BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038J20
Chromosome19 (Build37)
Map Location 28,160,394 - 28,301,732
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042576, Vldlr, LOC100042588, Kcnv2, D19Bwg1357e, LOC667868, LOC100042612, Rfx3, LOC666997, LOC433235
Downstream geneGlis3, EG434460, EG627788, Slc1a1, LOC545262, 4430402I18Rik, Ppapdc2, LOC100042006, EG226086, Cdc37l1, LOC672214, Ak3, Rcl1, LOC433238
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038J20.bB6Ng01-038J20.g
ACCDH866126DH866127
length1,1541,169
definitionDH866126|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038J20, 5' end.DH866127|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038J20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,300,566 - 28,301,732)(28,160,394 - 28,161,575)
sequence
gaattccaagactggagtgctcatcaacaatcactagtgcaaacaaacaa
acaaacaaagcattttaaaatactgcctatccaagcaagctgtggcacct
gagaagaaagcctggtgctacctgtaacctggcctatttttgcctcaaag
gcttctcttgccagtcttcatgctgtctgatcctcaacacgtctggcttg
tttgatccatgacactggtttcactcgcccttgactgtttctggtcttct
aaccatccccatcagagactgtctgctcctgactctcatgtggcctgcag
ctctcctattctgtgacctctctccagctgccatgaaggtgatccttcag
ttcgtaattgctcctggcccaggcttactgagcattttcccctcctattg
attacagtttttatttccaacttctctttcccagaggtaaaatgtggctt
taatggttccacatggccatggcaaacactcacacccatctcttccacta
ccaactccttcgagtatccattgccttagtggatagcttatgaacaagtt
acatggatggattatgaatgatccacagatgatcagtttggctcaatggc
tacctcatttattgtatgctgtactgtttataacaacatccatgcttgat
gtaaagaacttaaagtttgaaaacaatatagaagagtaaaatccttactc
tcgtctcccagagacaaccagctttaactaaatggtaagggaaggtgtct
gagtgtacacacattcgtctcagctccacagggaacagtctctagaaccc
cacacagataacagaatttacagatgtttaaaccctgtagagaaatagtg
cagagtttgcgttcactccctggcatcattgcagcactctaaatccaccc
aggtgcctgatgatactgactacaatggaagccgcaataggcaccacact
gcatcgcttagggaatactgaccaaaagcctgcccatgctcacttagtac
atttgtaatgtgctccaaacttttcaattaaagttagttggaaacatggg
aatgggacaatggataaggacgcactgtgtctgttttacaagcaccttgg
tggtacatgcatacaccctgcgattcttgtatgaagttacactttctgcc
attt
gaattcactctgtaaaccaagctggcctcgaactcagaaatccgcctgcc
tctgcctcccgagtgctgggattaaaggcatgcgccaccacgccggcctt
gcacaggcttatttaagttggagatttacgacaatatgatcgtcttctac
aaagaaatactgggacctcaaggatgacctaaaagatttgagataccaaa
ggccaatcgatatctttgttgaacaaattagcatttatccatcaagtgga
atcctatgctgtcattaaaaaaaaatagaattagctggaaggcagatatg
atgagaggcagggatgagaggatgggtggtatcacagaggcatgcaagtt
agagaggctttatagaggaaatggaggtggaaagcacctcgggactatga
agccagcagtctgaccaatgaacgccaagtatcccagaccgaggaagttc
tgaccaatgaacatcaagtatcccagacagaggctataccaggtgaaaag
aaagtctcagctcctctgtagaaacgcaggtggctctgtgtggctggcgt
gtggtggtatattcactggggcacagctagatttgagtctggactggttt
gtgacagattgtggagagcttgagtgtcattttaagttggggccatggga
tgcagcttcaaggaaggcagcaactacatcatggcagtagacttgaacga
tggcatcggtaaggaatagctacttaagatgaggtcggcgtcacagtgta
gacccgaaatgaggtcgcagcaggaagagagggagaccctatgcaacatg
aagtaatgacagggctgagaagcaatgaataacctccaggtcgcttaact
gttagaaaatacagaaagacaaaagaagacacagtggcaacgatctgtaa
ttcactctgtctgaggtacttacagaacatcttagtgcccattagcctgt
gcagcctatgaggagaagaaatggaatggctgtgtcggctgccaacctta
ataacatatatgtcattgataactgcatagctttcttctgttattgggca
tgaaagccccacaacttttgatatgtgcaagcaactggggagccgaagaa
ttgtcacaaccctcagatgttattctctcaagccagttgcaaatttcttt
gaactgtatttatttatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_28300566_28301732
seq2: B6Ng01-038J20.b_42_1195 (reverse)

seq1  AAATGGCACGAATAGTGTAACTTCATAACAAGAAATCGCAGGTGTGTATG  50
      |||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||
seq2  AAATGGCA-GAA-AGTGTAACTTCAT-ACAAG-AATCGCAGG-GTGTATG  45

seq1  CATGTACCACACAGGTGCTGTGTATATACAGACACAGTGCGTCCTTATCC  100
      ||||||||||  ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACCACCAAGGTGCT-TGTA-AAACAGACACAGTGCGTCCTTATCC  93

seq1  ATTGGTCCCATTCCCATGTTTCCAACTAACTTTAATTTGAAAAGTTTTGG  150
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  ATT-GTCCCATTCCCATGTTTCCAACTAACTTTAA-TTGAAAAG-TTTGG  140

seq1  AGCAACATTACAAATGTACTAAGTGAGCATGGGCAGGCTTTTTGGTCAGT  200
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGC-ACATTACAAATGTACTAAGTGAGCATGGGCAGGC-TTTTGGTCAGT  188

seq1  ATTCCCTAAGCGATGCAGTGTGGTGCCTATTGCGGCTTCCATTGTAGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCTAAGCGATGCAGTGTGGTGCCTATTGCGGCTTCCATTGTAGTCA  238

seq1  GTATCATCAGGCACCTGGGTGGATTTAGAGTGCCTGCAATGATGCCAGGG  300
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTATCATCAGGCACCTGGGTGGATTTAGAGTG-CTGCAATGATGCCAGGG  287

seq1  AGTGAACGCAAACTCTGCACTATTTCTCTACAGGGTTTAAACATCTGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAACGCAAACTCTGCACTATTTCTCTACAGGGTTTAAACATCTGTAA  337

seq1  ATTCTGTTATCTGTGTGGGGTTCTAGAGACTGTTCCCTGTGGAGCTGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTTATCTGTGTGGGGTTCTAGAGACTGTTCCCTGTGGAGCTGAGA  387

seq1  CGAATGTGTGTACACTCAGACACCTTCCCTTACCATTTAGTTAAAGCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATGTGTGTACACTCAGACACCTTCCCTTACCATTTAGTTAAAGCTGG  437

seq1  TTGTCTCTGGGAGACGAGAGTAAGGATTTTACTCTTCTATATTGTTTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCTGGGAGACGAGAGTAAGGATTTTACTCTTCTATATTGTTTTCA  487

seq1  AACTTTAAGTTCTTTACATCAAGCATGGATGTTGTTATAAACAGTACAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAAGTTCTTTACATCAAGCATGGATGTTGTTATAAACAGTACAGC  537

seq1  ATACAATAAATGAGGTAGCCATTGAGCCAAACTGATCATCTGTGGATCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATAAATGAGGTAGCCATTGAGCCAAACTGATCATCTGTGGATCAT  587

seq1  TCATAATCCATCCATGTAACTTGTTCATAAGCTATCCACTAAGGCAATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAATCCATCCATGTAACTTGTTCATAAGCTATCCACTAAGGCAATGG  637

seq1  ATACTCGAAGGAGTTGGTAGTGGAAGAGATGGGTGTGAGTGTTTGCCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCGAAGGAGTTGGTAGTGGAAGAGATGGGTGTGAGTGTTTGCCATG  687

seq1  GCCATGTGGAACCATTAAAGCCACATTTTACCTCTGGGAAAGAGAAGTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTGGAACCATTAAAGCCACATTTTACCTCTGGGAAAGAGAAGTTG  737

seq1  GAAATAAAAACTGTAATCAATAGGAGGGGAAAATGCTCAGTAAGCCTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAAAACTGTAATCAATAGGAGGGGAAAATGCTCAGTAAGCCTGGG  787

seq1  CCAGGAGCAATTACGAACTGAAGGATCACCTTCATGGCAGCTGGAGAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGCAATTACGAACTGAAGGATCACCTTCATGGCAGCTGGAGAGAG  837

seq1  GTCACAGAATAGGAGAGCTGCAGGCCACATGAGAGTCAGGAGCAGACAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGAATAGGAGAGCTGCAGGCCACATGAGAGTCAGGAGCAGACAGT  887

seq1  CTCTGATGGGGATGGTTAGAAGACCAGAAACAGTCAAGGGCGAGTGAAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGATGGGGATGGTTAGAAGACCAGAAACAGTCAAGGGCGAGTGAAAC  937

seq1  CAGTGTCATGGATCAAACAAGCCAGACGTGTTGAGGATCAGACAGCATGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCATGGATCAAACAAGCCAGACGTGTTGAGGATCAGACAGCATGA  987

seq1  AGACTGGCAAGAGAAGCCTTTGAGGCAAAAATAGGCCAGGTTACAGGTAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGCAAGAGAAGCCTTTGAGGCAAAAATAGGCCAGGTTACAGGTAG  1037

seq1  CACCAGGCTTTCTTCTCAGGTGCCACAGCTTGCTTGGATAGGCAGTATTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGGCTTTCTTCTCAGGTGCCACAGCTTGCTTGGATAGGCAGTATTT  1087

seq1  TAAAATGCTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGCACTAGTGATTGTTGATGAGCA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGCTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGCACTAGTGATTGTTGATGAGCA  1137

seq1  CTCCAGTCTTGGAATTC  1167
      |||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTCTTGGAATTC  1154

seq1: chr19_28160394_28161575
seq2: B6Ng01-038J20.g_67_1235

seq1  GAATTCACTCTGTAAACCAAGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAAACCAAGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCACGCCGGCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCACGCCGGCCTT  100

seq1  GCACAGGCTTATTTAAGTTGGAGATTTACGACAATATGATCGTCTTCTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGCTTATTTAAGTTGGAGATTTACGACAATATGATCGTCTTCTAC  150

seq1  AAAGAAATACTGGGACCTCAAGGATGACCTAAAAGATTTGAGATACCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATACTGGGACCTCAAGGATGACCTAAAAGATTTGAGATACCAAA  200

seq1  GGCCAATCGATATCTTTGTTGAACAAATTAGCATTTATCCATCAAGTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAATCGATATCTTTGTTGAACAAATTAGCATTTATCCATCAAGTGGA  250

seq1  ATCCTATGCTGTCATTAAAAAAAAATAGAATTAGCTGGAAGGCAGATATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTATGCTGTCATTAAAAAAAAATAGAATTAGCTGGAAGGCAGATATG  300

seq1  ATGAGAGGCAGGGATGAGAGGATGGGTGGTATCACAGAGGCATGCAAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGGCAGGGATGAGAGGATGGGTGGTATCACAGAGGCATGCAAGTT  350

seq1  AGAGAGGCTTTATAGAGGAAATGGAGGTGGAAAGCACCTCGGGACTATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGCTTTATAGAGGAAATGGAGGTGGAAAGCACCTCGGGACTATGA  400

seq1  AGCCAGCAGTCTGACCAATGAACGCCAAGTATCCCAGACCGAGGAAGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCAGTCTGACCAATGAACGCCAAGTATCCCAGACCGAGGAAGTTC  450

seq1  TGACCAATGAACATCAAGTATCCCAGACAGAGGCTATACCAGGTGAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAATGAACATCAAGTATCCCAGACAGAGGCTATACCAGGTGAAAAG  500

seq1  AAAGTCTCAGCTCCTCTGTAGAAACGCAGGTGGCTCTGTGTGGCTGGCGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTCAGCTCCTCTGTAGAAACGCAGGTGGCTCTGTGTGGCTGGCGT  550

seq1  GTGGTGGTATATTCACTGGGGCACAGCTAGATTTGAGTCTGGACTGGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGTATATTCACTGGGGCACAGCTAGATTTGAGTCTGGACTGGTTT  600

seq1  GTGACAGATTGTGGAGAGCTTGAGTGTCATTTTAAGTTGGGGCCATGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGATTGTGGAGAGCTTGAGTGTCATTTTAAGTTGGGGCCATGGGA  650

seq1  TGCAGCTTCAAGGAAGGCAGCAACTACATCATGGCAGTAGACTTGAACGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTTCAAGGAAGGCAGCAACTACATCATGGCAGTAGACTTGAACGA  700

seq1  TGGCATCGGTAAGGAATAGCTACTTAAGATGAGGTCGGCGTCACAGTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATCGGTAAGGAATAGCTACTTAAGATGAGGTCGGCGTCACAGTGTA  750

seq1  GACCCGAAATGAGGTCGCAGCAGGAAGAGAGGGAGACCCTATGCAACATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCGAAATGAGGTCGCAGCAGGAAGAGAGGGAGACCCTATGCAACATG  800

seq1  AAGTAATGACAGGGCTGAGAAGCAATGAATAACCTCCAGGTCGCTTAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATGACAGGGCTGAGAAGCAATGAATAACCTCCAGGTCGCTTAACT  850

seq1  GTTAGAAAATACAGAAAGACAAAAAGAAGACACAGTGGCAACGATCTGTA  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAAAATACAGAAAGAC-AAAAGAAGACACAGTGGCAACGATCTGTA  899

seq1  ATTCACTCTGTCTGAGGTACTTACAGAACATCTTAGTGCCCATTAGCCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTCTGTCTGAGGTACTTACAGAACATCTTAGTGCCCATTAGCCTG  949

seq1  TGCAAGCCTATGAGGAAGACAGAAATGGAATGGCTGTGGTCGGCTGCCAA  1000
      ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGC-AGCCTATGAGG-AGA-AGAAATGGAATGGCTGT-GTCGGCTGCCAA  995

seq1  CCTTAATAACATATATGTCAGTGATTACCTGCATAGCTTTCTTCTGTGTA  1050
      |||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||   
seq2  CCTTAATAACATATATGTCATTGA-TAACTGCATAGCTTTCTTCTGTTAT  1044

seq1  TGTGCATGAAAG-CACACATACGTTTGTATATGTGCATGCAGGTTTGTGG  1099
      || ||||||||| | |||| || |||| ||||||||| |||    || ||
seq2  TGGGCATGAAAGCCCCACA-ACTTTTG-ATATGTGCAAGCA--ACTGGGG  1090

seq1  AGGCCAGAGACAGGTCAACAACCTCAGATGTTATTC-CTCAGAGCCAGTT  1148
      | |||  |||   ||||  | ||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  A-GCCGAAGAATTGTCACAACCCTCAGATGTTATTCTCTCA-AGCCAGTT  1138

seq1  GCACATTTTTCTTTAAACATGTATTTATTTATAT  1182
      ||| |  ||||||| ||| |||||||||||||||
seq2  GCAAA--TTTCTTTGAAC-TGTATTTATTTATAT  1169