BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-065D20
Chromosome19 (Build37)
Map Location 52,190,839 - 52,293,198
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042924, LOC100042928, LOC668536, LOC100042936
Downstream geneIns1, LOC100043450, Xpnpep1, LOC668545, LOC674277, Add3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-065D20.bB6Ng01-065D20.g
ACCDH884775DH884776
length635873
definitionDH884775|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065D20, 5' end.DH884776|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065D20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,292,564 - 52,293,198)(52,190,839 - 52,191,723)
sequence
gaattcacaccaggccccaactctcagcggttctacctgttcccagaatt
tttacccttgaagactggcctgtgcacatggaaatctgggggatagaaaa
ttccaaaacatcaaacttatgaaacagtacttttaacacattttttgttt
tcacgatatgtttgtataataaccaagtatacaatttccaaaacaataac
ttatggcttaccagattttggtcagctggaattaaatatggtatttctat
tatcctttgactgactcaggtgtggcctggctttaactgatctaagctga
tcttgactgaacagaaataatctacatcaatcaatatctatttccttctt
cagcagtacaatcaaagcacagtcttatttcacaagcagagatatgaggg
cacatgtgggaacaaaaatggtttttatattattttaattgtgtaacaac
acaaatgtggcagagaagtcattgagaaagataaaccatttgtggaaatg
cagaagaatgtaatctgtttctttaatacctcagaaaaacaatgggagga
catataaagctaacatctgatcataaactgtcatatatatgtatatgtat
gtgtatgtgtatgtgtatgtgtatgtgtatgtgtt
gaattcaacaaaaacgaactgtatgagcagaaatgcacaggtatgagtcc
ctacttgagcctttgtgctaagagattacttcatgtagttgatatagctg
gaaaattggtctcttttggcacacaccaaaaaattaggctctcctgacat
gcaggacttgttggcatgtgcattagtaaaatttttgttaaagtattttt
gatcaagtggccaagaggattctatttacacattaataccattctctatc
agtatggagggggtggataaggtcctagcttagaagtcatttggataaat
ttcagtaatctgaagtaagagaaggggtaaaacaaagatattaacagtat
ggacaatagaaggactgggtaaattatctaaataagattaactgatttta
aactgatcttggccatcacattctccataactatcataaataaatccatg
atgtttaaagttgctcaatgttctgtgagggtagcaaacaaacaaacaaa
aatggataaaacctactctttttttgtctttgactacacatgtcaatgac
agggaagtttagttaagctagaaattgctcgtgctttggcatgataacaa
tgatggagaaaatgatagaacatagcatttgtttggctgagacaataata
aaattcatagccatagccatggagaacatgtctatgggggccaggtaaat
aacccaccaagtggaataaacccaatattgaaacccataaagtctagatg
cttctagtgattcatctaggaaaatattatggcattttgaaagagagaga
gagaaagaacaggcagagagagacacacactgagaggaatactgagagag
agagagagagagagagaagagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_52292564_52293198
seq2: B6Ng01-065D20.b_47_681 (reverse)

seq1  AACACATACACATACACATACACATACACATACACATACATATACATATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATACACATACACATACACATACACATACACATACATATACATATA  50

seq1  TATGACAGTTTATGATCAGATGTTAGCTTTATATGTCCTCCCATTGTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACAGTTTATGATCAGATGTTAGCTTTATATGTCCTCCCATTGTTTT  100

seq1  TCTGAGGTATTAAAGAAACAGATTACATTCTTCTGCATTTCCACAAATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGTATTAAAGAAACAGATTACATTCTTCTGCATTTCCACAAATGG  150

seq1  TTTATCTTTCTCAATGACTTCTCTGCCACATTTGTGTTGTTACACAATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTTTCTCAATGACTTCTCTGCCACATTTGTGTTGTTACACAATTA  200

seq1  AAATAATATAAAAACCATTTTTGTTCCCACATGTGCCCTCATATCTCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATATAAAAACCATTTTTGTTCCCACATGTGCCCTCATATCTCTGC  250

seq1  TTGTGAAATAAGACTGTGCTTTGATTGTACTGCTGAAGAAGGAAATAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAAATAAGACTGTGCTTTGATTGTACTGCTGAAGAAGGAAATAGAT  300

seq1  ATTGATTGATGTAGATTATTTCTGTTCAGTCAAGATCAGCTTAGATCAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTGATGTAGATTATTTCTGTTCAGTCAAGATCAGCTTAGATCAGT  350

seq1  TAAAGCCAGGCCACACCTGAGTCAGTCAAAGGATAATAGAAATACCATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCAGGCCACACCTGAGTCAGTCAAAGGATAATAGAAATACCATAT  400

seq1  TTAATTCCAGCTGACCAAAATCTGGTAAGCCATAAGTTATTGTTTTGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCCAGCTGACCAAAATCTGGTAAGCCATAAGTTATTGTTTTGGAA  450

seq1  ATTGTATACTTGGTTATTATACAAACATATCGTGAAAACAAAAAATGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTATACTTGGTTATTATACAAACATATCGTGAAAACAAAAAATGTGT  500

seq1  TAAAAGTACTGTTTCATAAGTTTGATGTTTTGGAATTTTCTATCCCCCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTACTGTTTCATAAGTTTGATGTTTTGGAATTTTCTATCCCCCAG  550

seq1  ATTTCCATGTGCACAGGCCAGTCTTCAAGGGTAAAAATTCTGGGAACAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCATGTGCACAGGCCAGTCTTCAAGGGTAAAAATTCTGGGAACAGG  600

seq1  TAGAACCGCTGAGAGTTGGGGCCTGGTGTGAATTC  635
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCGCTGAGAGTTGGGGCCTGGTGTGAATTC  635

seq1: chr19_52190839_52191723
seq2: B6Ng01-065D20.g_69_941

seq1  GAATTCAACAAAAACGAACTGTATGAGCAGAAATGCACAGGTATGAGTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAAAAACGAACTGTATGAGCAGAAATGCACAGGTATGAGTCC  50

seq1  CTACTTGAGCCTTTGTGCTAAGAGATTACTTCATGTAGTTGATATAGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTGAGCCTTTGTGCTAAGAGATTACTTCATGTAGTTGATATAGCTG  100

seq1  GAAAATTGGTCTCTTTTGGCACACACCAAAAAATTAGGCTCTCCTGACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTGGTCTCTTTTGGCACACACCAAAAAATTAGGCTCTCCTGACAT  150

seq1  GCAGGACTTGTTGGCATGTGCATTAGTAAAATTTTTGTTAAAGTATTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGACTTGTTGGCATGTGCATTAGTAAAATTTTTGTTAAAGTATTTTT  200

seq1  GATCAAGTGGCCAAGAGGATTCTATTTACACATTAATACCATTCTCTATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAGTGGCCAAGAGGATTCTATTTACACATTAATACCATTCTCTATC  250

seq1  AGTATGGAGGGGGTGGATAAGGTCCTAGCTTAGAAGTCATTTGGATAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGGAGGGGGTGGATAAGGTCCTAGCTTAGAAGTCATTTGGATAAAT  300

seq1  TTCAGTAATCTGAAGTAAGAGAAGGGGTAAAACAAAGATATTAACAGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTAATCTGAAGTAAGAGAAGGGGTAAAACAAAGATATTAACAGTAT  350

seq1  GGACAATAGAAGGACTGGGTAAATTATCTAAATAAGATTAACTGATTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAATAGAAGGACTGGGTAAATTATCTAAATAAGATTAACTGATTTTA  400

seq1  AACTGATCTTGGCCATCACATTCTCCATAACTATCATAAATAAATCCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGATCTTGGCCATCACATTCTCCATAACTATCATAAATAAATCCATG  450

seq1  ATGTTTAAAGTTGCTCAATGTTCTGTGAGGGTAGCAAACAAACAAACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTAAAGTTGCTCAATGTTCTGTGAGGGTAGCAAACAAACAAACAAA  500

seq1  AATGGATAAAACCTACTCTTTTTTTGTCTTTGACTACACATGTCAATGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATAAAACCTACTCTTTTTTTGTCTTTGACTACACATGTCAATGAC  550

seq1  AGGGAAGTTTAGTTAAGCTAGAAATTGCTCGTGCTTTGGCATGATAACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGTTTAGTTAAGCTAGAAATTGCTCGTGCTTTGGCATGATAACAA  600

seq1  TGATGGAGAAAATGATAGAACATAGCATTTGTTTGGCTGAGACAATAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGAGAAAATGATAGAACATAGCATTTGTTTGGCTGAGACAATAATA  650

seq1  AAATTCATAGCCATAGCCATGGAGAACATGTCTATGGGGGCCAGGTAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCATAGCCATAGCCATGGAGAACATGTCTATGGGGGCCAGGTAAAT  700

seq1  AACCCACCAAGTGGAATAAACCCAATATTGAAACCCATTAAAGTCTAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AACCCACCAAGTGGAATAAACCCAATATTGAAACCCA-TAAAGTCTAGAT  749

seq1  GCTTCTAGTGATTCATCTAGGAAAATAATTATGGCAATTTTGAAAGAGAG  800
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  GCTTCTAGTGATTCATCTAGGAAAAT-ATTATGGC-ATTTTGAAAGAGAG  797

seq1  AGAGAGAAAGAGACAGGCAGAGAGAGACACACACAGAGAGGAATACAGAG  850
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  AGAGAGAAAGA-ACAGGCAGAGAGAGACACACACTGAGAGGAATACTGAG  846

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAA-AGAGAGAAGAGAG  885
      |||||||||||||||||||||| ||||         
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAGAG---------  873