BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047P12
Chromosome19 (Build37)
Map Location 33,304,030 - 33,461,962
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6530404N21Rik
Upstream geneSgms1, 2700046G09Rik, LOC100042138, LOC672490, LOC100042823, Minpp1, Papss2, Atad1, Pten, B430203M17Rik
Downstream geneLOC638381, EG668095, LOC628236, AI747699, EG668106, EG668112, EG668114, EG329055, EG433241, LOC668127, Lipf, Lipk, EG383462, Lipn, Ankrd22, Stambpl1, Acta2, Fas
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047P12.bB6Ng01-047P12.g
ACCDH872683DH872684
length1,1891,208
definitionDH872683|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047P12, 5' end.DH872684|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047P12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,304,030 - 33,305,231)(33,460,747 - 33,461,962)
sequence
gaattctttaggtacatatgaaaggatgagggacagtaagttgaggctaa
aaggaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaaacacagttatt
tttaccactacccactagcaaatataaactgtaggtaaataaaaaagaag
gcataactagggaactgaaaagacggctcacaagttaagagtgtgtgctg
ttcttgaagtcccgaggttgattaccagcgcgtctaccaggtggctcaca
atggcctataattctatcatgtcagctcgagagtgatcaggcctctatga
cacctgcccccaggtacctaataacccccccgacatacacataattaaaa
gtaaaataattcttgcagcagctccctagtgtagccttcaacataaaaat
aaaataaatcctaaaaagaaagtataggtatatttgtaattatcatattt
aaaagacaggttcataaagcaataaatataaatttacattggtatgtata
taacatattaaatgtgtggtttgtatgaccataaaagcaccagggaaggg
gcagagaataaacaggaggaaagagtttgtataatattaaagttaatata
aacccaaagtgaactggtatacaaatataccattaagatgctaactataa
gcctagggaaactgtactacatcataatcaccaccaccaccaccaccatc
atcatcatcatcatcattattgctactattgtatatggtgtgtgtgtgtg
tgcacgcgcatgtgccacagcacacatgtggagatcagagttggtgttcc
ccttctactatgtgtatccttacagtcaaatttagtttgattaaagttaa
ttaataaaaattaagaaatttaaatttaaagatgggaaacatggctcaag
cattatggggacggtctaaagagtataccattgcgcgcacacacacaagt
agtaaactatggccaacacaaacaaacatagtaaccaggtgttcagaaca
ctgcagcaaggaaacctgaaggtgactcagacactgggtgcagccctggg
ccaaattctactctgtttattatttggtatttattggctcatggcatcta
cttggggaacattctgaaaggcatatgaacatcggtacataggcacgctt
agggaaactaaatcactgtactgactgctagacgaggga
gaattctgtcttctggacatgacttggatgattagtctctcaaaatgtta
gcaagataagattacttgcccaagacactcacaaggctgttctcagtaac
agttcctcatggaactgaggttaaagacattatgaagcatccctgaggat
gtttaagtggttactgtagctacctgtatgtttcccatccttttaaaatt
accctaattaaacgcattagtttactaacttagacttggattgaactact
tcgtggtgtattcttatcctctcttaattgaataggaaaaggatcacctt
gagaaactagaaagtaaagacataattccttcctgttaatatacagtgta
ctggttgggtagagagacattaaactttacctttaataaaaattcataca
ataaatgctaagaagggtgtgagtatcatgaacggatatttggcaaaaat
acctaatgtggcacagatttcaaagaggtgagctgaaaagatatgtcagg
gaaaatacctcagagaaaaatgacatttcacggatactttaaaagtgaac
aagtgtgaattagagcaggagccaagtgattagagttcaagagaacagga
actagagccatcaagtagacacagctaagcacatctgagaaattaaaagt
tcactctgcagtctacacctacaaaacttctgatggtcaacttacagaaa
accttgagaccatcagaactgatgtccaagaactttagctgaggcaggca
gagatttataggctagttgattttaatcccctttacgaacacacacacac
acacacacacacacacacacacacgcacgcacgcacgcacgcacgcacgc
acgcacgcacgcacgcacagtggggatgtcagagggaagaagagacagag
aaagagacagtgacagagaaaaaccagcaacaatcctcatttcaaaggat
tattaataggaaaatgtaatcaaagtagaattagttgctttaattggtgt
ctggattatagcatagaaatacagaaggtagcagaacaagaattccagat
acctcaaagcctcaccatgatgttctgttgggtaaataatggttggtaag
gaataaattgaacacataatttgtgccttcccaagccaagagtgtgggaa
ctgctggtccgttttcctggccctcaaggtgtgcctgtgtacagggtgag
tcaggtaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_33304030_33305231
seq2: B6Ng01-047P12.b_45_1233

seq1  GAATTCTTTAGGTACATATGAAAGGATGAGGGACAGTAAGTTGAGGCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGGTACATATGAAAGGATGAGGGACAGTAAGTTGAGGCTAA  50

seq1  AAGGAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAAACACAGTTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAAACACAGTTATT  100

seq1  TTTACCACTACCCACTAGCAAATATAAACTGTAGGTAAATAAAAAAGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCACTACCCACTAGCAAATATAAACTGTAGGTAAATAAAAAAGAAG  150

seq1  GCATAACTAGGGAACTGAAAAGACGGCTCACAAGTTAAGAGTGTGTGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAACTAGGGAACTGAAAAGACGGCTCACAAGTTAAGAGTGTGTGCTG  200

seq1  TTCTTGAAGTCCCGAGGTTGATTACCAGCGCGTCTACCAGGTGGCTCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGAAGTCCCGAGGTTGATTACCAGCGCGTCTACCAGGTGGCTCACA  250

seq1  ATGGCCTATAATTCTATCATGTCAGCTCGAGAGTGATCAGGCCTCTATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTATAATTCTATCATGTCAGCTCGAGAGTGATCAGGCCTCTATGA  300

seq1  CACCTGCCCCCAGGTACCTAATAACCCCCCCGACATACACATAATTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGCCCCCAGGTACCTAATAACCCCCCCGACATACACATAATTAAAA  350

seq1  GTAAAATAATTCTTGCAGCAGCTCCCTAGTGTAGCCTTCAACATAAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATAATTCTTGCAGCAGCTCCCTAGTGTAGCCTTCAACATAAAAAT  400

seq1  AAAATAAATCCTAAAAAGAAAGTATAGGTATATTTGTAATTATCATATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAATCCTAAAAAGAAAGTATAGGTATATTTGTAATTATCATATTT  450

seq1  AAAAGACAGGTTCATAAAGCAATAAATATAAATTTACATTGGTATGTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACAGGTTCATAAAGCAATAAATATAAATTTACATTGGTATGTATA  500

seq1  TAACATATTAAATGTGTGGTTTGTATGACCATAAAAGCACCAGGGAAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATATTAAATGTGTGGTTTGTATGACCATAAAAGCACCAGGGAAGGG  550

seq1  GCAGAGAATAAACAGGAGGAAAGAGTTTGTATAATATTAAAGTTAATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAATAAACAGGAGGAAAGAGTTTGTATAATATTAAAGTTAATATA  600

seq1  AACCCAAAGTGAACTGGTATACAAATATACCATTAAGATGCTAACTATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAAAGTGAACTGGTATACAAATATACCATTAAGATGCTAACTATAA  650

seq1  GCCTAGGGAAACTGTACTACATCATAATCACCACCACCACCACCACCATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGGGAAACTGTACTACATCATAATCACCACCACCACCACCACCATC  700

seq1  ATCATCATCATCATCATTATTGCTACTATTGTATATGGTGTGTGTGTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCATCATCATCATTATTGCTACTATTGTATATGGTGTGTGTGTGTG  750

seq1  TGCACGCGCATGTGCCACAGCACACATGTGGAGATCAGAGTTGGTGTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACGCGCATGTGCCACAGCACACATGTGGAGATCAGAGTTGGTGTTCC  800

seq1  CCTTCTACTATGTGTATCCTTACAGTCAAATTTAGTTTGATTAAAGTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTACTATGTGTATCCTTACAGTCAAATTTAGTTTGATTAAAGTTAA  850

seq1  TTAATAAAAATTAAGAAATTTAAATTTAAAGATGGGAAAACATGGCTCAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTAATAAAAATTAAGAAATTTAAATTTAAAGATGGG-AAACATGGCTCAA  899

seq1  GCATTATGGGGACGGTCTAAAGAGTATACCATTGCGCGCACACACACAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTATGGGGACGGTCTAAAGAGTATACCATTGCGCGCACACACACAAG  949

seq1  TAGTAAACTATGGCCAACACAAACAAACATAGTAACCAGGTGTTCAGATC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAGTAAACTATGGCCAACACAAACAAACATAGTAACCAGGTGTTCAGAAC  999

seq1  ACTGCAGCAAGGGAAACCTG-AGGTGACCCAGACACTGGGTGCAGCCCT-  1048
      |||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  ACTGCAGCAA-GGAAACCTGAAGGTGACTCAGACACTGGGTGCAGCCCTG  1048

seq1  GGCCAAATTCTACTCTGTTTATTATTTGGTAATTTATT-GCTCATGCCAT  1097
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||
seq2  GGCCAAATTCTACTCTGTTTATTATTTGGT-ATTTATTGGCTCATGGCAT  1097

seq1  CTACTTGGGGAACA-TCTGAAAGGCATATGAACATTCTGAGTTACAAATT  1146
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||     | ||||   |
seq2  CTACTTGGGGAACATTCTGAAAGGCATATGAACAT----CGGTACA---T  1140

seq1  AGGCAACGC-TAGGAAAACTAAAATCACGTGGCCAACTGACTGCTAGAGC  1195
      |||| |||| |||| ||||| ||||||| ||    |||||||||||||  
seq2  AGGC-ACGCTTAGGGAAACT-AAATCAC-TG---TACTGACTGCTAGA--  1182

seq1  AGAGGGA  1202
       ||||||
seq2  CGAGGGA  1189

seq1: chr19_33460747_33461962
seq2: B6Ng01-047P12.g_69_1276 (reverse)

seq1  TTACCTGACCTCA-CCTGTACACAGGCACCCCTTTTGAGGGGGACAGAAA  49
      |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||    | ||| |||  |
seq2  TTACCTGA-CTCACCCTGTACACAGGCACACCTT----GAGGGCCAG-GA  44

seq1  AAACAGA-CAGCAGTCCACAACACCTCTGCTTTGGGAAGGCACAAATAA-  97
      |||| || ||||||| | | ||||   ||  |||||||||||||||| | 
seq2  AAACGGACCAGCAGTTC-CCACACTCTTGGCTTGGGAAGGCACAAATTAT  93

seq1  -TGTTCAATTTTATTCTTTACCCACCATTATTTACCCAACAGAACATCAC  146
       ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGTTCAA-TTTATTCCTTACCAACCATTATTTACCCAACAGAACATCA-  141

seq1  TGCTGAGCTTCTGAGTTATCTGGAATGTCTTGTTCTGCTTACCTTCTGTA  196
      || ||||  | |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  TGGTGAGGCTTTGAGGTATCTGGAAT-TCTTGTTCTGC-TACCTTCTGTA  189

seq1  -TTCTATGCTATAATCCAGACCACAATTAAAGCAACTAATTCTACTTTGA  245
       ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATGCTATAATCCAGACACCAATTAAAGCAACTAATTCTACTTTGA  239

seq1  TTACATTTTTCCTATAAATAATCCTTTGAAATGAGAATTGTTGCTGGTTT  295
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTACA-TTTTCCTATTAATAATCCTTTGAAATGAGGATTGTTGCTGGTTT  288

seq1  CTCTCTGTCACTGTCTCTTTCTCTGTCTCTTCTTCCCTCCTGACATCCCC  345
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTCTCTGTCACTGTCTCTTTCTCTGTCTCTTCTTCCCT-CTGACATCCCC  337

seq1  ACTGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTG  387

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCGTAAAGGGGATTAAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCGTAAAGGGGATTAAA  437

seq1  ATCAACTAGCCTATAAATCTCTGCCTGCCTCAGCTAAAGTTCTTGGACAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACTAGCCTATAAATCTCTGCCTGCCTCAGCTAAAGTTCTTGGACAT  487

seq1  CAGTTCTGATGGTCTCAAGGTTTTCTGTAAGTTGACCATCAGAAGTTTTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTGATGGTCTCAAGGTTTTCTGTAAGTTGACCATCAGAAGTTTTG  537

seq1  TAGGTGTAGACTGCAGAGTGAACTTTTAATTTCTCAGATGTGCTTAGCTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGTAGACTGCAGAGTGAACTTTTAATTTCTCAGATGTGCTTAGCTG  587

seq1  TGTCTACTTGATGGCTCTAGTTCCTGTTCTCTTGAACTCTAATCACTTGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTACTTGATGGCTCTAGTTCCTGTTCTCTTGAACTCTAATCACTTGG  637

seq1  CTCCTGCTCTAATTCACACTTGTTCACTTTTAAAGTATCCGTGAAATGTC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTCTAATTCACACTTGTTCACTTTTAAAGTATCCGTGAAATGTC  687

seq1  ATTTTTCTCTGAGGTATTTTCCCTGACATATCTTTTCAGCTCACCTCTTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCTCTGAGGTATTTTCCCTGACATATCTTTTCAGCTCACCTCTTT  737

seq1  GAAATCTGTGCCACATTAGGTATTTTTGCCAAATATCCGTTCATGATACT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTGTGCCACATTAGGTATTTTTGCCAAATATCCGTTCATGATACT  787

seq1  CACACCCTTCTTAGCATTTATTGTATGAATTTTTATTAAAGGTAAAGTTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCTTCTTAGCATTTATTGTATGAATTTTTATTAAAGGTAAAGTTT  837

seq1  AATGTCTCTCTACCCAACCAGTACACTGTATATTAACAGGAAGGAATTAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTCTCTACCCAACCAGTACACTGTATATTAACAGGAAGGAATTAT  887

seq1  GTCTTTACTTTCTAGTTTCTCAAGGTGATCCTTTTCCTATTCAATTAAGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTACTTTCTAGTTTCTCAAGGTGATCCTTTTCCTATTCAATTAAGA  937

seq1  GAGGATAAGAATACACCACGAAGTAGTTCAATCCAAGTCTAAGTTAGTAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATAAGAATACACCACGAAGTAGTTCAATCCAAGTCTAAGTTAGTAA  987

seq1  ACTAATGCGTTTAATTAGGGTAATTTTAAAAGGATGGGAAACATACAGGT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATGCGTTTAATTAGGGTAATTTTAAAAGGATGGGAAACATACAGGT  1037

seq1  AGCTACAGTAACCACTTAAACATCCTCAGGGATGCTTCATAATGTCTTTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACAGTAACCACTTAAACATCCTCAGGGATGCTTCATAATGTCTTTA  1087

seq1  ACCTCAGTTCCATGAGGAACTGTTACTGAGAACAGCCTTGTGAGTGTCTT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGTTCCATGAGGAACTGTTACTGAGAACAGCCTTGTGAGTGTCTT  1137

seq1  GGGCAAGTAATCTTATCTTGCTAACATTTTGAGAGACTAATCATCCAAGT  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAGTAATCTTATCTTGCTAACATTTTGAGAGACTAATCATCCAAGT  1187

seq1  CATGTCCAGAAGACAGAATTC  1216
      |||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCAGAAGACAGAATTC  1208