgcc
tgtgcctagttttagataatttgttatgaactatgtgtgaccattaacat
cagttgtcaagttgatagcctctaaaatcacctagcagacttatctccgg
gcaagcctgtgaggaaattttagatagggttagccaagatggggacccct
acccagaatgtggatgtcatgtgtcagctgagatcactggctgtatacaa
agaaagcctggagagagaaaaacatttcatcccatgctagctctccgatt
cctgactgtggatgcaatgtgagctgctccatgctcctgccatgctttcc
tggcaatgatggactgtatccttcaatcaaaacctggaacaaaccgttct
tctcaagttgctttgacttctaccaactgtcacaaatatacacttgtcac
tgtgttcagcaccccaaggtaggtctaggaggtagttggtttccacaaga
gaagcttggagagggaaggatccttaattgttttcctgtggatggagtct
gctttctcttgatttgaaactttagtaacttgaatgaaaaaactcaat
gaattccagcaggatcatacagacccagaaggtctttggatgcgatccag
agtagccatgcaattggattaaaatccctctatatatgggatagtgcttc
actgtgcatgcttactgagaaaggtcatttacattaactttgcatgtaga
agtttcacctaaaggttagtcattcatgattatttgtaaccattagttaa
taaatagacaagcttgaagtcatgagtttaagttgactcagaaggtctat
ttcatatttgttataaagcacagatttcacttgaagaataatttactgaa
tagatttgttcattctttttgctaaactttatcagtgtcatgcaaaggct
atgccttcatccccttctttccttttaacgtactctgatattttcaacgg
actgcaatgactttaaatatttttcccaaattagtggcttaacaatcatc
tgcattctagtcaaacccctatagatatccaggcccatagactctgggtg
tatattttcttaataactctgtggcatgaggagaataatttaagtatgtt
tcaggatatgccttgaccatctcttggaagcaagagtttaatgtatgagt
gacatgcaatagatggggcacattaagcaatataatgccttcactttatg
gtaaccttcattctacacttgctcaaccctcagcacatatgcacaacagc
ttaatatataaacatctgaatgttgctgataattgagtctcttgttacta
tcatttagattatacttgttttatattttaacatggactctagatttctc
taaaagataataccttaaatgggttttcacaattttatttagtaaacata
taggaagaacttcttagacctggggctaaaacttttgtaaagcattgctt
tgcatagtgaggacttaaacactattcaccagactcatgtaaaagtagtg
tatgccagcattgacaagcagaacacaggcagcgctggctagcctagtca
ctcagtgagttggagactgaagagcctgttgaaagtaagtgaagctcctt
aatgaatgcaaatcttgtcctgacttctcactgcaccaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_49344363_49345369
seq2: B6Ng01-033A24.b_44_1041

seq1  GAATTCTTTTCAGGGTGTTTCCCTATTATAGCCATTTGGGGATGTGAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCAGGGTGTTTCCCTATTATAGCCATTTGGGGATGTGAGAA  50

seq1  ATTACATTCAACAGCCTGGAAAACTACCCCCAAAGCTTCCATTAGCATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATTCAACAGCCTGGAAAACTACCCCCAAAGCTTCCATTAGCATCT  100

seq1  GTGTCTCATCTCCTTGTGCTGGTGAGTATCTCGATTCGCATCTCCAATCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCATCTCCTTGTGCTGGTGAGTATCTCGATTCGCATCTCCAATCG  150

seq1  CTCTGCCCCACTTTTAATGCTGGCTAATAAAACCCAAGTACTCATTAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCCCACTTTTAATGCTGGCTAATAAAACCCAAGTACTCATTAGAA  200

seq1  AATAAAAATATTTGCCTGGCATACCACCATAAACAAAGCTATTGGAATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAATATTTGCCTGGCATACCACCATAAACAAAGCTATTGGAATGG  250

seq1  TACATCATTTTTATAACTATATGCACATGAATGTAATGAGATAACAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCATTTTTATAACTATATGCACATGAATGTAATGAGATAACAAATG  300

seq1  TACTTCATCCCCCAAATAAAGATGCACCAGTTGTGATCAGAGGAAGTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCATCCCCCAAATAAAGATGCACCAGTTGTGATCAGAGGAAGTGTG  350

seq1  GGGAGCAAGCTCTGGTAGGACATCTTCATCAGCACAGTGCTGTGGGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCAAGCTCTGGTAGGACATCTTCATCAGCACAGTGCTGTGGGTGTG  400

seq1  CTCTGGTGACACAGTTGGCTGTTTTTAATCTGTCTTTGCTATATATTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTGACACAGTTGGCTGTTTTTAATCTGTCTTTGCTATATATTGCC  450

seq1  TGTGCCTAGTTTTAGATAATTTGTTATGAACTATGTGTGACCATTAACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTAGTTTTAGATAATTTGTTATGAACTATGTGTGACCATTAACAT  500

seq1  CAGTTGTCAAGTTGATAGCCTCTAAAATCACCTAGCAGACTTATCTCCGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTCAAGTTGATAGCCTCTAAAATCACCTAGCAGACTTATCTCCGG  550

seq1  GCAAGCCTGTGAGGAAATTTTAGATAGGGTTAGCCAAGATGGGGACCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCCTGTGAGGAAATTTTAGATAGGGTTAGCCAAGATGGGGACCCCT  600

seq1  ACCCAGAATGTGGATGTCATGTGTCAGCTGAGATCACTGGCTGTATACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGAATGTGGATGTCATGTGTCAGCTGAGATCACTGGCTGTATACAA  650

seq1  AGAAAGCCTGGAGAGAGAAAAACATTTCATCCCATGCTAGCTCTCCGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCCTGGAGAGAGAAAAACATTTCATCCCATGCTAGCTCTCCGATT  700

seq1  CCTGACTGTGGATGCAATGTGAGCTGCTCCATGCTCCTGCCATGCTTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTGTGGATGCAATGTGAGCTGCTCCATGCTCCTGCCATGCTTTCC  750

seq1  TGGCAATGATGGACTGTATCCTTCAATCAAAACCTGGAACAAACCGTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAATGATGGACTGTATCCTTCAATCAAAACCTGGAACAAACCGTTCT  800

seq1  TCTCAAGTTGCTTTGACTTCTACCAACTGTCACAAATATACACTTGTCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGTTGCTTTGACTTCTACCAACTGTCACAAATATACACTTGTCAC  850

seq1  TGTGTTCAGCACCCCAAGGTAGGTCTAGGAGGTAGTTGGTTTCCAACAAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  TGTGTTCAGCACCCCAAGGTAGGTCTAGGAGGTAGTTGGTTTCCA--CAA  898

seq1  GAGAAGCTTGGGAGAGGGAAGGATCCTT-AGTGTTTTCCTAGTGTATGGA  949
      ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| ||| |||||
seq2  GAGAAGCTT-GGAGAGGGAAGGATCCTTAATTGTTTTCCT-GTGGATGGA  946

seq1  GTCTGCTTTCTCTTGATTCTGAAACTTGAGTAGACATTGAATAGAAAAAA  999
      |||||||||||||||||| |||||||| |||| || ||||||    ||||
seq2  GTCTGCTTTCTCTTGATT-TGAAACTTTAGTA-AC-TTGAAT---GAAAA  990

seq1  AACTCAAT  1007
      ||||||||
seq2  AACTCAAT  998

seq1: chr19_49494060_49495176
seq2: B6Ng01-033A24.g_65_1153 (reverse)

seq1  TTGGTGCATGTAGAAGTCACATGACAAGATTTGCTATCAACTCTAGGAGC  50
      ||||||||   ||||||  || ||||||||||||  |||  |  ||||||
seq2  TTGGTGCAGTGAGAAGT--CAGGACAAGATTTGCATTCA--TTAAGGAGC  46

seq1  TTTCCACTTTACTTTTCCAAACAGGGCCTCCTTCAGGTCTCCAACTCACT  100
      ||  ||| |||||||    ||||||  || ||||| ||||||||||||||
seq2  TT--CAC-TTACTTT---CAACAGG--CT-CTTCA-GTCTCCAACTCACT  86

seq1  GGGTTGACTAGGCTAGCCAG-GCCGCCTGCCCTGTGTCTGCTTGTCAATG  149
      | | |||||||||||||||| || |||||   ||| ||||||||||||| 
seq2  GAG-TGACTAGGCTAGCCAGCGCTGCCTG---TGT-TCTGCTTGTCAAT-  130

seq1  GCTGGCATACACCCTACCTTTTTACATGAGTTCTGGTGAATAGTGTTTAA  199
      |||||||||||  ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCATACA--CTAC--TTTTACATGAG-TCTGGTGAATAGTGTTTAA  175

seq1  GTCCTCACTATTGCAAAGCAATGCTTTACAAAAGTTTTTAGCCCCCAGGT  249
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  GTCCTCACTA-TGCAAAGCAATGCTTTACAAAAG-TTTTAG-CCCCAGGT  222

seq1  CTAAGAAGTTCTTCCTATATTGTTTACTAAATAAAATTGTGAAAACCCAT  299
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAAGTTCTTCCTATA-TGTTTACTAAATAAAATTGTGAAAACCCAT  271

seq1  TTAAGGTATTATCTTTTAGAGAAATCTAGAGTCCATGTTAAAATATAAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGTATTATCTTTTAGAGAAATCTAGAGTCCATGTTAAAATATAAAA  321

seq1  CAAGTATAATCTAAATGATAGTAACAAGAGACTCAATTATCAGCAACATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATAATCTAAATGATAGTAACAAGAGACTCAATTATCAGCAACATT  371

seq1  CAGATGTTTATATATTAAGCTGTTGTGCATATGTGCTGAGGGTTGAGCAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTTTATATATTAAGCTGTTGTGCATATGTGCTGAGGGTTGAGCAA  421

seq1  GTGTAGAATGAAGGTTACCATAAAGTGAAGGCATTATATTGCTTAATGTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGAATGAAGGTTACCATAAAGTGAAGGCATTATATTGCTTAATGTG  471

seq1  CCCCATCTATTGCATGTCACTCATACATTAAACTCTTGCTTCCAAGAGAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATCTATTGCATGTCACTCATACATTAAACTCTTGCTTCCAAGAGAT  521

seq1  GGTCAAGGCATATCCTGAAACATACTTAAATTATTCTCCTCATGCCACAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAGGCATATCCTGAAACATACTTAAATTATTCTCCTCATGCCACAG  571

seq1  AGTTATTAAGAAAATATACACCCAGAGTCTATGGGCCTGGATATCTATAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATTAAGAAAATATACACCCAGAGTCTATGGGCCTGGATATCTATAG  621

seq1  GGGTTTGACTAGAATGCAGATGATTGTTAAGCCACTAATTTGGGAAAAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTGACTAGAATGCAGATGATTGTTAAGCCACTAATTTGGGAAAAAT  671

seq1  ATTTAAAGTCATTGCAGTCCGTTGAAAATATCAGAGTACGTTAAAAGGAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAGTCATTGCAGTCCGTTGAAAATATCAGAGTACGTTAAAAGGAA  721

seq1  AGAAGGGGATGAAGGCATAGCCTTTGCATGACACTGATAAAGTTTAGCAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGGATGAAGGCATAGCCTTTGCATGACACTGATAAAGTTTAGCAA  771

seq1  AAAGAATGAACAAATCTATTCAGTAAATTATTCTTCAAGTGAAATCTGTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATGAACAAATCTATTCAGTAAATTATTCTTCAAGTGAAATCTGTG  821

seq1  CTTTATAACAAATATGAAATAGACCTTCTGAGTCAACTTAAACTCATGAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATAACAAATATGAAATAGACCTTCTGAGTCAACTTAAACTCATGAC  871

seq1  TTCAAGCTTGTCTATTTATTAACTAATGGTTACAAATAATCATGAATGAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCTTGTCTATTTATTAACTAATGGTTACAAATAATCATGAATGAC  921

seq1  TAACCTTTAGGTGAAACTTCTACATGCAAAGTTAATGTAAATGACCTTTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTTTAGGTGAAACTTCTACATGCAAAGTTAATGTAAATGACCTTTC  971

seq1  TCAGTAAGCATGCACAGTGAAGCACTATCCCATATATAGAGGGATTTTAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAAGCATGCACAGTGAAGCACTATCCCATATATAGAGGGATTTTAA  1021

seq1  TCCAATTGCATGGCTACTCTGGATCGCATCCAAAGACCTTCTGGGTCTGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATTGCATGGCTACTCTGGATCGCATCCAAAGACCTTCTGGGTCTGT  1071

seq1  ATGATCCTGCTGGAATTC  1117
      ||||||||||||||||||
seq2  ATGATCCTGCTGGAATTC  1089