BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047N09
Chromosome19 (Build37)
Map Location 19,017,190 - 19,150,283
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRorb
Upstream geneLOC383440, Ostf1, LOC666712, BC016495, LOC100042193, 2410127L17Rik, LOC100042184, D030056L22Rik, Trpm6
Downstream geneLOC100042218
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047N09.bB6Ng01-047N09.g
ACCDH872583DH872584
length1,1211,147
definitionDH872583|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047N09, 5' end.DH872584|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047N09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,017,190 - 19,018,317)(19,149,117 - 19,150,283)
sequence
gaattccaggacagccagggctatacagagaaaccctgtctcgataaact
aaactaaactaaaaaaaatgttgcttattgactgctcagagactagactc
ccatgctatgtttcttcagacatttcctacttctgctatgagcagagtat
ataggaaattaaaagcacaagtccaggaccaaacccttggtgtttactca
cttgactagagacagggaactagaatctggttttggaaagtgaatgttga
cttcttgactttcttctactaactcaggtcttggcagagcctgactccta
tctggttctgcctcttctatgggatttaagtccattttatattgtttatc
tgtagaatgggctgagtagctaacagacactgtcagcaacaacaccgaca
aaaggatagagagcctcattaaactgtgttgtctgggagaaggctggctg
agacatcccgtcagctgtgggaatgtaagggctggtggggctccaccact
ctatagtgaggcaaggccaggaggccatatagacacagtgaaaacacttg
gcagagcccagaagggcccagtggagaaagcagcatgcagtcacttattg
ctcattaatatcatgtactgcagttgggggacccacatttcaaagggagc
tcagagcagcctcagcagcagttaatggttcaacaactttttaaacagct
ggggatgtttaaaagaagcactcggagatagagggggtagtcaatttgaa
atcatcatgaaattccttcacatctaaatcatctccaccacagaactaga
cagacagaagatctataaaagggtatctcacattcttttctttttcttaa
tggaaagtgattcttataagaaggaagctttagcttatgtctactggggt
ctgcaagaagagattgctacttgaccagagacaacaatcctatgattctc
tctagagagtggtcttttgacagaattcacattttttaaactgatacaac
tgatgttagggaatgggacaagcagaaaacagaagaagccttcaggtgtg
gttcttcctcccaaaaagtcacaatagttgattaaagtgaaagatgatgg
gaaaggctgaatgcattcatc
gaattctttagaattctttaaattctttagatcaattacataccaaaaaa
gaaaccagaaacaaaaacaatacaaaacaaaacaaaacaaaaaccttctc
aactgatggtctatcctggtttagatacttgaaatagcatcttgtttttt
tcggtttaaagcagggaagcagggctagagagaaagctcggcagttaaga
gcacatgatactcttgcagaggacctggattcagcagtagaacccttgga
gttctagagccatttctgaccttagaaggtactaggcatgaaggtggcac
acatacatacatgcaggccaaaccttcaaacacataaaataaataaatca
agcaatttaatgagaggggtccacaaagaagatggagtatgcagaataaa
aagagaaaatggggagaaagaatattaaatgacattttcctgtaagacag
caagcagaggcaggtactgtttttaacagactacccgtatgagttcatga
aagacctcagaaatacaagaactaactttctttacccctttttgagacat
taaaataccagctgctctaatatttggataactgaagagacaaagagttc
aaaatgtcccgttctctcagttttctggaagacactcaactgactgcata
attccaaaccagctgcttggcctgcctgttctgcgatgatatgaccaagt
cactaagtcttaagacttaagtctaaggttccctcagtgggctgtatagc
tagagttgtttattatgttgtttctgcagcttgaaaagagaaactacaaa
gcagagacaccagctgatgggcccaaggtcattcggtgactagcaacaag
gacacagtttaacacttgccattcaaaaggcgttcactggctaaaagaga
aggatgtttgaaattccctagacgtgttgagcattcccagaattcacaga
accattctcatagcgaatcttgagtttgatggttgcacgctgtcactact
aactgatttctagctaccacttagtaaagcacaacagaacagatgtgctg
agcttagaagagaagtgagtctaagacttaagccactgactcaggtccca
actatgtgagactgagctaggaaaccaggcacgtttatcccaaatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_19017190_19018317
seq2: B6Ng01-047N09.b_48_1168

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGATAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGATAAACT  50

seq1  AAACTAAACTAAAAAAAATGTTGCTTATTGACTGCTCAGAGACTAGACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAACTAAAAAAAATGTTGCTTATTGACTGCTCAGAGACTAGACTC  100

seq1  CCATGCTATGTTTCTTCAGACATTTCCTACTTCTGCTATGAGCAGAGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTATGTTTCTTCAGACATTTCCTACTTCTGCTATGAGCAGAGTAT  150

seq1  ATAGGAAATTAAAAGCACAAGTCCAGGACCAAACCCTTGGTGTTTACTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAATTAAAAGCACAAGTCCAGGACCAAACCCTTGGTGTTTACTCA  200

seq1  CTTGACTAGAGACAGGGAACTAGAATCTGGTTTTGGAAAGTGAATGTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTAGAGACAGGGAACTAGAATCTGGTTTTGGAAAGTGAATGTTGA  250

seq1  CTTCTTGACTTTCTTCTACTAACTCAGGTCTTGGCAGAGCCTGACTCCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGACTTTCTTCTACTAACTCAGGTCTTGGCAGAGCCTGACTCCTA  300

seq1  TCTGGTTCTGCCTCTTCTATGGGATTTAAGTCCATTTTATATTGTTTATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTCTGCCTCTTCTATGGGATTTAAGTCCATTTTATATTGTTTATC  350

seq1  TGTAGAATGGGCTGAGTAGCTAACAGACACTGTCAGCAACAACACCGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAATGGGCTGAGTAGCTAACAGACACTGTCAGCAACAACACCGACA  400

seq1  AAAGGATAGAGAGCCTCATTAAACTGTGTTGTCTGGGAGAAGGCTGGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATAGAGAGCCTCATTAAACTGTGTTGTCTGGGAGAAGGCTGGCTG  450

seq1  AGACATCCCGTCAGCTGTGGGAATGTAAGGGCTGGTGGGGCTCCACCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATCCCGTCAGCTGTGGGAATGTAAGGGCTGGTGGGGCTCCACCACT  500

seq1  CTATAGTGAGGCAAGGCCAGGAGGCCATATAGACACAGTGAAAACACTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTGAGGCAAGGCCAGGAGGCCATATAGACACAGTGAAAACACTTG  550

seq1  GCAGAGCCCAGAAGGGCCCAGTGGAGAAAGCAGCATGCAGTCACTTATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCCCAGAAGGGCCCAGTGGAGAAAGCAGCATGCAGTCACTTATTG  600

seq1  CTCATTAATATCATGTACTGCAGTTGGGGGACCCACATTTCAAAGGGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTAATATCATGTACTGCAGTTGGGGGACCCACATTTCAAAGGGAGC  650

seq1  TCAGAGCAGCCTCAGCAGCAGTTAATGGTTCAACAACTTTTTAAACAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCAGCCTCAGCAGCAGTTAATGGTTCAACAACTTTTTAAACAGCT  700

seq1  GGGGATGTTTAAAAGAAGCACTCGGAGATAGAGGGGGTAGTCAATTTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGTTTAAAAGAAGCACTCGGAGATAGAGGGGGTAGTCAATTTGAA  750

seq1  ATCATCATGAAATTCCTTCACATCTAAATCATCTCCACCACAGAACTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCATGAAATTCCTTCACATCTAAATCATCTCCACCACAGAACTAGA  800

seq1  CAGACAGAAGATCTATAAAAGGGTATCTCACATTCTTTTCTTTTTCTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGAAGATCTATAAAAGGGTATCTCACATTCTTTTCTTTTTCTTAA  850

seq1  TGGAAAGTGATTCTTATAAGAAGGAAGCTTTAGCTTATGTCTACTGGGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGTGATTCTTATAAGAAGGAAGCTTTAGCTTATGTCTACTGGGGT  900

seq1  CTGCAAGAAGAGATTGCTACTTGACCAGAGACAACAATCCTATGATTCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAGAAGAGATTGCTACTTGACCAGAGACAACAATCCTATGATTCTC  950

seq1  TCTAGAGAGTGGTCTTTTGACAGAATTCACATTTTTTAAACTGATACAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAGAGTGGTCTTTTGACAGAATTCACATTTTTTAAACTGATACAAC  1000

seq1  TGATGTTAGGGAAATGGGACAAGCAGAAAACAGAAGAAGCCATCAGGTTG  1050
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  TGATGTTAGGG-AATGGGACAAGCAGAAAACAGAAGAAGCCTTCAGG-TG  1048

seq1  TTGTTCATCCTCACAAAGAAAGTCAACAATAGTTTGATTAAAGTGAAAGA  1100
      | |||| ||||| |||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGGTTCTTCCTCCCAA--AAAGTC-ACAATAG-TTGATTAAAGTGAAAGA  1094

seq1  TGGATGGAAGAGGCTGAATGCATTCATC  1128
      | ||||| | ||||||||||||||||||
seq2  T-GATGGGAAAGGCTGAATGCATTCATC  1121

seq1: chr19_19149117_19150283
seq2: B6Ng01-047N09.g_68_1214 (reverse)

seq1  GCATTTGGGGGATAAAGGTGCTTGTGTTCCTAGCTCAGTTCTCACATAGT  50
      ||||||  |||||||| |||| ||  |||||||||||| |||||||||||
seq2  GCATTT--GGGATAAACGTGCCTGGTTTCCTAGCTCAG-TCTCACATAGT  47

seq1  TTGGGAACCTGAAGTCAGTGGCTTAAGTCCTTAGAACTCACTTTCTCTCT  100
      |  || ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| |
seq2  T--GGGACCTG-AGTCAGTGGCTTAAGT-CTTAG-ACTCAC-TTCTCT-T  90

seq1  CTAAGCTCAGCACCAATCCTGTCTGTTGTGCTTTTACTAAGTGGTAGCTA  150
      |||||||||||||  |||   |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCTCAGCAC--ATCTGTTCTGTTGTGC-TTTACTAAGTGGTAGCTA  137

seq1  GAAATCAGTTTAGTAGTGAACAGCGTGCAAACCATCAAAACTCAAGATTC  200
      |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  GAAATCAG-TTAGTAGTG-ACAGCGTGC-AACCATC-AAACTCAAGATTC  183

seq1  GCTATGAGAATGGTTCCTGGTGAATTCTGGGAATGCTCAACACGTCTAGG  250
      ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGAGAATGGTTC--TGTGAATTCTGGGAATGCTCAACACGTCTAGG  231

seq1  GAATTTCAAACATCCTTCTCTTTTAGCCAGTTGAACGCCTTTTGAATGGC  300
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCAAACATCCTTCTCTTTTAGCCAG-TGAACGCCTTTTGAATGGC  280

seq1  AAGTGTTAAACTGTGTCCTTGTTGCTAGTCACCGAATGACCTTGGGCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTAAACTGTGTCCTTGTTGCTAGTCACCGAATGACCTTGGGCCCA  330

seq1  TCAGCTGGTGTCTCTGCTTTGTAGTTTCTCTTTTCAAGCTGCAGAAACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGGTGTCTCTGCTTTGTAGTTTCTCTTTTCAAGCTGCAGAAACAA  380

seq1  CATAATAAACAACTCTAGCTATACAGCCCACTGAGGGAACCTTAGACTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATAAACAACTCTAGCTATACAGCCCACTGAGGGAACCTTAGACTTA  430

seq1  AGTCTTAAGACTTAGTGACTTGGTCATATCATCGCAGAACAGGCAGGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTAAGACTTAGTGACTTGGTCATATCATCGCAGAACAGGCAGGCCA  480

seq1  AGCAGCTGGTTTGGAATTATGCAGTCAGTTGAGTGTCTTCCAGAAAACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTGGTTTGGAATTATGCAGTCAGTTGAGTGTCTTCCAGAAAACTG  530

seq1  AGAGAACGGGACATTTTGAACTCTTTGTCTCTTCAGTTATCCAAATATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACGGGACATTTTGAACTCTTTGTCTCTTCAGTTATCCAAATATTA  580

seq1  GAGCAGCTGGTATTTTAATGTCTCAAAAAGGGGTAAAGAAAGTTAGTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCTGGTATTTTAATGTCTCAAAAAGGGGTAAAGAAAGTTAGTTCT  630

seq1  TGTATTTCTGAGGTCTTTCATGAACTCATACGGGTAGTCTGTTAAAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTCTGAGGTCTTTCATGAACTCATACGGGTAGTCTGTTAAAAACA  680

seq1  GTACCTGCCTCTGCTTGCTGTCTTACAGGAAAATGTCATTTAATATTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTGCCTCTGCTTGCTGTCTTACAGGAAAATGTCATTTAATATTCTT  730

seq1  TCTCCCCATTTTCTCTTTTTATTCTGCATACTCCATCTTCTTTGTGGACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCATTTTCTCTTTTTATTCTGCATACTCCATCTTCTTTGTGGACC  780

seq1  CCTCTCATTAAATTGCTTGATTTATTTATTTTATGTGTTTGAAGGTTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCATTAAATTGCTTGATTTATTTATTTTATGTGTTTGAAGGTTTGG  830

seq1  CCTGCATGTATGTATGTGTGCCACCTTCATGCCTAGTACCTTCTAAGGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATGTATGTATGTGTGCCACCTTCATGCCTAGTACCTTCTAAGGTC  880

seq1  AGAAATGGCTCTAGAACTCCAAGGGTTCTACTGCTGAATCCAGGTCCTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGGCTCTAGAACTCCAAGGGTTCTACTGCTGAATCCAGGTCCTCT  930

seq1  GCAAGAGTATCATGTGCTCTTAACTGCCGAGCTTTCTCTCTAGCCCTGCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAGTATCATGTGCTCTTAACTGCCGAGCTTTCTCTCTAGCCCTGCT  980

seq1  TCCCTGCTTTAAACCGAAAAAAACAAGATGCTATTTCAAGTATCTAAACC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCTTTAAACCGAAAAAAACAAGATGCTATTTCAAGTATCTAAACC  1030

seq1  AGGATAGACCATCAGTTGAGAAGGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTATTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGACCATCAGTTGAGAAGGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTATTG  1080

seq1  TTTTTGTTTCTGGTTTCTTTTTTGGTATGTAATTGATCTAAAGAATTTAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTTCTGGTTTCTTTTTTGGTATGTAATTGATCTAAAGAATTTAA  1130

seq1  AGAATTCTAAAGAATTC  1167
      |||||||||||||||||
seq2  AGAATTCTAAAGAATTC  1147