BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-055K20
Chromosome19 (Build37)
Map Location 60,439,378 - 60,558,953
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrlhr
Upstream geneEmx2os, Emx2, Rab11fip2, LOC100043087, LOC100043091, LOC100043093, D19Ertd737e, 4933412A08Rik
Downstream gene2700078E11Rik, Nanos1, Eif3s10, 1810055E12Rik, Sfxn4, Prdx3, Gprk5, LOC671322, BC029127, LOC100043112, EG547091, LOC433261, EG633057, Csf2ra, LOC100043120
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-055K20.bB6Ng01-055K20.g
ACCDH878057DH878058
length9241,087
definitionDH878057|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055K20, 5' end.DH878058|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055K20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,558,032 - 60,558,953)(60,439,378 - 60,440,465)
sequence
gaattctcctactgttcttggttttctaagacgaatagcaatttaagttt
ttgaaagtattttttgagaattttatacttgtgtactacatccttcctac
cccttcctctctccactaactcatcccatgacccctaccttcctctcaaa
tccatgacccagtctttaacgaattttgaaacatacacacaccctacaaa
acaaaacaaaacaaaacaacaaagcaaaacacaaaattctacagagtcca
tttagtgtttctcacatctagatatagggctgcccacttgtgattggata
acctaacagggagccatccctgaagaaaactgactctcccttcctcagca
accattgattgcctgtacttcttcatctagaggtgagaccttgtgataaa
tttcccatccacactgaacagtactttaaaagatgaaaatgactgagggt
gttctctgccactggggtgggtgtggctgagacatgagtattgagttgtg
acctgtagttcttcccttccgttgttgtgtgctcagaggcgtctgagttt
gtagtttgaatgggtggaagagacaagtcataaatgggcgaggctctata
aagcttgccatatttcctaggtggtcattagtgtcccaagagcatccttc
acacaggtggaaggtcctagggcacttctctttgctattgaatagctgag
tgaatttggctgtcattcagtttgtcctcagttgtcatctgtaaagagca
gtctttaatctctaatatccatgactctctctctctctccatggtctcct
gagaaacacctgggagctgtggatgggcttcactgtggccagtacaccag
acatctgggctgatcccatggaggctatattcttggaggtaccagcatta
gtagggtcctccctccctccctcc
gaattctcacagttgcttctctcaggactcctggcaggaccgagtttaca
tctattttcctcatggcctcagaggacagctacttctcagtttgatgcta
tggcctagtctggtgcctggcaataggcgttatcaagagtattccacact
ctgaccatggtgactaagcaccagtgatacacgtggcagagtaatgccac
tggctgctatggcagaccagctctctctgtgggttttcatgagtaggtgt
cttctatgtactgtctgcgttggatgatcctacagatagctctcctccag
tttcacaggaatccaggcttctaagtgaggaccatccatgattgctgaag
gggaaaagaggagagggatctatactgtttaagagatatggagcgtcctg
caggactgtcaatgtctgtaagtttctaccttaatgaaatgggtttgtta
ctgcctgtcattaaaaaatgtaggtgagagttaatgtttggtactgggta
ctaaaagcaattttcattgaccagtagtattggtacaacttgaaactttg
ccctgaggtctcaccccatgactgcagaatcagaagctatagttattcag
taagcagcctgcatgcatgtgctgaatcactgccacaaagcacccagccc
atagtagatgctcaatgaaaaattaatcgccattatgatttaaactgcag
ctgcctccccgggccagaactgagccaattagccactcaacagccacatc
aggggagattatcagatctgaaagctggcttctcgtctcttggaacagtg
acacttcctactgatgtcctttcatgaaagggtggagagggggctgttat
gttaactgacaaatcaaagcaagtcaaggataaagactgcaatcatttta
tccccattatcctgaggaattcagcccaatatggcactctgccctcatca
ttacactctgatcacagacccttgccggtacctgggatcacccagacatg
aaggtaggaacagacccagatttctagacagcctgttcacaagaaaattc
ccattctttagggctggggttgggggaaggatttgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_60558032_60558953
seq2: B6Ng01-055K20.b_48_971 (reverse)

seq1  GGAGGGAGGGAGGGAGGA-CCTACTAATGCTGGTACCTCC-AGAATATAG  48
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGAGGGAGGGAGGGAGGACCCTACTAATGCTGGTACCTCCAAGAATATAG  50

seq1  CCTCCATGTGATCAGCCCAGATGTCTGGTGTACTGGCCACAGTGAAGCCC  98
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATGGGATCAGCCCAGATGTCTGGTGTACTGGCCACAGTGAAGCCC  100

seq1  ATCCACAGCTCCCAGGTGTTTCTCAGGAGACCATGGAGAGAGAGAGAGAG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACAGCTCCCAGGTGTTTCTCAGGAGACCATGGAGAGAGAGAGAGAG  150

seq1  TCATGGATATTAGAGATTAAAGACTGCTCTTTACAGATGACAACTGAGGA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGATATTAGAGATTAAAGACTGCTCTTTACAGATGACAACTGAGGA  200

seq1  CAAACTGAATGACAGCCAAATTCACTCAGCTATTCAATAGCAAAGAGAAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGAATGACAGCCAAATTCACTCAGCTATTCAATAGCAAAGAGAAG  250

seq1  TGCCCTAGGACCTTCCACCTGTGTGAAGGATGCTCTTGGGACACTAATGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTAGGACCTTCCACCTGTGTGAAGGATGCTCTTGGGACACTAATGA  300

seq1  CCACCTAGGAAATATGGCAAGCTTTATAGAGCCTCGCCCATTTATGACTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTAGGAAATATGGCAAGCTTTATAGAGCCTCGCCCATTTATGACTT  350

seq1  GTCTCTTCCACCCATTCAAACTACAAACTCAGACGCCTCTGAGCACACAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTCCACCCATTCAAACTACAAACTCAGACGCCTCTGAGCACACAA  400

seq1  CAACGGAAGGGAAGAACTACAGGTCACAACTCAATACTCATGTCTCAGCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGGAAGGGAAGAACTACAGGTCACAACTCAATACTCATGTCTCAGCC  450

seq1  ACACCCACCCCAGTGGCAGAGAACACCCTCAGTCATTTTCATCTTTTAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCACCCCAGTGGCAGAGAACACCCTCAGTCATTTTCATCTTTTAAA  500

seq1  GTACTGTTCAGTGTGGATGGGAAATTTATCACAAGGTCTCACCTCTAGAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGTTCAGTGTGGATGGGAAATTTATCACAAGGTCTCACCTCTAGAT  550

seq1  GAAGAAGTACAGGCAATCAATGGTTGCTGAGGAAGGGAGAGTCAGTTTTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGTACAGGCAATCAATGGTTGCTGAGGAAGGGAGAGTCAGTTTTC  600

seq1  TTCAGGGATGGCTCCCTGTTAGGTTATCCAATCACAAGTGGGCAGCCCTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGGATGGCTCCCTGTTAGGTTATCCAATCACAAGTGGGCAGCCCTA  650

seq1  TATCTAGATGTGAGAAACACTAAATGGACTCTGTAGAATTTTGTGTTTTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAGATGTGAGAAACACTAAATGGACTCTGTAGAATTTTGTGTTTTG  700

seq1  CTTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTAGGGTGTGTGTATGTTTCAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTAGGGTGTGTGTATGTTTCAAA  750

seq1  ATTCGTTAAAGACTGGGTCATGGATTTGAGAGGAAGGTAGGGGTCATGGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGTTAAAGACTGGGTCATGGATTTGAGAGGAAGGTAGGGGTCATGGG  800

seq1  ATGAGTTAGTGGAGAGAGGAAGGGGTAGGAAGGATGTAGTACACAAGTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTTAGTGGAGAGAGGAAGGGGTAGGAAGGATGTAGTACACAAGTAT  850

seq1  AAAATTCTCAAAAAATACTTTCAAAAACTTAAATTGCTATTCGTCTTAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCTCAAAAAATACTTTCAAAAACTTAAATTGCTATTCGTCTTAGA  900

seq1  AAACCAAGAACAGTAGGAGAATTC  922
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAGAACAGTAGGAGAATTC  924

seq1: chr19_60439378_60440465
seq2: B6Ng01-055K20.g_68_1154

seq1  GAATTCTCACAGTTGCTTCTCTCAGGACTCCTGGCAGGACCGAGTTTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACAGTTGCTTCTCTCAGGACTCCTGGCAGGACCGAGTTTACA  50

seq1  TCTATTTTCCTCATGGCCTCAGAGGACAGCTACTTCTCAGTTTGATGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTTCCTCATGGCCTCAGAGGACAGCTACTTCTCAGTTTGATGCTA  100

seq1  TGGCCTAGTCTGGTGCCTGGCAATAGGCGTTATCAAGAGTATTCCACACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTAGTCTGGTGCCTGGCAATAGGCGTTATCAAGAGTATTCCACACT  150

seq1  CTGACCATGGTGACTAAGCACCAGTGATACACGTGGCAGAGTAATGCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCATGGTGACTAAGCACCAGTGATACACGTGGCAGAGTAATGCCAC  200

seq1  TGGCTGCTATGGCAGACCAGCTCTCTCTGTGGGTTTTCATGAGTAGGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCTATGGCAGACCAGCTCTCTCTGTGGGTTTTCATGAGTAGGTGT  250

seq1  CTTCTATGTACTGTCTGCGTTGGATGATCCTACAGATAGCTCTCCTCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATGTACTGTCTGCGTTGGATGATCCTACAGATAGCTCTCCTCCAG  300

seq1  TTTCACAGGAATCCAGGCTTCTAAGTGAGGACCATCCATGATTGCTGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAGGAATCCAGGCTTCTAAGTGAGGACCATCCATGATTGCTGAAG  350

seq1  GGGAAAAGAGGAGAGGGATCTATACTGTTTAAGAGATATGGAGCGTCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAGAGGAGAGGGATCTATACTGTTTAAGAGATATGGAGCGTCCTG  400

seq1  CAGGACTGTCAATGTCTGTAAGTTTCTACCTTAATGAAATGGGTTTGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTGTCAATGTCTGTAAGTTTCTACCTTAATGAAATGGGTTTGTTA  450

seq1  CTGCCTGTCATTAAAAAATGTAGGTGAGAGTTAATGTTTGGTACTGGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGTCATTAAAAAATGTAGGTGAGAGTTAATGTTTGGTACTGGGTA  500

seq1  CTAAAAGCAATTTTCATTGACCAGTAGTATTGGTACAACTTGAAACTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGCAATTTTCATTGACCAGTAGTATTGGTACAACTTGAAACTTTG  550

seq1  CCCTGAGGTCTCACCCCATGACTGCAGAATCAGAAGCTATAGTTATTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGGTCTCACCCCATGACTGCAGAATCAGAAGCTATAGTTATTCAG  600

seq1  TAAGCAGCCTGCATGCATGTGCTGAATCACTGCCACAAAGCACCCAGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGCCTGCATGCATGTGCTGAATCACTGCCACAAAGCACCCAGCCC  650

seq1  ATAGTAGATGCTCAATGAAAAATTAATCGCCATTATGATTTAAACTGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAGATGCTCAATGAAAAATTAATCGCCATTATGATTTAAACTGCAG  700

seq1  CTGCCTCCCCGGGCCAGAACTGAGCCAATTAGCCACTCAACAGCCACATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCCCCGGGCCAGAACTGAGCCAATTAGCCACTCAACAGCCACATC  750

seq1  AGGGGAGATTATCAGATCTGAAAGCTGGCTTCTCGTCTCTTGGAACAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAGATTATCAGATCTGAAAGCTGGCTTCTCGTCTCTTGGAACAGTG  800

seq1  ACACTTCCTACTGATGTCCTTTCATGAAAGGGTGGAGAGGGGGCTGTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCCTACTGATGTCCTTTCATGAAAGGGTGGAGAGGGGGCTGTTAT  850

seq1  GTTAACTGACAAATCAAAGCAAGTC-AGGATAAAGACTGCAATCATTTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACTGACAAATCAAAGCAAGTCAAGGATAAAGACTGCAATCATTTTA  900

seq1  TCCCCATTATCCTGAGGAATTCAGCCC-ATATGGCACTCTGCCCTCATCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCATTATCCTGAGGAATTCAGCCCAATATGGCACTCTGCCCTCATCA  950

seq1  TTACACTCTGATCACAGACCC-TGCCGGTTACCTGGGATCAACCCAGAAC  997
      ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||
seq2  TTACACTCTGATCACAGACCCTTGCCGG-TACCTGGGATC-ACCCAG-AC  997

seq1  ATGAAAGGTAGGGAACAGACCCAGATTTCTAGACAGCCTG-TCAC-AGAA  1045
      ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  ATG-AAGGTA-GGAACAGACCCAGATTTCTAGACAGCCTGTTCACAAGAA  1045

seq1  AATTCCCATTCTTAGGGGCCTGGGGGTTGGGGGAGGATTTGGA  1088
      |||||||||||||  ||| |||||| | |||| ||||||||||
seq2  AATTCCCATTCTTTAGGG-CTGGGGTTGGGGGAAGGATTTGGA  1087