BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-035F11
Chromosome19 (Build37)
Map Location 27,327,401 - 27,502,302
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042588, Kcnv2, D19Bwg1357e
Upstream gene1700048O14Rik, LOC100041846, LOC100041857, Smarca2, Gm815, LOC100042576, Vldlr
Downstream geneLOC667868, LOC100042612, Rfx3, LOC666997, LOC433235, Glis3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-035F11.bB6Ng01-035F11.g
ACCDH863833DH863834
length1,036734
definitionDH863833|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-035F11, 5' end.DH863834|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-035F11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,327,401 - 27,328,467)(27,501,569 - 27,502,302)
sequence
gaattcactgagacaatggcgtgatatagcagtggcatccaagagctcag
cacagtgtctggcatctggtgtgcatgggcacatgtactgactatgactg
tcggtgtgtgttgttatacagtccaggaactggtaagtgccctcaccagc
gagcatggcaggtagcttcactcagtgagtagcaagggcactcagctctg
aggatctcaattcatacaggtgaaaatccttaaaggactctatgatttaa
actctggagtcaaagctagtgtgtgtgtctgtctttgctcctgctaagac
atggaaacaagtattggaacctccagagtgtttaaatggctattgaaatt
tataatggcccttcaattcttactatatgcttaatagtgtgctaaataag
tgctcttctgtcttttattagagcttctcagaaaccctaataggcaagta
ttatcttgattttgcagatgtgaaagctaagaccatgaaccatgtgagat
tccaaaccaaataagcttgctgccatggtctagggtgagggtgctgtcct
gtgcaaatgttaagttggatatcacactgtatatttgctgagtctctttt
cctataggtttgcagagcatgtctgcagtttctcggttgttatagatttc
ctacctaaccgggatgatgatgcacagaactctaaagccagtagtgtggc
aacagaatagcacagtataactcagtttgagacatgacttcaagactcga
gacttggtagaatccttttacttggccatctgagtagaaataggagtagc
tttagaaaagcagattctctaaaggaatttggagatatgacatcactcct
gagcagagcatattagaagaagcaactgccatacatattttcagtttcag
cacaagtggagacacatcacagagacaggaaatatgctgtcatagatgat
gctactgtgactccaaactgatctcagtatctagatctgctggacatggg
ctgttccaactatgtgtacttggaaaaaagatgtct
gaattcctacaggtgactcttgaggtcatttagagatgggtgagcatgta
actttggggactgtagtcatgagcctggagatgcttgccttttgtccata
tgtgttctgcttcttgcagagcttgtaagttggtgggaggtgaaggtcac
tggacccaacaggtgacatgttagacaaatcctttgaaataaagtattac
atagctctgtgtaacttagaggccagccagatatttggttacctctaaaa
gagttggccagtaacctttcttttagctttcttgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgttttcatgttttcattaaattgtaatatgtgctgagtgtagcct
atttctggtccctgctttgtaaggtggatgccgagagatccacttactca
tcaccaaggcttcccaggttagaagctgcagacagtggtgtttactctta
cagtggtctgtattgagccagctagggtgtgcttgggctgggatcttttt
tgactttccttttaatgtcttagaggttaactatatacgtggtggacttg
agagcctccaggccgtgcctggttacttttatatggcatctgaactcaag
gactaaacgctgtagcaactacttaatgactcttatttggatgagcaagt
aagtgattctttgtgggttttggctttttttttcaaaagtactatgatgg
aagtcaagggaagaaaagtttacaggaaagagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_27327401_27328467
seq2: B6Ng01-035F11.b_49_1084

seq1  GAATTCACTGAGACAATGGCGTGATATAGCAGTGGCATCCAAGAGCTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGAGACAATGGCGTGATATAGCAGTGGCATCCAAGAGCTCAG  50

seq1  CACAGTGTCTGGCATCTGGTGTGCATGGGCACATGTACTGACTATGACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGTCTGGCATCTGGTGTGCATGGGCACATGTACTGACTATGACTG  100

seq1  TCGGTGTGTGTTGTTATACAGTCCAGGAACTGGTAAGTGCCCTCACCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTGTGTGTTGTTATACAGTCCAGGAACTGGTAAGTGCCCTCACCAGC  150

seq1  GAGCATGGCAGGTAGCTTCACTCAGTGAGTAGCAAGGGCACTCAGCTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGGCAGGTAGCTTCACTCAGTGAGTAGCAAGGGCACTCAGCTCTG  200

seq1  AGGATCTCAATTCATACAGGTGAAAATCCTTAAAGGACTCTATGATTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTCAATTCATACAGGTGAAAATCCTTAAAGGACTCTATGATTTAA  250

seq1  ACTCTGGAGTCAAAGCTAGTGTGTGTGTCTGTCTTTGCTCCTGCTAAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGAGTCAAAGCTAGTGTGTGTGTCTGTCTTTGCTCCTGCTAAGAC  300

seq1  ATGGAAACAAGTATTGGAACCTCCAGAGTGTTTAAATGGCTATTGAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAACAAGTATTGGAACCTCCAGAGTGTTTAAATGGCTATTGAAATT  350

seq1  TATAATGGCCCTTCAATTCTTACTATATGCTTAATAGTGTGCTAAATAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATGGCCCTTCAATTCTTACTATATGCTTAATAGTGTGCTAAATAAG  400

seq1  TGCTCTTCTGTCTTTTATTAGAGCTTCTCAGAAACCCTAATAGGCAAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTCTGTCTTTTATTAGAGCTTCTCAGAAACCCTAATAGGCAAGTA  450

seq1  TTATCTTGATTTTGCAGATGTGAAAGCTAAGACCATGAACCATGTGAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTGATTTTGCAGATGTGAAAGCTAAGACCATGAACCATGTGAGAT  500

seq1  TCCAAACCAAATAAGCTTGCTGCCATGGTCTAGGGTGAGGGTGCTGTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAACCAAATAAGCTTGCTGCCATGGTCTAGGGTGAGGGTGCTGTCCT  550

seq1  GTGCAAATGTTAAGTTGGATATCACACTGTATATTTGCTGAGTCTCTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAATGTTAAGTTGGATATCACACTGTATATTTGCTGAGTCTCTTTT  600

seq1  CCTATAGGTTTGCAGAGCATGTCTGCAGTTTCTCGGTTGTTATAGATTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAGGTTTGCAGAGCATGTCTGCAGTTTCTCGGTTGTTATAGATTTC  650

seq1  CTACCTAACCGGGATGATGATGCACAGAACTCTAAAGCCAGTAGTGTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTAACCGGGATGATGATGCACAGAACTCTAAAGCCAGTAGTGTGGC  700

seq1  AACAGAATAGCACAGTATAACTCAG-TTGAGACATGACTTCAAGACTCGA  749
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAATAGCACAGTATAACTCAGTTTGAGACATGACTTCAAGACTCGA  750

seq1  GACTTGGTAGAATCCTTTTACTTGGCCATCTGAGTAGAAATAGGAGTAGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGTAGAATCCTTTTACTTGGCCATCTGAGTAGAAATAGGAGTAGC  800

seq1  TTTAAGAAAAAGGCAGATTCTCTAAAGGAATTTGGAGATATGACATCACT  849
      ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTT-AGAAAA--GCAGATTCTCTAAAGGAATTTGGAGATATGACATCACT  847

seq1  CCTGAGCAGAGCATATTAGAAGAAAGCAAACTGCCATACAATAATTTTCA  899
      |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||   |||||||
seq2  CCTGAGCAGAGCATATTAGAAG-AAGC-AACTGCCATACA--TATTTTCA  893

seq1  GTTTCCAAGGCAACCAAGTGGAGAACACATCACAGGAGACAGGAAATATG  949
      |||||    |||  ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| 
seq2  GTTTC---AGCA--CAAGTGGAG-ACACATCACA-GAGACAGGAAATAT-  935

seq1  GCTTGTTCATAGAATGATGCTACTGTGACTTCAAAACTGATCTCAAGTAT  999
      |||   |||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||| 
seq2  GCT--GTCATAG-ATGATGCTACTGTGAC-TCCAAACTGATCTC-AGTA-  979

seq1  TCTAGAATCTGCTGGGACATTGGGCTGTTTCTCAACTTATGTGTCTACTT  1049
      ||||| ||||||| ||||| |||||||||   |||| ||||||  |||||
seq2  TCTAG-ATCTGCT-GGACA-TGGGCTGTT--CCAAC-TATGTG--TACTT  1021

seq1  GGAGAGAAAAGAATGTCT  1067
      |||   ||||  ||||||
seq2  GGA---AAAAAGATGTCT  1036

seq1: chr19_27501569_27502302
seq2: B6Ng01-035F11.g_68_801 (reverse)

seq1  GACTCTTTCCTGTAAACTTTTTCTTCCCTTTGACTTCCATCATAGTACTT  50
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTTCCTGTAAAC-TTTTCTTCCC-TTGACTTCCATCATAGTACTT  48

seq1  CTGAAAAACAAAAGCCAAAA-CCACAAAGAATCACTGACTTGCTCATCC-  98
       ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  TTGAAAAA-AAAAGCCAAAACCCACAAAGAATCACTTACTTGCTCATCCA  97

seq1  AATAAGAGTCATTAAGTAGTTGCTACAGCGTTTAGTCCTTGAGTTCAGAT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGAGTCATTAAGTAGTTGCTACAGCGTTTAGTCCTTGAGTTCAGAT  147

seq1  GCCATAT-AAAGTAACCAGGCACGGCCTGGAGGCTCTCAAGTCCACCACG  197
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATATAAAAGTAACCAGGCACGGCCTGGAGGCTCTCAAGTCCACCACG  197

seq1  TATATAGTTAACCTCTAAGACATTAAAAGGAAAGTCAAAAAAGATCCCAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGTTAACCTCTAAGACATTAAAAGGAAAGTCAAAAAAGATCCCAG  247

seq1  CCCAAGCACACCCTAGCTGGCTCAATACAGACCACTGTAAGAGTAAACAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCACACCCTAGCTGGCTCAATACAGACCACTGTAAGAGTAAACAC  297

seq1  CACTGTCTGCAGCTTCTAACCTGGGAAGCCTTGGTGATGAGTAAGTGGAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCTGCAGCTTCTAACCTGGGAAGCCTTGGTGATGAGTAAGTGGAT  347

seq1  CTCTCGGCATCCACCTTACAAAGCAGGGACCAGAAATAGGCTACACTCAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCGGCATCCACCTTACAAAGCAGGGACCAGAAATAGGCTACACTCAG  397

seq1  CACATATTACAATTTAATGAAAACATGAAAACACACACACACACACACAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATTACAATTTAATGAAAACATGAAAACACACACACACACACACAC  447

seq1  ACACAAGAAAGCTAAAAGAAAGGTTACTGGCCAACTCTTTTAGAGGTAAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAGAAAGCTAAAAGAAAGGTTACTGGCCAACTCTTTTAGAGGTAAC  497

seq1  CAAATATCTGGCTGGCCTCTAAGTTACACAGAGCTATGTAATACTTTATT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATCTGGCTGGCCTCTAAGTTACACAGAGCTATGTAATACTTTATT  547

seq1  TCAAAGGATTTGTCTAACATGTCACCTGTTGGGTCCAGTGACCTTCACCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGATTTGTCTAACATGTCACCTGTTGGGTCCAGTGACCTTCACCT  597

seq1  CCCACCAACTTACAAGCTCTGCAAGAAGCAGAACACATATGGACAAAAGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCAACTTACAAGCTCTGCAAGAAGCAGAACACATATGGACAAAAGG  647

seq1  CAAGCATCTCCAGGCTCATGACTACAGTCCCCAAAGTTACATGCTCACCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATCTCCAGGCTCATGACTACAGTCCCCAAAGTTACATGCTCACCC  697

seq1  ATCTCTAAATGACCTCAAGAGTCACCTGTAGGAATTC  734
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTAAATGACCTCAAGAGTCACCTGTAGGAATTC  734