BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044G03
Chromosome19 (Build37)
Map Location 22,592,536 - 22,735,767
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrpm3
Upstream geneLOC100041633, 1110059E24Rik, 5730446C15Rik, Tmem2, EG433229, EG433230
Downstream geneKlf9, Smc5, Mamdc2, 1700028P14Rik, LOC670565
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044G03.bB6Ng01-044G03.g
ACCDH870153DH870154
length1,1161,107
definitionDH870153|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044G03, 5' end.DH870154|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044G03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,734,642 - 22,735,767)(22,592,536 - 22,593,654)
sequence
gaattcagtgcacagctaggaataagagctggaatggaccagcattagtc
tccaaatctcactccgggaagcacgcactgtaacctagagcatccaacca
ggagtaccagtgtatcctgtagagcaaattgcattacctgtaatatgaga
agtctattcactggggttaatctttattgtccttcctgcttgtctcctgt
tgacacttcacatcctgactggagggcaggacttccgatttcaccttaaa
tcatggggatggtctgacttaccttggtttctggttcatgggactgacag
agggccagaaaggccctcagcacatggggctgagcatggcttcacctggg
caagccctcacaatacttttgaaagagcagtgttttcctgctgggttgag
acactgcaatgtacatgcctttgaggttcagaaaaggcttggaaaaccat
tttctattatttgcccagttggatatagaaggtgacttttcacatatgtc
ttcaacataaatcatcagttggtttgctttaatatccccctttcattgca
tgctatctatatactatcatgttctaggaggaaccacatgaccccaaatg
aaagcagcataaaaggcaagaagaataggggtgcaggtctcacatgtctc
caggaattggggaaaattactcattggactggtctagtgggtgtgtccgt
gataacacaaatcagagcccaatactgtgttgatcatttagctccctgta
gttctctgtagattaatggttctttttaagcattttcaggaaatctagtt
caagctaatagcatctactgactttatgttgcatttgatactatggggat
ctagagacaacttacagttcatgaagatatgctacctatacaggtaattg
ctactccatttaattaatacagggaacatagtatccaggtcactccctgg
aaagaatccccattaagatggagagataggtattaatatgagtatttagc
tctggactttcatatctagactaagattctccttcagtgagtaaacgtgt
aagatgtaactttcattcacttttgttgttattgtttctctttgagacag
gggctcagtaggtagc
gaattcagagaccatagaacacatctataaacaaaacatatgtaaaaata
aattaatacatactttccagtgggatgattagaacattgtaatagatgct
agagaataaaagagtgattgaccaacacaccgttgtatcaagcagaggtg
ggttcaaaataattgcctatatagagaaggtcatggttttaaactcttaa
ctttccttcccatgaaaccactgtagcttatgcttataatctgaagatac
acatatgtctcttccttccacttactctggtagccaagaattcttgaatg
taatcttaaatgaaattaacttttcagagctgatttttttgtcctggtct
ccccagagtcccctaattttaccttacttctaacatatgccagctgtgtg
gcaatctttcccccaacaccagagttagactcaagccttgcttgatgctg
tctgtaaggagtctagagagagaaaagtaagccagcctttatttaaatcc
agccacgtgtgcctccttaagtttctgtgttatatctgttttgcaaagat
actgaaatgtcagagcttctcatagacctgcaaggacctggcaggcagtg
tgcgcttactgtcatccaaatgcagtcgtgccccttgggtaatcccagga
aatagaaatgaatgtgactctcaccgcttagaaaagtcatttcctagact
gtgcagtggctttcttcatgacactgtgactttattacctataatttaac
acagcgtggtgcttcctgatgaactgttttatagcgctttcatttttttc
ccccaactgccaggtatgtaatgcttatttaaattaagtgtttcctttct
tgttcaaaacctttggggattctactcttacctgggtgaaaagagaatga
ggagctacacaaatgtaatcaaagctgtcagagcctgaagttcctggtta
ttagaagctgctttaggacatgcaaaggtcattagtttacccgtgaatgt
aagaaaccagacgggtaaattcaggaactactaaaaagcatgtgtaggca
gcttttgacagttatacatggtgtgcagatgctagcactactatgttctt
aaatggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_22734642_22735767
seq2: B6Ng01-044G03.b_45_1160 (reverse)

seq1  GCTACATACTGAGACCCCTGTCTCAAAAGAGAAAACAAATAAACAAACAA  50
      ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||   |||||   |||||
seq2  GCTACCTACTGAG-CCCCTGTCTC-AAAGAGAAA--CAATAA--CAACAA  44

seq1  AAGTTGAATGAATGTTACATCTTAACACGTTTACTCACTGAAGGAGAATC  100
      ||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAG-TGAATGAAAGTTACATCTT-ACACGTTTACTCACTGAAGGAGAATC  92

seq1  TTTGGTCTAGATATGAAAGTCCAGAGCTTACTACTTCATATTAATACCTA  150
       || |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||
seq2  -TTAGTCTAGATATGAAAGTCCAGAGCTAAATAC-TCATATTAATACCTA  140

seq1  TCTCTCCATCTTAATGGGGATTCTTTCCAGGGAGTGACCTGGATACTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCATCTTAATGGGGATTCTTTCCAGGGAGTGACCTGGATACTATG  190

seq1  TTCCCTGTATTAATTAAATGGAGTAGCAATTACCTGTATAGGTAGCATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGTATTAATTAAATGGAGTAGCAATTACCTGTATAGGTAGCATAT  240

seq1  CTTCATGAACTGTAAGTTGTCTCTAGATCCCCATAGTATCAAATGCAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGAACTGTAAGTTGTCTCTAGATCCCCATAGTATCAAATGCAACA  290

seq1  TAAAGTCAGTAGATGCTATTAGCTTGAACTAGATTTCCTGAAAATGCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTCAGTAGATGCTATTAGCTTGAACTAGATTTCCTGAAAATGCTTA  340

seq1  AAAAGAACCATTAATCTACAGAGAACTACAGGGAGCTAAATGATCAACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAACCATTAATCTACAGAGAACTACAGGGAGCTAAATGATCAACAC  390

seq1  AGTATTGGGCTCTGATTTGTGTTATCACGGACACACCCACTAGACCAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTGGGCTCTGATTTGTGTTATCACGGACACACCCACTAGACCAGTC  440

seq1  CAATGAGTAATTTTCCCCAATTCCTGGAGACATGTGAGACCTGCACCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAGTAATTTTCCCCAATTCCTGGAGACATGTGAGACCTGCACCCCT  490

seq1  ATTCTTCTTGCCTTTTATGCTGCTTTCATTTGGGGTCATGTGGTTCCTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCTTGCCTTTTATGCTGCTTTCATTTGGGGTCATGTGGTTCCTCC  540

seq1  TAGAACATGATAGTATATAGATAGCATGCAATGAAAGGGGGATATTAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACATGATAGTATATAGATAGCATGCAATGAAAGGGGGATATTAAAG  590

seq1  CAAACCAACTGATGATTTATGTTGAAGACATATGTGAAAAGTCACCTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCAACTGATGATTTATGTTGAAGACATATGTGAAAAGTCACCTTCT  640

seq1  ATATCCAACTGGGCAAATAATAGAAAATGGTTTTCCAAGCCTTTTCTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCAACTGGGCAAATAATAGAAAATGGTTTTCCAAGCCTTTTCTGAA  690

seq1  CCTCAAAGGCATGTACATTGCAGTGTCTCAACCCAGCAGGAAAACACTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAAGGCATGTACATTGCAGTGTCTCAACCCAGCAGGAAAACACTGC  740

seq1  TCTTTCAAAAGTATTGTGAGGGCTTGCCCAGGTGAAGCCATGCTCAGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAAAAGTATTGTGAGGGCTTGCCCAGGTGAAGCCATGCTCAGCCC  790

seq1  CATGTGCTGAGGGCCTTTCTGGCCCTCTGTCAGTCCCATGAACCAGAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCTGAGGGCCTTTCTGGCCCTCTGTCAGTCCCATGAACCAGAAAC  840

seq1  CAAGGTAAGTCAGACCATCCCCATGATTTAAGGTGAAATCGGAAGTCCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTAAGTCAGACCATCCCCATGATTTAAGGTGAAATCGGAAGTCCTG  890

seq1  CCCTCCAGTCAGGATGTGAAGTGTCAACAGGAGACAAGCAGGAAGGACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCAGTCAGGATGTGAAGTGTCAACAGGAGACAAGCAGGAAGGACAA  940

seq1  TAAAGATTAACCCCAGTGAATAGACTTCTCATATTACAGGTAATGCAATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATTAACCCCAGTGAATAGACTTCTCATATTACAGGTAATGCAATT  990

seq1  TGCTCTACAGGATACACTGGTACTCCTGGTTGGATGCTCTAGGTTACAGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTACAGGATACACTGGTACTCCTGGTTGGATGCTCTAGGTTACAGT  1040

seq1  GCGTGCTTCCCGGAGTGAGATTTGGAGACTAATGCTGGTCCATTCCAGCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGCTTCCCGGAGTGAGATTTGGAGACTAATGCTGGTCCATTCCAGCT  1090

seq1  CTTATTCCTAGCTGTGCACTGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCCTAGCTGTGCACTGAATTC  1116

seq1: chr19_22592536_22593654
seq2: B6Ng01-044G03.g_69_1175

seq1  GAATTCAGAGACCATAGAACACATCTATAAACAAAACATATGTAAAAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGACCATAGAACACATCTATAAACAAAACATATGTAAAAATA  50

seq1  AATTAATACATACTTTCCAGTGGGATGATTAGAACATTGTAATAGATGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATACATACTTTCCAGTGGGATGATTAGAACATTGTAATAGATGCT  100

seq1  AGAGAATAAAAGAGTGATTGACCAACACACCGTTGTATCAAGCAGAGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATAAAAGAGTGATTGACCAACACACCGTTGTATCAAGCAGAGGTG  150

seq1  GGTTCAAAATAATTGCCTATATAGAGAAGGTCATGGTTTTAAACTCTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAAAATAATTGCCTATATAGAGAAGGTCATGGTTTTAAACTCTTAA  200

seq1  CTTTCCTTCCCATGAAACCACTGTAGCTTATGCTTATAATCTGAAGATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTCCCATGAAACCACTGTAGCTTATGCTTATAATCTGAAGATAC  250

seq1  ACATATGTCTCTTCCTTCCACTTACTCTGGTAGCCAAGAATTCTTGAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGTCTCTTCCTTCCACTTACTCTGGTAGCCAAGAATTCTTGAATG  300

seq1  TAATCTTAAATGAAATTAACTTTTCAGAGCTGATTTTTTTGTCCTGGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTAAATGAAATTAACTTTTCAGAGCTGATTTTTTTGTCCTGGTCT  350

seq1  CCCCAGAGTCCCCTAATTTTACCTTACTTCTAACATATGCCAGCTGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGAGTCCCCTAATTTTACCTTACTTCTAACATATGCCAGCTGTGTG  400

seq1  GCAATCTTTCCCCCAACACCAGAGTTAGACTCAAGCCTTGCTTGATGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCTTTCCCCCAACACCAGAGTTAGACTCAAGCCTTGCTTGATGCTG  450

seq1  TCTGTAAGGAGTCTAGAGAGAGAAAAGTAAGCCAGCCTTTATTTAAATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAAGGAGTCTAGAGAGAGAAAAGTAAGCCAGCCTTTATTTAAATCC  500

seq1  AGCCACGTGTGCCTCCTTAAGTTTCTGTGTTATATCTGTTTTGCAAAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACGTGTGCCTCCTTAAGTTTCTGTGTTATATCTGTTTTGCAAAGAT  550

seq1  ACTGAAATGTCAGAGCTTCTCATAGACCTGCAAGGACCTGGCAGGCAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAATGTCAGAGCTTCTCATAGACCTGCAAGGACCTGGCAGGCAGTG  600

seq1  TGCGCTTACTGTCATCCAAATGCAGTCGTGCCCCTTGGGTAATCCCAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGCTTACTGTCATCCAAATGCAGTCGTGCCCCTTGGGTAATCCCAGGA  650

seq1  AATAGAAATGAATGTGACTCTCACCGCTTAGAAAAGTCATTTCCTAGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAATGAATGTGACTCTCACCGCTTAGAAAAGTCATTTCCTAGACT  700

seq1  GTGCAGTGGCTTTCTTCATGACACTGTGACTTTATTACCTATAATTTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTGGCTTTCTTCATGACACTGTGACTTTATTACCTATAATTTAAC  750

seq1  ACAGCGTGGTGCTTCCTGATGAACTGTTTTATAGCGCTTTCATTTTTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCGTGGTGCTTCCTGATGAACTGTTTTATAGCGCTTTCATTTTTTTC  800

seq1  CCCCAACTGCCAGGTATGTAATGCTTATTTAAATTAAGTGTTTCCTTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAACTGCCAGGTATGTAATGCTTATTTAAATTAAGTGTTTCCTTTCT  850

seq1  TGTTCAAAACCTTTGGGGATTCTACTCTTACCTGGGTGAAAAAGAGAATG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGTTCAAAACCTTTGGGGATTCTACTCTTACCTGGGTG-AAAAGAGAATG  899

seq1  AGGAGCTACACAAATGTAATCAAAGGCTGTCAGAAGCCTGAAGTTCCTGG  950
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTACACAAATGTAATCAAA-GCTGTCAG-AGCCTGAAGTTCCTGG  947

seq1  TAATTAGAAGGCTGCTTTAGGACATGCAAAGGTCATTTAGTTTACACGTG  1000
      | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  TTATTAGAA-GCTGCTTTAGGACATGCAAAGGTCA-TTAGTTTACCCGTG  995

seq1  AAATGTAAGAAAACCAGACGGGTAAAAATCAGGAACTACTAAAAAAGCAA  1050
       |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| 
seq2  -AATGTAAG-AAACCAGACGGGT-AAATTCAGGAACTACT-AAAAAGCA-  1040

seq1  TGGTGTAGGCAGCTTTTGACAGTTAT-CATG--GTGCAGATGCTAAGCAA  1097
        |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||| 
seq2  -TGTGTAGGCAGCTTTTGACAGTTATACATGGTGTGCAGATGCT-AGCA-  1087

seq1  CCTACTATGTGCTTAACATGGG  1119
       ||||||||| ||||| |||||
seq2  -CTACTATGTTCTTAA-ATGGG  1107