BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-048I24
Chromosome19 (Build37)
Map Location 50,915,278 - 51,073,293
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSiah1-ps1, EG433251, Sorcs1
Downstream geneLOC100042924, LOC100042928, LOC668536, LOC100042936
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-048I24.bB6Ng01-048I24.g
ACCDH873083DH873084
length1,064793
definitionDH873083|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048I24, 5' end.DH873084|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048I24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,915,278 - 50,916,348)(51,072,501 - 51,073,293)
sequence
gaattcaagatcagctccatctataaggtagtttgtcttcaacatgatat
atgttactactttggcacctactatacacacagttattctggcatttcct
tacaaatgttctgcaagaatgccaaggatctttttttatgataattctcg
atttctctttgaaaaccaatacaaagatatgtacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacatacacacacacccttcatacattaaaagg
caaacttaaaatgaaagaagatagtgagtttgttttgcttggcatattca
gacattacaagtgaaaacaatcttgaaaaaattcataaagtttatgtgat
ttcaaagagcataaaaacaaccttttcataaaattacggagttgatataa
atccatatggagaaataaacatacagaagtggcaagaaaatgtagaaaat
gaagaaccatgaagcagaattagctctcacacagagtaaaaatgatcggg
aagcttctattctaaagcaaccgatttctcccaagtgaataggaaagaca
atgggatagaaatggccaggttgaaaggtctggaaagaggtaggtctatt
tataagatataccacataattaatgcataaattccagttcacgaatcaaa
tggttttgatgtgaataattgcatagttgtttcaagttacccaatattat
atccagttattttcctgtgccaaagtcatgatatgaaaccacaggattct
gaagtaaaaatgaaactattatctataagttatatttagggtcaaactgt
ctacatgattcagggtattgactcagtacaagtaaaatttaatatatttc
accacataaaattaaaagtaaaatagcttttattgaataaagattaaaga
caaatgaaaaatttagaaagcagtgtttgtaatgtgtcaagaggagtttg
atgcccttatacaaaaacaactttggaaaacatttaaaatttcagatttc
tatagaagttagaaaataataaagaaaagtaggactagatggtgttcgtg
gagtaggcatatat
gaattcccatctcaaataatgtctatctcagagacatgcccagatgtttg
tctcctgggtctatctagatccttgcaatatggtaatcagcatcatccac
caggaatgtgatacatggttggatcttttagctattactatgcaaaacat
cttttgaaaccagttgcagatgacagaaaacattcattcctttttgggtg
ccatgatatgagtcaagcttggcaaacaatggataatatataaagggaag
gaagccttggataattgctagtaagataacttagttaagatgtgagtcta
atttccatcctcaagtagttgttatttatcctcatagtggaggtagatag
tcaaggaaaaggtaagaaccaggagcccctgaacttgcacttatattttc
catcctgcagaagccttcaaacataactggatagcacagacttagtgtaa
ggaaacagaatcaattgctttgaacaaaacctgaaaagttggagctctaa
aggtagctcagcatttgattattcaccctgctcttaaagtggttctgagt
tgttgacaaccacctgtaactccaactccaagagatcagcctctttgtct
atatggatgcacatgaatatagccctaatcagacactgattgtcacaaat
ttaaatctaacctgcattataaacattaccagccaacttacatttgaaat
gaaacatctaattcttgatcctaaataaatcccttccactaaataatggt
tttatctctctctctctctctctctctctctctctctctctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_50915278_50916348
seq2: B6Ng01-048I24.b_46_1109

seq1  GAATTCAAGATCAGCTCCATCTATAAGGTAGTTTGTCTTCAACATGATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGATCAGCTCCATCTATAAGGTAGTTTGTCTTCAACATGATAT  50

seq1  ATGTTACTACTTTGGCACCTACTATACACACAGTTATTCTGGCATTTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACTACTTTGGCACCTACTATACACACAGTTATTCTGGCATTTCCT  100

seq1  TACAAATGTTCTGCAAGAATGCCAAGGATCTTTTTTTATGATAATTCTCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATGTTCTGCAAGAATGCCAAGGATCTTTTTTTATGATAATTCTCG  150

seq1  ATTTCTCTTTGAAAACCAATACAAAGATATGTACACACACACACACACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCTTTGAAAACCAATACAAAGATATGTACACACACACACACACAC  200

seq1  ACACACACACACACACACACATACACACACACCCTTCATACATTAAAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACATACACACACACCCTTCATACATTAAAAGG  250

seq1  CAAACTTAAAATGAAAGAAGATAGTGAGTTTGTTTTGCTTGGCATATTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTAAAATGAAAGAAGATAGTGAGTTTGTTTTGCTTGGCATATTCA  300

seq1  GACATTACAAGTGAAAACAATCTTGAAAAAATTCATAAAGTTTATGTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTACAAGTGAAAACAATCTTGAAAAAATTCATAAAGTTTATGTGAT  350

seq1  TTCAAAGAGCATAAAAACAACCTTTTCATAAAATTACGGAGTTGATATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGAGCATAAAAACAACCTTTTCATAAAATTACGGAGTTGATATAA  400

seq1  ATCCATATGGAGAAATAAACATACAGAAGTGGCAAGAAAATGTAGAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATATGGAGAAATAAACATACAGAAGTGGCAAGAAAATGTAGAAAAT  450

seq1  GAAGAACCATGAAGCAGAATTAGCTCTCACACAGAGTAAAAATGATCGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAACCATGAAGCAGAATTAGCTCTCACACAGAGTAAAAATGATCGGG  500

seq1  AAGCTTCTATTCTAAAGCAACCGATTTCTCCCAAGTGAATAGGAAAGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTCTATTCTAAAGCAACCGATTTCTCCCAAGTGAATAGGAAAGACA  550

seq1  ATGGGATAGAAATGGCCAGGTTGAAAGGTCTGGAAAGAGGTAGGTCTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGATAGAAATGGCCAGGTTGAAAGGTCTGGAAAGAGGTAGGTCTATT  600

seq1  TATAAGATATACCACATAATTAATGCATAAATTCCAGTTCACGAATCAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGATATACCACATAATTAATGCATAAATTCCAGTTCACGAATCAAA  650

seq1  TGGTTTTGATGTGAATAATTGCATAGTTGTTTCAAGTTACCCAATATTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTGATGTGAATAATTGCATAGTTGTTTCAAGTTACCCAATATTAT  700

seq1  ATCCAGTTATTTTCCTGTGCCAAAGTCATGATATGAAACCACAGGATTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGTTATTTTCCTGTGCCAAAGTCATGATATGAAACCACAGGATTCT  750

seq1  GAAGTAAAAATGAAACTATTATCTATAAGTTATATTTAGGGTCAAACTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAAAAATGAAACTATTATCTATAAGTTATATTTAGGGTCAAACTGT  800

seq1  CTACATGATTCAGGGTATTGACTCAGTACAAGTAAAATTTAATATATTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATGATTCAGGGTATTGACTCAGTACAAGTAAAATTTAATATATTTC  850

seq1  ACCACATAAAATTAAAAGTAAAATAGCTTTTATTGAATAAAGATTAAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATAAAATTAAAAGTAAAATAGCTTTTATTGAATAAAGATTAAAGA  900

seq1  CAAATGAAAAATTTAGAAAGCAGTGTTTGTAATGTGTCAAAGAGGAAGTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  CAAATGAAAAATTTAGAAAGCAGTGTTTGTAATGTGTC-AAGAGG-AGTT  948

seq1  TGATGCCCTTAATACAAAAACAACTTT-GAAAACATTTTAAAAATTTCAG  999
      |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||
seq2  TGATGCCCTT-ATACAAAAACAACTTTGGAAAACATTT--AAAATTTCAG  995

seq1  AATTTCTATAGAAAGTTAGAAAATAATACAGAAAAGTAAGGACTAGAT-G  1048
       |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |
seq2  -ATTTCTATAG-AAGTTAGAAAATAATAAAGAAAAGT-AGGACTAGATGG  1042

seq1  TGTTCAGTGCAGTAGGCATATAT  1071
      ||||| ||| |||||||||||||
seq2  TGTTC-GTGGAGTAGGCATATAT  1064

seq1: chr19_51072501_51073293
seq2: B6Ng01-048I24.g_68_860 (reverse)

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATAAAACCATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATAAAACCATTA  50

seq1  TTTAGTGGAAGGGATTTATTTAGGATCAAGAATTAGATGTTTCATTTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTGGAAGGGATTTATTTAGGATCAAGAATTAGATGTTTCATTTCAA  100

seq1  ATGTAAGTTGGCTGGTAATGTTTATAATGCAGGTTAGATTTAAATTTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAGTTGGCTGGTAATGTTTATAATGCAGGTTAGATTTAAATTTGTG  150

seq1  ACAATCAGTGTCTGATTAGGGCTATATTCATGTGCATCCATATAGACAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCAGTGTCTGATTAGGGCTATATTCATGTGCATCCATATAGACAAA  200

seq1  GAGGCTGATCTCTTGGAGTTGGAGTTACAGGTGGTTGTCAACAACTCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGATCTCTTGGAGTTGGAGTTACAGGTGGTTGTCAACAACTCAGA  250

seq1  ACCACTTTAAGAGCAGGGTGAATAATCAAATGCTGAGCTACCTTTAGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTTTAAGAGCAGGGTGAATAATCAAATGCTGAGCTACCTTTAGAGC  300

seq1  TCCAACTTTTCAGGTTTTGTTCAAAGCAATTGATTCTGTTTCCTTACACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTTTTCAGGTTTTGTTCAAAGCAATTGATTCTGTTTCCTTACACT  350

seq1  AAGTCTGTGCTATCCAGTTATGTTTGAAGGCTTCTGCAGGATGGAAAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGTGCTATCCAGTTATGTTTGAAGGCTTCTGCAGGATGGAAAATA  400

seq1  TAAGTGCAAGTTCAGGGGCTCCTGGTTCTTACCTTTTCCTTGACTATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGCAAGTTCAGGGGCTCCTGGTTCTTACCTTTTCCTTGACTATCTA  450

seq1  CCTCCACTATGAGGATAAATAACAACTACTTGAGGATGGAAATTAGACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCACTATGAGGATAAATAACAACTACTTGAGGATGGAAATTAGACTC  500

seq1  ACATCTTAACTAAGTTATCTTACTAGCAATTATCCAAGGCTTCCTTCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTAACTAAGTTATCTTACTAGCAATTATCCAAGGCTTCCTTCCCT  550

seq1  TTATATATTATCCATTGTTTGCCAAGCTTGACTCATATCATGGCACCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATATTATCCATTGTTTGCCAAGCTTGACTCATATCATGGCACCCAA  600

seq1  AAAGGAATGAATGTTTTCTGTCATCTGCAACTGGTTTCAAAAGATGTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAATGAATGTTTTCTGTCATCTGCAACTGGTTTCAAAAGATGTTTT  650

seq1  GCATAGTAATAGCTAAAAGATCCAACCATGTATCACATTCCTGGTGGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGTAATAGCTAAAAGATCCAACCATGTATCACATTCCTGGTGGATG  700

seq1  ATGCTGATTACCATATTGCAAGGATCTAGATAGACCCAGGAGACAAACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGATTACCATATTGCAAGGATCTAGATAGACCCAGGAGACAAACAT  750

seq1  CTGGGCATGTCTCTGAGATAGACATTATTTGAGATGGGAATTC  793
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCATGTCTCTGAGATAGACATTATTTGAGATGGGAATTC  793