BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062E07
Chromosome19 (Build37)
Map Location 55,996,503 - 56,138,581
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTcf7l2
Upstream geneGpam, Tectb, Gucy2g, Acsl5, Zdhhc6, Vti1a, LOC100043479, Ppnr
Downstream geneLOC100043484, Habp2, Nrap, Casp7, 9930023K05Rik, Dclre1a, Nhlrc2, Adrb1, EG629643, A630007B06Rik, 1700010L13Rik, Tdrd1, Vwa2, Afap1l2, Ablim1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062E07.bB6Ng01-062E07.g
ACCDH882720DH882721
length1,1631,136
definitionDH882720|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062E07, 5' end.DH882721|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062E07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,137,393 - 56,138,581)(55,996,503 - 55,997,659)
sequence
gaattctcaggcagaggttggtcatatcatttttcaatagaggcatttca
tggtttattgatctaactcaagaataagaaaagacacttatggagggaaa
ggagtccggctcaacttataaaattaaatggatcctgagctaggagcttt
aagggagtccccggtgctaaacaaaacattgaatggactgcatataaaca
ctgggtccatataaacaggcgtgattgtctcctttatggaggctcacaat
agcagcacttcattgagggcaaggggatttatcctccacagcacagctcc
cctgcaagcattgagccctgagcagaaagaaggtttctgccttcagtgtt
tgggattttaaaatgagcaggagaagggaagaggaaaaggaggtgagaag
atcataaagaagagaagtccgggggagtgctcccattgtggagtgctccc
attgtggagtgcccccattgtggagtgcccccattgtggaggtgaatctc
agacaaggcttgcccacctggtttgcattcttcttgggcatgctgagctg
ccctcaggaacaaagggaaaggggaggccgggtgctgagacctgggtctt
caggggcatttttaacttctcatttacacacgtggaaaacgaaggtgcct
gaagacagaagtgtgaggatgttgccttcagtcttggaagtgactcctca
aggacaaggcatagtgtcacctctcccaggctgtcccttgttccagaaca
ttccacaatagtcccatgataataggctacacagacttcctctaacatta
caaaatcctgaggttgctatacagactaagtgcgactcaagtcctgacaa
gtcttgagaagttagagtctgctgatgtgtcaactttctgctggtgcggg
ccagatactctatcagtaatgaggccagtcacagaaaatatagctaatta
atatatttctgtatttcatcattattttacgggagaaatgagatagcaga
gggagaggagaaggaggtgtatttacaagctccgtgaattgggtcgtgtc
ctaaattcaactcagcaagactacgataacaccgcgccaccgtagcaatc
agaacaggtatcttgtgtccactgagacagacgaccacgcaggaaagtcg
acctcttcagcaa
gaattctgtagggatggccctggagtgtgtttgcgggtgatacaaacagc
ctcctgctatactgtttctcttgagtcccttttctggttcctaagtcaac
tgttgtcaagcccacctgcccactcagagagccatgtgacttttccttac
cttgttttcccattgcatgccaagaaacacaaaaggatctagtgtatacc
tgcacacagggccacggcacagacaatacactcagatgtctgagaagccc
tctctgaatatttggattcattcaagcctgacacagccatagggttgcta
cacatacattgatccttctctctttgatgatgtcactgccccaggaaagc
ctttaagccaaggtggcaacatttagagagtctcaagcatacaggtctgt
aaggctgcaggtgcctcacatggcctggagagcctccctgctgccctgca
gttgggctggcataccccagatccttgctcattcatttgatagagtcagg
ctgatgggcgataatgacgtaaggcagtctctccatccctgcggtatcaa
agaatggcttctgtggagagccgcgtacttctacagtacttggtagaaga
cgtggtctgggactgaagcaattgctttgagaccatttgggtttattcct
gcctccaccttgtcttagctgtgacatctcaaaaatatttcctagcctct
ctgtccctgtttccttatctgtgtcattgggaggatgacaacatgtgtgt
tgtgtagagctgttgccggtttggtcatgcctggtttcttatgtgtactt
gacaaatgctggccattgttagtgttaggaatggctgttacagtgaaaag
ctagacttagaacagtccataattttcatatttgttaggagctagccatt
ctcacagcatgacaatatgggttatacagacacctcctgtttgccatggt
taaacttaggattctcacctcgtgatgtgtggaagcgcacccttacagca
ttcttctttctacacttagaagcatgcagtcgtggccagccactcatgct
ttacctagcaggctttctgtagagcgtgcccatctgtaggctacttgtgt
gcgtttagccagctggacataagacatgagatctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_56137393_56138581
seq2: B6Ng01-062E07.b_47_1209 (reverse)

seq1  TTGCTGAAAGAGGGTCTGGACTCTCCTGCGTGTGTCGTCTGTGCTCAGTG  50
      |||||| ||||||   | |||| ||||||||| ||||||||| |||||| 
seq2  TTGCTG-AAGAGG---TCGACTTTCCTGCGTG-GTCGTCTGT-CTCAGT-  43

seq1  GGACACAAGGAATACCCCTTGTTCCTGATTTGCTACGGTGGCGCGGTGTC  100
      |||||||||  |||||   |||| |||| |||||||||||||||||||| 
seq2  GGACACAAG--ATACC---TGTT-CTGA-TTGCTACGGTGGCGCGGTGT-  85

seq1  TATCGTAGGTCTTGCTGGGTTTGAATTTAGGACACGACCCAATTCACGGG  150
      ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TATCGTA-GTCTTGCTGAG-TTGAATTTAGGACACGACCCAATTCAC-GG  132

seq1  AGCTTGTAAATACACCTCCTTTCTCCTCTCCCTCTGCTTATCTTCATTTC  200
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  AGCTTGTAAATACACCTCC-TTCTCCTCTCCCTCTGC-TATC-TCATTTC  179

seq1  TCCCCGTTAAAATAATGGTGAAATACAGAAATATATTTAATTAGCTATTA  250
      ||||   |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  
seq2  TCCC--GTAAAATAATGATGAAATACAGAAATATA-TTAATTAGCTAT--  224

seq1  TTTTTCTGTGACTGGCCTCATTACTGATAGAGTATCTGGCCCGCACCAGC  300
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTGTGACTGGCCTCATTACTGATAGAGTATCTGGCCCGCACCAGC  274

seq1  AGAAAGTTGACACATCAGCAGACTCTAACTTCTCAAGACTTGTCAGGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTTGACACATCAGCAGACTCTAACTTCTCAAGACTTGTCAGGACT  324

seq1  TGAGTCGCACTTAGTCTGTATAGCAACCTCAGGATTTTGTAATGTTAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCGCACTTAGTCTGTATAGCAACCTCAGGATTTTGTAATGTTAGAG  374

seq1  GAAGTCTGTGTAGCCTATTATCATGGGACTATTGTGGAATGTTCTGGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCTGTGTAGCCTATTATCATGGGACTATTGTGGAATGTTCTGGAAC  424

seq1  AAGGGACAGCCTGGGAGAGGTGACACTATGCCTTGTCCTTGAGGAGTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGACAGCCTGGGAGAGGTGACACTATGCCTTGTCCTTGAGGAGTCAC  474

seq1  TTCCAAGACTGAAGGCAACATCCTCACACTTCTGTCTTCAGGCACCTTCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAGACTGAAGGCAACATCCTCACACTTCTGTCTTCAGGCACCTTCG  524

seq1  TTTTCCACGTGTGTAAATGAGAAGTTAAAAATGCCCCTGAAGACCCAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCACGTGTGTAAATGAGAAGTTAAAAATGCCCCTGAAGACCCAGGT  574

seq1  CTCAGCACCCGGCCTCCCCTTTCCCTTTGTTCCTGAGGGCAGCTCAGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCACCCGGCCTCCCCTTTCCCTTTGTTCCTGAGGGCAGCTCAGCAT  624

seq1  GCCCAAGAAGAATGCAAACCAGGTGGGCAAGCCTTGTCTGAGATTCACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAGAAGAATGCAAACCAGGTGGGCAAGCCTTGTCTGAGATTCACCT  674

seq1  CCACAATGGGGGCACTCCACAATGGGGGCACTCCACAATGGGAGCACTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAATGGGGGCACTCCACAATGGGGGCACTCCACAATGGGAGCACTCC  724

seq1  ACAATGGGAGCACTCCCCCGGACTTCTCTTCTTTATGATCTTCTCACCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGGGAGCACTCCCCCGGACTTCTCTTCTTTATGATCTTCTCACCTC  774

seq1  CTTTTCCTCTTCCCTTCTCCTGCTCATTTTAAAATCCCAAACACTGAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCTCTTCCCTTCTCCTGCTCATTTTAAAATCCCAAACACTGAAGG  824

seq1  CAGAAACCTTCTTTCTGCTCAGGGCTCAATGCTTGCAGGGGAGCTGTGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACCTTCTTTCTGCTCAGGGCTCAATGCTTGCAGGGGAGCTGTGCT  874

seq1  GTGGAGGATAAATCCCCTTGCCCTCAATGAAGTGCTGCTATTGTGAGCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGGATAAATCCCCTTGCCCTCAATGAAGTGCTGCTATTGTGAGCCT  924

seq1  CCATAAAGGAGACAATCACGCCTGTTTATATGGACCCAGTGTTTATATGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAAGGAGACAATCACGCCTGTTTATATGGACCCAGTGTTTATATGC  974

seq1  AGTCCATTCAATGTTTTGTTTAGCACCGGGGACTCCCTTAAAGCTCCTAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATTCAATGTTTTGTTTAGCACCGGGGACTCCCTTAAAGCTCCTAG  1024

seq1  CTCAGGATCCATTTAATTTTATAAGTTGAGCCGGACTCCTTTCCCTCCAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGATCCATTTAATTTTATAAGTTGAGCCGGACTCCTTTCCCTCCAT  1074

seq1  AAGTGTCTTTTCTTATTCTTGAGTTAGATCAATAAACCATGAAATGCCTC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTCTTTTCTTATTCTTGAGTTAGATCAATAAACCATGAAATGCCTC  1124

seq1  TATTGAAAAATGATATGACCAACCTCTGCCTGAGAATTC  1189
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAAAAATGATATGACCAACCTCTGCCTGAGAATTC  1163

seq1: chr19_55996503_55997659
seq2: B6Ng01-062E07.g_69_1204

seq1  GAATTCTGTAGGGATGGCCCTGGAGTGTGTTTGCGGGTGATACAAACAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAGGGATGGCCCTGGAGTGTGTTTGCGGGTGATACAAACAGC  50

seq1  CTCCTGCTATACTGTTTCTCTTGAGTCCCTTTTCTGGTTCCTAAGTCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTATACTGTTTCTCTTGAGTCCCTTTTCTGGTTCCTAAGTCAAC  100

seq1  TGTTGTCAAGCCCACCTGCCCACTCAGAGAGCCATGTGACTTTTCCTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCAAGCCCACCTGCCCACTCAGAGAGCCATGTGACTTTTCCTTAC  150

seq1  CTTGTTTTCCCATTGCATGCCAAGAAACACAAAAGGATCTAGTGTATACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTTCCCATTGCATGCCAAGAAACACAAAAGGATCTAGTGTATACC  200

seq1  TGCACACAGGGCCACGGCACAGACAATACACTCAGATGTCTGAGAAGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACAGGGCCACGGCACAGACAATACACTCAGATGTCTGAGAAGCCC  250

seq1  TCTCTGAATATTTGGATTCATTCAAGCCTGACACAGCCATAGGGTTGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAATATTTGGATTCATTCAAGCCTGACACAGCCATAGGGTTGCTA  300

seq1  CACATACATTGATCCTTCTCTCTTTGATGATGTCACTGCCCCAGGAAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACATTGATCCTTCTCTCTTTGATGATGTCACTGCCCCAGGAAAGC  350

seq1  CTTTAAGCCAAGGTGGCAACATTTAGAGAGTCTCAAGCATACAGGTCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGCCAAGGTGGCAACATTTAGAGAGTCTCAAGCATACAGGTCTGT  400

seq1  AAGGCTGCAGGTGCCTCACATGGCCTGGAGAGCCTCCCTGCTGCCCTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGCAGGTGCCTCACATGGCCTGGAGAGCCTCCCTGCTGCCCTGCA  450

seq1  GTTGGGCTGGCATACCCCAGATCCTTGCTCATTCATTTGATAGAGTCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGCTGGCATACCCCAGATCCTTGCTCATTCATTTGATAGAGTCAGG  500

seq1  CTGATGGGCGATAATGACGTAAGGCAGTCTCTCCATCCCTGCGGTATCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGGGCGATAATGACGTAAGGCAGTCTCTCCATCCCTGCGGTATCAA  550

seq1  AGAATGGCTTCTGTGGAGAGCCGCGTACTTCTACAGTACTTGGTAGAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGGCTTCTGTGGAGAGCCGCGTACTTCTACAGTACTTGGTAGAAGA  600

seq1  CGTGGTCTGGGACTGAAGCAATTGCTTTGAGACCATTTGGGTTTATTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGTCTGGGACTGAAGCAATTGCTTTGAGACCATTTGGGTTTATTCCT  650

seq1  GCCTCCACCTTGTCTTAGCTGTGACATCTCAAAAATATTTCCTAGCCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCACCTTGTCTTAGCTGTGACATCTCAAAAATATTTCCTAGCCTCT  700

seq1  CTGTCCCTGTTTCCTTATCTGTGTCATTGGGAGGATGACAACATGTGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCTGTTTCCTTATCTGTGTCATTGGGAGGATGACAACATGTGTGT  750

seq1  TGTGTAGAGCTGTTGCCGGTTTGGTCATGCCTGGTTTCTTATGTGTACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGAGCTGTTGCCGGTTTGGTCATGCCTGGTTTCTTATGTGTACTT  800

seq1  GACAAATGCTGGCCATTGTTAGTGTTAGGAATGGCTGTTACAGTGAAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAATGCTGGCCATTGTTAGTGTTAGGAATGGCTGTTACAGTGAAAAG  850

seq1  CTAGACTTAGAACAGTCCATAATTTTCATATTTGTTAGGAGCTAGCCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACTTAGAACAGTCCATAATTTTCATATTTGTTAGGAGCTAGCCATT  900

seq1  CTCACAGCATGACAATATGGGTTATACAGACACCTCCTGGTTTGCCATGG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTCACAGCATGACAATATGGGTTATACAGACACCTCCT-GTTTGCCATGG  949

seq1  TTAAACTTAGGATTCTTCAACCTCGTGATGTTGTGGAAGCGCACCCTTAC  1000
      ||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTTAGGATTCT--CACCTCGTGATG-TGTGGAAGCGCACCCTTAC  996

seq1  AAGCCATTCTTCTTTCCACACTTAAGAAAGCATGCAGTCCGTGGCACAAG  1050
      |   |||||||||||| |||||||   ||||||||||| |||||  | ||
seq2  A--GCATTCTTCTTTCTACACTTA--GAAGCATGCAGT-CGTGG--CCAG  1039

seq1  CCACTCAATGCTTTACACTAAGGCAGGCTTTCTGGTAGACAGCGTTGCCC  1100
      |||||| ||||||||| |||  ||||||||||| ||||  |||| |||||
seq2  CCACTC-ATGCTTTAC-CTA--GCAGGCTTTCT-GTAG--AGCG-TGCCC  1081

seq1  ACCTGTAGGCTACCTGTGTGCGTTTAAAGCAGGCTGGAC-TAAGGCATGA  1149
      | ||||||||||| |||||||||||  |||  ||||||| |||| |||||
seq2  ATCTGTAGGCTACTTGTGTGCGTTT--AGCCAGCTGGACATAAGACATGA  1129

seq1  GATGCTGA  1157
      ||| ||||
seq2  GAT-CTGA  1136